Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001382735.1
Sequence Length
2156 nt
GC Content
0.3539
GUAUUCAGCGGCGACAGCGGCGACUGCGGCGGCCGCGGGAGGGCAUCCCGUUGGGGAUCCUUCCGCACACUGAAGAGUACGUCUUCGGGUCUACCCCUAAUCACAUAAUGGCUGUGUUUAAUCAGAAGUCUGUCUCGGAUAUGAUUAAAGAGUUUCGAAAAAAUUGGCGUGCUCUUUGUAACUCUGAGAGAACUACUCUAUGUGGUGCAGACUCCAUGCUCUUGGCAUUGCAGCUUUCUAUGGCGGAGAACAACAAACAGGUGCAGCUGCUAGCAAGGAAAAUUAUCUUUUCAUAUUUAAAUCUGCUAGUGAAUUCAAAGAAUGACCUGGCUGUGGCUUAUAUUCUCAAUAUUCCUGAUAGAGGACUAGGAAGAGAAGCCUUCACUGAUUUGAAACAUGCUGCUCGAGAGAAACAAAUGUCUAUCUUUUUGGUGGCCACGUCUUUUAUUAGAACAAUAGAGCUUGGAGGGAAAGGAUAUGCACCACCACCAUCAGAUCCUUUAAGGACACAUGUAAAGGGAUUGUCUAAUUUUAUUAAUUUCAUUGACAAAUUAGAUGAGAUUCUUGGAGAAAUACCAAACCCAAGAGGGUGUAAAUCCAUCUGUUGGAAGAUCAACAAUUGGAACGAGUUUUGGAAAUGUUCAUCUGGACAGAAGUAAAAAUGAAAAAGUAUCAAGAAAAUCAACCAGUCAGACAGGAAAUAAAAGCUCAAAAAGGAAACAGGUGGAUUUGGAUGGUGAAAAUAUUCUCUGUGAUAAUAGAAAUGAACCACCUCAACAUAAAAAUGCUAAAAUACCUAAGAAAUCAAAUGAUUCACAGAAUAGAUUGUACGGCAAACUAGCUAAAGUAGCAAAAAGUAAUAAAUGUACUGCCAAGGACAAGUUGAUUUCUGGCCAGGCAAAGUUAACUCAGUUUUUUAGACUAUAAAUUUGUGUCUUAUAUGCUUUAGGUUUAUGUAUCUAUAAACCAUUCACCAAAGACAUGCUUAAUUUUUAAGAGAUCAAGGUGUAAAUUAUGAUGAUUUAUUAUUUUGGUCUACAGUGUAUGUAAGGUUAGUAUGUUAAGCAUUGUUUAAAAAUACUAGUAAGUCAUAAUUAUGCAGAAUUUUCACAAAGUUUAAUGCACAGAGAAAGCAUAUCAUUUCAGUUACUGAUACAUCUUAACACUACUUUCUUUUAAAACAGACAUUUAACAUACACAAGUUAUAGUAGCAGUAUGGGCUUCUCCUCCCAUUGGCAAUUAAAUGCUUUUAUUUUCUUCUGAAAAGAUGAUGUGGACCAACAGGUAUCAGACUUGCCAACAAGGUCGGUAGACUCUUCCCAGCAUACAUCUGAGCACUGAAGGAAGAAGAAAGUUUAAAUUGUUUAAAGGACUAUAAUUAUCACACAAAAUUUAUUAAGAAAAAAAGAAUGGAUCUAGUAUAACUAAUUCUGAGUAAACCAAAAUGAUAAUAAUUAAUUGUUGCUAUUUAAUCCCACAUUUUUGGCAGGUGUAAUUGAGCCAUGGUCUUAUUUGAUUUUGUUAUGAUUGCAUCCAAAUUCACUUUAACUCAGAGUUCUGUUUAAUGGUGGUAGGAUGUAAGAAUUGAAUUUUGAAAAGACUACUCACUGUCAAAAUCUCUCCUUCCUAUAGGAAAUUUAGCUGAGUUUUCUUCAUCCCCAAUUUCUCUCUUUUCUUGUGUUGAUUCAGUAUUCUGAACUCCAUUCUCAGCUGGGAAAGCUACAGAUCCUUUUAGUGCAAGAUAAGGUUUUAUAGCCAGAUUCAGUGGCAGACCAUGAUUUAAGAAAUUAUGUUUGGAGCCUGUGUUCUGUAAAGAGAAGGUUGAUUUGGUUUUUAGCUAUCGUAUUCGGAGUGGAACUAUAAUACAAUUGUAUAAUAUUCUUGUUGAUCAAUUCAAAGUUACUCUGCACUGUUUUUGACUUUUUAAAAAUACCUUAGAUGCAAAUUUAUAGGAGAAAAAACACUUUCAGAUAAGAGGUGUUUGCUGGGAUGGAAGAACUACCUGGCAUGUAAGAAAUAUCGUCAGUCGUCCUAAUGCAUAUUGUGACUGUUUGCAUAUACUUCUGUUUAUAAAAGUAUCAGUUUUACUUUUCAGAGGAUUUGUAAGAAUCAUUUAAAUUUUCAUUGAAAUAAACGACAAGUCACAUUGCCACUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-516.01 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -559.09
Frequency: 0.0000
Diversity: 732.65
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.((.((((((.(((((..(....)..))))).((((((.(((((....))))))))))).....(((((((.....)))))))(((((((..(((.((((.......)))).))).......((((((((((((......((((((((..((..(....)..)).))))))))....))))))...(((((.....)))))))))))(((.((((...(((((((((.((.....((........))......)).))))).)))))))).)))..(((((((((((((((((((...((((((((.......((((((....(((....)))..))))))......((((.....))))...(((.((((((((((((......)))).(((((((((.((((((.((....))...)))))).((((((((.((..((((((.....)))))))).))).......((((((.(((((((((((((...((((((..(((((.((........))))))).........(((((((((.........))))))))).((((.......))))((((....)))).....((((..(((((......)))))..))))..(((((((.....((((...((((....................................))))...)))).......)))))))..))))))....)))))...))).)))))...))))))(((((....)))))......)))))....(((....))).........(((((((((................(((.((((...)))).)))((((...)))).............(((.((....)).)))(((((((((.((......)))))))))))..)))))))))(((((((.(((((((...(((((((((.