Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001382762.1
Sequence Length
3341 nt
GC Content
0.4119
AAGUCUACAUGAAAAGGAUGGUUUCUUGGAGCUUCCACAAACUUAAAACCAUGAAACAUCUAUUAUUGCUACUAUUGUGUGUUUUUCUAGUUAAGUCCCAAGGUGUCAACGACAAUGAGGAGGGUUUCUUCAGUGCCCGUGGUCAUCGACCCCUUGACAAGAAGAGAGAAGAGGCUCCCAGCCUGAGGCCUGCCCCACCGCCCAUCAGUGGAGGUGGCUAUCGGGCUCGUCCAGCCAAAGCAGCUGCCACUCAAAAGAAAGUAGAAAGAAAAGCCCCUGAUGCUGGAGGCUGUCUUCACGCUGACCCAGACCUGGGGGUGUUGUGUCCUACAGGAUGUCAGUUGCAAGAGGCUUUGCUACAACAGGAAAGGCCAAUCAGAAAUAGUGUUGAUGAGUUAAAUAACAAUGUGGAAGCUGUUUCCCAGACCUCCUCUUCUUCCUUUCAGUACAUGUAUUUGCUGAAAGACCUGUGGCAAAAGAGGCAGAAGCAAGUAAAAGAUAAUGAAAAUGUAGUCAAUGAGUACUCCUCAGAACUGGAAAAGCACCAAUUAUAUAUAGAUGAGACUGUGAAUAGCAAUAUCCCAACUAACCUUCGUGUGCUUCGUUCAAUCCUGGAAAACCUGAGAAGCAAAAUACAAAAGUUAGAAUCUGAUGUCUCAGCUCAAAUGGAAUAUUGUCGCACCCCAUGCACUGUCAGUUGCAAUAUUCCUGUGGUGUCUGGCAAAGAAUGUGAGGAAAUUAUCAGGAAAGGAGGAGACAAAGUAAAGGCUCACUAUGGAGGAUUCACUGUACAGAAUGAAGCCAACAAAUACCAGAUCUCAGUGAACAAAUACAGAGGAACAGCCGGUAAUGCCCUCAUGGAUGGAGCAUCUCAGCUGAUGGGAGAAAACAGGACCAUGACCAUUCACAACGGCAUGUUCUUCAGCACGUAUGACAGAGACAAUGACGGCUGGUUAACAUCAGAUCCCAGAAAACAGUGUUCUAAAGAAGACGGUGGUGGAUGGUGGUAUAAUAGAUGUCAUGCAGCCAAUCCAAACGGCAGAUACUACUGGGGUGGACAGUACACCUGGGACAUGGCAAAGCAUGGCACAGAUGAUGGUGUAGUAUGGAUGAAUUGGAAGGGGUCAUGGUACUCAAUGAGGAAGAUGAGUAUGAAGAUCAGGCCCUUCUUCCCACAGCAAUAGUCCCCAAUACGUAGAUUUUUGCUCUUCUGUAUGUGACAACAUUUUUGUACAUUAUGUUAUUGGAAUUUUCUUUCAUACAUUAUAUUCCUCUAAAACUCUCAAGCAGACGUGAGUGUGACUUUUUGAAAAAAGUAUAGGAUAAAUUACAUUAAAAUAGCACAUGAUUUUCUUUUGUUUUCUUCAUUUCUCUUGCUCACCAAGAAGUAACAAAAGUAUAGUUUUGACAGAGUUGGUGUUCAUAAUUUCAGUUCUAGUUGAUUGCGAGAAUUUUCAAAUAAGGAAGAGGGGUCUUUUAUCCUUGUCGUAGGAAAACCAUGACGGAAAGGAAAAACUGAUGUUUAAAAGUCCACUUUUAAAACUAUAUUUAUUUAUGUAGGAUCUGUCAAAGAAAACUUCCAAAAAGAUUUAUUAAUUAAACCAGACUCUGUUGCAAUAAGUUAAUGUUUUCUUGUUUUGUAAUCCACACAUUCAAUGAGUUAGGCUUUGCACUUGUAAGGAAGGAGAAGCGUUCACAACCUCAAAUAGCUAAUAAACCGGUCUUGAAUAUUUGAAGAUUUAAAAUCUGACUCUAGGACGGGCACGGUGGCUCACGACUAUAAUCCCAACACUUUGGGAGGCUGAGGCGGGCGGUCACAAGGUCAGGAGUUCAAGACCAGCCUGACCAAUAUGGUGAAACCCCAUCUCUACUAAAAAUACAAAAAUUAGCCAGGCGUGGUGGCAGGUGCCUGUAGUCCCAGCUACCUGUGAGGUGGAGAUUGCAUUGAGCCAAGAUCUCAACACUGCACUCCAGCCUGGGCAACAGCGUGAGACUCCACCUCAAAAAAAAAAAAAAAAGAAUCUGACUAUAUACCAUGGAAAAGCCACCACUCUGCCACUUAAAUAAACAUCAGGAUCAGAGAUUCCAAGAGGACAAUCUGCAUCAAGUCUUCACCAAGUGUUUUUUAAGCGAAAUAAUGAAAUAGGGAGCAGAAUAUGCCUGUUGCCCAUAGAAACGAGGUCUAUUCUUGUCCUCAAUUAGGCUUUUUUUUCUUCAUAGUUACACCAGAACUAAAGUAAAAGUGGUUUUUCUGUUCUUUCUACUUCUCCCCAUGAAAUGGGCAUAUCAUCUCAACACUUCACUCCAAGUCGCCACGGGCAACCUUAUGACCCUAGGUCCUCCACCCCUAAUGUAUCAUCAUUGCCACCCAUUUUUAUGGUACUUAUUGUUCUUAAGCUUAUCCUCUUAAUCUUUUCAUGUAAGCAAAGCUCAUUAAUUUCUGUCUUGGAAAUGCUACUACUCUCUUUAAUUACUCACCAAAUCCAACUUUAACUUUUGACCUGGUUUCUCUGCCACAAGUUCUGUCCCACUGGAGCCCAUACUCACCUACCGCUUUGCCAUCACAUUUAACAGAAAACUCUUAUCAACUUACUUCCUGCUUAACAUUAGCUCCUUCCUAUCUAUAUCCAAAUUUCUUAAAUUCAAAUUUUUUAGCUGGAGUAAAAAUGGUCCCAGUACCAUUUCCUGUUCCCUUCACUAUAACCUACAUUUUUGUCACAUUAAGUUUUUCCCCAUUCCAGGACAGGUCAGGCCCUUUAAAAAUUUCAACAGCUUUAUUGAGAUAUAAUUGAUAUAAUUUAAAAAAUCCUGCACAUGUGUCAUGCUGGAGCCCUAUUGAUUCCAACAGGGAUGGCGCCUUGUCCAAGAAGAGACCCAGAGCCAGUGAAUGGGACAUAGGGUUUAUUUAGGACUUAAAUACAGAUGUGGUCCAGUGGCAGUGGGCUGGACAGGACCGCUACUAUUUGUAAAGAGUAUGUAGUUUAUAUAACAUUUCUACUUAGCACUCUCCACUUAGCAACCUCCAUUUAACCCAAAAUAAAAGGCCUUGGUUCCUUGCACAUCCUGAGUUCCAACGGACAGGCAGGGAGUUCAAGUGUCCUUCACAGAUAAGAAGUGAAUCUCUCUGGGUUGGCCAUUCCCGGAUUCCUUAGCUUAGACUCUGAACACAUAUUCUUCUUAGACCAUACAGUCAUUCUCAGGGUAUGCUUGAGUUAAUGCUGUCGGAUGCAUCUGUCAUACAAAGUGUUUAACAUAUACGAUUUCAUGAUUUUGGAAAUAUGCAUACACCCAUGAUAUCACUGGCACAGUCAAGAUAUUAAAUAUAUCCAUCACCUCCAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-842.84 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -908.62
Frequency: 0.0000
Diversity: 883.08
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((........((((.(((((...((((((((((((...(((.((((((..((((.(((((.(((.(((......)))(((((((.((((((......((((.(.(((.((.((((((.....)))))).))..))).).)))).....)))))).)))))))......((((.(.(((((((((((.(((((((.........)))).))))))).))))))).)...))))...(((((((.((.((........((((........(((((((...((((.(((((....)).)))...))))...)))))))........))))..)))).)))))))....((((((.((......)).))))))...))).))))))))).))).)))...)))...)))))))))....))).))))))))).(((((((((((........((((((((....(.(((.(......).))))...))))))))...((((((......(((.((...)).)))((((((.(.((.....(((((((............((((.(((.((.......((((....(((((.((.(((((((((..(((.....((....)))))))))))...))).)).))))).....)))))).)))))))...((((((((((.((................)).))))))))))..))))).)).....))..).)))))).))))))..))))))))))).........))))).....((((((.(((((((...(((.((..............))..))))))))))........((((((((((((((((((...((((((.((.....(((((.....))))).....))...)))))).)))).))..)))).)))))))).....((((((((((..((.(((((((..((((((.((((..(((((((.((.(((((((((.(((((.(((((((((.((((.((.......(((((((..(((.........)))........((.(((((.......))))).)).))))))).((((((((((((((((.((((((((((((.((((..((((.(((..((((((((.....((((((.(((((..(((((.........)))))....(((((.((((..(.....)..)))).))))).((((((((((((.(((((...........)))))...(((((.................)))))............((((....(((((((((((((((....))))))(((((((((...(((((((....(((((.((((..((((((((..((((..................)))).))))))))...)))).))(((((((((((.....((((.((((((((.((.....)).)))))).........(((((((((((.....))))))(((((.((....)))))))....((......))....((((((((....)))))))).