Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001384817.1
Sequence Length
4307 nt
GC Content
0.5491
GUCUCCUACCUCCUCACGGCUCUUCCCGGCGCUCUCCUGGCUCCCUUCUGCCCCAGCUCCGUCUCGGCGGCGGCGGGCAGUUGCAGUGGUGCAGAAUGGCUGACCUCAGUCUUGCAGAUGCAUUAACAGAACCAUCUCCAGACAUUGAGGGAGAGAUAAAGCGGGACUUCAUUGCCACACUAGAGGCAGAGGCCUUUGAUGAUGUUGUGGGAGAAACUGUUGGAAAAACAGACUAUAUUCCUCUCCUGGAUGUUGAUGAGAAAACCGGGAACUCAGAGUCAAAGAAGAAACCGUGCUCAGAAACUAGCCAGAUUGAAGGGUCUCCAACUGAAUUCCUUGAAGAGAAAAUGGCCUACCAGGAAUACCCAAAUAGCCAGAACUGGCCAGAAGAUACCAACUUUUGUUUCCAACCUGAGCAAGUGGUCGAUCCUAUCCAGACUGAUCCCUUUAAGAUGUACCAUGAUGAUGACCUGGCAGAUUUGGUCUUUCCCUCCAGUGCGACAGCUGAUACUUCAAUAUUUGCAGGACAAAAUGAUCCCUUGAAAGACAGUUACGGAAUAGCCAGGCCAGAAGAAGGAAGGCCUGUGGUGAGUGGGACAGGAAAUGACAUCACCACCCCACCGAACAAGGAGCUCCCACCAAGCCCAGAGAAGAAAACAAAGCCUUUGGCCACCACUCAACCUGCAAAGACUUCAACAUCGAAAGCCAAAACACAGCCCACUUCUCUCCCUAAGCAGCCAGCUCCCACCACCAUUGGUGGGUUGAAUAAAAAACCCAUGAGCCUUGCUUCAGGCUUAGUGCCAGCUGCCCCACCCAAACGCCCUGCCGUCGCCUCUGCCAGGCCUUCCAUCUUACCUUCAAAAGACGUGAAGCCAAAGCCCAUUGCAGAUGCAAAGGCUCCUGAGAAGCGGGCCUCACCAUCCAAGCCAGCUUCUGCCCCAGCCUCCAGAUCUGGGUCCAAGAGCACUCAGACUGUUGCAAAAACCACAACAGCUGCUGCUGUUGCCUCAACUGGCCCAAGCAGUAGGAGCCCCUCCACGCUCCUGCCCAAGAAGCCCACUGCCAUUAAGACUGAGGGAAAACCUGCAGAAGUCAAGAAGAUGACUGCAAAGUCUGUACCAGCUGACUUGAGUCGCCCAAAGAGCACCUCCACCAGUUCCAUGAAGAAAACCACCACUCUCAGUGGGACAGCCCCCGCUGCAGGGGUGGUUCCCAGCCGAGUCAAGGCCACACCCAUGCCCUCCCGGCCCUCCACAACUCCUUUCAUAGACAAGAAGCCCACCUCGGCCAAACCCAGCUCCACCACCCCCCGGCUCAGCCGCCUGGCCACCAAUACUUCUGCUCCUGAUCUGAAGAAUGUCCGCUCCAAGGCCAAAGUAGAGAAAAAAACAGAGGCAGCUGCUACAACCCGAAAGCCUGAAUCUAAUGCAGUCACUAAAACAGCCGGCCCAAUUGCAAGUGCACAGAAACAACCUGCGGGGAAAGUCCAGAUAGUCUCCAAAAAAGUGAGCUACAGCCAUAUUCAGUCCAAGUGUGGUUCCAAGGACAAUAUUAAGCAUGUCCCUGGAGGUGGUAAUGUUCAGAUUCAGAACAAGAAAGUGGACAUCUCUAAGGUCUCCUCCAAGUGUGGGUCUAAGGCUAACAUCAAGCACAAGCCUGGUGGAGGAGAUGUCAAGAUUGAAAGUCAGAAGUUGAACUUCAAGGAGAAGGCCCAGGCCAAGGUGGGAUCCCUCGAUAAUGUGGGCCACCUACCUGCAGGAGGUGCUGUGAAGACUGAGGGCGGUGGCAGCGAGGCUCCUCUGUGUCCGGGUCCCCCUGCUGGGGAGGAGCCGGCCAUCUCUGAGGCAGCGCCUGAAGCUGGCGCCCCCACUUCAGCCAGUGGCCUCAAUGGCCACCCCACCCUGUCAGGGGGUGGUGACCAAAGGGAGGCCCAGACCUUGGACAGCCAGAUCCAGGAGACAAGCAUCUAAUGAUGACAUUCUGGUCUCGUCUUCCGUCUCCCCCGUGUUCCCCUCUUGUCUCCCCUGUUCCCCUCUCCCUUCCCUCCUCCCAUGUCACUGCAGAUUGAGACCUACAGGCUGACGUUCCGGGCAAAUGCCAGGGCCCGCACCGACCACGGGGCCGACAUUGUCUCCCGCCCCCCACACUUCCCUGGCGGCCCCAACUCGGGCUCCCGGGUCCUUGGCCCCCUUUCCCGGGCUGUCCACUAGACCAGUGAGCGCUUGGGCGCCGUGCUGGGCAGCCCGCUAGGCUCGCCUUCCCUCCUGCUUUGCGUGCCCGGGGCAGCAGCAGCCCUGCCCCACACCUCCUCUCACUCCCCAGCCUGGGCCCAUCUCCCUGCUUUGGUCUUGCCCCAUCACUGCGCCACUGCUCCGUGGAGGAGGUUGGGAGGGGGUUGGGGUGGUUGAGGCUAAGUUGGGAUCUAGGAGAGGAGAACCAGAUUCUAUCCUCAUCUUUUUUUGGUUCUUUGGUCCAAACCCAAAAGAAACUGACAUGCCCUCCCUUCUCCCUGGAUCUACCUGGAGGGAAGAGUGGAGGUGGAUUCCGAGUGGUGACAGGACGCUGACCGUGGAGCUUAAGCCACUGCCUCUCCCUCUGGUCCCACAAAUGGGCGCCCCCCCCUCCCCAUGCAGGUGGUGUCGGGCCCUUCUUGCUGCCCUGCCCCAAGUUGGGGGUCAGUGCUGCCUGUCCCCAUGCUUAACAUACCCGCCUAGCUGCUGUCACAUUUUUCUUGUUUUGUCCUUUUAUUUUUUUCUAAUAACCUAAAAACUGGCAAAAUAGUUCUGCAGGUUGAAGCCAUGUCUACAUGAAAGUCCUCAGUAAGUGUUAGAGGGAACAGGGCGGAGAUAUCCUUAUGCCACCCCCGCUGGAGGAUGUGGGCAGCUUAGGGCCCUGGAGGCGGUGCGGCAGGGAAGAGGGGUGCAGAGGCUGUGGCUGGUGAGCCGGUCAGGCACACAAGGGGCCCUUGGAGCGUGGACUGGUUGGUUUUGCCAUUUUGUUGUGUGUAUGCUGCUUUUCUUUUCUAACCAAGAGGCUGGUUUUGGCAUCUCUGUCCCAUUCCCUGGGAUCUGGUGGUCAGCCCUAGGAUAAAAAGCCAGGGCUGGAGAACAAGAAAGGGCCAGGAGAUGGAAUUCCUUCAGGCCGGCACCCACACCCUAGGACAUGUAAGCCCUCAUGUCCAAGGGAGCCUCAUGCAGAUAGUAGGAAAUCAGGUCUGGAAAUUUAAAAAUAAAAGGCAUGAGACUAAGGCUAUCUGCUUCCCUUAUGCCCUGACUGGAGAGGGGAGGGAGGAGAGGCAAGGCCCACAGAGGGCAUCCCAGCUAGGCCUUGGGAUGGCUGCAGUGAGGAGAAAUCCCGGGAACUGUAUUGACACAAAGAUUCUUAUUGCACUUGUAUUUUUUGUAUUAAAGUUUGCAUGGUUUCUAAUAAAGGAUUCAAACAUAAGUUUGUAGUGAAAUGGCCUGGGAGAUUCCAAGGGCUUCUCUGGAGGGGGAUUGGCUGCAGUGUAGAUUUGCCUCUGAGGAGGCUGCCCCAGACUUGGCCUCCUCAUGCCCCCUCCUGACCUCUGCCCUUCUCUGGUCCUGGCAUCCCUGGAGAAGGUAGGGGUCUUGACCUAAGUUUAGAUUUGAUCUCCAUGUGCAGGGAGGCUGUCCUGGGCCUGACAGGUCCUCCCCCUUUCUGAGGUAGCAGUGCCUUGUGGAGGUUUGACACCAUGUCCCUAGCUCCCCAAGCACACACCAGGAAACUGCAGGGGCUCACGGAGGAAGUGCUGCCUGGGCCAGGGGGACCAGCUUUCCUCCGUAGAGACCAUGUGCAGAACACUUCUGCUGUGCCAAGAACAUGAGGGAGCCAGUGUUUUGUCAGCAGGAAGAAAGGGCCUGCUGGGAUGAAAGUGGGAAGGAAACAGGGUUGCGUAGUCAGGAGACACCUCAGGGGCAACAGCACAGGCCCAGAGUACCUGCUGCCUCCACUGCGUCUGUCCUGGGGUCAUGAGGAUGCUGAGGUUGACGACAGGUUCCAGGUCCUUUCACUCCUUUGGCCAAAGGUUGGGGGUAGGUGGCCCAAGUGGCGUGCUCUCUAGGUAGACAACAGGAGUGGUCAGAGUUCCCUCAAAGGAUCCUCCACUCCAGAGCACCUGAGAAGGCCGGGACCAGAGGCCCUGUGUGAUGUGUACUCCGCAGCUGUUUGGGGUGGGACAUUUCUGUACUUCUCGAUUUGCUUAUGGCUCAGCCAUUACCUGUGUCAGUCCAUGAUUCUGUUGUAACAGUUUUAAGAGUAAAUAAAUAAAGCUGCCUGAUGUCCCAUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1593.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1669.81
Frequency: 0.0000
Diversity: 1048.00
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.((((((((((((..((..(((((((...(((((((.(((((((((.((((..(((((((..(((((((((((((.(((...((((.((((..((((........((((.(.(((((..((....))..)))))).))))....(((((((((...((.(((.((....((((........))))..(((.(((((((.((..((((((((..(((((.....))))).......(((......))).(((..((((.....(((......................)))..))))..)))..(((((((((..(((((..((.(((.....(((((((.((...(((.((...((((....(((....(((((...(((.((((((.......))))))...)))..))).))...)))....))))....)).))).)).)))))))......)).).))..)))))..)).))))))).))))))..((((......))))...........((((((((...........(((((.......((((.....))))((((((...........))))))(((((.((((((((.....))...)).))))..)))))..))))).(((.......)))((((((.............))))))...........)))))))).))