Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001384442.1
Sequence Length
3938 nt
GC Content
0.3740
GCCGCCGCUGCCGCCGAGCACGCAGCGCAGGGAGGACCGCGCCCGAGCGCCUGCGGGCGCCCUGCGGCGCCCGCCGCGCGACGAGCCCCAAGGUAUGAACGUGAUUUCUGAUGAAACUGGAUUGGAAUAAUUUUCAUGAUCUUUGUAUAUUUAUAUAUAUAUAUUUUUAAAUUUUGCAUUUGACUUAAAGUGCCAUGAGAAAAUUUGCAUACUGCAAGGUGGUCCUAGCCACCUCCUUGAUUUGGGUACUCUUGGAUAUGUUCCUGCUGCUUUACUUCAGUGAAUGCAACAAAUGUGAUGAAAAAAAGGAGAGAGGACUUCCUGCUGGAGAUGUUCUAGAGCCAGUACAAAAGCCUCAUGAAGGUCCUGGAGAAAUGGGGAAACCAGUCGUCAUUCCUAAAGAGGAUCAAGAAAAGAUGAAAGAGAUGUUUAAAAUCAAUCAGUUCAAUUUAAUGGCAAGUGAGAUGAUUGCACUCAACAGAUCUUUACCAGAUGUUAGGUUAGAAGGGUGUAAAACAAAGGUGUAUCCAGAUAAUCUUCCUACAACAAGUGUGGUGAUUGUUUUCCACAAUGAGGCUUGGAGCACACUUCUGCGAACUGUCCAUAGUGUCAUUAAUCGCUCACCAAGACACAUGAUAGAAGAAAUUGUUCUAGUAGAUGAUGCCAGUGAAAGAGACUUUUUGAAAAGGCCUUUAGAGAGUUAUGUGAAAAAACUAAAAGUACCAGUUCAUGUAAUUCGAAUGGAACAACGUUCUGGAUUGAUCAGAGCUAGAUUAAAAGGAGCUGCUGUGUCUAAAGGCCAAGUGAUCACCUUCCUGGAUGCCCAUUGUGAGUGUACAGUGGGAUGGCUGGAGCCUCUCUUGGCCAGGAUCAAACAUGACAGGAGAACAGUGGUGUGUCCCAUCAUCGAUGUGAUCAGUGAUGAUACUUUUGAGUACAUGGCAGGCUCUGAUAUGACCUAUGGUGGGUUCAACUGGAAGCUCAAUUUUCGCUGGUAUCCUGUUCCCCAAAGAGAAAUGGACAGAAGGAAAGGUGAUCGGACUCUUCCUGUCAGGACACCUACCAUGGCAGGAGGCCUUUUUUCAAUAGACAGAGAUUACUUUCAGGAAAUUGGAACAUAUGAUGCUGGAAUGGAUAUUUGGGGAGGAGAAAACCUAGAAAUUUCCUUUAGGAUUUGGCAGUGUGGAGGAACUUUGGAAAUUGUUACAUGCUCACAUGUUGGACAUGUGUUUCGGAAAGCUACACCUUACACGUUUCCAGGAGGCACAGGGCAGAUUAUCAAUAAAAAUAACAGACGACUUGCAGAAGUGUGGAUGGAUGAAUUCAAGAAUUUCUUCUAUAUAAUUUCUCCAGGUGUUACAAAGGUAGAUUAUGGAGAUAUAUCGUCAAGAGUUGGUCUAAGACACAAACUACAAUGCAAACCUUUUUCCUGGUACCUAGAGAAUAUAUAUCCUGAUUCUCAAAUUCCACGUCACUAUUUCUCAUUGGGAGAGAUACGAAAUGUGGAAACGAAUCAGUGUCUAGAUAACAUGGCUAGAAAAGAGAAUGAAAAAGUUGGAAUUUUUAAUUGCCAUGGUAUGGGGGGUAAUCAGGUUUUCUCUUAUACUGCCAACAAAGAAAUUAGAACAGAUGACCUUUGCUUGGAUGUUUCCAAACUUAAUGGCCCAGUUACAAUGCUCAAAUGCCACCACCUAAAAGGCAACCAACUCUGGGAGUAUGACCCAGUGAAAUUAACCCUGCAGCAUGUGAACAGUAAUCAGUGCCUGGAUAAAGCCACAGAAGAGGAUAGCCAGGUGCCCAGCAUUAGAGACUGCAAUGGAAGUCGGUCCCAGCAGUGGCUUCUUCGAAACGUCACCCUGCCAGAAAUAUUCUGAGACCAAAUUUACAAAAAAACGAAAAAAAUAAGGAUUGACUGGGCUACCUCAGCAUACAUUUCUGCCACAUUCUUAAGUAGCAAAAAAGGAAAAGUGCUUUCCUCCUCUGCAGGAUGUAAGGUUUAUCAGCCAUUAAAACUUAGACUUCUCUAGCUUUUCACUAGCUGUGAACCAGCCUUCCUGUCCAUGGACGUGAAACUGCAUAGUAAUGAGACUGUGCACACUGAUGUUUACAAGAUUGAAAGAGUCUUUCUCCGAAAAUCAUGGUAAAGAAUACUGAGACAAUGAAAAAAAAUCAACAAAAUAUGCUUUCUGGAGAACUGUACCUUUUAUGGUUUGCUUGCACAUCAGUAGUUUCUGCUGAACGUGCUGUCAUAAUGAAGAGAUUUCCAAGAUUUUUUUUCCUGAUUAGAACUGGUAGCCAGUAUAUUAAAUAUUGAUAUAAAAAUAAAAGAACUGGAACCAGAUUCAGAAUCAUGAAAACAACAUUUUUACAACAACAAAAAAACUAUAUUAAACAGGGUUUAAAGGAAAUUAAAACAGAACUAUGAGAAGUACAAUUUGUUAUAGUAUAGUAUCAAAUUUCUAUAUAGAUUUUAUACCUCAGUGGGGAAAAAUAACUGAUUCCAAUGACAUUCAUUUUGUUUUCAUCUGUGAUAGUCAUGGAUGCUUUUAUUUUCCUUGGGGUGCUGAAAUUGAGCUGAAAAAAAAAGGCUCUUUGAAUAUAGUUUUAAUUUCUCUCUACAGUUUUUUUUGUUUGGUUUGUGGGCUGUUGGAAUUGUAAUUUUUAAUUGCCUUCUAAAAAAUGGAAAUUUAACAAUGUCUGAUCUCAGCUGAACAAAUUAGAUGUUUCAGUUGCUCUUGGGUCAACUGGCUUACAGAUUUACAUGUGCACACACACACAAAUUUCUUAUCACAUUUUCGACUUCUUCACUUGACCUAACUGAUUAUGCGAAAUACCCAAGAUUCAUGCUACUGUACCACAGAUUUGUUUUCACAGCAAUAAAUCUUCAGUUCUUUGUUUAUGAUUCCACUUAACAAAAGGCCUGCAGAAGUGAUUUAUUAUUUGGGUAUUUGGAGAUAAUACAUUUGAUGGUUUUUUGGAAAACCUUUUUCACUCCAUACUCAGAUAUGCUUCAUUGUCAAAUGCAUAUUUAGAUUAGAUUAUUGAAUUGUAAUGUUUAUCUGCUGCUUUUUUUAAAUAAAAUUUGACUGAAAAUGUUUAAUUGGCAUUUUUUAAUGACUUAGCCAAAGAAGUGCAGCUAUUAUUCCAUAUUAAUAGGCUUGCAUUUCUUUUCCUAAAUCUUAUUUAGGCUAAAUCAGUUUUAUUUUUCUCUGAUUUUUUUUAAUACCACAGAAUCACCUGAGUGUCAAUUGAAAGUUGUCAAUUAAAAGGUAACCUUUUAAUCUCGUAGGAGGAAUCUCAUUAAGACAUUUUUCCUGAUAUGUAGAGCAGUCUGUUGGCAAAAAUGCAUAUAUUUUCUUUCAUAUUUGUAAAAUUAUAUUUAAUGGAAUUCUUUUCUUUGAUUAUCAAGGACUUUCACUGCAGGCAGUGCUAUUUCUUGUGCCUAAGAAUGUUUCCAAAAGUCGCAUCGCUAAUGAUAUUUGCCAAGUUGAGUGUACACAAAGUUUCUCAUAUCCUGUUCAAGUUAAUCAACAUCAAGCACAUGGGGAUGCUUUAGGGUGAGUCUAUAGUACAAAAUGCAUAAACCAUGUCCCCAGGAAAUUUGAAAGGAAGCAGGUGCUGAAUGGAAUUUUUUUCCUUUUCCAUGAGCUGUGUUAAUUCUAUCUCCAGUAGGCCUAAUGCUUGAAUAAGCAAGAUGUCUAAUCAAUAAAUUAUUUUCAUGCUCAGAAUUUCAGGUUUUUGUACUCCAGCAUAGCUUGGUCUUAUUUCUUACUGUAUGAAAGCUUAACAGCAAUGUGAUUUAAGGUUUUGUUUUAAAUGGGAGAUGUAAGUGAUUUAAUUCAUGGGUACUUUUAGAACCUGAUAGAUAAUCCCAUUGCCUUUAUUUUUCUAAUUAAAGAAUUCCUAAAUACUUUGAAAAUACAAAAUAUUCCUGAAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1024.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1106.48
Frequency: 0.0000
Diversity: 971.95
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((((.((...))..))))))((((.((((....((.((.((((..(((((((((....))))))))).))))..)).)).....((((((((.(((((((.((((...((((((.((((((...............(((((((......)))))))............((((((......)))))).((((((((.((((..(((....(((((((....))))))).((((((((((........(((.....)))((.((((((((....))))).))).))...((((((......(((((.......)))))..((((((((((((((.((((((((....(((((((((((((((((((...((((.((......)).)))))))....((.((((((((((((((((((((((..........((((((.((((.(((......))))))).))))))....((((((((((((((...((((((((....((((((((........((.....))((((..(((((((((.......((((.((....)).))))((((((((........(((((((((...((((((((.(((((................)))))