Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001384335.1
Sequence Length
3142 nt
GC Content
0.5560
GCAUUCUUUUGCUCCGCUCCGUCCUGCCUGCUUCGGAGCUCUGCCUUCCAGCCGGGCUCGGCUGUGCUUUGUCCGGAGAUGGCGAGCGAAGGGAAGCCCCGGCCAGGCCAGGCCUGGCGGCUCCCGCUGGAGAUUGGGCGCGCUCCGUUCCCGGCGCCGCGGCAGCAGCUUUGCAACUCGCAACCUGGCUAAUUUCCUGCGUCCUCUGGCACCAGGAAAGAGGACAAUUCUUCUCUCGGGCUGCCCAAGCGACAGCUGUCAGAGGGGCAGGAGCUUCUGGGAGCCACCGUCUGAAGGCUACGUGUGCCGCCUGGCCAUUCAAACUGUCAAUUUUAGGUCCAGAAGUGUCCAAACCACAAGUUCUCAAAACUCUCUGAAAAAUGGCUCCCUCCGAGUUAAGCAAUUCUGAAAGGCAUUCUCUGGGAAAAGUCUGUGGAGGAGAGAGGGAUCUUCUUGCAAAUAAUGUGGUCUCAGGCAAGGACACAGCAUCUUGGCUGUCUGCUAAAAAAAAAAAAUGCCUAGACUCUCAGUGGAAAUUGAGUGUCAAGCUGCAAAAUCUCAAAUGGCAGACUAUCAUCAUUUAAGGAAGGCAGGAGAGAGCCCUCGGCAGGGAGGACGGAGCUGGCAGGCCCUCACCAGAUCUUGGGGCCUUUUCCGCAGGGUUUCUGCGAGUCCAGGGAGCGCGCCGCGUCCGGGGAAACAGCGCCUGGACACCGGAAAAGGCGAUUCCCUGAGCGCCUGGAGUUGGAGACAAUUCCUGGUUCAGAAUUUAAACAUCUUUCUAGGUCUGCGCGGGGCGGCCAUUGGCGGCGGAGUGUCACGUGACCGCGGGGGCGUGCCAAUGUGCGCCCUCACGGGUGUCAAACCCCUGUCAGAGUGUGCGAUCAAGAUCGUGAAACAACGCGAUGCAAAAAGCGACCUACUACGACAGCUCGGCGAUCUACGGUGGCUACCCCUACCAGGCAGCCAACGGGUUCGCUUAUAAUGCCAAUCAGCAGCCGUACCCGGCGUCCGCCGCUUUGGGCGCCGACGGCGAGUACCACCGACCCGCCUGCUCCCUCCAGUCUCCCUCCAGCGCCGGGGGCCACCCCAAGGCACACGAACUGAGUGAGGCGUGCCUGCGCACCCUGAGCGCCCCACCUAGCCAGCCUCCAAGCCUGGGAGAGCCGCCCCUGCACCCGCCGCCGCCCCAGGCCGCGCCCCCUGCCCCACAGCCGCCUCAGCCCGCACCUCAGCCCCCUGCACCUACCCCUGCCGCGCCCCCGCCUCCCUCUUCUGCCUCCCCUCCUCAGAAUGCCAGCAACAACCCUACCCCUGCCAACGCGGCCAAGAGCCCCCUGCUCAACUCACCCACAGUGGCCAAACAAAUCUUCCCCUGGAUGAAAGAGUCUCGACAAAACACAAAGCAGAAAACCAGCAGCUCCAGCUCAGGCGAAAGCUGCGCUGGCGACAAGAGCCCGCCGGGGCAGGCUUCGUCCAAGCGCGCGCGCACGGCCUACACGAGCGCGCAGCUGGUGGAGCUGGAGAAAGAGUUCCACUUCAACCGCUACCUGUGCCGGCCGCGCCGGGUGGAGAUGGCCAAUCUGCUGAACCUCACUGAGCGCCAGAUCAAGAUCUGGUUCCAGAAUCGCCGCAUGAAGUACAAAAAGGAUCAGAAGGGCAAGGGCAUGCUAACGUCAUCGGGGGGCCAGUCUCCAAGUCGCAGCCCCGUGCCCCCCGGAGCCGGUGGCUAUCUGAACUCUAUGCAUUCGCUGGUCAACAGCGUCCCGUAUGAGCCCCAGUCGCCCCCGCCCUUCUCCAAGCCCCCCCAGGGUACCUACGGGCUGCCCCCCGCCUCCUACCCUGCGUCCCUGCCCAGCUGCGCACCCCCGCCACCCCCACAGAAGCGCUACACGGCGGCAGGGGCGGGCGCAGGGGGCACCCCCGACUAUGACCCGCACGCUCAUGGCCUGCAGGGCAACGGCAGCUAUGGGACCCCACACAUACAGGGAAGCCCCGUCUUCGUGGGGGGCAGCUAUGUGGAGCCCAUGAGCAACUCCGGGCCAGCCCUCUUUGGUCUAACUCACCUCCCCCACGCUGCCUCGGGCGCCAUGGACUAUGGGGGUGCCGGGCCGCUGGGCAGCGGCCACCACCACGGGCCGGGGCCUGGGGAGCCGCACCCCACCUACACGGACCUUACCGGCCACCAUCCUUCUCAGGGAAGAAUUCAGGAAGCACCCAAGCUCACCCACCUGUGAUAGUGGGCUUGGGGCUACGCGCCAGGAGAGUCUCCCCCCACCCACCUUUUUUCUUUGGUUGCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUAGGUUCUUCCUGCCCUUUCCUUCCUUCCUUUUCUCUCUUCUCCGCCCCGCACUCCGUUUCCCGGUUUCCCCCCUCGUUGGUAAGGCGUUUUUAUAGUUUAUGUGACGUAGCAAUCUUGGUUGCUGGAAUGGCUGUAUCAUAGCGAUAUUUAUCUCUUCCUGCUCCUCGAUAGGCCACUGGCCCUGCACCCUUUACCUUCUCCACUCUUUGAUCAGAAACAGGGUAUAUGAACAAAUUUUCUAGUCGAGUUUUCAAUGUGAAUUUGUUCUUACAUUAUGGCUCCCGAGGGGAAGCGAUUACUUUUUUUAAUUUUAAAUUUUUUUUUUAAUUGCACUUCUUGUAAAGAGUGAGAAAAAAAAUCAAAGGCGCUUUGAAACAGGGGCUCUCUGUGCAAGGAUGACUAAGUGUACGUCUUUCCGUGUGUGUAUGCUGGUGAACAGUCAGAUUUAUUUAUAUUUUUUUGCAAGCAUUGAAUAAUCUAAGUUUUAAAUAUUAUUUAUCCCCAUCCGUUCGUAUUUAUAUUAAAGAAUUCUGUACCCUGAUGGUUCAGAAGGGUUCUUGGGCCUUUUGUUCAAUUGUGUAUUGGCGUACUUAGAAUUUUUUUUAUUUGAAAGAGAAAUAUAAUUCCUUUAAACGGUAACGAUACAAUAAAACCAGAGAAGAUCCAGCUUUUGAAAACAGUGAUUUAGGUUUGUAACAUCCGGCAAAACUGAAAAAAAAAAUCUGUAAACGCGAAAAAUACUAGAUUUGUUUUGAGAGUUCUUCAUUCCUUGCUGCUCACAUUCUGAGAAACAAAAAGAAAUAAAGUUUUUAUUCUGAAUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1130.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1185.95
Frequency: 0.0000
Diversity: 667.96
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((......)))...((((((((((.((((((..((.(((((((((((((((((((....(((((((((((((..(((((.(((.((((.((((.(((...(((((((...))))))))))))))((.((((((((((((.((.(((....))).)))))(((....)))((((.....)))).....))))))))).))(((((((..(.....)..)))))))...((((((((((((((.((((.(.((..(((.((((((..((...(((((..((((((((..((.(((((((((.(((...))).))))).)))).))...............(((((((.....(((.....)))......))).)))).....))))))))...)))))..))..))))))..)))..)).)))))...)))))).))))))))((((...))))))))......))).))))).))))))).))))))..)))))))((((((((...........(((((.(((.((((((....)))))).))).))..)))..........)))))))).............))))))).....)))))))..)))))).)))))))))).(((((((((.((........))))))))....(((((.....))))).((.(((((((..((((...(((((.....(((...)))....)))))...)))).))))))).))))).(((((((....)))))))..(((((((((..((((...((((((((...(((.((((((((...(((((((((.(((((....))).(((((((((.(((.....((((((((((((((.....))))(((((..(((((((.......((((((......)))))).......)))...))))..)))))...(((((.((.((.(((((.((.......)).))))).)))).))))).....(((......)))(((((...(((((((((......))))))))))))))(((((.............)))))....((((.....((..(.(((((((....))))..))).)..)))))).)))))).))))..((((.......))))....(((((...((......))))))).).))))))))))))))))))))))....((((.((...............)).))))(((...((......))...)))...........))))).))).)))...)))...............(((((((((..((((..............(((.....)))..((((((((.((.((((........((((((((.......((.(((...))).)).......((((..........(((((....(((((((((...