Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001382761.1
Sequence Length
3551 nt
GC Content
0.4114
AAGUCUACAUGAAAAGGAUGGUUUCUUGGAGCUUCCACAAACUUAAAACCAUGAAACAUCUAUUAUUGCUACUAUUGUGUGUUUUUCUAGUUAAGUCCCAAGGUGUCAACGACAAUGAGGAGGGUUUCUUCAGUGCCCGUGGUCAUCGACCCCUUGACAAGAAGAGAGAAGAGGCUCCCAGCCUGAGGCCUGCCCCACCGCCCAUCAGUGGAGGUGGCUAUCGGGCUCGUCCAGCCAAAGCAGCUGCCACUCAAAAGAAAGUAGAAAGAAAAGCCCCUGAUGCUGGAGGCUGUCUUCACGCUGACCCAGACCUGGGGGUGUUGUGUCCUACAGGAUGUCAGUUGCAAGAGGCUUUGCUACAACAGGAAAGGCCAAUCAGAAAUAGUGUUGAUGAGUUAAAUAACAAUGUGGAAGCUGUUUCCCAGACCUCCUCUUCUUCCUUUCAGUACAUGUAUUUGCUGAAAGACCUGUGGCAAAAGAGGCAGAAGCAAGUAAAAGAUAAUGAAAAUGUAGUCAAUGAGUACUCCUCAGAACUGGAAAAGCACCAAUUAUAUAUAGAUGAGACUGUGAAUAGCAAUAUCCCAACUAACCUUCGUGUGCUUCGUUCAAUCCUGGAAAACCUGAGAAGCAAAAUACAAAAGUUAGAAUCUGAUGUCUCAGCUCAAAUGGAAUAUUGUCGCACCCCAUGCACUGUCAGUUGCAAUAUUCCUGUGGUGUCUGGCAAAGAAUGUGAGGAAAUUAUCAGGAAAGGAGGUGAAACAUCUGAAAUGUAUCUCAUUCAACCUGACAGUUCUGUCAAACCGUAUAGAGUAUACUGUGACAUGAAUACAGAAAAUGGAGGAUGGACAGUGAUUCAGAACCGUCAAGACGGUAGUGUUGACUUUGGCAGGAAAUGGGAUCCAUAUAAACAGGGAUUUGGAAAUGUUGCAACCAACACAGAUGGGAAGAAUUACUGUGGCCUACCAGGUGAAUAUUGGCUUGGAAAUGAUAAAAUUAGCCAGCUUACCAGGAUGGGACCCACAGAACUUUUGAUAGAAAUGGAGGACUGGAAAGGAGACAAAGUAAAGGCUCACUAUGGAGGAUUCACUGUACAGAAUGAAGCCAACAAAUACCAGAUCUCAGUGAACAAAUACAGAGGAACAGCCGGUAAUGCCCUCAUGGAUGGAGCAUCUCAGCUGAUGGGAGAAAACAGGACCAUGACCAUUCACAACGGCAUGUUCUUCAGCACGUAUGACAGAGACAAUGACGGCUGAUACUACUGGGGUGGACAGUACACCUGGGACAUGGCAAAGCAUGGCACAGAUGAUGGUGUAGUAUGGAUGAAUUGGAAGGGGUCAUGGUACUCAAUGAGGAAGAUGAGUAUGAAGAUCAGGCCCUUCUUCCCACAGCAAUAGUCCCCAAUACGUAGAUUUUUGCUCUUCUGUAUGUGACAACAUUUUUGUACAUUAUGUUAUUGGAAUUUUCUUUCAUACAUUAUAUUCCUCUAAAACUCUCAAGCAGACGUGAGUGUGACUUUUUGAAAAAAGUAUAGGAUAAAUUACAUUAAAAUAGCACAUGAUUUUCUUUUGUUUUCUUCAUUUCUCUUGCUCACCAAGAAGUAACAAAAGUAUAGUUUUGACAGAGUUGGUGUUCAUAAUUUCAGUUCUAGUUGAUUGCGAGAAUUUUCAAAUAAGGAAGAGGGGUCUUUUAUCCUUGUCGUAGGAAAACCAUGACGGAAAGGAAAAACUGAUGUUUAAAAGUCCACUUUUAAAACUAUAUUUAUUUAUGUAGGAUCUGUCAAAGAAAACUUCCAAAAAGAUUUAUUAAUUAAACCAGACUCUGUUGCAAUAAGUUAAUGUUUUCUUGUUUUGUAAUCCACACAUUCAAUGAGUUAGGCUUUGCACUUGUAAGGAAGGAGAAGCGUUCACAACCUCAAAUAGCUAAUAAACCGGUCUUGAAUAUUUGAAGAUUUAAAAUCUGACUCUAGGACGGGCACGGUGGCUCACGACUAUAAUCCCAACACUUUGGGAGGCUGAGGCGGGCGGUCACAAGGUCAGGAGUUCAAGACCAGCCUGACCAAUAUGGUGAAACCCCAUCUCUACUAAAAAUACAAAAAUUAGCCAGGCGUGGUGGCAGGUGCCUGUAGUCCCAGCUACCUGUGAGGUGGAGAUUGCAUUGAGCCAAGAUCUCAACACUGCACUCCAGCCUGGGCAACAGCGUGAGACUCCACCUCAAAAAAAAAAAAAAAAGAAUCUGACUAUAUACCAUGGAAAAGCCACCACUCUGCCACUUAAAUAAACAUCAGGAUCAGAGAUUCCAAGAGGACAAUCUGCAUCAAGUCUUCACCAAGUGUUUUUUAAGCGAAAUAAUGAAAUAGGGAGCAGAAUAUGCCUGUUGCCCAUAGAAACGAGGUCUAUUCUUGUCCUCAAUUAGGCUUUUUUUUCUUCAUAGUUACACCAGAACUAAAGUAAAAGUGGUUUUUCUGUUCUUUCUACUUCUCCCCAUGAAAUGGGCAUAUCAUCUCAACACUUCACUCCAAGUCGCCACGGGCAACCUUAUGACCCUAGGUCCUCCACCCCUAAUGUAUCAUCAUUGCCACCCAUUUUUAUGGUACUUAUUGUUCUUAAGCUUAUCCUCUUAAUCUUUUCAUGUAAGCAAAGCUCAUUAAUUUCUGUCUUGGAAAUGCUACUACUCUCUUUAAUUACUCACCAAAUCCAACUUUAACUUUUGACCUGGUUUCUCUGCCACAAGUUCUGUCCCACUGGAGCCCAUACUCACCUACCGCUUUGCCAUCACAUUUAACAGAAAACUCUUAUCAACUUACUUCCUGCUUAACAUUAGCUCCUUCCUAUCUAUAUCCAAAUUUCUUAAAUUCAAAUUUUUUAGCUGGAGUAAAAAUGGUCCCAGUACCAUUUCCUGUUCCCUUCACUAUAACCUACAUUUUUGUCACAUUAAGUUUUUCCCCAUUCCAGGACAGGUCAGGCCCUUUAAAAAUUUCAACAGCUUUAUUGAGAUAUAAUUGAUAUAAUUUAAAAAAUCCUGCACAUGUGUCAUGCUGGAGCCCUAUUGAUUCCAACAGGGAUGGCGCCUUGUCCAAGAAGAGACCCAGAGCCAGUGAAUGGGACAUAGGGUUUAUUUAGGACUUAAAUACAGAUGUGGUCCAGUGGCAGUGGGCUGGACAGGACCGCUACUAUUUGUAAAGAGUAUGUAGUUUAUAUAACAUUUCUACUUAGCACUCUCCACUUAGCAACCUCCAUUUAACCCAAAAUAAAAGGCCUUGGUUCCUUGCACAUCCUGAGUUCCAACGGACAGGCAGGGAGUUCAAGUGUCCUUCACAGAUAAGAAGUGAAUCUCUCUGGGUUGGCCAUUCCCGGAUUCCUUAGCUUAGACUCUGAACACAUAUUCUUCUUAGACCAUACAGUCAUUCUCAGGGUAUGCUUGAGUUAAUGCUGUCGGAUGCAUCUGUCAUACAAAGUGUUUAACAUAUACGAUUUCAUGAUUUUGGAAAUAUGCAUACACCCAUGAUAUCACUGGCACAGUCAAGAUAUUAAAUAUAUCCAUCACCUCCAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-908.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -978.80
Frequency: 0.0000
Diversity: 969.90
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...............(((((.((((.(((...................))).)))))))))..((((((.(((((((.((((((((((((((......(((((.(((...(((..((((((.....)))))).........)))...))).)))))..((((((((.((...((((.(.(((((((((((.(((((((.........)))).))))))).))))))).)...)))).((((((((.((((.....................((((((.......)).)))).((((((.((((((.....((((.(((........))).))))..)))))))).))))((((((.((......)).)))))).(((((........)))))..(((....)))...)))).))))))))........)))))))))).(((((((((........)))))))))..((((..(....)..)))).................(((....(((.((...)).)))...))).))))))))))))))))))(((.(((((......))))).)))(((((((.(((.(((((.((.(((((((((..(((.....((....)))))))))))...))).)).)))))...((((....))))......))).))))))).(((.....)))......))).))))))((((((((((.(((.(((.....))).)))..)))).)))))).((((((((......((((.((.....)))))).((((((.((((((.......(((((...)))))(((((((.((((..((....((((((.((((......)))).....(((((.((....)).)))))...((((((((((((.............(((((((((((..(((((....))))).((((((((((.....((((((((((((.(((((...((((((................)))))).))))).)).))))..))))))...(((((.((((..(((.((...((...((((....((((..(((((.(..(((((((((...(((.((((..(((((((.((((.....(((....((((.........((((((((((((((((((...((((((.((.....(((((.....))))).....))...)))))).)))).))..)))).))))))))((((..((.((((((((((((((....((((((....(((((((((((.....(((((((...((((((((..(((((((...((((.((((((((((...(((((((.((((.(.(((((((..........))))))).).))))(((((((((((((...(((((.((((..(.....)..)))).)))))......((((((......((..((((..((((.((((....(((((.(((((....((((((((((((.............))).).)))))))).....)))))))))))))).))))..))))..)).....)))))).....((((((((..((((..................)))).))))))))....((.(((((((((((((.(((...))).)))))))).)))))