Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001384881.1
Sequence Length
4199 nt
GC Content
0.4320
GUUUCGCUUUCCUGCGCAGAGUCUGCGGAGGGGCUCGGCUGCACCGGGGGGAUCGCGCCUGGCAGACCCCAGACCGAGCAGAGGCGACCCAGCGCGCUCGGGAGAGGCUGCACCGCCGCGCCCCCGCCUAGCCCUUCCGGAUCCUGCGCGCAGAAAAGUUUCAUUUGCUGUAUGCCAUCCUCGAGAGCUGUCUAGGUUAACGUUCGCACUCUGUGUAUAUAACCUCGACAGUCUUGGCACCUAACGUGCUGUGCGUAGCUGCUCCUUUGGUUGAAUCCCCAGGCCCUUGUUGGGGCACAAGGUGGCAGGGAUACACCAGUGCACAGAAUCCUCCACCAACAUCCAUCCCUUCAAGUGGUGAAAACAGACAAUAAUGAAAAUAAAAUAUGUGGAUGUCUCAGUGGUACGAACUUCAGCAGCUUGACUCAAAAUUCCUGGAGCAGGUUCACCAGCUUUAUGAUGACAGUUUUCCCAUGGAAAUCAGACAGUACCUGGCACAGUGGUUAGAAAAGCAAGACUGGGAGCACGCUGCCAAUGAUGUUUCAUUUGCCACCAUCCGUUUUCAUGACCUCCUGUCACAGCUGGAUGAUCAAUAUAGUCGCUUUUCUUUGGAGAAUAACUUCUUGCUACAGCAUAACAUAAGGAAAAGCAAGCGUAAUCUUCAGGAUAAUUUUCAGGAAGACCCAAUCCAGAUGUCUAUGAUCAUUUACAGCUGUCUGAAGGAAGAAAGGAAAAUUCUGGAAAACGCCCAGAGAUUUAAUCAGGCUCAGUCGGGGAAUAUUCAGAGCACAGUGAUGUUAGACAAACAGAAAGAGCUUGACAGUAAAGUCAGAAAUGUGAAGGACAAGGUUAUGUGUAUAGAGCAUGAAAUCAAGAGCCUGGAAGAUUUACAAGAUGAAUAUGACUUCAAAUGCAAAACCUUGCAGAACAGAGAACACGAGACCAAUGGUGUGGCAAAGAGUGAUCAGAAACAAGAACAGCUGUUACUCAAGAAGAUGUAUUUAAUGCUUGACAAUAAGAGAAAGGAAGUAGUUCACAAAAUAAUAGAGUUGCUGAAUGUCACUGAACUUACCCAGAAUGCCCUGAUUAAUGAUGAACUAGUGGAGUGGAAGCGGAGACAGCAGAGCGCCUGUAUUGGGGGGCCGCCCAAUGCUUGCUUGGAUCAGCUGCAGAACUGGUUCACUAUAGUUGCGGAGAGUCUGCAGCAAGUUCGGCAGCAGCUUAAAAAGUUGGAGGAAUUGGAACAGAAAUACACCUACGAACAUGACCCUAUCACAAAAAACAAACAAGUGUUAUGGGACCGCACCUUCAGUCUUUUCCAGCAGCUCAUUCAGAGCUCGUUUGUGGUGGAAAGACAGCCCUGCAUGCCAACGCACCCUCAGAGGCCGCUGGUCUUGAAGACAGGGGUCCAGUUCACUGUGAAGUUGAGACUGUUGGUGAAAUUGCAAGAGCUGAAUUAUAAUUUGAAAGUCAAAGUCUUAUUUGAUAAAGAUGUGAAUGAGAGAAAUACAGUAAAAGGAUUUAGGAAGUUCAACAUUUUGGGCACGCACACAAAAGUGAUGAACAUGGAGGAGUCCACCAAUGGCAGUCUGGCGGCUGAAUUUCGGCACCUGCAAUUGAAAGAACAGAAAAAUGCUGGCACCAGAACGAAUGAGGGUCCUCUCAUCGUUACUGAAGAGCUUCACUCCCUUAGUUUUGAAACCCAAUUGUGCCAGCCUGGUUUGGUAAUUGACCUCGAGACGACCUCUCUGCCCGUUGUGGUGAUCUCCAACGUCAGCCAGCUCCCGAGCGGUUGGGCCUCCAUCCUUUGGUACAACAUGCUGGUGGCGGAACCCAGGAAUCUGUCCUUCUUCCUGACUCCACCAUGUGCACGAUGGGCUCAGCUUUCAGAAGUGCUGAGUUGGCAGUUUUCUUCUGUCACCAAAAGAGGUCUCAAUGUGGACCAGCUGAACAUGUUGGGAGAGAAGCUUCUUGGUCCUAACGCCAGCCCCGAUGGUCUCAUUCCGUGGACGAGGUUUUGUAAGGAAAAUAUAAAUGAUAAAAAUUUUCCCUUCUGGCUUUGGAUUGAAAGCAUCCUAGAACUCAUUAAAAAACACCUGCUCCCUCUCUGGAAUGAUGGGUGCAUCAUGGGCUUCAUCAGCAAGGAGCGAGAGCGUGCCCUGUUGAAGGACCAGCAGCCGGGGACCUUCCUGCUGCGGUUCAGUGAGAGCUCCCGGGAAGGGGCCAUCACAUUCACAUGGGUGGAGCGGUCCCAGAACGGAGGCGAACCUGACUUCCAUGCGGUUGAACCCUACACGAAGAAAGAACUUUCUGCUGUUACUUUCCCUGACAUCAUUCGCAAUUACAAAGUCAUGGCUGCUGAGAAUAUUCCUGAGAAUCCCCUGAAGUAUCUGUAUCCAAAUAUUGACAAAGACCAUGCCUUUGGAAAGUAUUACUCCAGGCCAAAGGAAGCACCAGAGCCAAUGGAACUUGAUGGCCCUAAAGGAACUGGAUAUAUCAAGACUGAGUUGAUUUCUGUGUCUGAAGUUCACCCUUCUAGACUUCAGACCACAGACAACCUGCUCCCCAUGUCUCCUGAGGAGUUUGACGAGGUGUCUCGGAUAGUGGGCUCUGUAGAAUUCGACAGUAUGAUGAACACAGUAUAGAGCAUGAAUUUUUUUCAUCUUCUCUGGCGACAGUUUUCCUUCUCAUCUGUGAUUCCCUCCUGCUACUCUGUUCCUUCACAUCCUGUGUUUCUAGGGAAAUGAAAGAAAGGCCAGCAAAUUCGCUGCAACCUGUUGAUAGCAAGUGAAUUUUUCUCUAACUCAGAAACAUCAGUUACUCUGAAGGGCAUCAUGCAUCUUACUGAAGGUAAAAUUGAAAGGCAUUCUCUGAAGAGUGGGUUUCACAAGUGAAAAACAUCCAGAUACACCCAAAGUAUCAGGACGAGAAUGAGGGUCCUUUGGGAAAGGAGAAGUUAAGCAACAUCUAGCAAAUGUUAUGCAUAAAGUCAGUGCCCAACUGUUAUAGGUUGUUGGAUAAAUCAGUGGUUAUUUAGGGAACUGCUUGACGUAGGAACGGUAAAUUUCUGUGGGAGAAUUCUUACAUGUUUUCUUUGCUUUAAGUGUAACUGGCAGUUUUCCAUUGGUUUACCUGUGAAAUAGUUCAAAGCCAAGUUUAUAUACAAUUAUAUCAGUCCUCUUUCAAAGGUAGCCAUCAUGGAUCUGGUAGGGGGAAAAUGUGUAUUUUAUUACAUCUUUCACAUUGGCUAUUUAAAGACAAAGACAAAUUCUGUUUCUUGAGAAGAGAAUAUUAGCUUUACUGUUUGUUAUGGCUUAAUGACACUAGCUAAUAUCAAUAGAAGGAUGUACAUUUCCAAAUUCACAAGUUGUGUUUGAUAUCCAAAGCUGAAUACAUUCUGCUUUCAUCUUGGUCACAUACAAUUAUUUUUACAGUUCUCCCAAGGGAGUUAGGCUAUUCACAACCACUCAUUCAAAAGUUGAAAUUAACCAUAGAUGUAGAUAAACUCAGAAAUUUAAUUCAUGUUUCUUAAAUGGGCUACUUUGUCCUUUUUGUUAUUAGGGUGGUAUUUAGUCUAUUAGCCACAAAAUUGGGAAAGGAGUAGAAAAAGCAGUAACUGACAACUUGAAUAAUACACCAGAGAUAAUAUGAGAAUCAGAUCAUUUCAAAACUCAUUUCCUAUGUAACUGCAUUGAGAACUGCAUAUGUUUCGCUGAUAUAUGUGUUUUUCACAUUUGCGAAUGGUUCCAUUCUCUCUCCUGUACUUUUUCCAGACACUUUUUUGAGUGGAUGAUGUUUCGUGAAGUAUACUGUAUUUUUACCUUUUUCCUUCCUUAUCACUGACACAAAAAGUAGAUUAAGAGAUGGGUUUGACAAGGUUCUUCCCUUUUACAUACUGCUGUCUAUGUGGCUGUAUCUUGUUUUUCCACUACUGCUACCACAACUAUAUUAUCAUGCAAAUGCUGUAUUCUUCUUUGGUGGAGAUAAAGAUUUCUUGAGUUUUGUUUUAAAAUUAAAGCUAAAGUAUCUGUAUUGCAUUAAAUAUAAUAUGCACACAGUGCUUUCCGUGGCACUGCAUACAAUCUGAGGCCUCCUCUCUCAGUUUUUAUAUAGAUGGCGAGAACCUAAGUUUCAGUUGAUUUUACAAUUGAAAUGACUAAAAAACAAAGAAGACAACAUUAAAACAAUAUUGUUUCUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1206.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1288.19
Frequency: 0.0000
Diversity: 1024.32
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((.((..((((((.(((..((((((((((.(((.......(((((..((((.(.(((((.((.(...((((((.(..((......)).)))))))..).)))))).).).)))))))))))).))))))))))))).))))))(((((.........)))))(((((((......(((((.(((((.((((((.....((((...))))....)))))).))))))))))((((.....))))((((((((.(((.....(((((.(.(((((..(.(((((((......)))))).).).))))).))))))....)))....(((((((((...((((........)))).(((.((((.((...((((.((((.....(((((.((...(((((((.(((.((...(.(((((((....(((((.((((.((..(((..((((............((((((((........(((((((((..(((..((((.(((((..(((((..((.(((..(((.......(((((....))))))))..))))).)))))..)))))..))))..))).((((((((((.....(((((((((((((((((((....)))))((....))......)))))))))))........(((((..((......))