..)).))))))).))).......))))).))))))))))).(((.....)))(((((((....)))))))................(((((((......)))))))..)))).)))).))))...))))))).)))))))))....((((((((....((((((...(((((...((((((((((((((..((((....)))).))))((((.....)))).(((((((.(((...(((((((((((((..(.(((...(((((((.(....).)))))))((((((.........))))))(((((((..(((((((....(((((((((.((((((((........))))))((((......(((.(((.((((...((((((((..(((((((((((.(((((((((((((.((((((((.((....)).))))).((((......(.(((((((((....(((((((..(((..........)))..)))))))(((....)))(((((((((((((.((..((((....((((................))))............((((........))))(((((((.((((....((..((((..........(((.(((....))))))......(((((((((..((((((..((((((((((((....((((....(((.((.......(((..(((..(((..........))))))..))).......)).)))........))))....(((....))).....((.((((.((((((..((((...(((.((((......).)))))).(((((((((.......)))))))))....)))).............)))))).)))).))..(((((.......)))))....))))))))).))).(.((((((((((.....(((.((...(((.......)))...)))))..)))))))))).)..))))))..)).)))))))..........))))..))....)))).)))))))....))))....)).))))))))..))))).))))))))).)...))))..((((((.(((((((((((......))((((((..((.(((((((((((((....((((((...((((((.((..((((((.(((.....)))))))))...)).)))))))))))).((((.........))))((((.(((((.(((((((..(((.....(((..((.(((.((((((......((((....))))...))))))))).))..)))(.((((..((.(((..(.(((((((.((.((..((((((((.((((((((((....(((((((((.((........)).)))..))))))(((.(((....))).)))((((.........)))).(((((...((((((((((((.........(((((.(((((......))))).))))).....(((((((..((((((.((.(((((..((.(((((.((((.(((((.(((.((((((..((.(((.((((..............)))).))).))..(((((((........)))))))................)))))).))))))))....((......))...............))))))))).)).)))))..)).))))))))))))))))))))..)))))...)))))((((((((((((((((((((((.................)))))))))((((.......))))....................))))).)))))))).....))))))))).).))))).))).....)).)).))))))).)..))))).)))))........)))..))))))).)))))))))....(((....))).)))))))).))))).))..))))))....))))))))))))))).((((..((((.(((......))).))))..)))).........((...))))).))))...))))))))(((((((.(((((..((........))..)))))...))))))).).))))))))))).....((((....))))....)))))))).)))).))).)))....))))(((....))).....((((..((......))..)))))).)))).)))))...))))))).)))))))))).)..))).))))))))))))).)))))))(((((((.((.(.(((((...)))))).)).).))))))))))))))))..))))).(((.((((((..(((((((((((((..((((((......))))))((((...((((((.....))))))..)))).((((((((.((........)))))))))))))).)))))).((((((((........))))...))))((...))...((((.(((((((........))))))).)))))))..)))))).)))))))))....))))))))................((((((((....((((.....))))..))))))))..))).)))).)))).)))))).))).)......(((...((.((((((((.......)))))))).))...)))))))))