..))(((....)))......)))))))))))))....((((((((((.((....)))))))...)))))..........((((((((....)))))))).((((((......))))))..(((.....)))...)))))))....))))))..)))).))))...)))).)))..................))))))))................((((((((((((...(((......)))..)))))(((((..(((..................)))..))))).(((((....)))))..)))))))....((((((((.((.((.((((.((....((((((....))))))((((((((.(((...((((..(((((((.(((...)))...)))))))......))))...))).))))...................)))).)))))))).))..)))))))).)))))))....)))((((((((((..(((((((((.......)))))...))))(((..(((((.....))).))))).))))))))))............(((((((...............(((((((((((........(.((((((.((((((..(((........)))..((((((............)))))).....)))))))))))).).............((((((((.......))))).)))..(((((.((((((((...(((....))).))))))))..)))))...(((((.......)))))........)))))))))))))))))).........(((((...)))))..............((((......)))).(((..(((((......)).)))..)))..))))))))....))))))))))))....((((....))))...(((.((..(((..((((((.................)))))).)))..)).))))))))))).))....))))..................))))...)))...........))))...)))))))))))..)))))))))...)))..))))))..))))...)).)).))...)).)))..)))).)))))......................(((.......)))..))))))))))...))))))))))).................((((((.((....)).).))))).)))))))))))).)))))).......))..)))).)))))))..................))))))..))))))..........(((((((........)))))))......((((((.(((((...(((.((.((.(((((((((.((((((......).))))).))((((((((.....((((.(((..((((((.(..(((.....)))..)...)))))).))).)))).....((((((((((((((.((..(((....))).)).)))))))....))))))).(((((..((((..............)))).....)))))...................(((((((........((((((((.(((((((...(((...........)))...)))))))..))))).))).(((((.........)))))......)))))))))))))))((((((((.((((...(((((......((((((((.....(((......)))......))))))))...)))))...))))..)))...))))).........((((.......))))(((.(((((....((........))......))))).)))..))))))))))).))).)))))))))))..))))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
..........,....((({(((((,.((({...,}},...........})},,,,.(((((({,,,.,..,..((((.((((((((((((((..,,,.,{{{(,(((...{||..(({(({({{{.,|,,,...}}}}|,,|||.,.))).}}}}),,{(((((((,(,.,.((((.{.(((((((((((.(((((((.,.......)))).))))))).))))))).)...)))).((((((((.((((,,....,...,,.{,,,{{..((((((.......)).)))).}}}}||,((((((.....((((.{((........))}.))))..)))))),,...,.((((({.((......)).}))))).{((({........))}})..{{,....}}}...)))).)))))))).......})))))))))).{((((((((........))))))))).{((,(..,...},}})},...,,,.,,.........|||....||,.||..,||,,,},,)))}.)))))))))))))))))).,.,,))))))).(((((((..{{(..(((({....(((((.((.(((((((((..{{{.....{{....}},}})))))}..,))).}}.)))))...({((.{{{|,||{{.....(((({||{((.{({,,,,.{{{{{{,..|}}|))),,,|(((((((((.(((.(({.....})).))}..}})}.)))))}.||{|{||..|||,.,,,,|||,,,,,)})))}.,||||,.{((((((({....