Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001384885.1
Sequence Length
3957 nt
GC Content
0.4321
GUUUCGCUUUCCUGCGCAGAGUCUGCGGAGGGGCUCGGCUGCACCGGGGGGAUCGCGCCUGGCAGACCCCAGACCGAGCAGAGGCGACCCAGCGCGCUCGGGAGAGGCUGCACCGCCGCGCCCCCGCCUAGCCCUUCCGGAUCCUGCGCGCAGAAAAGUUUCAUUUGCUGUAUGCCAUCCUCGAGAGCUGUCUAGGUUAACGUUCGCACUCUGUGUAUAUAACCUCGACAGUCUUGGCACCUAACGUGCUGUGCGUAGCUGCUCCUUUGGUUGAAUCCCCAGGCCCUUGUUGGGGCACAAGGUGGCAGGAUGUCUCAGUGGUACGAACUUCAGCAGCUUGACUCAAAAUUCCUGGAGCAGGUUCACCAGCUUUAUGAUGACAGUUUUCCCAUGGAAAUCAGACAGUACCUGGCACAGUGGUUAGAAAAGCAAGACUGGGAGCACGCUGCCAAUGAUGUUUCAUUUGCCACCAUCCGUUUUCAUGACCUCCUGUCACAGCUGGAUGAUCAAUAUAGUCGCUUUUCUUUGGAGAAUAACUUCUUGCUACAGCAUAACAUAAGGAAAAGCAAGCGUAAUCUUCAGGAUAAUUUUCAGGAAGACCCAAUCCAGAUGUCUAUGAUCAUUUACAGCUGUCUGAAGGAAGAAAGGAAAAUUCUGGAAAACGCCCAGAGAUUUAAUCAGGCUCAGUCGGGGAAUAUUCAGAGCACAGUGAUGUUAGACAAACAGAAAGAGCUUGACAGUAAAGUCAGAAAUGUGAAGGACAAGGUUAUGUGUAUAGAGCAUGAAAUCAAGAGCCUGGAAGAUUUACAAGAUGAAUAUGACUUCAAAUGCAAAACCUUGCAGAACAGAGAACACGAGACCAAUGGUGUGGCAAAGAGUGAUCAGAAACAAGAACAGCUGUUACUCAAGAAGAUGUAUUUAAUGCUUGACAAUAAGAGAAAGGAAGUAGUUCACAAAAUAAUAGAGUUGCUGAAUGUCACUGAACUUACCCAGAAUGCCCUGAUUAAUGAUGAACUAGUGGAGUGGAAGCGGAGACAGCAGAGCGCCUGUAUUGGGGGGCCGCCCAAUGCUUGCUUGGAUCAGCUGCAGAACUGCUCGUUUGUGGUGGAAAGACAGCCCUGCAUGCCAACGCACCCUCAGAGGCCGCUGGUCUUGAAGACAGGGGUCCAGUUCACUGUGAAGUUGAGACUGUUGGUGAAAUUGCAAGAGCUGAAUUAUAAUUUGAAAGUCAAAGUCUUAUUUGAUAAAGAUGUGAAUGAGAGAAAUACAGUAAAAGGAUUUAGGAAGUUCAACAUUUUGGGCACGCACACAAAAGUGAUGAACAUGGAGGAGUCCACCAAUGGCAGUCUGGCGGCUGAAUUUCGGCACCUGCAAUUGAAAGAACAGAAAAAUGCUGGCACCAGAACGAAUGAGGGUCCUCUCAUCGUUACUGAAGAGCUUCACUCCCUUAGUUUUGAAACCCAAUUGUGCCAGCCUGGUUUGGUAAUUGACCUCGAGACGACCUCUCUGCCCGUUGUGGUGAUCUCCAACGUCAGCCAGCUCCCGAGCGGUUGGGCCUCCAUCCUUUGGUACAACAUGCUGGUGGCGGAACCCAGGAAUCUGUCCUUCUUCCUGACUCCACCAUGUGCACGAUGGGCUCAGCUUUCAGAAGUGCUGAGUUGGCAGUUUUCUUCUGUCACCAAAAGAGGUCUCAAUGUGGACCAGCUGAACAUGUUGGGAGAGAAGCUUCUUGGUCCUAACGCCAGCCCCGAUGGUCUCAUUCCGUGGACGAGGUUUUGUAAGGAAAAUAUAAAUGAUAAAAAUUUUCCCUUCUGGCUUUGGAUUGAAAGCAUCCUAGAACUCAUUAAAAAACACCUGCUCCCUCUCUGGAAUGAUGGGUGCAUCAUGGGCUUCAUCAGCAAGGAGCGAGAGCGUGCCCUGUUGAAGGACCAGCAGCCGGGGACCUUCCUGCUGCGGUUCAGUGAGAGCUCCCGGGAAGGGGCCAUCACAUUCACAUGGGUGGAGCGGUCCCAGAACGGAGGCGAACCUGACUUCCAUGCGGUUGAACCCUACACGAAGAAAGAACUUUCUGCUGUUACUUUCCCUGACAUCAUUCGCAAUUACAAAGUCAUGGCUGCUGAGAAUAUUCCUGAGAAUCCCCUGAAGUAUCUGUAUCCAAAUAUUGACAAAGACCAUGCCUUUGGAAAGUAUUACUCCAGGCCAAAGGAAGCACCAGAGCCAAUGGAACUUGAUGGCCCUAAAGGAACUGGAUAUAUCAAGACUGAGUUGAUUUCUGUGUCUGAAGUUCACCCUUCUAGACUUCAGACCACAGACAACCUGCUCCCCAUGUCUCCUGAGGAGUUUGACGAGGUGUCUCGGAUAGUGGGCUCUGUAGAAUUCGACAGUAUGAUGAACACAGUAUAGAGCAUGAAUUUUUUUCAUCUUCUCUGGCGACAGUUUUCCUUCUCAUCUGUGAUUCCCUCCUGCUACUCUGUUCCUUCACAUCCUGUGUUUCUAGGGAAAUGAAAGAAAGGCCAGCAAAUUCGCUGCAACCUGUUGAUAGCAAGUGAAUUUUUCUCUAACUCAGAAACAUCAGUUACUCUGAAGGGCAUCAUGCAUCUUACUGAAGGUAAAAUUGAAAGGCAUUCUCUGAAGAGUGGGUUUCACAAGUGAAAAACAUCCAGAUACACCCAAAGUAUCAGGACGAGAAUGAGGGUCCUUUGGGAAAGGAGAAGUUAAGCAACAUCUAGCAAAUGUUAUGCAUAAAGUCAGUGCCCAACUGUUAUAGGUUGUUGGAUAAAUCAGUGGUUAUUUAGGGAACUGCUUGACGUAGGAACGGUAAAUUUCUGUGGGAGAAUUCUUACAUGUUUUCUUUGCUUUAAGUGUAACUGGCAGUUUUCCAUUGGUUUACCUGUGAAAUAGUUCAAAGCCAAGUUUAUAUACAAUUAUAUCAGUCCUCUUUCAAAGGUAGCCAUCAUGGAUCUGGUAGGGGGAAAAUGUGUAUUUUAUUACAUCUUUCACAUUGGCUAUUUAAAGACAAAGACAAAUUCUGUUUCUUGAGAAGAGAAUAUUAGCUUUACUGUUUGUUAUGGCUUAAUGACACUAGCUAAUAUCAAUAGAAGGAUGUACAUUUCCAAAUUCACAAGUUGUGUUUGAUAUCCAAAGCUGAAUACAUUCUGCUUUCAUCUUGGUCACAUACAAUUAUUUUUACAGUUCUCCCAAGGGAGUUAGGCUAUUCACAACCACUCAUUCAAAAGUUGAAAUUAACCAUAGAUGUAGAUAAACUCAGAAAUUUAAUUCAUGUUUCUUAAAUGGGCUACUUUGUCCUUUUUGUUAUUAGGGUGGUAUUUAGUCUAUUAGCCACAAAAUUGGGAAAGGAGUAGAAAAAGCAGUAACUGACAACUUGAAUAAUACACCAGAGAUAAUAUGAGAAUCAGAUCAUUUCAAAACUCAUUUCCUAUGUAACUGCAUUGAGAACUGCAUAUGUUUCGCUGAUAUAUGUGUUUUUCACAUUUGCGAAUGGUUCCAUUCUCUCUCCUGUACUUUUUCCAGACACUUUUUUGAGUGGAUGAUGUUUCGUGAAGUAUACUGUAUUUUUACCUUUUUCCUUCCUUAUCACUGACACAAAAAGUAGAUUAAGAGAUGGGUUUGACAAGGUUCUUCCCUUUUACAUACUGCUGUCUAUGUGGCUGUAUCUUGUUUUUCCACUACUGCUACCACAACUAUAUUAUCAUGCAAAUGCUGUAUUCUUCUUUGGUGGAGAUAAAGAUUUCUUGAGUUUUGUUUUAAAAUUAAAGCUAAAGUAUCUGUAUUGCAUUAAAUAUAAUAUGCACACAGUGCUUUCCGUGGCACUGCAUACAAUCUGAGGCCUCCUCUCUCAGUUUUUAUAUAGAUGGCGAGAACCUAAGUUUCAGUUGAUUUUACAAUUGAAAUGACUAAAAAACAAAGAAGACAACAUUAAAACAAUAUUGUUUCUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1138.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1221.76
Frequency: 0.0000
Diversity: 1020.10
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((.((..((((((.(((..((((((((((.(((.......(((((..((((.(.(((((.((.(...((((((.(..((......)).)))))))..).)))))).).).)))))))))))).))))))))))))).))))))((....((((((((((.(((.(((((((....(((((.(((((.((((((.....((((...))))....)))))).))))))))))((((.....)))))).)))))(.(((((((((((......((((..(((((....)))))....)).))..((((.((((((.((((.....(((((((((((((((.........((((((((((((.((.(((((.((((.((...(((((...)))))((((.......))))....)).))))..)))))....((((((((.(((((((.(((((((...........((((((((((((..((((((((...(((((((((((((((.....(((((((((((((((((((....)))))((....))......)))))))))))........(((((..((......))..))))).........))).....))))))))