....)))))))..))..)))......(((((((((((.(((((((..(((((...)))))..)))).)))...)))).)))))))(((((....))))).(((((((.(((((((((((..((...))..)))).((((((((...(((..............)))..((((((((((...........))))))))))..)))))))).((((((((((.((((((((...........))))))))))))))))))..(((((.(((.......(((((((((..(((((((((((.((((((((((((.....((((.((((((((.((((((....))))))((((.(......).))))....((.((((((((.(((((...(((((..(((((.((((((((((((((((.(((((((........)))..)))))))))))))).))).)).).))))).....))))).)))))........)).)))))).)).....(.((((((((.........)))))))).).))))).))).))))......(((((.(....(((.....)))...).)))))....))))))))).).....)).)))))).)))))..))....))))))).......))).)))))(((.....)))))))))).)))))))(((((....)))))..))))))))).)))((((((((((((((((..............(((((((..((.(.(((......))).))))))))))))))))).......((((.........)))).((((.((.......)))))))))))))))(((((((((((...((((((....((((((((.((((.(((.......))).)))).....(((..((((....))))..))).)))))))).....))).)))..))))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((.(((((((((.,,,{((,.(((((((.,.(((((((.(((((((((.((((..(((((((..(((((((((((((.(((...((((.((((..((((......,,((((.(.(((((..{{....}}..))))),}))))....(((((((((...((.(((.({...,((((........)))),.(((.(((((((.((..(((((((...(((((.....)))))......{((({{(,((((..{((....,,..,,}|((||..{{,,,,,,...,..,..,|||{{||||{......(((({,((,{{((({{..,....|,..}}|||,||,.,....{({|.,...,((,....||.....||||,..,|||}((((((.......))))))...,,...)))}))}..)))}...}}}}..,.,},}}},)),)}}}},}......||{..,,},),|||{{|..|||||||{||||,,..{,,({{{,..},|{{....})}...,|||||(({......,.}}}...}}},}}}.,...,})}.,.}}||||||,,.,,..,,,,}}}}}|(((((.((((,........},.,.))})))),}},||......)}..})))))}...{,((((((.............))))))},.........,||,,,,},,,..)).))))))).))).......})))).))))))))))).(((.....)))(((((((....))))))),,..............(((((((......)))))))..)))).)))).))))...))))))).)))))))))....((((((((....((((((...(((((...((((((((({,(((,.((((....}|}}.|))|{{{|...,,,)))}{((((((.(((...(((((((((((((..(.(((...(((((((.,....}.)))))))((((((.........))))))(((((((..(((((((....(((((((((.{{((((((........))))))||{{.....,(((,(({.((({...((((((({..(((((((((((.{((((((((((((.((((((((.((....)).))))).((((......{.(((((((((..{{(,{{.,{,.,{,.{{(((((.{|||(((((((......))))))).|)}))))))}..,.((((.(...,(({,.......,),),,..))))............,{{{{........),},(((((((.((((....((..((((,{{{{{..,{(((.,,{,,|,||}}},......,{(((((((..(({((({,{{,,{{{{{{{{....||{,...,|||,{{.......{((..((({{{,...........))}}))..))}....,..)}.}},.....}}}))||....{((..,,}},......,.||||}|||||,..,{||.,.(((.((((......).)))))),,((((((((.......))))))))|{{{.||||{..........}}))),))}))))))).,((((({..{{{.},,,..}}},}))))))).|||.{.((((((((((....,((({{,...(((.......)))