((((((......))))))..(((.....)))...))))).....))...)))).....)))).))))))))))......)))))))....)))))))))...........((((.((((((((.((((.....((((..(((((((((((((.......(((((((....................)))))))(((((...)))))...(((((((((((...(((((((...((((((..((((((....))))))((..((((.(((...((((..(((((((.(((...)))...)))))))......))))...))).))))..))........(((((..((((.((((((((((((((((.(((......))).))))).((((((((((..(((((((((.......)))))...))))(((..(((((.....))).))))).)))))))))).......................((((.....))))....))))))))...))).((((((.((((((..(((........)))..((((((............)))))).....))))))))))))...............((((..((((((.(((((((.........))).)))).))))))..))))......))))..)))))....)))))).....(((((..(((((.((((((..............))))))....((((((((((((..............((((......)))).(((..(((((......)).)))..)))..........(((((......)))))...)))).)))))))))))))...)))))...((((((.................))))))..))).))))....))))))))))))))))).....)))))))..))))....)))).)).....))))))))))...((((((..((..(((.....)))..))..))))))))))))))).....)))).....))))))...))))))...........)))))))))))......((((.(((((...(((................................)))..)))))...)))).....))))))))..))).)))).)))))))))..))))))).)))))............(((........)))...((((((...((((((....((((...(((....)))......)))).....))))))....)))).)).)))))))))))((.(((......(((((....)))))))).))..((((.(((..((((((.(..(((.....)))..)...)))))).))).)))).....((((((((((((((.((..(((....))).)).)))))))....))))))).((((.((((.((....)).))))))))...)).)))).)))))).....)))...................((((((((((.(((((((...(((...........)))...)))))))..))))).).))))..((((....((((.......((((((.........)))))).......))))....)))).........))))))))))..)))).))..))))..))).....)))))))))))))))))..))..))))))))))...((((....(((((....(((((......))))))))))...))))...(((((((..((((...)))).))))))).............))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{{(({.,......{(((.(((((..,((((((((((({...,{,.{{{{{{.,{{((,(((((.{{{.{{{..,,|.|||(((((((.((({{(......((((,(.{{(,{,.(((((({...,}))))}.,}.,)}},},)}}},,,..)))))).}}}}|}|.,....((((.{.(((((((((((.(((((((.,.......)))).))))))).))))))).)...))))...(((((({,(({{{........{{,{.,,{{..{(((((,....,,||.|||},}}}}}|,|||,,{|||,.,,||}}||}.,....,|)},),)),}),))))))}....((((({.((......)).})))))..,|||.}}}})}))).))).}}}...}}}...}))))))))),,.,,,.}}}))))))|||||{{(((((,.,,....{(((((((....{.(((.(......).))))...)))))))}...{{{{{{......(((.((...)).))){{{{{{.|,||,|,,,||{{|||,,.....,,,|,|{{(,((({(....,..,{{{{....(((((.((.(((((((((..{{{.....{{....}}})})))))}..,))).)).)))))....,|}}}}}}))}}}},...((((((((((.((.......,,..,,...)).)))))))))),.}))))|||.,|..,}..},)})))}.))))