Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001382806.1
Sequence Length
3519 nt
GC Content
0.6013
CCCCUCCAUUGGGACCGGAGAAACCAGGGGAGCCCCCCGGGCAGCCGCGCGCCCCUUCCCACGGGGCCCUUUACUGCGCCGCGCGCCCGGCCCCCACCCCUCGCAGCACCCCGCGCCCCGCGCCCUCCCAGCCGGGUCCAGCCGGAGCCAUGGGGCCGGAGCCGCAGUGAGCACCAUGGAGCUGGCGGCCUUGUGCCGCUGGGGGCUCCUCCUCGCCCUCUUGCCCCCCGGAGCCGCGAGCACCCAAGUGUGCACCGGCACAGACAUGAAGCUGCGGCUCCCUGCCAGUCCCGAGACCCACCUGGACAUGCUCCGCCACCUCUACCAGGGCUGCCAGGUGGUGCAGGGAAACCUGGAACUCACCUACCUGCCCACCAAUGCCAGCCUGUCCUUCCUGCAGGAUAUCCAGGAGGUGCAGGGCUACGUGCUCAUCGCUCACAACCAAGUGAGGCAGGUCCCACUGCAGAGGCUGCGGAUUGUGCGAGGCACCCAGCUCUUUGAGGACAACUAUGCCCUGGCCGUGCUAGACAAUGGAGACCCGCUGAACAAUACCACCCCUGUCACAGGGGCCUCCCCAGGAGGCCUGCGGGAGCUGCAGCUUCGAAGCCUCACAGAGAUCUUGAAAGGAGGGGUCUUGAUCCAGCGGAACCCCCAGCUCUGCUACCAGGACACGAUUUUGUGGAAGGACAUCUUCCACAAGAACAACCAGCUGGCUCUCACACUGAUAGACACCAACCGCUCUCGGGCCUGCCACCCCUGUUCUCCGAUGUGUAAGGGCUCCCGCUGCUGGGGAGAGAGUUCUGAGGAUUGUCAGAGCCUGACGCGCACUGUCUGUGCCGGUGGCUGUGCCCGCUGCAAGGGGCCACUGCCCACUGACUGCUGCCAUGAGCAGUGUGCUGCCGGCUGCACGGGCCCCAAGCACUCUGACUGCCUGGCCUGCCUCCACUUCAACCACAGUGGCAUCUGUGAGCUGCACUGCCCAGCCCUGGUCACCUACAACACAGACACGUUUGAGUCCAUGCCCAAUCCCGAGGGCCGGUAUACAUUCGGCGCCAGCUGUGUGACUGCCUGUCCCUACAACUACCUUUCUACGGACGUGGGAUCCUGCACCCUCGUCUGCCCCCUGCACAACCAAGAGGUGACAGCAGAGGAUGGAACACAGCGGUGUGAGAAGUGCAGCAAGCCCUGUGCCCGAGUGUGCUAUGGUCUGGGCAUGGAGCACUUGCGAGAGGUGAGGGCAGUUACCAGUGCCAAUAUCCAGGAGUUUGCUGGCUGCAAGAAGAUCUUUGGGAGCCUGGCAUUUCUGCCGGAGAGCUUUGAUGGGGACCCAGCCUCCAACACUGCCCCGCUCCAGCCAGAGCAGCUCCAAGUGUUUGAGACUCUGGAAGAGAUCACAGUGUUGAGGGAAAACACAUCCCCCAAAGCCAACAAAGAAAUCUUAGACGAAGCAUACGUGAUGGCUGGUGUGGGCUCCCCAUAUGUCUCCCGCCUUCUGGGCAUCUGCCUGACAUCCACGGUGCAGCUGGUGACACAGCUUAUGCCCUAUGGCUGCCUCUUAGACCAUGUCCGGGAAAACCGCGGACGCCUGGGCUCCCAGGACCUGCUGAACUGGUGUAUGCAGAUUGCCAAGGGGAUGAGCUACCUGGAGGAUGUGCGGCUCGUACACAGGGACUUGGCCGCUCGGAACGUGCUGGUCAAGAGUCCCAACCAUGUCAAAAUUACAGACUUCGGGCUGGCUCGGCUGCUGGACAUUGACGAGACAGAGUACCAUGCAGAUGGGGGCAAGGUGCCCAUCAAGUGGAUGGCGCUGGAGUCCAUUCUCCGCCGGCGGUUCACCCACCAGAGUGAUGUGUGGAGUUAUGGUGUGACUGUGUGGGAGCUGAUGACUUUUGGGGCCAAACCUUACGAUGGGAUCCCAGCCCGGGAGAUCCCUGACCUGCUGGAAAAGGGGGAGCGGCUGCCCCAGCCCCCCAUCUGCACCAUUGAUGUCUACAUGAUCAUGGUCAAAUGUUGGAUGAUUGACUCUGAAUGUCGGCCAAGAUUCCGGGAGUUGGUGUCUGAAUUCUCCCGCAUGGCCAGGGACCCCCAGCGCUUUGUGGUCAUCCAGAAUGAGGACUUGGGCCCAGCCAGUCCCUUGGACAGCACCUUCUACCGCUCACUGCUGGAGGACGAUGACAUGGGGGACCUGGUGGAUGCUGAGGAGUAUCUGGUACCCCAGCAGGGCUUCUUCUGUCCAGACCCUGCCCCGGGCGCUGGGGGCAUGGUCCACCACAGGCACCGCAGCUCAUCUACCAGGAGUGGCGGUGGGGACCUGACACUAGGGCUGGAGCCCUCUGAAGAGGAGGCCCCCAGGUCUCCACUGGCACCCUCCGAAGGGGCUGGCUCCGAUGUAUUUGAUGGUGACCUGGGAAUGGGGGCAGCCAAGGGGCUGCAAAGCCUCCCCACACAUGACCCCAGCCCUCUACAGCGGUACAGUGAGGACCCCACAGUACCCCUGCCCUCUGAGACUGAUGGCUACGUUGCCCCCCUGACCUGCAGCCCCCAGCCUGAAUAUGUGAACCAGCCAGAUGUUCGGCCCCAGCCCCCUUCGCCCCGAGAGGGCCCUCUGCCUGCUGCCCGACCUGCUGGUGCCACUCUGGAAAGGCCCAAGACUCUCUCCCCAGGGAAGAAUGGGGUCGUCAAAGACGUUUUUGCCUUUGGGGGUGCCGUGGAGAACCCCGAGUACUUGACACCCCAGGGAGGAGCUGCCCCUCAGCCCCACCCUCCUCCUGCCUUCAGCCCAGCCUUCGACAACCUCUAUUACUGGGACCAGGACCCACCAGAGCGGGGGGCUCCACCCAGCACCUUCAAAGGGACACCUACGGCAGAGAACCCAGAGUACCUGGGUCUGGACGUGCCAGUGUGAACCAGAAGGCCAAGUCCGCAGAAGCCCUGAUGUGUCCUCAGGGAGCAGGGAAGGCCUGACUUCUGCUGGCAUCAAGAGGUGGGAGGGCCCUCCGACCACUUCCAGGGGAACCUGCCAUGCCAGGAACCUGUCCUAAGGAACCUUCCUUCCUGCUUGAGUUCCCAGAUGGCUGGAAGGGGUCCAGCCUCGUUGGAAGAGGAACAGCACUGGGGAGUCUUUGUGGAUUCUGAGGCCCUGCCCAAUGAGACUCUAGGGUCCAGUGGAUGCCACAGCCCAGCUUGGCCCUUUCCUUCCAGAUCCUGGGUACUGAAAGCCUUAGGGAAGCUGGCCUGAGAGGGGAAGCGGCCCUAAGGGAGUGUCUAAGAACAAAAGCGACCCAUUCAGAGACUGUCCCUGAAACCUAGUACUGCCCCCCAUGAGGAAGGAACAGCAAUGGUGUCAGUAUCCAGGCUUUGUACAGAGUGCUUUUCUGUUUAGUUUUUACUUUUUUUGUUUUGUUUUUUUAAAGAUGAAAUAAAGACCCAGGGGGAGAAUGGGUGUUGUAUGGGGAGGCAAGUGUGGGGGGUCCUUCUCCACACCCACUUUGUCCAUUUGCAAAUAUAUUUUGGAAAACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1475.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1532.21
Frequency: 0.0000
Diversity: 784.80
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((......)))...(((.(((...((((.(((....((((.((.(((((((((.......)))))........)))).))..))))))))))).((((..(((((((((.((((...)))).(((((..(((((((..(((((..(((((((((....)))((.....)).))))))..))))).(((((((((.((.((((((........))))))..)).....((((((((.(((.......(((((....)))))........)))))))))))..((..((((.(........).))))..))(((((..(((((.....(((((.(((((((.(((((...................))))))))))..)).)))))(((.(((((((.........))))))).)))((((.....))))....(((((......)))))((((......)))))))))..)))))..))))))))).(((.((((((((((((((.((((...(((((...)))))...))))....(((((((.(((.(((.((((((...))))))(((((.(((((...(((.(((.(((..........)))))).)))...)))))...)))))))).))).).))))))........(((((((.....((((....(((((((((((.....)))))))))))....((..((((...((((((((.(((((.(((...(((((.((((((((((((((.(((((((..........(((....))).((((((((((((((.((.((((.(((((.((..((.((((((.....))))(((((((.((((((........))).))).).))))))((((((......))))))(((((...((((.....))))...))))).......((((((.((((((.((((((...(((((......))))).(((.((.(((((((((.(((.(((((....(((((...((..(((..((..((((........)))).))..).))..))(((((.((((((((((.....)))..................((((((.(((........))).))))))((((((((...(((....)))....)))).))..)).)))))))))))).......((.....)).)))))....)).)))))).)).))))))))).)))........)))))).))))))...)))).))......(((((((..((((((((.(((((...))))..).)))).)))).....((.(((((......((((((((((((((..((((((((.....(((...((((((...(((.........))).))))))..)))....)))))))).((((.......))))....(((((.((.......(((.....)))......)).)))))))).)))).)))))))...))))).))))))))))).)).))))))))))).(((.(((((.(((.....(((((((.((((.((((...(((.((.((((.(((((((....)).))))).(((((....)))))...........)))).)).).))