Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001384445.1
Sequence Length
4024 nt
GC Content
0.3782
AGUGGCCGAGGAGCGCGCGGCGGACGGCGGCCCGAGAGUAGCGCGCUGGCCGCGGGACCGGCCGCGACCGCCGCGGCCGGCCCGGAGGACGCCUGCCGCCGCCGCCGCCGCGCGCCUAGCGAGGAGAUGUGGGACAUGUGGAUUUGGGAUAUGAAUUCAUUUGAAAAACCACUUUGGGGUAUGAACGUGAUUUCUGAUGAAACUGGAUUGGAAUAAUUUUCAUGAUCUUUGUAUAUUUAUAUAUAUAUAUUUUUAAAUUUUGCAUUUGACUUAAAGUGCCAUGAGAAAAUUUGCAUACUGCAAGGUGGUCCUAGCCACCUCCUUGAUUUGGGUACUCUUGGAUAUGUUCCUGCUGCUUUACUUCAGUGAAUGCAACAAAUGUGAUGAAAAAAAGGAGAGAGGACUUCCUGCUGGAGAUGUUCUAGAGCCAGUACAAAAGCCUCAUGAAGGUCCUGGAGAAAUGGGGAAACCAGUCGUCAUUCCUAAAGAGGAUCAAGAAAAGAUGAAAGAGAUGUUUAAAAUCAAUCAGUUCAAUUUAAUGGCAAGUGAGAUGAUUGCACUCAACAGAUCUUUACCAGAUGUUAGGUUAGAAGGGUGUAAAACAAAGGUGUAUCCAGAUAAUCUUCCUACAACAAGUGUGGUGAUUGUUUUCCACAAUGAGGCUUGGAGCACACUUCUGCGAACUGUCCAUAGUGUCAUUAAUCGCUCACCAAGACACAUGAUAGAAGAAAUUGUUCUAGUAGAUGAUGCCAGUGAAAGAGACUUUUUGAAAAGGCCUUUAGAGAGUUAUGUGAAAAAACUAAAAGUACCAGUUCAUGUAAUUCGAAUGGAACAACGUUCUGGAUUGAUCAGAGCUAGAUUAAAAGGAGCUGCUGUGUCUAAAGGCCAAGUGAUCACCUUCCUGGAUGCCCAUUGUGAGUGUACAGUGGGAUGGCUGGAGCCUCUCUUGGCCAGGAUCAAACAUGACAGGAGAACAGUGGUGUGUCCCAUCAUCGAUGUGAUCAGUGAUGAUACUUUUGAGUACAUGGCAGGCUCUGAUAUGACCUAUGGUGGGUUCAACUGGAAGCUCAAUUUUCGCUGGUAUCCUGUUCCCCAAAGAGAAAUGGACAGAAGGAAAGGUGAUCGGACUCUUCCUGUCAGGACACCUACCAUGGCAGGAGGCCUUUUUUCAAUAGACAGAGAUUACUUUCAGGAAAUUGGAACAUAUGAUGCUGGAAUGGAUAUUUGGGGAGGAGAAAACCUAGAAAUUUCCUUUAGGAUUUGGCAGUGUGGAGGAACUUUGGAAAUUGUUACAUGCUCACAUGUUGGACAUGUGUUUCGGAAAGCUACACCUUACACGUUUCCAGGAGGCACAGGGCAGAUUAUCAAUAAAAAUAACAGACGACUUGCAGAAGUGUGGAUGGAUGAAUUCAAGAAUUUCUUCUAUAUAAUUUCUCCAGGUGUUACAAAGGUAGAUUAUGGAGAUAUAUCGUCAAGAGUUGGUCUAAGACACAAACUACAAUGCAAACCUUUUUCCUGGUACCUAGAGAAUAUAUAUCCUGAUUCUCAAAUUCCACGUCACUAUUUCUCAUUGGGAGAGAUACGAAAUGUGGAAACGAAUCAGUGUCUAGAUAACAUGGCUAGAAAAGAGAAUGAAAAAGUUGGAAUUUUUAAUUGCCAUGGUAUGGGGGGUAAUCAGGUUUUCUCUUAUACUGCCAACAAAGAAAUUAGAACAGAUGACCUUUGCUUGGAUGUUUCCAAACUUAAUGGCCCAGUUACAAUGCUCAAAUGCCACCACCUAAAAGGCAACCAACUCUGGGAGUAUGACCCAGUGAAAUUAACCCUGCAGCAUGUGAACAGUAAUCAGUGCCUGGAUAAAGCCACAGAAGAGGAUAGCCAGGUGCCCAGCAUUAGAGACUGCAAUGGAAGUCGGUCCCAGCAGUGGCUUCUUCGAAACGUCACCCUGCCAGAAAUAUUCUGAGACCAAAUUUACAAAAAAACGAAAAAAAUAAGGAUUGACUGGGCUACCUCAGCAUACAUUUCUGCCACAUUCUUAAGUAGCAAAAAAGGAAAAGUGCUUUCCUCCUCUGCAGGAUGUAAGGUUUAUCAGCCAUUAAAACUUAGACUUCUCUAGCUUUUCACUAGCUGUGAACCAGCCUUCCUGUCCAUGGACGUGAAACUGCAUAGUAAUGAGACUGUGCACACUGAUGUUUACAAGAUUGAAAGAGUCUUUCUCCGAAAAUCAUGGUAAAGAAUACUGAGACAAUGAAAAAAAAUCAACAAAAUAUGCUUUCUGGAGAACUGUACCUUUUAUGGUUUGCUUGCACAUCAGUAGUUUCUGCUGAACGUGCUGUCAUAAUGAAGAGAUUUCCAAGAUUUUUUUUCCUGAUUAGAACUGGUAGCCAGUAUAUUAAAUAUUGAUAUAAAAAUAAAAGAACUGGAACCAGAUUCAGAAUCAUGAAAACAACAUUUUUACAACAACAAAAAAACUAUAUUAAACAGGGUUUAAAGGAAAUUAAAACAGAACUAUGAGAAGUACAAUUUGUUAUAGUAUAGUAUCAAAUUUCUAUAUAGAUUUUAUACCUCAGUGGGGAAAAAUAACUGAUUCCAAUGACAUUCAUUUUGUUUUCAUCUGUGAUAGUCAUGGAUGCUUUUAUUUUCCUUGGGGUGCUGAAAUUGAGCUGAAAAAAAAAGGCUCUUUGAAUAUAGUUUUAAUUUCUCUCUACAGUUUUUUUUGUUUGGUUUGUGGGCUGUUGGAAUUGUAAUUUUUAAUUGCCUUCUAAAAAAUGGAAAUUUAACAAUGUCUGAUCUCAGCUGAACAAAUUAGAUGUUUCAGUUGCUCUUGGGUCAACUGGCUUACAGAUUUACAUGUGCACACACACACAAAUUUCUUAUCACAUUUUCGACUUCUUCACUUGACCUAACUGAUUAUGCGAAAUACCCAAGAUUCAUGCUACUGUACCACAGAUUUGUUUUCACAGCAAUAAAUCUUCAGUUCUUUGUUUAUGAUUCCACUUAACAAAAGGCCUGCAGAAGUGAUUUAUUAUUUGGGUAUUUGGAGAUAAUACAUUUGAUGGUUUUUUGGAAAACCUUUUUCACUCCAUACUCAGAUAUGCUUCAUUGUCAAAUGCAUAUUUAGAUUAGAUUAUUGAAUUGUAAUGUUUAUCUGCUGCUUUUUUUAAAUAAAAUUUGACUGAAAAUGUUUAAUUGGCAUUUUUUAAUGACUUAGCCAAAGAAGUGCAGCUAUUAUUCCAUAUUAAUAGGCUUGCAUUUCUUUUCCUAAAUCUUAUUUAGGCUAAAUCAGUUUUAUUUUUCUCUGAUUUUUUUUAAUACCACAGAAUCACCUGAGUGUCAAUUGAAAGUUGUCAAUUAAAAGGUAACCUUUUAAUCUCGUAGGAGGAAUCUCAUUAAGACAUUUUUCCUGAUAUGUAGAGCAGUCUGUUGGCAAAAAUGCAUAUAUUUUCUUUCAUAUUUGUAAAAUUAUAUUUAAUGGAAUUCUUUUCUUUGAUUAUCAAGGACUUUCACUGCAGGCAGUGCUAUUUCUUGUGCCUAAGAAUGUUUCCAAAAGUCGCAUCGCUAAUGAUAUUUGCCAAGUUGAGUGUACACAAAGUUUCUCAUAUCCUGUUCAAGUUAAUCAACAUCAAGCACAUGGGGAUGCUUUAGGGUGAGUCUAUAGUACAAAAUGCAUAAACCAUGUCCCCAGGAAAUUUGAAAGGAAGCAGGUGCUGAAUGGAAUUUUUUUCCUUUUCCAUGAGCUGUGUUAAUUCUAUCUCCAGUAGGCCUAAUGCUUGAAUAAGCAAGAUGUCUAAUCAAUAAAUUAUUUUCAUGCUCAGAAUUUCAGGUUUUUGUACUCCAGCAUAGCUUGGUCUUAUUUCUUACUGUAUGAAAGCUUAACAGCAAUGUGAUUUAAGGUUUUGUUUUAAAUGGGAGAUGUAAGUGAUUUAAUUCAUGGGUACUUUUAGAACCUGAUAGAUAAUCCCAUUGCCUUUAUUUUUCUAAUUAAAGAAUUCCUAAAUACUUUGAAAAUACAAAAUAUUCCUGAAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1081.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1163.70
Frequency: 0.0000
Diversity: 1026.91
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.((((((.(((((((((((.(((((((....(.((((.(((((.....((((.(((((((((.....)))))))))))))..)).))))))))))))))))))))))))))))..(((((((..((((..((.(((((((((.....))))))))).))....(((((((((.((((((.......(((((.(((.....(((((.(((.....)))..))))).(((((((......)))))))............((((((......))))))))).))))).....)))))).))))))))).....)))))))))))..)))).))))...(((((((((..(((.((((.((((..(((((((...((...((((((......(((((.......)))))..((((((((((((((.((((((((....(((((((((((((((((((...((((.((......)).)))))))....((.((((((((((((((((((((((..........((((((.((((.(((......))))))).))))))....((((((((((((((...((((((((....((((((((........((.....))((((..(((((((((.......