Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001384132.1
Sequence Length
1510 nt
GC Content
0.4245
AUAGUGCAUUGGUCUGAGCUCCUGGCAGAUCCUGUGUAAUCUUCAGCCUCCCUGAAGCUUUACAGCCAGGAGUGAGAUUUUAUCACAUGAACUUUAAAAGAGUAAAGCCAAAUAUCUUUUUAUUAAACCAGAGUAGAUUAAUUAUCAGUAUAUGUGAAAUCAUGUCCACUGAUCAAGGCAGCAGUACCUGUCCAAAGAUCGCUUUAGUUCCACCUUGCUCCACAAGCAGCACAACCACACUGGUUGGUGAGAAUGUAUCUGAAGAAGAGGCUCAGGGAAUAAAUGGGAACAGGCCAGCAAAACACUCAGCUGCAAGUCCAAAGCCACAAGUGCCUCCAAAGCCAUUACACCUGCAGAAUUCACCUUCGUCCAAUAUACACCAAACCCCCAGGCAUAAAGCUUUACCUAGUGCAAAACCAAGGAUGGAGGAAAUUAAACCUGCCUCUGCUUCUUGUGUCUCAAAAGAAAAACCCAGUAAGGUAUCAGAUCUCAUCAGUCGCUUUGAAGGAGGCAGCUCAUUAUCAAAUUAUAGUGAUUUGAAGAAAGAGUCUGCUGUGAACCUAAAUGCUCCUAGAACCCCAGGAAGGCAUGGAUUGACAACCACACCUCAACAAAAACUCCUCUCCCAGCACUUGCCACAGAGGCAGGGAAAUGAUACAGAUAAGACUCAGGGUGCACAGACUUGUGUGGCCAACGGUGUAAUGGCAGCACAAAACCAGAUGGAAUGUGAGGAGGAGAAAGCUGCCACUCUUAGCUCAGAUACUUCUAUUCAAGCUUCUGAACCCUUGCUUGAUACGCACAUAGUGAAUGGAGAAAGAGAUGAAACUGCCACAGCUCCUGCAUCACCCACAACAGACAGCUGUGAUGGAAAUGCUUCUGACAGUAGCUACAGGACUCCAGGCAUAGGCCCAGUGCUCCCCCUAGAAGAAAGAGGGGCAGAAACAGAAACCAAGGUACAAGAGAGGGAAAAUGGGGAAAGCCCUCUGGAACUGGAGCAGCUGGACCAGCACCAUGAGAUGAAGGUAGAGCAUGAGACUAGCUCAUGAGCAGGGAAAACCCUGCCUAUUCGAUUGUUGUCUUAAAACUCUUUAUUUAUUGCACCCCUGAAAUGUAUGAAUCAGAUCACCCACACUGGCAGUUAAACGAUUUUCAAGCUCUGGCUGCUGAUUAGCAUUUCCCCUAUGCUCUAAGCAGAUAUUUCACUUUUUCUUUUCAUGUAGUUUCUGUUAAUAUCUCUGUUGUAAUUUCAGGAGUCAGAACAGUGUGGAAACUUUAAUAUAGGAAAUCCACAAAUGUAUUGUUUUUACAUAGAAAGAAAAUGUUCCUUGUUGCUCUAGAUGUUGGUGCUGUAUCCCUAAUACUUACGGGCCAAGCAAGAAGAAAUUGUAUAAUCUUUGUUGUUCAGAAGUUUCUAAUAGAAUAAAUAGGCCUGUAAGAUGAACUUGCCACUAGUAAAUGUUACUUUUAAGGACAUGAAUAUGGAAGUAUUAAAUUAUUCAACAGAUUAUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-397.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -425.11
Frequency: 0.0000
Diversity: 390.91
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((...(((((..(((((((((........(((((.((((((.....))))))..)))))))))))))).)))))...(((((((.(((..((((((.............))))))...............(((.....)))))).)))))))..((((((((..(((((..(((((......)))))....))))).....(((((((((((((.....)))))...(((((...))))))))).))))((((((((..(((((.((((.........))))....(((.(((....((((..(((..........)))....))))(((((...(((((((((((...........(((((((((.........((.......((((.....)))).......)).........)))))))))........((((((((((.(((((.........)))))..(((......))).............(((.(((..((((((((((((((.((.((((((((...))))))))..)).))).))))(((.((((...((((((((........))))..)))))).)).)))..................))))).))..)))))).....))))))))))......................((.((((((....)))))).))...)))))))))))..((((...((....))..)))).))))).....)))))).)))))...))))))))(((((((.((((((((((((.(((.(((.((.(((.....))).)).))).))).((((.....((....)).....))))..(((..((((....))))..)))....((((((((.(((.((.((((((((...(((....))).))).((.(((((.........))))).)).(((((((((.....((((.(((((((((((.(((((((((.((((((..((((..(....)..))))..))).)))(((((...((((..((((((.(((...(((((((((....))))))....)))...)))))))))...))))...))))).......((((..........))))............((((((((................)))))))).....)).)))))))..((((...))))((....))..))))))))))).)))))))))))))......))))).)).)))))))))))(((.(((.((((((..(((......)))...))))))..))).))).....(((.(((........(((.(((.(((((........((((.(((((...........)))))))))))))).))).))).......))).))).))))))))))))..)))))))......(((..((.......))..)))...(((((...))))).....))))))))........))))))....................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,(({,..,(((((..(((((((((........(((((.((((((.....))))))..)))))))))))))).)))},...{((((((.(((..{(((((,,,..........}))))},,........,,|,,({{.....}}}}}}.})))))}..((((((((..,((((..(((((......)))}),...))))|...,,((({(({{{({((,,...,}|}}{,((((({...})))))))){|||.((((((((..(((((.({((.........}}||....{({{(((....{{{{..|||,,...,,,..}})....})})(((((...(((((((((((...........(((((((((.........{{.......{(((.....)))}.......)).........)))))))))..,,,...((((((((((.(((((.{{...,,.})))}..(((......))}....,{,....,,(((.(((..((((((((((((((.((.((((((((...))))))))..)}.))).))))(((.(({(...((((((((.{....,.)))}.,)))))).)).)))..................))))).))..)))))}.,...))))))))))....,,,............}}.((.((((((....)))))).))...)))))))))))..((((...((....))..)))).))))).....}))))).)))))...))))))))||||,{({((((,,,{{{{{.{{{||||||,.({(.....))}..}||||..}}.|.}|..,}}|,.{((((.((.(((({..{{(,.((((....))))..}}}....((((((((.{{{.((.{((({({{...(((....))).})},({{(((((.......,,,)))).}}.(((((((((.....((((.(((((((((({.(((({{,,|||{{{{,..{{|||||.{{{|,.,|||{{|||.{|{{((((,,,((((..((((((.{((,,,{({((((((....))))))....},},..))})))))}...))))...}}}|||,|,...,,({,,{{{.,,{,||||..,,.,,,...|||,|||{.....}}},}},.,})}))),))))).}}})),})))},,..||||,,.}}))||....}}..})))))))))).)))))))))))))......})))).)).}}}))))))))||,,{|||((((((..(({......))}...)))))}.,|||,,,,,..,}}}}}.||,,,,....,}},.,},}}},,.,.))))).)),)))))..,,,.....{{{{{|||{|,||||||{{{{..........}})}}.}}))}}||},}}}},,,,}}))}......|||}}||}}}....||,,}|,...{{{{,...})})}.....)))))))).,.,.,,.}}))}}...},,}}....,,,,,...
Back