Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001384343.1
Sequence Length
2581 nt
GC Content
0.5560
AGACAAAGAGCCUACCCCAAAACCAGCGAUGGGCAGGAGAAGCGGUUGCAGAAGGCAAAGAUGGGUUGUGGAGAGUCAGAGGGAGUGUGUUUGUUUCUUCCUGCAAGCCCCAAACAAACCACUACACUGAACUUCAGGGCAAAAGCAAGUAAAGGCCACGGGCACGGGCGCGGCGGCCGCUGCGUGGGCUGCUCUCUUUGUCGACUAAGGCGACUGCGGAGGCUGUCUGCGCGGGGCGGCCAUUGGCGGCGGAGUGUCACGUGACCGCGGGGGCGUGCCAAUGUGCGCCCUCACGGGUGUCAAACCCCUGUCAGAGUGUGCGAUCAAGAUCGUGAAACAACGCGAUGCAAAAAGCGACCUACUACGACAGCUCGGCGAUCUACGGUGGCUACCCCUACCAGGCAGCCAACGGGUUCGCUUAUAAUGCCAAUCAGCAGCCGUACCCGGCGUCCGCCGCUUUGGGCGCCGACGGCGAGUACCACCGACCCGCCUGCUCCCUCCAGUCUCCCUCCAGCGCCGGGGGCCACCCCAAGGCACACGAACUGAGUGAGGCGUGCCUGCGCACCCUGAGCGCCCCACCUAGCCAGCCUCCAAGCCUGGGAGAGCCGCCCCUGCACCCGCCGCCGCCCCAGGCCGCGCCCCCUGCCCCACAGCCGCCUCAGCCCGCACCUCAGCCCCCUGCACCUACCCCUGCCGCGCCCCCGCCUCCCUCUUCUGCCUCCCCUCCUCAGAAUGCCAGCAACAACCCUACCCCUGCCAACGCGGCCAAGAGCCCCCUGCUCAACUCACCCACAGUGGCCAAACAAAUCUUCCCCUGGAUGAAAGAGUCUCGACAAAACACAAAGCAGAAAACCAGCAGCUCCAGCUCAGGCGAAAGCUGCGCUGGCGACAAGAGCCCGCCGGGGCAGGCUUCGUCCAAGCGCGCGCGCACGGCCUACACGAGCGCGCAGCUGGUGGAGCUGGAGAAAGAGUUCCACUUCAACCGCUACCUGUGCCGGCCGCGCCGGGUGGAGAUGGCCAAUCUGCUGAACCUCACUGAGCGCCAGAUCAAGAUCUGGUUCCAGAAUCGCCGCAUGAAGUACAAAAAGGAUCAGAAGGGCAAGGGCAUGCUAACGUCAUCGGGGGGCCAGUCUCCAAGUCGCAGCCCCGUGCCCCCCGGAGCCGGUGGCUAUCUGAACUCUAUGCAUUCGCUGGUCAACAGCGUCCCGUAUGAGCCCCAGUCGCCCCCGCCCUUCUCCAAGCCCCCCCAGGGUACCUACGGGCUGCCCCCCGCCUCCUACCCUGCGUCCCUGCCCAGCUGCGCACCCCCGCCACCCCCACAGAAGCGCUACACGGCGGCAGGGGCGGGCGCAGGGGGCACCCCCGACUAUGACCCGCACGCUCAUGGCCUGCAGGGCAACGGCAGCUAUGGGACCCCACACAUACAGGGAAGCCCCGUCUUCGUGGGGGGCAGCUAUGUGGAGCCCAUGAGCAACUCCGGGCCAGCCCUCUUUGGUCUAACUCACCUCCCCCACGCUGCCUCGGGCGCCAUGGACUAUGGGGGUGCCGGGCCGCUGGGCAGCGGCCACCACCACGGGCCGGGGCCUGGGGAGCCGCACCCCACCUACACGGACCUUACCGGCCACCAUCCUUCUCAGGGAAGAAUUCAGGAAGCACCCAAGCUCACCCACCUGUGAUAGUGGGCUUGGGGCUACGCGCCAGGAGAGUCUCCCCCCACCCACCUUUUUUCUUUGGUUGCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUAGGUUCUUCCUGCCCUUUCCUUCCUUCCUUUUCUCUCUUCUCCGCCCCGCACUCCGUUUCCCGGUUUCCCCCCUCGUUGGUAAGGCGUUUUUAUAGUUUAUGUGACGUAGCAAUCUUGGUUGCUGGAAUGGCUGUAUCAUAGCGAUAUUUAUCUCUUCCUGCUCCUCGAUAGGCCACUGGCCCUGCACCCUUUACCUUCUCCACUCUUUGAUCAGAAACAGGGUAUAUGAACAAAUUUUCUAGUCGAGUUUUCAAUGUGAAUUUGUUCUUACAUUAUGGCUCCCGAGGGGAAGCGAUUACUUUUUUUAAUUUUAAAUUUUUUUUUUAAUUGCACUUCUUGUAAAGAGUGAGAAAAAAAAUCAAAGGCGCUUUGAAACAGGGGCUCUCUGUGCAAGGAUGACUAAGUGUACGUCUUUCCGUGUGUGUAUGCUGGUGAACAGUCAGAUUUAUUUAUAUUUUUUUGCAAGCAUUGAAUAAUCUAAGUUUUAAAUAUUAUUUAUCCCCAUCCGUUCGUAUUUAUAUUAAAGAAUUCUGUACCCUGAUGGUUCAGAAGGGUUCUUGGGCCUUUUGUUCAAUUGUGUAUUGGCGUACUUAGAAUUUUUUUUAUUUGAAAGAGAAAUAUAAUUCCUUUAAACGGUAACGAUACAAUAAAACCAGAGAAGAUCCAGCUUUUGAAAACAGUGAUUUAGGUUUGUAACAUCCGGCAAAACUGAAAAAAAAAAUCUGUAAACGCGAAAAAUACUAGAUUUGUUUUGAGAGUUCUUCAUUCCUUGCUGCUCACAUUCUGAGAAACAAAAAGAAAUAAAGUUUUUAUUCUGAAUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-905.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -953.42
