Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001384968.1
Sequence Length
4371 nt
GC Content
0.5861
AGUUUCGUGCAGAGCGCGGAGGAGCCGCGAGCGCUGAGGGAGUCUGCACUAUGGAAACAACCUGUCAAUCCAGCUCAAGGCACACAUAGCCCAGACACCCAUGAGACCCUCUCCGUGGGGACCCUAGAGCACCUAUCAUGAACGAGGAGACCAAGGCUGGCUCCUCAUGGACCCCGUUGGCCUCCAGCUCGGCAACAAGAACCUGUGGAGCUGUCUUGUGAGGCUGCUCACCAAAGACCCAGAAUGGCUGAACGCCAAGAUGAAGUUCUUCCUCCCCAACACGGACCUGGAUUCCAGGAACGAGACCUUGGACCCUGAACAGAGAGUCAUCCUGCAACUCAACAAGCUGCAUGUCCAGGGUUCGGACACCUGGCAGUCUUUCAUUCAUUGUGUGUGCAUGCAGCUGGAGGUGCCUCUGGACCUGGAGGUGCUGCUGCUGAGUACUUUUGGCUAUGAUGAUGGGUUCACCAGCCAGCUGGGAGCUGAGGGGAAAAGCCAACCUGAAUCUCAGCUCCACCAUGGCCUGAAGCGCCCACAUCAGAGCUGUGGGUCCUCACCCCGCCGGAAGCAGUGCAAGAAGCAGCAGCUAGAGUUGGCCAAGAAGUACCUGCAGCUCCUGCGGACCUCUGCCCAGCAGCGCUACAGGAGCCAAAUCCCUGGGUCAGGGCAGCCCCACGCCUUCCACCAGGUCUAUGUCCCUCCAAUCCUGCGCCGGGCCACAGCAUCCUUAGACACUCCGGAGGGGGCCAUUAUGGGGGACGUCAAGGUGGAAGAUGGUGCUGACGUGAGCAUCUCGGACCUCUUCAACACCAGGGUUAACAAGGGCCCGAGGGUGACCGUGCUUUUGGGGAAGGCUGGCAUGGGCAAGACCACGCUGGCCCACCGGCUCUGCCAGAAGUGGGCAGAGGGCCAUCUGAACUGUUUCCAGGCCCUGUUCCUUUUUGAAUUCCGCCAGCUCAACUUGAUCACGAGGUUCCUGACACCGUCCGAGCUCCUUUUUGAUCUGUACCUGAGCCCUGAAUCGGACCACGACACUGUCUUCCAGUACCUGGAGAAGAACGCUGACCAAGUCCUGCUGAUCUUUGAUGGGCUAGAUGAGGCCCUCCAGCCUAUGGGUCCUGAUGGCCCAGGCCCAGUCCUCACCCUUUUCUCCCAUCUCUGCAAUGGGACCCUCCUGCCUGGCUGCCGGGUGAUGGCUACCUCCCGUCCAGGGAAGCUGCCUGCCUGCCUGCCUGCAGAGGCAGCCAUGGUCCACAUGUUGGGCUUUGAUGGGCCACGGGUGGAAGAAUAUGUGAAUCACUUCUUCAGCGCCCAGCCAUCGCGGGAGGGGGCCCUGGUGGAGUUACAGACAAAUGGACGUCUCCGAAGCCUGUGUGCGGUGCCCGCACUGUGCCAAGUCGCCUGUCUCUGCCUCCACCAUCUGCUUCCUGACCACGCCCCAGGCCAGUCUGUGGCCCUCCUGCCCAACAUGACUCAGCUCUAUAUGCAGAUGGUGCUCGCCCUCAGCCCCCCUGGGCACUUGCCCACCUCGUCCCUACUGGACCUGGGGGAGGUGGCCCUGAGGGGCCUGGAGACAGGGAAGGUUAUCUUCUAUGCAAAAGAUAUUGCUCCACCCUUGAUAGCUUUUGGGGCCACUCACAGCCUGCUGACUUCCUUCUGCGUCUGCACAGGCCCUGGGCACCAGCAGACAGGCUAUGCUUUCACCCACCUCAGCCUGCAGGAGUUUCUUGCUGCCCUGCACCUGAUGGCCAGCCCCAAGGUGAACAAAGACACACUUACCCAGUAUGUUACCCUCCAUUCCCGCUGGGUACAGCGGACCAAAGCUAGACUGGGCCUCUCAGACCACCUCCCCACCUUCCUGGCGGGCCUGGCAUCCUGCACCUGCCGCCCCUUCCUUAGCCACCUGGCGCAGGGCAAUGAGGACUGUGUGGGUGCCAAGCAGGCUGCUGUAGUGCAGGUGUUGAAGAAGUUGGCCACCCGCAAGCUCACAGGGCCAAAGGUUGUAGAGCUGUGUCACUGUGUGGAUGAGACACAGGAGCCUGAGCUGGCCAGUCUCACCGCACAAAGCCUCCCCUAUCAACUGCCCUUCCACAAUUUCCCACUGACCUGCACCGACCUGGCCACCCUGACCAACAUCCUAGAGCACAGGGAGGCCCCCAUCCACCUGGAUUUUGAUGGCUGUCCCCUGGAGCCCCACUGCCCUGAGGCUCUGGUAGGCUGUGGGCAGAUAGAGAAUCUCAGCUUUAAGAGCAGGAAGUGUGGGGAUGCCUUUGCAGAAGCCCUCUCCAGGAGCUUGCCGACAAUGGGGAGGCUGCAGAUGCUGGGGUUAGCAGGAAGUAAAAUCACUGCCCGAGGCAUCAGCCACCUGGUGAAAGCUUUGCCUCUCUGUCCACAGCUGAAAGAAGUCAGUUUUCGGGACAACCAGCUCAGUGACCAGGUGGUGCUGAACAUUGUGGAGGUUCUCCCUCACCUACCACGGCUCCGGAAGCUUGACCUGAGCAGCAACAGCAUCUGCGUGUCAACCCUACUCUGCUUGGCAAGGGUGGCAGUCACGUGUCCUACCGUCAGGAUGCUUCAGGCCAGGGAGGCGGACCUCAUCUUCCUUCUUUCCCCGCCCACAGAGACAACUGCAGAGCUACAAAGAGCUCCAGACCUGCAGGAAAGUGACGGCCAGAGGAAAGGGGCUCAGAGCAGAAGCUUGACGCUCAGGCUGCAGAAGUGUCAGCUCCAGGUCCACGAUGCGGAGGCCCUCAUAGCCCUGCUCCAGGAAGGCCCUCACCUGGAGGAAGUGGACCUCUCAGGGAACCAGCUGGAAGAUGAAGGCUGUCGGCUGAUGGCAGAGGCUGCAUCCCAGCUGCACAUCGCCAGGAAGCUGGACCUCAGUAACAACGGGCUUUCUGUGGCCGGGGUGCAUUGUGUGCUGAGGGCCGUGAGUGCGUGCUGGACCCUGGCAGAGCUGCACAUCAGCCUGCAGCACAAAACUGUGAUCUUCAUGUUUGCCCAGGAGCCAGAGGAGCAGAAGGGGCCCCAGGAGAGGGCUGCAUUUCUUGACAGCCUCAUGCUCCAGAUGCCCUCUGAGCUGCCUCUGAGCUCCCGAAGGAUGAGGCUGACACAUUGUGGCCUCCAAGAAAAGCACCUAGAGCAGCUCUGCAAGGCUCUGGGAGGAAGCUGCCACCUCGGUCACCUCCACCUCGACUUCUCAGGCAAUGCUCUGGGGGAUGAAGGUGCAGCCCGGCUGGCUCAGCUGCUCCCAGGGCUGGGAGCUCUGCAGUCCUUGAACCUCAGUGAGAACGGUUUGUCCCUGGAUGCCGUGUUGGGUUUGGUUCGGUGCUUCUCCACUCUGCAGUGGCUCUUCCGCUUGGACAUCAGCUUUGAAAGCCAACACAUCCUCCUGAGAGGGGACAAGACAAGCAGCCUCAGUGAGUGUCCUCUGGAGCCCCCAAGCCUCACCCGCCUCUGUGCCACUCUGAAGGACUGCCCGGGACCCCUGGAACUGCAAUUGUCCUGUGAGUUCCUGAGUGACCAGAGCCUGGAGACUCUACUGGACUGCUUACCUCAACUCCCUCAGCUGAGCCUGCUGCAGCUGAGCCAGACGGGACUGUCCCCGAAAAGCCCCUUCCUGCUGGCCAACACCUUAAGCCUGUGUCCACGGGUUAAAAAGGUGGAUCUCAGGUCCCUGCACCAUGCAACUUUGCACUUCAGAUCCAACGAGGAGGAGGAAGGCGUGUGCUGUGGGUUCACAGGCUGCAGCCUCAGCCAGGAGCACGUAGAGUCACUCUGCUGGUUGCUGAGCAAGUGUAAAGACCUCAGCCAGGUGGAUCUCUCAGCAAACCUGCUGGGCGACAGCGGACUCAGAUGCCUUCUGGAAUGUCUGCCGCAGGUGCCCAUCUCCGGUUUGCUUGAUCUGAGUCACAACAGCAUUUCUCAGGAAAGUGCCCUGUACCUGCUGGAGACACUGCCCUCCUGCCCACGUGUCCGGGAGGCCUCAGUGAACCUGGGCUCUGAGCAGAGCUUCCGGAUUCACUUCUCCAGAGAGGACCAGGCUGGGAAGACACUCAGGCUAAGUGAGUGCAGCUUCCGGCCAGAGCACGUGUCCAGGCUGGCCACCGGCUUGAGCAAGUCCCUGCAGCUGACGGAGCUCACGCUGACCCAGUGCUGCCUGGGCCAGAAGCAGCUGGCCAUCCUCCUGAGCUUGGUGGGGCGACCCGCAGGGCUGUUCAGCCUCAGAGACUCCACAAGGCACACAGAGAAACUGUCCUUCCCCACACUGGAGGCCUGUGCUUUGGGAUUUAAGAAAAAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAGGUUUCAGAGGAUACUGAACUGAGGACAAAAAUAAACUGAAACGAAGUUCU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1789.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1864.72
Frequency: 0.0000
Diversity: 1019.66
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((.(((...(((((((((((((..(((..(((((((((((..(((((.......(((..............)))....)))))..))))).(((((((((...))).)))))).......(((((((.((((.((((..((((.((((.(..((.(((....))))).).)))).))))(((((.(((.........))).)))))((((((((((....)))))..))))).((...((((.....))))...))..))))......((((((((((........((((((.((.(((((..((((((....(((.((....)))))..(((((.((.((.((((.((((((.(((((((((((..(((.((..(((.(((.....))).))).))))).)))))..)))))))))))).)))).)))).)))))......((((.(((((.(((((.(..((((((....((((((((((((.........)))....)))))))))....))).)))..).)))))))))).))))..))))))..........(((((((((...(((.((((.((((..((...((......))..))..)))).))))((.((((((((((((((.(((.(((((((.....(((((...)))))((((.(((...((((((((..