..))))).........))).....))))))))))..))))))))).........))))))))))))..))))))))).)))))..)))))))))))))(((((.((..(((..(((((.((((.(((((..(((.......(((((......)))))..(((((((((....((((.(((((.....))))).))))(((((((((..((((........((((......))))..(((((....))))).................(((((..((((((...((((((.(((............))))))))).....((((.(((.((((((...((((((.(((((((((((((((((..........(((((((((.......((((((((...(((......)))....(((.(((((((((....((..(((.((..((((((.......((((((((......)))))))))))).))..)).))).))..))))))))).))).((((((((...)))))))))))))))))))))))))....((((((((((...((((((((...........................................(((.(((((((((.......((((((.(((.((((((.....)))).......)).))))))))).....(((........)))((((....(((.(((((((((...(((((((..((.((((((.(.(((..((((((((((((.(.....((....))..........(((((...))))).((((((((.(((....)))))))))))..............(((.((((((((....((((((((((..(((.(((....(((.((.((..(((((((....(((((.((.....(((((((((.....((((((.(((((.(..(((..........((((((((((((((((.(((((....)))))))))).))).((((((..........))))))...........))))))))..((((........))))..(((.....))))))..).)))))))))....))....)))))).))).....)).)))))..)))).)))....)).)).)))....))))))...)))))))...)))....)))))))).))).((((.......))))(((((((..........)))))))((((((.......))))))........(((((......))))).((((....((((((((((((....))))..)))))))).)))))))))))))))))))))))))))..))........(((((((.............))))))).((((((((((......)))))....)))))............(((..((((.(.((((....((((((((.((...)).)).))))))....)))).).))))))))))))))..))))))))).))))))).((((((((....(((((.....)))))..))))))))..(((((.(((....)))))))).))))))))).)))(((((.(((.(((..((((((((.((((((..(((((.(((((((....)))))(((..((((.(((..((((((..((((((........((((((((.(((.(....(((((........((((.((((......((((((...((........))....))))))......)))).))))....)))))...)))))))).))))..(((((((..((..........))...))))))).....((((...(((((((((((((((..........))))))))).))))))))))..(((((.((.......)).)))))))).)))))))))..))).))))))))))))))..)))))).)))))..)))..)))..(((((.(((((.....)))))...)))))...((((.............))))..))))))))......))))))))((((..((((..(...)..))))..))))............(((((((((((............)).))))))))))))))))))).((((((((.(((((.(((((.(...(((.(((((((((((...))))....(((((..((((((....))))))..)))))...((.....)).(((.(((((.......))))).)))...(((((((((((((((...)))))....(((.((((((...(((((...(((..((((.......))))..))))))))...)))))).)))...(((((((((........)))))).))).....(((.(((.(((((((.((((((((((..((((((((((((((((.......))))(((.(((...((((((((((.((((.(((((.((..(............................)..)).))))).)))))))))..))))).))).)))..))))))))))))......((((((((((..((((.((.(((.((((...(((.....)))