((((((((....))))))))..........(((.((((..((((((((.((((((((((((((((((...))))))).)))))))))))(((((((...(((.((....)).))).)))))))))))))))...)))).))).......(((((((((((...)))))))..)))).....))))))))).......((((..((....)).)))).......(((........)))..........))))))))))))))))))))))))))))))).))))))))))).)))))))..............))))))))))))...((((....((((.......)))).....)))))))))))(((((((((((.((((((.....(((((((.(((.(.((.(((.(((((.((((((((.(((....((((((((..........((((((..((((.((((..((...((((....((((((......(((((.((((((....)))))).)))))..........(((((((((.......((((...(((((((.(((((..((...((..((((((((....(((((......(((....)))......)))))..))))))))..))..))..)))))))))))))))))))))))))....((((......)))).))))))...))))..))..)))).....))))...)))))))))).))))((((....))))..((((((((.((.((.((.((((((((((((((((..((((.((((((((((((..((((.......))))....((((((((...))))))))..)))))))).)))).))))...))))))...))))).....))))).)).)))).))))))))......((((....)))).))).)))).)))).))))).))).)).))))....(((((((((....)))))))))((((((((....))))).)))..........))))))).....)))))).)))))))).))).........((((((((.....)))).)))))))))))))))))....((((((((((((((.((.((((((.....(((((((.......))))))))))))))).)))).(((...........)))............))).)))))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,,,,.((.(((((,.({((({{({{{{|{{|||||(((((((.(((((....)))))))))))})...,,(((((.....)))))||(,,,.||}.....,,,,....}}}))),..,...{{{,{(((({(((((((..,...{(((((((.,({,.....,},,}}.)))))))),...))))))|..{{{{|,,,..|||||{||,,|((({,((({,,(((((((((.((,,,,.{{..,,,,,.}..,,...}).))))).)))}}|||.|||..{,,{{{|||||,,,{{{{{.,,|(((((|{.,,,,..,||||,.,}}|||.,.{|||,.,,||||...,,.((((.....)))}.||{|||{,,||||||||,,,}...}}},.,,,((((((.((((((.{{....}}...)))))}.}}||}}...||||||||||}}..,,..}))}}.)))}}.....,{,,,|}||||||(((((((.{,((((((..{,{,,..,.,.,}|||}||||||{{{({..{{(((,,,|||}}.}}}})})))}}}}}},{(((.......))},((((....)))).,...((((..(((((.....,)))))..))))..(((((((.....((((...((((.............{{,.......}},......,,..))))...)))).......)))))))..,,,,,,..,,))))),}})))})))))...,}}}}}(((((....}}))}..{{,..,.,,}},.,,,....,}}.............{,{(((....))))},,}},.{{{.{(({..,|}}}.}}}((({...))))....,||......,||}|||}},|||||,,,|||||||}}}{{{{{{,,,|||}||||{{|||,,,.{{(({({{..,,|||||||,{{(((({{{.((((((((....))))))))..........||{,{{((,,{,,,||||}((((((((((((((((((...))))))),,)))))))))),{{((((|||({{,{{.,{{||.|||{||,}|))})))}})},,,)}||.}|}.......(((((((((({...}))))))..)))}..,,,|||}}}}}|...,{{{{{{.{|,.{|{{{|{||.|{{|{,}..,,,|,.{{{{{{,......,,..,,,,.|||||||}|||}}}}|||||,,,,,}.,)))))}||||{|||||,|{{{{{.{{{{{{{{||,,,|||||||{{{({{{....|||{,,.,{{{||,,....})))}}}}}}}}||,|{||{|||},|||||...,,,,|||||}}||,|}||}|||.|||||}|,,.,|||.,,,....,{{,,,,,...,,,,,,.,,,,,...,,||||||,}||,||}|||},{{{((((((.,..,,{{{{(,{{{{,{,..,,}}}}|.}},}}..........,|||}}|,(((({{{{({{(,,{.((((,.....)))}.}),,.})))})))|}|.....,,,,,,.}}}|}}}}}})))})}}}})))),,}))))))))}})}}})|,,||||..|(|,.,,,,,}}}))}}}},...((((......)))).,,,,})}}))))},|||||||||{,,..|}||{{,||,|||||||||||{((((....))))}.((((((((.{{.((.((.((((({((((((((((..((((.((({((((((({..((((.......)))).,,.((((((({...}))))))),,)))))))).}))).))))...})))))..,}}})),,,..))))).)).)),,.))))))))..{,{.(({{....)))}.}}}.,,,}.||||.,,,,)})},,|...}}}},,.{((((((({....})))))))){{{{{{{{....))))).))),,,,..,,,,}}}}}))....})))))},))}})))),}}},},,}}.))}))),{{{.....,},}}),)))))))))),,,}}....((((((((((((((.((.((((((.....(((((((.......))))))))))))))).))))},............,{|,...})},.....})),})))))),})}}.,,..
Back