(...(((((((.(((..(((.(.(((((...................))))).).)))......)))))))))))..)))))))).))).))))(((.(.((.((((((.((.(((.(((......)))...))))).))))))))..))))))))))).((..(((((((.(((......))).)))))))..))))).))))......)))))))))).)).)))..))))))))).(((...((((......))))...)))............(((((((((((..(((...((..((((((((.............(((((((((...((((.((....((((.((((.(((...((((((.......((.....(((.((((((.((((((.(((((.((((((((((((((.((((..(.((((((((((.((((((((....((((........((((((.......)))))).......((((((...))))))...(((((((((((((((((((..((((...(((((.((((((....)))))).)).)))...((((((((((...((.((((((((((((((((((...(((...)))))))))..))))).(((...((((((((((((..((((((((.((.(((((...((.((.((.....((....((((((...))))))...))..)).))))))))).)).))))))))...)))))))..)).)))....)))......)))))))))..))))))))))....(((.((((......)))).)))......))))..)))))))).........((..((((.....))))..))))))))))))).))))))))))))...((.(((((.....))))).)).....(((((.((((((((((((..(((((((((((((....((..((((((((((((.....((((((((...((((((.((((((.(((.(((((((.(((((.(((((((..((((((((((((...))))))((((((((.((.(.((((..(((..((((((......((((.(((.....))).))))...........((((((....))))))............(((((...)))))..........))))))...)))((((..((((.........))))))))........)))).).)).))))))))...))).))).)))))))..))))))))..))))..))).))))))..)).....))))...((((.(((((((..(((...)))))).))))))))....(((((((.((((((....(.(((......)))).))))))))))))).(((((((((......((((.........((((((((((..(((((......(((.((((((((.(((.............(((((.(((..(((((............)))))..))))))))(((((.((......)).))))))))))))..)))).))).(((((........)))))...))))).)))).))))))......))))(((((((....))).)))).........))))))))))))))))).))))))))))))..))........((((...))))(((((((((((((....(((..((.....(((((..((((((......))))))....)))))....))..))).))))))))..))))).....((((((((........)))).)))))))))))))))))....((((((((..(((((....)).)))..........))))))))))))))))).)))...)))))...)))))))))).)...))))...))))..)).)))))))).............)))))))))))))...)))).)))....))..))))))..))).)))).))))..)))).)).....))))))))).(((((.(((....(((((((((((((..(((((((((((((((((((...((((.(((.......)))))))((((((..........))))))....))))))))....(((....(((..((((((.(..(((((.((((((((((((...((((...((((((((((.(((((((((((((.(.............).))))))))).((((..((((((...))))))...))))))))))))).)))))......))))..)))).)))))))).))))).........).))))))..)))..))).((((((((((((((..(.(((((..(.((((.((((((((.....)).))))))....)))).)..))))).)..))).)))))).)))))....)))....)))))))).)))))))))................))))))))))))..(((((((((((..((((((((.(.(((....((.(((((..(.(((((((((...)).))))))).)..))))).)).)))).))))..)))).))))))))))))))))))).)).)))...))))))).))))....))))))).))))))..))))))))))..))))..))))))).))).)))))).)))))))))))))((((...(((....)))...))))....