..)))))))....)))).....)).....))..))))))).(((((((.....((((((((..((.........((..((((......)))).))......))..))))))))........(((......))).(((..((((.(((.((.(((.((.(..((((.((((((.(((((..........((((......))))..((((((((((((.....((..(((...(((((((.(((.(((((...((((((.(((............)))))))))........((((...)))).........((.((.(((((((((((((........(((.....)))........))))))....(((......))).........(((((((.((((((.((((.......((((.(.(((.((((((((......))))))))......((((((((((((((.((((.(((...(((((((....(((((.((((((((((((((.(.(((.((...(((((.(((........))).)))))...)).))).).))....))))))))....)))).).))))...............((((((......)))))).(((((((((((.....((((.(........))))).....)))).)))))))(..(((((........))).))..).........))))))))))))))))).))))))))..)))))).)))))...........(((.......)))....((((((((.(((((....)))))))))).)))....)))))))))).))))))).....(((((((((..((((.(((((((......((((((((((.....)))).((((((((((.((((.......))))((((((..(((((.((.(((....))).)))))))........))))))((.(((...((((((..........))))))..))).)).....))))))))))(((((..........)))))(.((((((.......)))))).)....))))))......))))))))))).))).))))))......)))))))..))))...)))).).))).))))))).)))..))..)))))))))))).(((((((.............)))))))))))))))))).))))..).))...)))..)).)))........))))..))).)))))))...)))))..))))))).)))....((((((.((.(((....))).)).)))))).(((((.(((((.((((....))))))))))))))))))...))))))))...((((((.((.(((((....)))))))..))))))........)).))))))).).))))(((((.(((......((....((((((((........))).)))))..))...))).))))).......))))).))))))))))..)))).))))))))))((((.((((......((((((...((........))....))))))......)))).))))))))))).)))).)..))).))))))))))....))((..........)).(((((.((((((((((((...(((((((((((((((..........))))))))).))))))))))..(((((.((.......)).)))))..((.((((.(((((((((.(((.((.((((........))))...((.(((.(((((((...((((((..........(((((....((..((((((((((((......(((((.((((..((((..(((.(((.((((..((((..(...)..))))..)))).))))))..))))((((((((((............)).))))))))..........((((((((....)))..))))))))).)))))..........))))).)))))))....)).......)))))((((....((..(((((((((((...(((((((.((........(((((..........)))))..(((((.(((...(((((((..(((((....(((.((((.......(((((((.(((((...........)))))........(((((((..((((...((((.....))))(((.(((.(((((((.((((((((((..((((((((((((((((.......))))(((.(((...((((((((((.((((.(((((.((..(............................)..)).))))).)))))))))..))))).))).)))..))))))))))))......((((((((((..((((.((.(((.((((...(((.....)))...))))..))).)).(((((((((........((((((......))))))