Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001382811.1
Sequence Length
1243 nt
GC Content
0.5438
AGAAGGAGGAGGAAGAGAGUAGUGAAGAUCGUGGGGAGUCCUGGCUUUGAGGAGCCAGAGUUCUCCUUCUUGCCACAUCUUUGAUCUCCCUUGGUGGUGUCUUAAGCCCAGAUUUACCAAAGGGAAUUGUCAGCUGUCCAAGGGCUAGCAAAUUCCUAGGUCACCUAGAUUGGAUUUUCUGACCAUAAAAACUGUGGGCCAGGUGCACAGCUGCCUGAGGGGCUCAAACCUGUGCAGACUGCGCCAUGGGGCUCAGCGACGGGGAAUGGCAGUUGGUGCUGAACGUCUGGGGGAAGGUGGAGGCUGACAUCCCAGGCCAUGGGCAGGAAGUCCUCAUCAGGCUCUUUAAGGGUCACCCAGAGACUCUGGAGAAGUUUGACAAGUUCAAGCACCUGAAGUCAGAGGACGAGAUGAAGGCGUCUGAGGACUUAAAGAAGCAUGGUGCCACCGUGCUCACCGCCCUGGGUGGCAUCCUUAAGAAGAAGGGGCAUCAUGAGGCAGAGAUUAAGCCCCUGGCACAGUCGCAUGCCACCAAGCACAAGAUCCCCGUGAAGUACCUGGAGUUCAUCUCGGAAUGCAUCAUCCAGGUUCUGCAGAGCAAGCAUCCCGGGGACUUUGGUGCUGAUGCCCAGGGGGCCAUGAACAAGGCCCUGGAGCUGUUCCGGAAGGACAUGGCCUCCAACUACAAGGAGCUGGGCUUCCAGGGCUAGGCCCCUGCCGCUCCCACCCCCACCCAUCUGGGCCCCGGGUUCAAGAGAGAGCGGGGUCUGAUCUCGUGUAGCCAUAUAGAGUUUGCUUCUGAGUGUCUGCUUUGUUUAGUAGAGGUGGGCAGGAGGAGCUGAGGGGCUGGGGCUGGGGUGUUGAAGUUGGCUUUGCAUGCCCAGCGAUGCGCCUCCCUGUGGGAUGUCAUCACCCUGGGAACCGGGAGUGGCCCUUGGCUCACUGUGUUCUGCAUGGUUUGGAUCUGAAUUAAUUGUCCUUUCUUCUAAAUCCCAACCGAACUUCUUCCAACCUCCAAACUGGCUGUAACCCCAAAUCCAAGCCAUUAACUACACCUGACAGUAGCAAUUGUCUGAUUAAUCACUGGCCCCUUGAAGACAGCAGAAUGUCCCUUUGCAAUGAGGAGGAGAUCUGGGCUGGGCGGGCCAGCUGGGGAAGCAUUUGACUAUCUGGAACUUGUGUGUGCCUCCUCAGGUAUGGCAGUGACUCACCUGGUUUUAAUAAAACAACCUGCAACAUCUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-473.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -498.38
Frequency: 0.0000
Diversity: 377.12
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.(..(.((((((.(((....((((((.((((((((.((((((((....))))))).)..))))......))))))))))...))).)))(((((.(((...((((((((((..(((((((((....((.((((((((((((((((...((((((..(((.((......))....((((.(((((.....)))))..))))(((((((..((((...))))......)))))))..(((.(((....))).))).))).))))))((((((((.(((((...((.((((((..((.(((((.((((((((((.(((((((((.((((((((((.(((((.((((((.(((((.......))))))))))).((((((.....)))))).))))).(((....))).(((((....))))))))))))).....((((((((...))))))))..))))))...)))))..((((......))))((((((....((((..((((..(((...)))..))))...))))....((((((((.((((((.((.(((((((((((((......))))......)))))))..(((...))).)).)).)))))))))..)))))))))))(((((((((((......((((((((((((((((((((.((......)))))........)))))..))).))))))))).(((((((.(.(((((..(.((((((.(((.((((((((..(((....)))..)))))))))))((((.(.(((.(........).))).)))))..((((((......))))))))))))..)..))))).))))))))...((((((((((.((((....)))))))).)))))).))).))).)))))))))))))))....(((((...)))))(((((((...))).))))((((...))))((((.((((..(((..((......))..)))...)))).))))...))))).))..)))))).))(((((...............)))))..............))))).))))))))(((....))))))).))))))..)))))).))...)))))))).........)..))))))))))..((..((((.(((((((.((((...((............))..)))).)))))))...)))).))))))))))..(((((...)))))..))).)..).)))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,,((.(((((.((((((,.{{{((((,.{,((((((.{(((((((....))))))).}}})))).}}}}.)})),)))))..))))}))}(((((,(((,..(((((((((((.(((((((((....((.((((((((((((((((.......(((((...))))).,{((({{{,{{{.(((((.....))))).,||||(((((((,,(({{..,|}}).....,)))})))|.|||.|||..,,}}}.}}},...((((..,,(((((((((,,{(,..((.((((((,,({{{(,{{,((,{{|{{||}{|{,,((((.{{((((((((.((((({(((({.{(((((.......))))))))))}.||||||.....)))))).})}}}.(((....)}}.{((((....)))))))))))))...{.{(((((((...})))))))}.}}))}}..})))}},.||{,.,{{{{{{|(((((,,.,,.{{(({.{{((..(((...}||..}}}}...))))....{{(((,((,((((((.({,(.(((((((({,({{....,,))}.....))))))).}|((,,,||,.}}.}|,|))))},}},,|}}}}||||||((((((((({{......((((((((((((((((({{..||,...,,)})))........))))),.)))}})))))))).(((((((.(.(((((,.{.((((((.{((.((((((((..(((....)))..)))))))))}}((({.(,({{.{,.,,,,}.,.}}}.}}))),.((((((......))))))))))))..}}.))))).))))))))...((((((((({.{(((....)))})))).)))))).}}).))),))}},,))))))))).},}|{{||...))))){((((((...))).))))|}}}}},))}}||||,||||}}|,,..|..,}}}}))}})))}..,}}}.},)),..)))))}))},),))},.)))}))))}..)))),}})))}),,,.............((((((....)))))),|,....,,,)))))))))))..)))))).))...)))))))).........},)))))))))))}}||..((((.(((((((.((((...((............))..)))).)))))))...)))).,.}})})))).{((({,....,,},,,)),.,..,.,,,..
Back