....(((((.......)))))......((((((((((((((((.(((((((((...(((......((((((((((((...(((...))).....))))))))))))(((((......))))).((....((((((((..............(((((((((((...(((((((.((.....((((.(....(((((((((....)))))))))....).))))..)).))))))).((((...((((.((.(.....).)).)))))))).(((((((.((....)).))))))).......)).)))))))))))))))))....))...)))...)))))...)))))))...)))))))))))))((.((.....)).))..)))))))).....(((((......)).)))(((((((((.......)).)))))))(((((((((.(((.((((((((((..(((....(((((((....((((((((.((((((.(.((((((((((((((((..((.......(((((((((((((.(((((((((.((((..........((((((((.((.((((((((((.....((((((((((((...............)))))..)))))))((((..((((.(((............(((((.(((((....)))))(((((.(((.........))).)))))......((((((....((((....))))....))))))....))))).((((((((((((.(((((..............(((........))).....((((((..........))))))...((((((((..(((((((((.....)))))))).)..))))))))........))))))))....((((((((((((....(((......)))....))))))...))))))((((((((((.(((...))).))))))))))((((..(((((..(((......)))...))))).(((((....)))))......((((..(((......))).....))))..........)))))))))))))(((.......)))..)))))))..)))).)))))))))).)))))).))))((((((......((........))....))))))((((((((.....((((........))))((((...((((((((...........)))))..)))(((((...))))).))))...............................)).))))))..)))).))).......)))))).)))))...........)))))))).))..)))))))))).((((((.....((((((.((((....((((.(((((....))))).)))).....)))))))))).....))))))...(((((((.(...((((((((......))))))))...).))))))).((((((.....))))))..........((((.((..((....))...)).)))).............)))))).).)))))).((((((((.....))))))))....((((.(((((((...)))))))..)))).))))).)))....)))))))........(((((.(((((.((((((((..((((((((((((...)))))))............))))).))))).)))..))))).)))))..................(((((((((...((((((...)))))).((((((((((((...(((((((.((((...)))).)))))))((((..........))))...((((((((((((((...(((((((.(((..(..((((.((((..((((..((....))...))))..))))))))..)..))))))))))))))))).)))))))(((((..........)))))..........))))))))))))......))))))))).(((((((((((.(((((((((((((((((((((((.((..........)).))))))))..))))).)))))...)))))..)))))))))))((..((((.((((((((((...(((.....))).......((((........)))).........((.(((..(((......((....))......)))..))).))...)))))))).....)).)))).))...(((((((((........)))))))))..))))))))))))))))...........))))))))))))))))))......((((((((((..(((((..........(((.((((((....))))))....)))))))))))))))))).))))))))(((((((...((((((((..((.....(((((......))))).......))