((((.((....)).))))((((((((........(((((((((...((((((((.(((((................)))))....(((((.......)))))......((((((((((((((((.(((((((((...(((......((((((((((((...(((...))).....))))))))))))(((((......))))).((....((((((((..............(((((((((((...(((((((.((.....((((.(....(((((((((....)))))))))....).))))..)).))))))).((((...((((.((.(.....).)).)))))))).(((((((.((....)).))))))).......)).)))))))))))))))))....))...)))...)))))...)))))))...)))))))))))))((.((.....)).))..)))))))).....(((((......)).)))(((((((((.......)).)))))))(((((((((.(((.((((((((((..(((....(((((((....((((((((.((((((.(.((((((((((((((((..((.......(((((((((((((.(((((((((.((((..........((((((((.((.((((((((((.....((((((((((((...............)))))..)))))))((((..((((.(((............(((((.(((((....)))))(((((.(((.........))).)))))......((((((....((((....))))....))))))....))))).((((((((((((.(((((..............(((........))).....((((((..........))))))...((((((((..(((((((((.....)))))))).)..))))))))........))))))))....((((((((((((....(((......)))....))))))...))))))((((((((((.(((...))).))))))))))((((..(((((..(((......)))...))))).(((((....)))))......((((..(((......))).....))))..........)))))))))))))(((.......)))..)))))))..)))).)))))))))).)))))).))))((((((......((........))....))))))((((((((.....((((........))))((((...((((((((...........)))))..)))(((((...))))).))))...............................)).))))))..)))).))).......)))))).)))))...........)))))))).))..)))))))))).((((((.....((((((.((((....((((.(((((....))))).)))).....)))))))))).....))))))...(((((((.(...((((((((......))))))))...).))))))).((((((.....))))))..........((((.((..((....))...)).)))).............)))))).).)))))).((((((((.....))))))))....((((.(((((((...)))))))..)))).))))).)))....)))))))........(((((.(((((.((((((((..((((((((((((...)))))))............))))).))))).)))..))))).)))))..................(((((((((...((((((...)))))).((((((((((((...(((((((.((((...)))).)))))))((((..........))))...((((((((((((((...(((((((.(((..(..((((.((((..((((..((....))...))))..))))))))..)..))))))))))))))))).)))))))(((((..........)))))..........))))))))))))......))))))))).(((((((((((.(((((((((((((((((((((((.((..........)).))))))))..))))).)))))...)))))..)))))))))))((..((((.((((((((((...(((.....))).......((((........)))).........((.(((..(((......((....))......)))..))).))...)))))))).....)).)))).))...(((((((((........)))))))))..))))))))))))))))...........))))))))))))))))))......((((((((((..(((((..........(((.((((((....))))))....)))))))))))))))))).))))))))(((((((...((((((((..