Frequency: 0.0000
Diversity: 757.37
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.........((((........((((((((.(((((((.(.((.(((((..(..((((....((((..(.((((.((.((((((((((.(((((((((((.....)))....))))))))))))...((((......((((....((.......(((...(((((.((((((((((((.(.((((.((((.((((((((.........((((......((((((((.(((.(.((((((..((..((..(((.((.(.(((((....(.((((((((((....)))))))))).)((((.....))))(((((..(((((((.......((((((......)))))).......)))...))))..)))))...((((.....((((((.(((.......((((((((....)))).))))....(((......)))(((((...(((((((((......))))))))))))))..)))))))))...))))..(((.(((.(((.....((..(.(((((((....))))..))).)..)))))))).))))))))))).)))..))))..)))))).).))).))))))))..)))))))))))).)))).)))).).))))))(((...))).))))))..)))))....)))))....)))).....))))......(((........))).(((....)))..))))))...)))))).)..))))...))))..)..))))))).).))))))...((((((..((((.....))))........(((((((((........((.(((...))).))..((((..(........................)..))))..(((..((((((..((((.((((((.........)))))).))))..))))))..)))((((((((.((.......)).)))))).)).(((((((((........)))))))))......)))).)))))..))))))((.(((((((((.(((...((((..(((((...((((........)).))....)))))))))...)))............(((((((...((((((.((((((..............((((((..(.(((((..(.((((((((((.((((...)).))))).))))..((((((((.((((...(((((.....)))))....)))))))((((((..(((((.((((........((((.....)))).....((((......)))).......(((((((.(((.((((.(((((.......(((.............))).......)))))..))))))))))))))((((((((((.(((((.((((....((((((((.(((.(.....).))))))))))).((((((....((.(((....)))))....))))))((((((...((((.((((..(((...))).)))).((.((.....)).))............)))))))))).))))...)))))....)))))))))).(((((((....)))))))........)))).))))))))))).((((.......((.....)).......)))).......(((((...)))))..)))))..(((.(((((((((((............))))))))))))))..))))..))))).)..))))))....(((..........))).......................(((.....)))))))))))))))..)))))))......))))))))).))...(((.....))).......).)))))))).))))((((((.(((...((((((.(((((((((..((..((.((((.((..(((((.....)))))....)).)))).)).))..))).((((...)))).(((((........(((((.((((((((((.(((((....((......))....))))).)))(((((...(((((((........)))))))..))))).(((((((..(((((((..........................))))))).))))))).))))))))))))......((((((...)))))).((((((...))))))(((.(((.(((.........)))..))).))))))))...(((.((((..(((((...(((((...((((((((......((((((((.............))))))))...(((((.(...((((....(((....)))...)))).).)))))((((((((((.((((....((((.(((..(((((((.(((.(((..((((((((((((((......)))))))))........)))))))).)))..)))))))..))).)))))))).))..)))))))).((((...(((((..((((........))))..))))).........))))....))))))))