}),,)))}))))))),,...,,..,}}}|.....((((((.{((((((...{{{.{{..............}}..)}}))))))}........(((((((((((({{((((...((((((.((.....(((((.....))))).....))...)))))).)))).}}..)))).)))))))),{{{{((((((((((..((.(((((((..((((((.(((({{(((((((.((.((((((({{{(((((..(((,((((((((.((((.{{....}}.)))).))),,)))}.....((({..{{{{{((((((.......)}}|{((((.(((((..((((((((((((((((.((((((((((((.((((..((((.(((..((((((((.....((((((.(((((.,(((({....,..,.}}}}},...(((((.((((..{.....)..)))).))))).{(((((((((((.,(((....}}}.....,|||{,..(((({.................}))))............{(((.{,.((((((((({(((((....}))))|(((((((((,..(((((((..,.(({{{.{(({..((((((((..((({........,,......,,)))).)))))))).,.}))}.}}(((((((((((.,...,,{,.,.{(((((.((.....)).)))))}..,......||||(({{{{|{|{{{.((((((((((.((....)))))))}..,)))).,||,....,|{((((((....))))))},.((((((......))))))|||||.,...}||...}})},....,}}}},,,.,,,...))))}}))))))))).,}...)))))))..,.))))))))),..........{{{{.((((({((.((((.....((((..(((((((((((((.......{((((((..,........,}}..}}..)}))))}(((({...}))))...(((((((((((,,.(((((({...({((,,..((((({....})))))((,,((((.(((.,.((((..(((((((.(({...}))...)))))))......))))...))).))))..}}...............}|||{{{{{{{{|((({{{{|,|||,,},,.})),)))))}{(((((((((..{(({{((((.......))))},.,))),{(({,,,{{|,....))).})))),)))))))))}.............,,,,,.....,,,,.....,,{{{{{{{||||,,,...|||.((((((.((((((..{(({{{{{...|||..{{|||,..}}},.,,,..)}}}}}.....)))))))))))).}.......,.....((((,,(({{{{.{{|||||.|,....|.|}}{||||,||}}}},,}}}}}.,.,,))))}}}|}}}||...{{{{{.,....|}}}}},||,|,||||||}}}}}}}}},}},,,,,,,,...,(((({{{|||||..............{{{{......}))).|{{..{(({{......}},}}}.,})}........,,|{{{{......}}))),,.))|||,,,,))))...|{{.{{..{{{..((((((.................)))))).}))..)).}},..}))))))))))}))))).....)))))))..))))....)))).)).....}}}}}}})),..{(((,,,..,}}}|,,.{{{{|||..,,..)))))})))))))))...}.)))},,...})))))...)))))}...........})))))))))),,,...{{{{.(((((...{{{..........,,{,....,,,,,.........}))..)))))...}})).....))))))))..))).)))).)))))))))..))))))}.)))))............,{{........))}..,({((((...{((({{.{{,((((...,,,..},))),,....}}}}.....}))))}....)))).}}.)))))))))))((((((((.(((....))).)))).{((((.(((((((,......{.((((..((((.{,...|{{{({{{.,,{,(({{{{{...,)))))}...,)))}}}))).))))..)))))))))))))..))))}({{..{(,..(((((.,{{((,.............}})),....))))).}),.}}}....))))...(((((((.......,((((((((.(((((((...(((,,.........)))...)))))))..))))).)})}|(({(.......,.)}}},......))))))))))))))))))...})}}}}..}}}..))))..},}....))))))))))..)))).))..))))..))).,,.}}))))))))))))))))..))..))))))))))...||||,...,,,,,..,,({((({{....||}},,,}},,,.,,,..,}}}|,|}},|{({|.}}))),.(((((.....))))).....)))))}...
Back