(((..((((((..((((.((((((.........)))))).))))..))))))..)))((((((((.((.......)).)))))).)).(((((((((........)))))))))......(((((....(((.((((((..(((.(((((.(((......)))........(((.(.(((((((....))))))).))))....((.((..((((....(((((((...((((((.((((((..............((((((..(.(((((..(.((((((((((.((((...)).))))).))))..((((((((.((((...(((((.....)))))....)))))))((((((..(((((.((((........((((.....)))).....((((......)))).......(((((((.(((.((((.(((((.......(((.............))).......)))))..))))))))))))))((((((((((.(((((.((((....((((((((.(((.(.....).))))))))))).((((((....((.(((....)))))....))))))((((((...((((.((((..(((...))).)))).((.((.....)).))............)))))))))).))))...)))))....)))))))))).(((((((....)))))))........)))).))))))))))).((((.......((.....)).......)))).......(((((...)))))..)))))..(((.(((((((((((............))))))))))))))..))))..))))).)..))))))....(((..........))).......................(((.....)))))))))))))))..)))))))....))))...))...))...(((.....)))))))))))..)).))))..)))....(((((.....))))).)))))......))))))))).((.(((((...))))).))............)))))..))))..))))))))(((((......(((...(((((.((((((((((.(((((....((......))....))))).)))(((((...(((((((........)))))))..))))).(((((((..(((((((..........................))))))).))))))).)))))))))))).)))......))).)).))))..))))))))))....(((((((((((((.(((((((.(.........))))))))))))((((..(((((...(((((...((((((((......((((((((.............))))))))...(((((.(...((((....(((....)))...)))).).)))))((((((((((.((((....((((.(((..(((((((.(((.(((..((((((((((((((......)))))))))........)))))))).)))..)))))))..))).)))))))).))..)))))))).((((...(((((..((((........))))..))))).........))))....))))))))...)))))....)))))..))))..)).)))))))))))..)))))))))........)))))....))))..)))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{,......|||.,.((((((((((.((((((..((.(((((((((((((((((((....(((((((((((((..(((((.(({.{{,,.(((,,(((...(((((((...))))))))))))))((.((((((((({(({((.(((....))).))})){{{..{{|,,{(((.....)))}.,,}.))))))))).))(((((((..(.....)..)))))))...((((((((((((((.((({,(.((..(((.((((((..((...(((((..((((((((,.((.(((((((((.(((...))).))))).)))).)).}.........|,..{((({{(.....,{{.....}}}......})}.}))),....})))))))...)))))..))..))))))..)))..)).)))))...)))))).))))))))((((...}})))}}}......})).))))).))))))).))))))..)))))))((((((((...........(((((.(((.((((((....)))))).))).))..)))..........)))))))).............)))))))}....,))))))..)))))).)))))))))).|||((((((.((........))))))))....(((((,...,))))).{,.{((((((.{(((({.