...)))))))).)))))))....(((((.((((((...))))))..(((((((((((((.((...)).)).)))))..)))))).............(((((...((((((((((...(((((((((((.(((......))).)).)))..(((..((((((((.(((.((((((.((((((.((((.((((......))))))..)).))))))....(((((.(...(((((((...(((.((.(.((((((((.(((..........(((......)))......((((((((......)).))))))...(((.((.....)).))))))(((((((((.....((((....(((((((((....(((((..(((.((((((...........)))))).))).....(((((.(....((((((..............))))))).))))).(((.(((..((..(((..(((....)))....)))..)).))))))((((((((((((((.(((((...............)))))..((..(((((..((.((..((((.(((.(((((.((.((((...)))))))))))((((.......)))).((((.((((((........)))))).))))..)))))))..)).))..)))))..))(((.(((.(((((((((((((......(((((.....((((....)))).))))).))))))))))))).)))))))).))))))))))))...))))).)))))))))...))))....)))))))))..((((((....))))))))))))))).)).)))...)))))))(((((((.(((.......))).)))))...))))))))....)))))).))).)))))))))))....)))))).))))))))))..)))))....(((........)))....((((.(((......))).)))))))))))).))))))))(((....)))(((..........))).)).)))))))))))))))).))))))))))((((...))))....(.(((((((((((((.((((((..(((((...............((((.((.((((.....)))).)).))))..(((((.......(((((.....((.....)).....)))))..)))))..........)))))..))))))...))))))))))))).).......))))).)..))))))))...)))))))).......)))))))).))))..))....)))))))).))).......)))))))))))))).)))((((((((.....(((((((((((.(((((((..((.....))..)))))))((((....)))).......(((..(((......)))..)))((((((((((((.(((.(((((.(((..((((((((((.(((((((((((...(((....((.((..(((((((....))))))).)))))))..))))))))......((((...((((...)))).)))).))).))))))))))..)))....))))).)))..))))((((((........)))))).((((..((((..((((((((..((((..(((.............)))..))))..)))))......)))..)))).))))...)))))))).......)))))))))))..))))))))..((((((.....))))))..(((....)))...(((((((((((((....)))))))))))))))))).)))))))...)))))))))..)))).((...(((((((((.....)))))))))))..))).))).(((.((((.....)))).)))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((......)))...(((,({,...((((.{({,,,{((((.((.(((((((((.......)))))........)))).))..))))))}}}}}.((((..(((((((((.((((...)))).(((((..(((((((..{{(((,.(({((((((,,..||}{{.,{..}|.}||}||,,||||}.(((((((((.{{.((((((........,,,,,,..))}}}}.((((((((.(((.......(((((....))))).....,..)))))))))))..((..((((.{.,......).))))..))(((((..(((((....{(((((.{{(((((.(((((......,{,....,.,,..))))))))))..}).)))))|((.(((((((.,.....,.))))))).))}{{{|....,))}}...,(((((......))))){({{......)))))))))..)))))..))))))))).(((.((((((((((((({.{,,{...(((((...)))))....|||.,..((((((,.(((.(((.((((((...))))))(((((.(((((..,(((.(((.(((.{......}.}))))).))).,.)))))...)))))))).})).},})))))....,||,{((((((..,,.((((..,.(((((((((((,...,))))))))))).,..((..((((...((((((((.(((((.(((...(((((.((((((((({((((.(((((((..........(({...,})}.