(((((...})))).|))))}.}}}}.,}}.{((((((((.((,,.((((...,{,,,..(((((.((....)).)))))...|(((((((((((.............(((((((((((..(((((....))))).((((((((((.....((((((((((((.(((((...((((((......,.......,,)))))).))))).)).))))..))))))...,,((({(({({(((({((..,((..{((,(....((((..(((((.(..{((,((({..{{(((.((((..(((((((.{{{,.....,.,....{{|{.........(((((((((((({{((((...((((((.((.....(((((.....))))).....))...)))))).)))).}}..)))).))))))))((((..{{.((((((((,(((((.{{{((((((....((((((((..{...(((((((.(({(({{{{((,|{(((((((.,.((((.(((({(((((,,.(((((((.((((.(.(((((((.{........))))))).).))))(((((((((((((...(((((.((((..{.....}..)))).)))))....,,{((((({{{,.,.,,|||||}}|,{{,((({,{((({.,,.{{.|,......,.|||||,.,...{{.{{{,.,.,.,.,})))}})}{{{{{{,,,.}})))),,||||,||,,||||,,||....,},||,|{{{.,((((((((..(({{........,,.....,,,)))).))))))))...}})}.}}||||||||||}}},...}}},},||||||.||,,...)},))))},,,,..,,..))))))))))))),,,.((((((((((.((....)))))))}..})))).,},,.....{(((((((....)))))))}.((((((......))))))..(((.....))}...))))))}....)))))}..}))}.))))...))))}|||{(((((..,....,..))))}}.|||,....,,,,..,,..,|{||||,|||||}},{((|,.,{{||(((((((,{({{{..{{{......,...........}||.,}}}}}.,,,,,{{{{{...}}}))||,},.,||||{||{{,{(({(({,,,(,({....((((({....})))))(({{((((.(((...((((..(((((((.(({...}))...)))))))......))))...))).))))..,,...............}|||,|{||||||{{|,,|||}|||},}}}.|)),}}}))}{(((((((((..{(({{((((.......))))},.,))),{(({,{,{{|,....))),})))),)))))))))}.............,,{,,,....,,,......,,{{{{{{{||||,,,...|||.((((({.{(((((..{(({{{{{...|||..,,|||,..}}}}.,},..)}}}}}.....)))))}}))))).}.............(((({{(({{{{.{{|||||.},,...|.|}}{||||,|}}}}},,}))},.,.},)))}}}||||}|||..{(({{.,....|})}}},}}.,,,,}))))))))))))})}}}...}))}}}|{{{(...}}))}....,,,,.,,....|||,....,}))).{{{..,}))..,,,}})).,))))))).,))))))))....)))))),,,,,)}}..((((....))))...,,,.,|..,,,..((((((.................)))))).,,}.}))})..)))))))).}}....))))..................,,,,,,,,,,...........})))...)))))))))))..))}})),,,,}}))}..))))))..)))),.,)).)),,)},.)),)).}}))}...|||....,,,,}}},,..........(((.......)))..))))))))))...)))))))))))..,,.............((((((.({....}).)}))))).)))))))))))|,,,,||||{.,...,,{{{|,,,}}}.,,,....|,,,.......{{{{{(((((.({{{{(...,{{,,,.(({((((.....,..}})))}}....||||.,,..}}}}},...,||}|.{,,|,}}}}.,,)})))}((((.(((....))).)))).,||{|,||,(((|..,,..,|||{{,,.||{|,||,,,}}|,,.,.||||||.,,,,|}}}}},,.{{{{{{{(((((((.{{||{,,...}))).)).)))))))....}}})))}.{((({,|||{(,..,.,........}}}},..,,)))}).))},...}}.)))))))}},,,,,........,((((((((.(((((((...(((,,.........)))...)))))))..))))).)})}|{({(.......,,}}}},....,{||||,,.......))))))}))},}}))),}}}}}},}|...,,,,,{{{....}}}{{..((((.((({((((((.....))))))..}))))))).}}{{{{{||||{{{,.....((((....,,,||,,..{{{{|}},,..}))),,,}))}},.,.,.,,,)))))..))).)))))))..(((((.....)))))..,.})))))....
Back