...))))))))..)))))))(((.(((.(((((((((((((.......((.((((..((((((((((((((((((........))))).)).)))))))))))..)))).))....(((((..(((((((............)))))))..))))).....(((......)))))))))))))))).))).)))(((((((((...)))))))))...))))))))))))).......))))))))))))))))))))))..))))))))(((....)))......)))))))))).........((((....))))......)))))).)))))).)).)))))))))).)).)))).)))).......)).)))).)))))))))))).......))))))............)))))))))).)))..)))).)))))))).((((.((((((((.................((((((((((.((((.....)))).)))..................)))))))...))))))))))))((((.(.(((..((((((...........)))))).)))).)))).))))))..))))))((((.(..(((((....)))))..).)))).))))..))))))).)))))))).......(((((((((.((((.(((............(((((.((((.((((((((((.(((((((......))..))))).)))))).....)))))))).)))))............)))))))....)))))))))................(((((.((....)).)))))...)))).((((.((((......)))).))))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,..((((((.((...))..))))))|{(({(((,..{.((.((.((((..(((((((((....))))))))).))))..)).)),,,..((((((((.(((((((.((((...{(((((.((((((.,,,,,,,,{,....(((((((....,}))))),}............((((((......)))))).((((((({.{(((,,{{{,,,,(((((((....))))))).((((((((((........(((.....))){{.((((((((....))))).))).}|..,((((({......(((({.,....})))))..((((((((((((((.((((((((....(((((((((((((((({({{..{(((.({......)).)))))}},...((.{((((((((((((((((((((({{{.......((((((.{(({,(({......))})))}.))))))....((((((((((((((...((((((((..,{((((((({........{{,,,..}}{(((..(((((((((......(((((.((....)).))))},{{{{({.{((((({(((((((((,..((((((((.(((((................)))))....(((((.,...,.))))).,....((((((((((((((((.(((((((((...(((..{{,.((((((((((((...(({...})}.....))))))))))))(((((......))))).{{.,,.((((((((............,.(((((((((((,,,(((((((.((...,,,{({.||.,.(((((((((....)))))))))..{,|.}}})..)).))))))).((((...((((.((.(.....).)).)))))))){(((((,(,({..,})},))))),}....,,.)).))))))))))))))}))..,||)}}.)))...))))}..,)))))))...))))))))))))){{.{{{.......,}..))))))))...,.,,(((......))}}}|(((((((((.......)).)))))))|((((((((.((,{((((((((((..,{{.,,,{,.,{{({{{{({{.{({(((((({,{(((({({,((((((((((..,{,{.....{{((((({(((({.((((((((({((((....,,,,..((((((((,((.(({({({(((.{.{{(((({{{(({{{,,........,,,.})}))),|}}}}}}|{(((..((((.(({............(((({,{{{,{.|||||||,(((((.,{{,,,....,.))).)))}}......((((((....((((....))))....)))))).}}.))))).{((((((((((,,(((((..............{{{......,,||}..,|,{{|||,........{{||||,,...((((((((..(((((((((.....)))))))).)..))))))))..