...))))..))).)).(((((((((........((((((......))))))..))))))))))))).))))))))))................((((((((.((((....(((((.(((....))).))))).......)))).))))))))........)))))))))).)))))))..))).)))...))).)))))))....((((....))))...))))))))))...))))))....))))).))))))))....)))))))))...)))))))).))))).)...)))))).))).)))).))))))..)))))((((((.(((((((..(((((((((.((.....(((.((((((...((((......((((((..((((((((((((...........((((....))))((((((.((((((((((.....)))))))))).))))))..)))).))))))))..)))))))))).)))).)).)))((..(((((....)))))..)).......))..))).)))))).)))))))))))))((.(((((((((((.........))).)).)))).)).))))))..).))))))))..))))))))).))).))))))))).))))).))).)).)))))))))))).)))))))....)))).)))).....)))))).)))....)))))))))....((((..(((.(((((((.........))))))).))).))))(((((......)))))..)))))))).((((((......)))))))))))))..((((((.......))))))..........)).)))))))......((((((((((......)))))))))).............(((.(((((.(((.....))).))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
,(((((((.({..((((((.(((,.((((((((((.(((......,(((({..(((({..,((((.((.{...((((((....((......)),)))))))..}.)))))).,.),)))))))))))).))))))))))))}.))))))(((({.,,......}}}}){{{{(((......(((((.(((((.((((((..,,.((((...}))).,,.)))))).))))))))))((((.....))))((((((((.{((,.,,.((((,,(.(((((..{,(((((({......)))))).),).))))).)))))}.},,}}}....(((((((((...((((........)))).(((.((((.{{...((((.((((.....(((((.{(,,.(((((((.,({{((,..{,(((((((....,,,,{,{{{{,|{.||||,.||{|},....},.,,,|{{(((((...}}}},{(((,{{{,..|||,.{((({(((,{{{((((({,((.(((.{({,..},.},|((((....))))},)),,}}}}}.||||||.}}}}}{{||,}.{|||{((((((((((.....((((((((((((((((({,....)))}|((....)),.....}))))))))))........(((((..((......))..))))).........)))...,.)))))))),.}}))))),}}}}}}}.,...}))))}}|||||..,,,,,))))}}}}}}..||||||||,,||},{{{{...,{{{(,,({{{{.{||||{{{{,..|,|,..,,}}||||,......|||||..(((,((((({.{((((({((,(({{{..,|||{{{{{|{.,,,,((((((((..((({.,.{(({.....,||},..(((((....})))}.....,,,......,..(((((..((((((...((((((.(((............)))))))))....,((({.{{{.{(((((...{(((((.(((((((((((((((((..........(((((((((.......((((((((...(((......)))....{{(.(((((((((....((..(((.((..(({{{{,{{,...((((((((......))))))))}))))))..)).))).))..))))))))).}}}.((((((((...)))))))))))))))))))))))))....(((((((((({..((((((((................,{,.....,},......,,......,}(({.(((((((((.,,..,.((((((((((.((((((.....))))}......,).))))))))),((,,(({,{((,.,.}}},{(({,..(((.{((((((({...{{|||{|,,|{.((((((.,.{{{..{|{{{{{|{{||,|.{{{|||{.|.||{{{{......{{{{,..,|||||.{((({{{{,||....,||||}}}}}}}......,.......{{{||{.....{((((,(({{{{(({,,,,,.,,|||||}|}.||}}|,{{{{,|||}}},{{..,||({({(,,,,|||||,..,))))).