...)))))....)))))..)))).))).....)))))))))))).)))))))))....((((.((((...))))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,...,{{(({{........{(((((({.(((((((.(.((.(((((..(..((((....((((..(.((((.((.((((((((((.((((((((.........})....))))))))))))...((({...})}|(((....,,.......{||,..((((..((((((((((({.(.((((.((((,({{{{({{.(({,.,...|||}}|,{.(({(((((.{{(.(.(((((((((...((((((((.(,(((....}}},{,((((((((((....)))))))))).|((((.....))))(((((..(((((((.......((((((......)))))).......))).,.))))..)))))...(((({.{,.((.(((((.{{,,....,)).})))}.}}}).))))).....(((......)))(((((...(((((((({......}))))))))))))){,||,....,}}},))}}.}}||.,,.{(((,....((..(.(((((((....))))..))).)..)}}}})}),)|||}||||..,,))}},,},.})))}}}.}.}}).)))))))}..)},,)))))))),)))).)))).).)))))))||...)))}))}))),.)))}}.,}})))})}.,,)}}}},...,}}))),.,}))}.......,})))|||},,.,))}})))))).,,)))))),,..)}}}...})))..}..))))))}.}.)))))}...((((((..((((.....))))........{{(((((((,.......{(.{{{...))),}}..,,{,,{,............,{{,{....,{,|{,|{|,..(((..((((((..((((.((((((.........)))))).))))..))))))..))){{((((((.((.......)).)))))).)),{((((((((,.......))))))))).,...,)))}},))))..))))))|{.(((((((({,(((...((((..(({{{...,{({,,,,{{{,|,..,,},,)))})))))...)))}...,,{{....(((((((...((((((.(((((({.{.....,.....((((((..(.(((((..(.((((((((((.((((...)).))))).))))..(((({(((,((((...(((((.....)))))....)))})))((((((..(((((.((((........((((.....}}}|..,..{{(({{{{{{||||{,.....(((((((,(((.((((.(((((.......(((..........,..))).......)))))..))))))))))))))((((((((((.(((((.((((....((((((({,(((.{.....).))))))))))).((((((....{{.(((...,)))}}....))))))((((((...{{((.(.,,.{(((....,|.((({{((,......,))}}}..,,,}.}..,.}}}})))))).)))).,.)))))....))))))))))}{|{{{{{,,,,))))))}........)))).))))))))))).((((.......((.....)).......)))).....{((({...,}))),)..)))))|.(((.(((((((((((.{,....,}...))))))))))))))..))))..))))).)..))))))....(((..........))).,.....................{((.....)))))))))))))))..)))))))....},))))))))).)}...(((.....))).......}.}))))))).}})|((({{(.{{{...{{{{||,|{{({{{,...||}}||}||{({,(((((.,,|}}||,}},,...,|,,||||,}},||,,|,..|||||,,|((((,{.,{,,{{{...{(((..{{{{{,{|,..||||.||||{{,,,.(((((({{{{,|..||.((....},.|||.|}}}}))))).}}}},,.|}||||,{||||||},||{||,,........,,,....,|,|,,,{{{,|}}}}}|,||||||},}}))))))))))}}}}},{{{{||,.,)})))}.,|||||}}})),))}({((((((((({.,{{{{{{|,|.......,.}})))))))}}}{{{{.,{{(((,..(((({,,,{{{{{{{{,,,,..{(({{{{{.,......,,...}}}}}})}...{{{{{.{,..{{{{....,,,...,}}}..,)))),}.)}}))|{{{||||||,,|{{||},|{({.(((..(((((((.(((.(((...,{(((((((((((......}})))))}...,}})}.},,..))).)))..)))))))..))).))))}})}.}}.|))}}}}}|.{{{{...{((((.,((((........)))),.))))}.....,,,{||||,...}}}}}}}}}},})))),,,}))))),,)))).,)}.,}}))))))))}}))).)))))}}}}....{{,,,,,,.,,,))),})))......
Back