}}}}}}))))))))....((((((.,{{(({,,.{{(......}))....)))))....))))))((((((((((.((,...}}).)))))))))),(((,.(((((..{((......}})...))))).(((((....)))))......||||..(((......)))....,|||,..........))))})))))))|(((.......))),.}))))))..))))}}}))))))}}.}}}}}},}}||((((((......{{.,,...{,||..,,|}||||((((((((.....{{{|,}......||||((((,..((((((((,,,...,,,..))))}.})))(((({...})))).}}}}...........................}}}})),)))))).,)))}.}}}.......}))))}.}}}}}...,,......}})))))}.)},.)))))))))).((((((.{,..((((((.((((....((((.(((((....))))).)))).....)))))))))).....))))))...{((((((.,...((((((((......))))))))...}.))))))).{(((((.....)))))|((((((,{{.{(,{{{{{..,..,})}}.,}...|{{.......}},........}}.)))}}))))),.,|,{{(......))}..|,..((((.(((((((...)))))))..)))).,|||...,},.,(((((((((.,,{,{,(((((.(((((.((((((((..(((((((((((,...}))))))............))))).))))).)))..))))).))))}.,,.,.,,,,{{{{{((((((((((((...{(((((...)))))}.((((((((((((...(((((((.((((...)))).))))))){{{(.,........})}}...((((((((((((((...(((((((((((..(..(((,,((((..((((..((....))...))))..))))))))..)..))))))))))))))))).)))))))(((((..........)))))..........)))))))))))},,....))))))))))))),},,|}|}|(((.(((((((.......))))))).)))}.,.......))))))))}...}))})))|,}}.}}||,,,,,,.}}}}.,)))))))))),,{(((((((...(((.....))),......((((......}}}},,.,.......,,.,,,{{(((.,....(({.,{|...,,,.)))..,.}}))}}.})))))))....{{|..,,|},....(((((((((........)))))))))..})})))))))))))}}...........))))))))))))))))))......((((((((((..{((((...........{{.((((({....}))))).,,.,,,)))))))))))))))})))))),.(((((({,,,{{((((((,.({{{{{{{{{{,.,},,,})}}),,,}.,,}....}}}})}}}..))))))){{{.{{{.{(((((((((({({,,,,,{((,{{{{..((((((((((((((((((........)))))}})}})))))))))).,||||{|...}}}}|}}..{((((((............))))))}.....,......(((......)))})))))))))))),)}),)))|((((((((...)))))))))...)))))))))}))).......)))))))}))))))))))))))..))))))))(((....)))..}}},)))))))))}...,,{,..,,||,,..},,,.....,)))))))}})))}.)).)))))))))).)).)))).))))}......,).)))),})))))))))))...,,..)))}})....,,....,,)))))))))).))}..)))).)))))))).((((.{(((((((...............{,((({{(((({.{{{{,,...}}}}.,}},......}}}}...,,}}))))}}},},)))))))}))))((((.{.{({.,{{((((.....,,,,..)))))),))}}.}))}.))))))..)))))|((((.,..(((((....)))))..}.)))),}))}..})))))).))))))))..,....((((((((,.((({.({(,,...}},,},.{{{((,((({.,,{{{{((((.(((({{{,,..,}}}..}}})},)))))).....,}}))))),}}}}||{|......}}})))))))....})))))))).,,,...,},}...,.{{{{{.||.,,.,,.}}})).|,|,...||{{.{{({......)))).}}))))))....
Back