...,)))),.)))))))))).)..)))|||,,}}{|||}}}}}},.,}))},))))..))....)))).))))))),{{....}},..,|||||,,.}},.}))),.))))))))).)...)))),.((((((.((((((((((.......|.((((((..((.(((((((((((((....((((((...((((((.(({.((((((.(((.....)))))))))...)).)))))))))))).{(((.,,,,....))))((((.(((((.(((((((..(((....,(((..((.(((.((((((......((((....))))...))))))))).)),.)))|.{{{(..((.(((..{.(((((((.((,((,.((((((((.((((((((((....(((((((((.((........)).)))..))))}},((,(((....|||,||{((((..,,,,...,||||(((((...({{{{{{((({{.........{({((.{((((......))))}.))))).,,.,||{{(((,.,({(((,((,(((((..({.(((((.((((.{((((,(({.(({(((,,{|,|{{.{(((..{,..........)}},.))).)),.(((((((,.......)))))))..,,.........,..}}}}}}.})))}}}}....,,.,...,||,...,,,,,......))))))})).}}.))))),})),))))))))))))})))))))..)))))...}}})|(((((((({(((((({((((((.................))))))}||((((.....,.))))},},................))))))))))))))}....))))))))).).))))).))).....}).)).))))))).}..))))).))}}}....,,..)))..))))))).)))))))))....(((....})),)))))))).))))).))..))))))...}))))))))))))))),{(((,,((((.(((......))),)))),.)))}.........{{...}}))).))))...))))))))(((((((.(((((..,{........}}..)))))...))))))).}.))))))))))).....((((....))))....}))))))).}})).}}}.}}|....}|||(((....}})...,|||,{.}||.}.,,.))..)))))).)))).)))))...))))))).)))))))))).)..))).))))))))))))).))))))}(((((((.((.{.(((((...))))),.)).)}})))))))))))))))..))))).{((,(({{((,.(((((((((((((..((((((......))))))((((...((((((.....))))))..)))).{(((((((.((........)))))))))})))).)))))),((((,((((.......}}))}}.))))||,..,}...((((.(((((((........))))))).))))}))..)))))).)}}))))))....))))))))................((((((((....((((.....))))..))))))))..))).)))).)))).)))))).))).)....,,(((.,.((.((((((((,...,,.,))))))).)).}.)))))))))...}))))))).{||...,,.,,,.{((,,((,,,(({(((({((,.,,,,},,,.,))),.}))).)),.}}),,}||||||,,(((((....))))).{((((((.(((((((((,,..({..{||{.||||,((((({(({{{,((......},.}}}}},))}}|{{|||||{{|,,,,,..{,{|||}||||||,{}||||||}.(((((((({({((((((((....,,...,}))))))))))))))))))..||{{{.{{{..,,...{{{{{|{{{.{(((((((((((.((((((((((((.....(((({((,(((((.,,,,(({{{{,||||{{.((((.{..((({...})))...,,|}}}{|,.{{{{,...,{{|...(((((.((((((((((((((((.(((((((,...,,,}}}}..)))))))))))))).))).)).).)))))....,|||||{||,||..,{{{{{{..{|.,,),.))))))}}||||||||,....,,}}))))))),...))))).))).})))..,...(((((.{..{,,,(,{...})),..),)))))....))))))))).}.....)).)))))).))))).,,,....))))})),}}}}}.)))}))}})),,.....,))))))))).)))))))}}}}}}}}}...)),.))))))))).)))((((({((({(((((({.{({{.{......(((((((..{(.(.(((......))).)))))))))).},})))}}}}}}.||||{{{.{{...))))}{|{{,{,.,....,,})))))))})))))(((((((((((...((((((....(((((((({((((...))))}...|||.,,||,....{{{..((({....))))..}},.)))))))).....))).)))..))))))))))).
Back