Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001384674.1
Sequence Length
1780 nt
GC Content
0.5343
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Secondary Structure

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Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-646.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -676.91
Frequency: 0.0000
Diversity: 388.48
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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