(((((......)))))............(((((((.((((((((((((((((.(((.(((((((..((.((((.(((((((...(((((((((((((...)))))....)))...)))))..))))..(((......)))(((((((...((((.(((((..((((.((((..((((.(((((((((....)).)))))))(((((.(((((...................))))))))))....(((((.(((((((....)))))))...)))))((((((.(((((..((((...)))).....).)))).)))))).....)))))))).))))((.(((((.((((((((.(((((.((.((((((...((.((.((((((...)))))))).)))))))).............)))))))..))))))))..))))).))((((((.....)))))).....((.((((((((((((((..((.((((((((........(((..((((..((((((..............)))))).)))))))..)))))))).((((........)))).))..)))).)))))))))).))((((((.(((((((((....)))))..)))).))))))..)))))))))..))))))).(((((.((((((.......))))))...))))))))))))))..)))...))))))).....((((.(((((.(.((((((.....((.((((((((((((...))))).......((((((......)))))).......))))))).))(((....)))))))))))))))))))((..(((.(((.((((((((((((.....))))(((((........)))))...))))))))))))))..)).........................))))))))))))))))..)))))))...........)))..))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
..{(((((.(((...(((((((((((((..(((..(((((((((((..(((((,...,..,{{|,.....,,|.....}},...)))))..))))).(((((((((...)))}}))))).......(((((((.,,{,.,,,,{{((((.(((,.,.,||,|||,,..||||}|}.}})).})))(((((.(((.........))).)))))((((((((((....)))))..})))).,,...{(((.....)))},{{.|....}}},,...((((((((((....,,..((((((.(({(({((..((((((....(((.((....)))))..(((((.{.{((.((((.(((({{{(((((((((((..((({{,..(((.(((.....))).))).})))).)))))..)))))))))))).)))).)))}.)))))......((((.(((((.(((((.(..((((((....(((((((((({,.........,}}...})))))))))....)))},))..).)))))))))).)))),.)))))).......{{,(((((((((.{.{{{.{{{{,{(|{.,{(,{{{{......},..}},|)))).))))((.((((((((({,{{{,{({.,,((({{{....{{{||{,,|||||{{{{,{{{...((((((((..(...(((((((,({(,,(((.(.(((((.....,........,....})))).).)))..,,..}))))))))))..)))))))).}))|)))),{{.{|{|,{{((((.((,{{{.{{{.....,))}...,}))).)))))))}..})}}|||||||{{{..(((((({.(((,,.,,.}}}.}))}))),,)))))}}),)}}},,,)))))))))).)).})),.))))))))).|||...{{{{,.....))}}...}}|||.,{,...,,.(((((((((((..(((...({..((((((((......{{{{{..(((((((((...((((.((.,{.((((.((((,(((...{||{{{......,((.....{|(,(((({(.((((((.(((((.((((((((((((((.((((..(.((((((((((.((((((({...{((((........((((((.......))))))......,((((((...))))))}..(((((((((((((((((((..((((...(({{({(({,(({{{.}}|}||{,,.|||,..((((((((((...((.((((((((((((((((((...(((...)))))))))..))))).(((...((((((((((((..((((((((.((.(((((...((.((.((.....((....((((((...)))))).}.))..)).))))))))).)).))))))))...)))))))..)).)))....)))......)))))))))..)))))))))),,,.{||,||,,.,}},},))).)),.}}...))))..)))))))).........((..((((.....))))..))))))))))))).}))))))))))).{.((.(((((,...,))))).)),....(((((,((((((((((((..(((((((((((((....{{..((((((((({,({....((((((((...((((((.