Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001382809.1
Sequence Length
1286 nt
GC Content
0.5529
GAGCAUGUUGGCCUGGUCCUUUGCUAGGUACUGUAGAGCAGGUGAGAGAGUGAGGGGGAAGGACUCCAAAUUAGACCAGUUCUUAGCCAUGAAGCAGAGACUCUGAAGCCAGACUACCUGGGUCCCAAUCUUGGGCUUGGUAUUUCCUCGCUGUGUGACUCUGGAUGGAGGCUCGCUCUGUUGCCAGGCUGGAGUACAGCGAUCUCGGCUCACUGCAACCUCUGCCUCCCGGGUUCAAGUGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCAAGUAGCUGGGACUACAGACUGCGCCAUGGGGCUCAGCGACGGGGAAUGGCAGUUGGUGCUGAACGUCUGGGGGAAGGUGGAGGCUGACAUCCCAGGCCAUGGGCAGGAAGUCCUCAUCAGGCUCUUUAAGGGUCACCCAGAGACUCUGGAGAAGUUUGACAAGUUCAAGCACCUGAAGUCAGAGGACGAGAUGAAGGCGUCUGAGGACUUAAAGAAGCAUGGUGCCACCGUGCUCACCGCCCUGGGUGGCAUCCUUAAGAAGAAGGGGCAUCAUGAGGCAGAGAUUAAGCCCCUGGCACAGUCGCAUGCCACCAAGCACAAGAUCCCCGUGAAGUACCUGGAGUUCAUCUCGGAAUGCAUCAUCCAGGUUCUGCAGAGCAAGCAUCCCGGGGACUUUGGUGCUGAUGCCCAGGGGGCCAUGAACAAGGCCCUGGAGCUGUUCCGGAAGGACAUGGCCUCCAACUACAAGGAGCUGGGCUUCCAGGGCUAGGCCCCUGCCGCUCCCACCCCCACCCAUCUGGGCCCCGGGUUCAAGAGAGAGCGGGGUCUGAUCUCGUGUAGCCAUAUAGAGUUUGCUUCUGAGUGUCUGCUUUGUUUAGUAGAGGUGGGCAGGAGGAGCUGAGGGGCUGGGGCUGGGGUGUUGAAGUUGGCUUUGCAUGCCCAGCGAUGCGCCUCCCUGUGGGAUGUCAUCACCCUGGGAACCGGGAGUGGCCCUUGGCUCACUGUGUUCUGCAUGGUUUGGAUCUGAAUUAAUUGUCCUUUCUUCUAAAUCCCAACCGAACUUCUUCCAACCUCCAAACUGGCUGUAACCCCAAAUCCAAGCCAUUAACUACACCUGACAGUAGCAAUUGUCUGAUUAAUCACUGGCCCCUUGAAGACAGCAGAAUGUCCCUUUGCAAUGAGGAGGAGAUCUGGGCUGGGCGGGCCAGCUGGGGAAGCAUUUGACUAUCUGGAACUUGUGUGUGCCUCCUCAGGUAUGGCAGUGACUCACCUGGUUUUAAUAAAACAACCUGCAACAUCUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-493.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -518.99
Frequency: 0.0000
Diversity: 321.44
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.(((((((((((((.....))))))).....(((.((((((((..(.((((((((((((((....((((((..(((.(((.((((((...((((((((..(((.(((((.((((((.(((((((((((((.(((((((........((.((((((((.((...((.((((..(((((((((((((.((.(((..(((.......))).))).)).))).((((.((((((.....((.(((((((..(((.((((((....(((((((......))).)))).....)))))).)).)..))))))).))....((((((((((((((((((...(((....)))....))))))))...((((.....))))...((((((((((((.(((((.......)))))))))).)))))))...)))).))))))..(((((...(((((.........)))))...))))).....((((((((...))))))))......)))))).)))).((((......)))))))).......))))))....))))))...)).)))))))))).))))))).))))))(((((.((.(((((((((((((......))))......)))))))..(((...))).)).)).))))).....((((.((((((((((((((((((......((((((((((((((((((((.((......)))))........)))))..))).))))))))).(((((((.(.(((((..(.((((((.(((.((((((((..(((....)))..)))))))))))((((.(.(((.(........).))).)))))..((((((......))))))))))))..)..))))).))))))))...((((((((((.((((....)))))))).)))))).))).))))))...)))).))))).)))).)))).))).)).))))...))))))))..)).)))))))))))).))).)))..)))))))))))))))))).................................(((((...............)))))............((((((....))))))(((....)))((((((((((..((....((((.(.(((((((.....)))).))).)))))..))))).)))))))(((((((.((((...((............))..)))).)))))))......)).)..)))))))).)))...............))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((.(((((((((((((.....)))))))..,.,{((,((((((((.{(.,,((((((((((((....((((((..(((.(((.((((((...((((((((..((,{(((((.{(((({{(({((((.,,,||}|||||||,.....{((({(({{,{((((((,{((,({{...|,||}},.)))|{|||,,}}}))))}|.,,,{{(,{{,{||..(((((((({((((((({{..((.(((((((,{(((.((((((....(((((((......))).)))).....)))))).)).)..))))))).)).,,.,,{|||||||,{||||||,.,|||}}}}),|{{{{|||||}||{,.((((.,,,{||||{{.(((((((((({.{(((((.......))))))))))}.||||||...,}))}})),))}}|,(((...{|||,,{{{,....)))))}}})))))...{.{(((((((...))))))))}.}}}})).}})}))),,((({......})))||||{{.,,.|{|{},||||..{{{.,.)))..)))),}.)))),}}}|||{||||}((((((.((.(,((((((((,,({{....},))}.....))))))).}|((...,,..)).)).)))))).,,,{|||}|||||||(((((((((((......(((((((((((((((((((.,((.....,)))))........)))))..))),})))))))).(((((((.(.(((((,.{.((((((.{((.((((((((..(((....)))..)))))))))}}((({.(,({{.{,.,,,,}.,.}}}.}}))),.((((((......))))))))))))..)}.))))).))))))))...((((((((({.{(((....)))})))).)))))).))).))),))))}})))}))))).}}}|{|||},.))})),)))),,.))))))))..)).)))))))))))).))).)))..))))))))))))))))))...}}......{,.....,,}...,..,,,.,.(((((...............)))))............((((((....)))))),|,....,,,(((((((((,..,{.{,,(((,,(.(((((((.....)))).))).))))}.}))))).)))))))(((((((.((((...((............))..)))).)))))))}}.)))}),}..)))))))),))},.......,......))))))))).
Back