..))))))))))))).))))))))))................((((((((.((((....(((((.(((....))).))))).......)))).))))))))........)))))))))).)))))))..))).)))...(((((((.(((((...)))))..........((.((......))))((((((.........)))))).....((((......))))............)))))))......)))).)))))))......((((((((.(((((((..(((((((((.((.....(((.((((((...((((......((((((..((((((((((((...........((((....))))((((((.((((((((((.....)))))))))).))))))..)))).))))))))..)))))))))).)))).)).)))((..(((((....)))))..)).......))..))).)))))).)))))))))))))))........))))))).......)))))))...))))).)))))))....))))))))....(((((........))))))).)))))))))))))).))))..))...))))..........))))))..))))))).))).))(((((((..((((.((((..(((.(((((((.........))))))).))).)))).)))).)))))))..............((((((......)))))))).))).)))))))))..)))))))))))))).))))))).)))))))......((((((((((......)))))))))).............(((.(((((.(((.....))).))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
,(((((((.((.,((((((.({{,.((((((((((.(((......,(((({..(((({..,((((.((.{...((((((....((......)),)))))))..}.)))))).,.),)))))))))))).))))))))))})}.))))))|(||..{({{{{{{{{.{{{,{{(((({,...(((((.(((((.((((((..,,.((((...}))).,,.)))))).))))))))))((((.....))))}}.}}}}}|,(((((((((((..,...((({.,(((((....))))).,..)).}},,((((.((((((.((({....,{((((((((((((((.........((((((((((((.((.,(,{{.((.,(((.((((((((((({{{.{({{,(((...,,({{((.{{(((,|..,{{(({..{.(((.((,...}}.}}|,|,,}}}}),,},.))}}),,{{{{(((((.{{{{,((((.,,(((((((((((((((.....((((((((((((((((({,....)))}|((....)),.....}))))))))))........(((((..((......))..))))).........)))...,.))))))))..)))))))..,,)))).,....}}||,|(((((.......)))))|,|||..((((((((..((..,......{(..{(({...,..)))).},....}.))..)))))))).......}|||,..,|||||,{{,,.{{{({(((.((.(((,((.{..((((.{(((((.(((((..........{(({......}))}..((((((((((((.....((..(((...(((((((.(((.{((((...{(({((,(((............|}}}}}}||,,{..,..,,.,.,..,.|||,,.....,,,|..,{{,{({{(((({..........{,||,,|}}...,,.,,}}}})},...(((......))).........(((((((.((((({{((((.....{,((({.{.{{{.((((((((......)))))))).,|||,{{{((((((((((,{((((.(((...(((((((....(((({{((((((((((({,..,{(({,,((((.(({{{((,..,}}))),))})|||{{{,||.,}}}}}))}}.,)))))))}....)))).).))))..,,....,{{{,..,|||||.{({{{|||,||..,,,|||||||}}}}.,,,,.{.........,}}}.....||||{.|||||{{,.....,.,.}.,}}))).))}}).........))))))))))))))))),}))))))).,}}}))).}|}|},.,,.......|||.....}))))....((((((({,(((({....}))))))))).)))....)))))))))).))))))).....(((((((((..((({,(((((((......((((((((((.....)))).