((((((.(((.(((((({.(((((.(((((((..((((((((((((...))))))((((((((.((.{.((((..(((..((((((......({{{.{{{..,,,|||.}|}}...........((((((....))))))......|,..,.{{(({...}}}}}..........))))))...)))((((..((((.........))))))))........)))).}.)).))))))))...))).))).)))))))..))))))))..))))..))).)))))}.,,}.....))))...{((,,((((,|{,|{({...))))}}.)))))}))....(((((((.((((((...,{.(({...,,.}})}.))))))))))))).(((((((((......((((.........,{((((((((..(((((......,,({((,(((((.,{,.............|||||.|||}.{{(((,....|||,.,,}}}}}{{||||||}|{((((,((..{{{.,,.)))}}))),,))}}})))}))).{{{{{..,,.,..}},,,...))))).})}),))))))}.....))))(((((((....))).)))).........))))))))))))))))).))))))))))))..}}........{(((...))))(((((((((((((.,..{((..({.....(((((..((((((......))))))....)))))...,))..}}).))))))))}.,)))).....((((((((........)))).)))))))))))))))))...,({((((((..{{{((....)),}))..........))))))))))))))))).))},,.)))))...)))))))))).)...))))...))))).}}.)))))))).............)))))))))))},.|.}}}|,|||.....,})))))))..})),)))).)))).})))).)).....))))))))).||||}.((({...{{{{(((((((((..(((((((((.((((((((..(((((..((((((((..(((((({{{((((((((((({{.((((((((.......)))).))))}}..(((((((..((((..((((,({,{({..,))),},}})).)))))))))))......,((((....))))......,,......)))))))))}.)),})))))((({...)))))))))))).....)))))..))))}}})){(((.((((.....)))))))),,((({....})))...,{(({.{{{.,...((((((((((((((..{.(((((..{.((((.((((((((.....)).)))))}....)))).}..))))),)..))).)))))).))))).}}}).))))))))))))).)))))))))....,..,,}}...,,|||}}})))))}..(((((((((((..{(((((((,(,,((,,,,((.((((({,..{{(((((((...)).))))))).)}.))))).})})})).))))..)))).))))))))))))))))))).)).)))...))))))).))))..,.))))))}.))))))..))))))))))..}))),.))))))},))).)))})).))))))))))))){(((...(((....)))...)))}....{((((,...,})))),...........,(((((((.((((((((((((((((((((((,..(({..(((((((((.......(((((((,{{(((((...)))))....}}}...((({|((((((({(,({((,.{{,,.||||))|||))),||.}}}},((((.((((..((((,(((((((((....)).)))))))(((((.(((((..,..........}.....))))))))))...,(((((.(((((((....)))))))...)))))((((((.((((,..{(({...}}}}.....),)))).))))))...,.)))))))).)))){((((((((((((({..(((((((((((|,|((((({(({,.((((((...))))))|||,,((((,|,..{{......}}||||||({(((((,{{{{((((((((((.(.((((({.(.((((...(((((.((....))...))))))))).,,)))))).,.,.)))))))},)),.,|||}}.,..,,(({{{{{.,,,},,,}}}}||||,.(((.(((((((....(,(((((((..{....)..))))))),...((((((.(((((((((....)))))..)))).)))))))))))))..))),,),))|||{{{{{.((((((.......)))))),..)})))||||||,|{.,.,{||(((((|{(.||||(((,|((((,.{{({,||,.,..}||,||))}}},||||...}})))}})))))|||{{{..,,..))))))...),)))),))),,|{(((....))))).))))))},)))))),.),))),))))}.})))))).........)))))))....))).))))))..))),)))))).(((......,......................))))))))))))))))..))))))).,.........)))..)))))}....
Back