((.....(((((......))))).......))...))))))))..)))))))(((.(((.(((((((((((((.......((.((((..((((((((((((((((((........))))).)).)))))))))))..)))).))....(((((..(((((((............)))))))..))))).....(((......)))))))))))))))).))).)))(((((((((...)))))))))...))))))))))))).......))))))))))))))))))))))..))))))))(((....)))......)))))))))).........((((....))))......)))))).)))))).)).)))))))))).)).)))).)))).......)).)))).)))))))))))).......))))))...)).))))))).)))).))))((((....((...(((((..((((...((((..(((..(((.......)))..)))))))))))))))).))...)))).....)))..)).))))))).((((((.(((((((((...(((((.(((((.((((.....))))...((((((((.((.((((.((.(((((((..(((((.....)))))...(((((((((.(..(((((.........((((((((..((((..(((((((..(((......))).)))))))......))))....))))))))(((....)))....)))))..).)))))))))......))))))).)).)))).)).))))))))....))))).)))))................)))))..........((((((.(((....))).)))))).....))))...))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,,.,..(((,(((((((((((.(((((((....(.((((.((({(..,,.((((.(((((((((.....)))))))))))))..)).)))))))))))))))))))))))))),,.,|((((,{.,(((({,((.(((((((({.....}}}}}}))).)}.....}}}}{(({{((((((((.(((((((,((((,..,(((((.((((({..,,|||,,|,,...(((((((....,,)))))}}............((((((......)))))),||{|||||.{{((|||||}.}}|((((((....})))))),(({{{((({{.,,.....(((...,.}}}{(,((((((((....))))).))}.||..,((((({......(((({.,....})))))..((((((((((((((.((((((((....(((((((((((((((({({{..{(((.({......)).)))))}},...((.{((((((((((((((((((((({{{.......((((((.{(({,(({......))})))}.))))))....((((((((((((((...((((((((..,{((((((({........{{,,,..}}{(((..(((((((((......(((((.((....)).))))},{{{{({.{((((({(((((((((,..((((((((.(((((................)))))....(((((.,...,.))))).,....((((((((((((((((.(((((((((...(((..{{,.((((((((((((...(({...})}.....))))))))))))(((((......))))).{{.,,.((((((((............,.(((((((((((,,,(((((((.((...,,,{({.||.,.(((((((((....)))))))))..{,|.}}})..)).))))))).((((...((((.((.(.....).)).)))))))){(((((,(,({..,})},))))),}....,,.)).))))))))))))))}))..,||)}}.)))...))))}..,)))))))...))))))))))))){{.{{{.......,}..))))))))...,.,,(((......))}}}|(((((((((.......)).)))))))|((((((((.((,{((((((((((..,{{.,,,{,.,{{({{{{({{.{({(((((({,{(((({({,((((((((((..,{,{.....{{((((({(((({.((((((((({((((....,,,,..((((((((,((.(({({({(((.{.{{(((({{{(({{{,,........,,,.})}))),|}}}}}}|{(((..((((.(({............(((({,{{{,{.|||||||,(((((.,{{,,,....,.))).)))}}......((((((....((((....))))....)))))).}}.))))).{((((((((((,,(((((..............{{{......,,||}..,|,{{|||,........