(((((((((({{{........||{{{{(({((,.(((((.((,(((....}}}.}}}})))........)))))|||}{({...((((((..........))))))..})),})},,..))))))))))(((((..........)))))|.((((((.......)))))).,....))))))......))))))))))).))).)))))).,,,..,})))))}}))})...)))).}.))).))))))).)))..))..)))))))))))).(((((((.............)))))))))))))))))}.))))..,.)).,.)))..)).))}........,)}}((((,(,({((....((((({{{.||...}}.))}})}}}}.,..}}}).}.}})))))))))))))}.(((((.(((((.((({....)))))))))))))).((((..((|(({.....)))))..)))).})}.)))))),))))),))),)}.,,.)..)).))))))).)})))){((((.(((......{,.{..((((((((........))).)))))..))...))).))))).......))))).))))))))))..}}}),))))))))))((((.((((......((((((...((........))....)))))).,....)))).)))))))))))}}))),||,}}},}}}}}}}}}}...}}}||....))..,,)).(((((.((((((((({{{...(((((((((((((((..........)))))))))}})))))}}}}..(((((.((.,.....)).)))))..|..((((.(((((((((.(({.(({(((({...,{{,.{|...,|,}|||..,,,|}}}}}|}(((((.....)))}|{{{{.,,|{{..((((((((((((..,..{(((((.((((..{(((..{((.(((.((((..((((..{...}..))))..)))).))}}))..)))}((((((((((...,....,...)),}))))))),,,,,.....{{||||{{..,,|},..})))))))).)))))}.,.......))))).)))))))....,||,,{,..},)))|||({{..((..(((((((((((...(((((((.(({..,,..,(((((..........))))}.,{||{{{(((,..(((((((..(((((.,,..,,.{{,|||.....(((((((,{(((({......}}}})}}||,,,,...,(((((({,,{(({,{{{{{|.,,,.||}}{{{.{{{.(((((((.((((((((({..{{{{{((((((((((({,,,{{{||..(((.(((...(((((((({{{((((.(((((.((..{..,.....,|,,{{{.,....}}}}...}..)).))))).)))))))))..))))).))).))).,||||}|||||}}......|||||{||||..,{{,,||,}}}}}}|.}}}|||.,..,|||,|{{{||..}}}})}}{((((((((....,{,,{(((({....,,))))))..))))))))),,,,.))}|||}}},....,,,.........{(((((((.(((,..{{(((({{(({..,,,}},)},))}}.,}}})))).))))))))........}))))))))).))))))}.,))),}}).,.{{{{{{{.{{{{,..,|}}},..,.,.....{{.{{,{,....,,,{{{{{|.,...,,..)))))),|||.((((......)))).,}},|.....,}}}}|}}...}},}}}}.}}})}}}......((((((((.(((((((..(((((((((.,{..{..(((.,,((((..,((((....,,((((((..(({{{{{{{,,,...,,......{{({....|}},((((((.,(((((((((.....)))))))))).))))))..,})),)}}))))).,)))))))))}.)))).,,.})}((..(((((....)))))..))....,,.))..))).)))))).)))))))))))))))...,,...))))))).......)),}},,...))))).)))))))....)))))))),...,{{{{....,},.}}))))).))))))))))))))}})))..))..})),}...,,,,,,.},||||..||||}}|,|||{{|..,,,,}}}}|,,.((((..(({.(((((((.,.....,.))))))).})).)))),}}}|||||..,,.,,,..}}}},..(((((((......)))))))}.))).)))))))))..)))),))))))))).))))))).))))))).,....((((((((((......)))))))))).............(({((((((.(((.....})).))))))))..
Back