|,}}}}}}|................((((((..((((((({,(((({....}))))))))).)))(((((((((.(((((...,,..,,.....,|,.{((..((({,(((((({......((((((((((.....)))).(((((((((({{{........||{{{{(({((,.(((((.((,(((....}}}.}}}})))........)))))|||}|{{...((((({..........))))))..})),})},...))))))))))(((((..........)))))|.((((((.......)))))).,....))))))......})))))))))).))).,,.))))).)))))}})))........})))))),)))})))))))})))))))}})}.)||}}}},..(((((((.............))))))).{{(({(((((......)))))...,})))}............,,,.,((((,(,({((....((((((((.({...}).))}})))))....)))).).)))))))))))))),,)|||||}||,||}||||.,{{|||||},|,|||||.,,{{},||}{||}}}}}))}}|{,||,|{{,,,,}))))))).))))))))).,))(((((.(({.{{{..{{{(((((.((((((..(((((.(((((((....}))))(((..((((.(((..((((((..((((({........{(((((((.(((.{....(((((..,.....((((.((((......((((((...((........))....)))))).,....)))).))))....)))))...})))))))},))}..(((((((..((..........))...)))))))...,.((((...(((((((((((((((..........)))))))))},))))))))),.(((((.((.,.....)).)))))})).)))))))))..))).))))))))))))))..)))))).)))))..}}}..|||..,((((.(((((.....))))).,,))}}|...,|||........,....})))).)))))))).,....))))))))((((..((((..,...}..))))..)))).....,,..,,,,((((((((((...{....,...)),,)))))))))))))))))).((((((((.(((((.(((({,(...(((.(((((((((((...})))....(((((..((((((....))))))..)))))...{{.....,}.(((.(((((.......))))).)))...(((((((((((((({...})))),...((({{((({{,{{(({{{...{{{..((((.......})))..|}}}},,...,}}}))}||||,,.{{{{{{{{|...,,,..}}})))))))}.,.,(((.(((.(((((((.((((((((({..{{{({((((((((((({,,,{{{||,.(((.(((...(((((((({{{((((.(((((.((..{..,.....,|,,,{{.,....}}}}...}..)).))))).)))))))))..))))).))).))).,}|||}|}|||}}......|||||{||||..,{{{,||,||}}|||.}}}|||.,..,|||,|{{{||..,}}}))}{((((((((....,{,,{(((({....,,))))))..))))))))),,,,.)))|||}}}}....,,,.........((((((((.(((,..{{(((({,(((..,..}}.)}})),,.,}}})))).))))))))........}))))))))).)))))))..))).))).,.})).)))))))....((({....})))...})))))))))...))))))....))))).))))))))....)))))))))...)))))))).))))).)...)))))}.,)),)}}}.))))))..))))|{{{(((,((({{,,..(((((,,{{..,..,..{,,...{{{,...((((,....{(({,,|,,,{|,|||}}....}}}.,,,,..,|||.,.||}|.((((((.,(((((((((.....)))))))))).))))))...}))}|||||}}}.})))))))))}.))))..)})))||}.(((((....)))))..}},.,})))))).,,)})))})),,,,,,))))),,)))}||,,|||,,||}}}......|||,|},,}}|{||.|||,,,{,|..,)))},,}))))))},}}.)))}))))}}})),))))).)))})}}))))}))))))).,,)))))....)))).)))).....}})))).)))....}))))))))....((((..(({.(((((((.,.....,.))))))).})).)))){({{(......}}}}}..)))))))}{((((((......)))))))}}}}}|,.((((((.......})))))..........)).))))))}......((((((((((......)))))))))).............(({((((((.(((.....})).))))))))..
Back