{((((({,...{{{..,})),,,.}}}},...}))).})))}}),}}|{{.(((((((....))))))).})|||{({{{..{{{{...{{{{{{(({..({({(((((((((...((((((((.({(((....))},((((((((({((....||||||||||,{((((.....))))(((((..(((((((.......((((((......)))))).......))).,.))))..)))))...{|{{,.{,.{({(((((.,,,,...,{||{|||},.||||,|||}}.....(((......)))(((((...(((((((({......}))))))))))))){{{{{....,},,,})..,)))}....{(((.....((..(.(((((((....))))..))).)..))}))),)}}||||||||..{{|{.,...,.))))........}|,.|||||...)}})))},),))))))}})))}}})}))))))}}...))))}},},,.,||}......),,}},,,.|,..|{......}}...,}}|,.....,.,,)},))}}...)))}},,},...............(((((((((..((((............,,(({...}}))},,(((((((((((.((({........((((((((.......((,{{{...))),}}....,,.,,{,..........(((((....(((((((((...(((..((((((..((((.((((((.........)))))).))))..))))))..)))(((((,((.(({{..,{{,|{|||,|,.|,.(((((((((........))))))))).,..})}}}.|.}}}|||}||}}}|}.(((((((({,(((...((((..({{{{...,{({,,,,{{{,|,..,,}}})))})))))...)))}...,,{{....(((((((...((((((.(((((({.{.....,.....((((((..(.(((((..(.((((((((((.((((...)).))))).))))..(((({(((,((((...(((((.....)))))....)))})))((((((..(((((.((((........((((.....}}}|..,..{{(({{{{{{||||{,.....(((((((,(((.((((.(((((.......(((..........,..))).......)))))..))))))))))))))((((((((((.(((((.((((....((((((({,(((.{.....).))))))))))).((((((....{{.(((...,)))}}....))))))((((((...{{((.(.,,.{(((....,|.((({{((,......,))}}}..,,,}.}..,.}}}})))))).)))).,.)))))....))))))))))}{|{{{{{,,,,))))))}........)))).))))))))))).((((.......((.....)).......)))).....{((({...,}))),)..)))))|.(((.(((((((((((.{,....,}...))))))))))))))..))))..))))).)..))))))....(((..........))).,.....................{((.....)))))))))))))))..)))))))....},))))))))).||...(((.....}}}.......,...,,})),..}|||{,..{{{,...,,}},))})},}}......))))))))).{(.(((((...))))).)}..........,.)))))..,,,,..))))))))(({{{,.....,,,...((((,,(((((({{{,.{(({,,|,,{{....{{{|{{{{||}|,.||,((,,..},,|||,||}}}}}}}},))}}},.,}||||{(,{{|||..||{{{{{........{,,....||,,....,,.}))))}}.}}))}}},)))))))))))).,,},.....})).)).))))..)))))))))).,}.((((((((((((,{(((((((.(.......,.}))))))))))}((((..(((((...(((((,,,((((((((......{(((((({.,......,....}})))))}...(((((.(...((((....,,,...,}}}...)))).}.))))){((((((({{.{{((,,,.((((,(((..(((((((.(((.(((...,{(((((((((((......}})))))}...,}})}.},,..))).)))..)))))))..))).}))))))}.)),,)))))))}.{(((...(((((.,((((........)))),.))))).........))))....)))))))),,.)))))..,.)))))..))))..)),}))))))))))..)))))))))........))))}....}}})..))))))),,..
Back