{{||||,,...((((((((..(((((((((.....)))))))).)..))))))))..}}}}}}))))))))....((((((.,{{(({,,.{{(......}))....)))))....))))))((((((((((.((,...}}).)))))))))),(((,.(((((..{((......}})...))))).(((((....)))))......||||..(((......)))....,|||,..........))))})))))))|(((.......))),.}))))))..))))}}}))))))}}.}}}}}},}}||((((((......{{.,,...{,||..,,|}||||((((((((.....{{{|,}......||||((((,..((((((((,,,...,,,..))))}.})))(((({...})))).}}}}...........................}}}})),)))))).,)))}.}}}.......}))))}.}}}}}...,,......}})))))}.)},.)))))))))).((((((.{,..((((((.((((....((((.(((((....))))).)))).....)))))))))).....))))))...{((((((.,...((((((((......))))))))...}.))))))).{(((((.....)))))|((((((,{{.{(,{{{{{..,..,})}}.,}...|{{.......}},........}}.)))}}))))),.,|,{{(......))}..|,..((((.(((((((...)))))))..)))).,|||...,},.,(((((((((.,,{,{,(((((.(((((.((((((((..(((((((((((,...}))))))............))))).))))).)))..))))).))))}.,,.,.,,,,{{{{{((((((((((((...{(((((...)))))}.((((((((((((...(((((((.((((...)))).))))))){{{(.,........})}}...((((((((((((((...(((((((((((..(..(((,,((((..((((..((....))...))))..))))))))..)..))))))))))))))))).)))))))(((((..........)))))..........)))))))))))},,....))))))))))))),},,|}|}|(((.(((((((.......))))))).)))}.,.......))))))))}...}))})))|,}}.}}||,,,,,,.}}}}.,)))))))))),,{(((((((...(((.....))),......((((......}}}},,.,.......,,.,,,{{(((.,....(({.,{|...,,,.)))..,.}}))}}.})))))))....{{|..,,|},....(((((((((........)))))))))..})})))))))))))}}...........))))))))))))))))))......((((((((((..{((((...........{{.((((({....}))))).,,.,,,)))))))))))))))})))))),.(((((({,,,{{((((((,.({{{{{{{{{{,.,},,,})}}),,,}.,,}....}}}})}}}..))))))){{{.{{{.{(((((((((({({,,,,,{((,{{{{..((((((((((((((((((........)))))}})}})))))))))).,||||{|...}}}}|}}..{((((((............))))))}.....,......(((......)))})))))))))))),)}),)))|((((((((...)))))))))...)))))))))}))).......)))))))}))))))))))))))..))))))))(((....)))..}}},)))))))))}...,,{,..,,||,,..},,,.....,)))))))}})))}.)).)))))))))).)).)))).))))}......,).)))),})))))))))))...,,..)))}})...,,.,,,,,})}))))}))),}}}..}}}}.}}}))))}.((((.{(((((({..,,...........,,((({{(((({.{{{{,,...}}}}.,}},,.....}}},...,}}}))))}}},},}))))))})))}((((.{.{({,{{{((((.....,,,,..))}))),)}}}.}}}}.})))))..)))))|((((.,..(((({....}))))..}.))))}}}}}..}}}}))}.)))))))))||||..((((((({,.(({{.{{{|,...}}}}},.{,{({|((({.,,||{{((((.(({({{{,,...,)}..}}})},)))))).....,}})))))})}}}}|||......}}})))))))....})))))))}......,))))}),,)|||{{.,,,,,,...||})),|,|},,.,|||,|{{{......}))}.},})}},,....
Back