((((((((((((((.((,((...((((({{,.,,,,||((((.....))))(((((((.((((((........)))}})).)}))))))((((((......))))))((({(,,,((((,,,,,||||,,,||}}}|}|}}},||||(((((,,,,,,,......,((,(({{{{..,||||{((((((((,(((((((({,,{(((((....,.,,,...,{{,,|.,(((((((((,.......|(((((,..{((((((((((((.((((((({{(..,,,}|}..................((((((.(((........))).)))))).{(,((((...(((....)))....)))).))..)}.))))))))))),.....{{{{{{...,,.))))))})))))))),,,}))))))))))))))||....)}}.})))))})))),|{{{{{|||||.....,{({({{{..,((,{{{{.{|{{,...,,))}}),}))),||||....})}}(((((.,....((((((((((((((..((((((((.....(((...((((((...(((.{,....},))).))))))..)))....)))))))).((((.......))))....(((((.((.......(({.....)}}......)).)))))))).)))).)))))))..,))))).|||}}}}}|||....|||||........}))))))))))))}),,(((((((.((((.((((...(((.((.((((,((((({(....}).)))))}(((((....)))))...........)))).)).).))...)))))))).)))))))..,}}}.),}.||}}}}}})}}}}}..(((((((((((((.((...)).)).))))).,))))))......,......(((((...((((((((((...(((((({((((.(((......))).)).)))..(((..((((((((.(((.((((((.((((((.(((,{((((......))))),,.)).))))))....(((((.{...{((((((...(((.((.(.((((((((.{{,.........{((({.....))}|,....((((((((......)).))))))...(((.((.....)).))),,,(((((((((.....((((....(((((((((,,,,.{{{{,,(((,{(((({,{,,,,,,,.,}}|||}.}}}.,}}}(((((.{....((((((..,{{......},.))))))}.))))).(((.{((,.((..((({.(((....))).}..))),.)).))))))(((((((((((((({{{(..{{,,(((((((.{{{{.{{|{.{{..(((((..((.((..((((((((.(((((.((.((((...)))))))))))((((.......)))).((((.((((((........)))))).)))),,)))))))..)).))..))))),.))}|,}|||}||||||||,,|||.....{((((....}}|||,...,|,||{||||,.,,))))))),)}},},}}}))),})))))))))))..,))}},.)))))))))...))))....)))))))))..((((((....))))))))))))))).)).)))...))))))}{,(((((.(((.{....,))).))))).,..,,)))))....)))))).))).))))))))))).,,.)))))).))))))))))..)))))((((({{((..({{{(({..((((,,..,,,({{{..,,.)))}.....}.,})}}),)}))))))))))))))))),)))..))})))).))))))))))))))))},))))))))}((((...))))....{.(((((((((((((.((((((..(((((......,,.......((((.((.((((.....)))).)).))))..{((((......,(((((.....((.....)).....))))).,))))}.......,..)))))..))))))...))))))))))))).}.......))))).)..))))))))...)))))))).......)))))))).))))..))....}}}}}|}},.))..,,..})))))))))))))).))){(((((((.....(((((((((({.(((((((..((,...}))..)))))))((((....}}}|......,|||..|||,,,,..}))..,,|((((((((((((.(((.(((((,(((..((((((((((.(((((((((((...(((....((.((.{(((((((....))))))).)))))))..))))))))......((((...((((...)))).)))).))).))))))))))..))}..,,})))).))).|}}))((((((........)))))).((((..((((..((((((((..((((..(((.............)))..))))..)))))......)))..)))).))))...)))))))),......})))))))))),.)))))))),.((((((.....))))))..{({....})}...(((((((((((((....)))))))))))))))))).)})))))...)))))))))..)))).||,..({((((((|,...})))))}}})}}..}}},}}}.{((.((((.....)))).))}...
Back