Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001384993.1
Sequence Length
4909 nt
GC Content
0.4999
GUCGCAGCCGAGGGAACAAGCCCCAACCGGAUCCUGGACAGGCACCCCGGCUUGGCGCUGUCUCUCCCCCUCGGCUCGGAGAGGCCCUUCGGCCUGAGGGAGCCUCGCCGCCCGUCCCCGGCACACGCGCAGCCCCGGCCUCUCGGCCUCUGCCGGAGAAACAGUUGGGACCCCUGAUUUUAGCAGGAUGGCCCAAUGGAAUCAGCUACAGCAGCUUGACACACGGUACCUGGAGCAGCUCCAUCAGCUCUACAGUGACAGCUUCCCAAUGGAGCUGCGGCAGUUUCUGGCCCCUUGGAUUGAGAGUCAAGAUUGGGCAUAUGCGGCCAGCAAAGAAUCACAUGCCACUUUGGUGUUUCAUAAUCUCCUGGGAGAGAUUGACCAGCAGUAUAGCCGCUUCCUGCAAGAGUCGAAUGUUCUCUAUCAGCACAAUCUACGAAGAAUCAAGCAGUUUCUUCAGAGCAGGUAUCUUGAGAAGCCAAUGGAGAUUGCCCGGAUUGUGGCCCGGUGCCUGUGGGAAGAAUCACGCCUUCUACAGACUGCAGCCACUGCGGCCCAGCAAGGGGGCCAGGCCAACCACCCCACAGCAGCCGUGGUGACGGAGAAGCAGCAGAUGCUGGAGCAGCACCUUCAGGAUGUCCGGAAGAGAGUGCAGGAUCUAGAACAGAAAAUGAAAGUGGUAGAGAAUCUCCAGGAUGACUUUGAUUUCAACUAUAAAACCCUCAAGAGUCAAGGAGACAUGCAAGAUCUGAAUGGAAACAACCAGUCAGUGACCAGGCAGAAGAUGCAGCAGCUGGAACAGAUGCUCACUGCGCUGGACCAGAUGCGGAGAAGCAUCGUGAGUGAGCUGGCGGGGCUUUUGUCAGCGAUGGAGUACGUGCAGAAAACUCUCACGGACGAGGAGCUGGCUGACUGGAAGAGGCGGCAACAGAUUGCCUGCAUUGGAGGCCCGCCCAACAUCUGCCUAGAUCGGCUAGAAAACUGGAUAACGUCAUUAGCAGAAUCUCAACUUCAGACCCGUCAACAAAUUAAGAAACUGGAGGAGUUGCAGCAAAAAGUUUCCUACAAAGGGGACCCCAUUGUACAGCACCGGCCGAUGCUGGAGGAGAGAAUCGUGGAGCUGUUUAGAAACUUAAUGAAAAGUGCCUUUGUGGUGGAGCGGCAGCCCUGCAUGCCCAUGCAUCCUGACCGGCCCCUCGUCAUCAAGACCGGCGUCCAGUUCACUACUAAAGUCAGGUUGCUGGUCAAAUUCCCUGAGUUGAAUUAUCAGCUUAAAAUUAAAGUGUGCAUUGACAAAGACUCUGGGGACGUUGCAGCUCUCAGAGGAUCCCGGAAAUUUAACAUUCUGGGCACAAACACAAAAGUGAUGAACAUGGAAGAAUCCAACAACGGCAGCCUCUCUGCAGAAUUCAAACACUUGACCCUGAGGGAGCAGAGAUGUGGGAAUGGGGGCCGAGCCAAUUGUGAUGCUUCCCUGAUUGUGACUGAGGAGCUGCACCUGAUCACCUUUGAGACCGAGGUGUAUCACCAAGGCCUCAAGAUUGACCUAGAGACCCACUCCUUGCCAGUUGUGGUGAUCUCCAACAUCUGUCAGAUGCCAAAUGCCUGGGCGUCCAUCCUGUGGUACAACAUGCUGACCAACAAUCCCAAGAAUGUAAACUUUUUUACCAAGCCCCCAAUUGGAACCUGGGAUCAAGUGGCCGAGGUCCUGAGCUGGCAGUUCUCCUCCACCACCAAGCGAGGACUGAGCAUCGAGCAGCUGACUACACUGGCAGAGAAACUCUUGGGACCUGGUGUGAAUUAUUCAGGGUGUCAGAUCACAUGGGCUAAAUUUUGCAAAGAAAACAUGGCUGGCAAGGGCUUCUCCUUCUGGGUCUGGCUGGACAAUAUCAUUGACCUUGUGAAAAAGUACAUCCUGGCCCUUUGGAACGAAGGGUACAUCAUGGGCUUUAUCAGUAAGGAGCGGGAGCGGGCCAUCUUGAGCACUAAGCCUCCAGGCACCUUCCUGCUAAGAUUCAGUGAAAGCAGCAAAGAAGGAGGCGUCACUUUCACUUGGGUGGAGAAGGACAUCAGCGGUAAGACCCAGAUCCAGUCCGUGGAACCAUACACAAAGCAGCAGCUGAACAACAUGUCAUUUGCUGAAAUCAUCAUGGGCUAUAAGAUCAUGGAUGCUACCAAUAUCCUGGUGUCUCCACUGGUCUAUCUCUAUCCUGACAUUCCCAAGGAGGAGGCAUUCGGAAAGUAUUGUCGGCCAGAGAGCCAGGAGCAUCCUGAAGCUGACCCAGGUAGCGCUGCCCCAUACCUGAAGACCAAGUUUAUCUGUGUGACACCCAAUACCAUUGACCUGCCGAUGUCCCCCCGCACUUUAGAUUCAUUGAUGCAGUUUGGAAAUAAUGGUGAAGGUGCUGAACCCUCAGCAGGAGGGCAGUUUGAGUCCCUCACCUUUGACAUGGAGUUGACCUCGGAGUGCGCUACCUCCCCCAUGUGAGGAGCUGAGAACGGAAGCUGCAGAAAGAUACGACUGAGGCGCCUACCUGCAUUCUGCCACCCCUCACACAGCCAAACCCCAGAUCAUCUGAAACUACUAACUUUGUGGUUCCAGAUUUUUUUUAAUCUCCUACUUCUGCUAUCUUUGAGCAAUCUGGGCACUUUUAAAAAUAGAGAAAUGAGUGAAUGUGGGUGAUCUGCUUUUAUCUAAAUGCAAAUAAGGAUGUGUUCUCUGAGACCCAUGAUCAGGGGAUGUGGCGGGGGGUGGCUAGAGGGAGAAAAAGGAAAUGUCUUGUGUUGUUUUGUUCCCCUGCCCUCCUUUCUCAGCAGCUUUUUGUUAUUGUUGUUGUUGUUCUUAGACAAGUGCCUCCUGGUGCCUGCGGCAUCCUUCUGCCUGUUUCUGUAAGCAAAUGCCACAGGCCACCUAUAGCUACAUACUCCUGGCAUUGCACUUUUUAACCUUGCUGACAUCCAAAUAGAAGAUAGGACUAUCUAAGCCCUAGGUUUCUUUUUAAAUUAAGAAAUAAUAACAAUUAAAGGGCAAAAAACACUGUAUCAGCAUAGCCUUUCUGUAUUUAAGAAACUUAAGCAGCCGGGCAUGGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCGAGGCGGAUCAUAAGGUCAGGAGAUCAAGACCAUCCUGGCUAACACGGUGAAACCCCGUCUCUACUAAAAGUACAAAAAAUUAGCUGGGUGUGGUGGUGGGCGCCUGUAGUCCCAGCUACUCGGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUCGCUUGAACCUGAGAGGCGGAGGUUGCAGUGAGCCAAAAUUGCACCACUGCACACUGCACUCCAUCCUGGGCGACAGUCUGAGACUCUGUCUCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAACUUCAGUUAACAGCCUCCUUGGUGCUUUAAGCAUUCAGCUUCCUUCAGGCUGGUAAUUUAUAUAAUCCCUGAAACGGGCUUCAGGUCAAACCCUUAAGACAUCUGAAGCUGCAACCUGGCCUUUGGUGUUGAAAUAGGAAGGUUUAAGGAGAAUCUAAGCAUUUUAGACUUUUUUUUAUAAAUAGACUUAUUUUCCUUUGUAAUGUAUUGGCCUUUUAGUGAGUAAGGCUGGGCAGAGGGUGCUUACAACCUUGACUCCCUUUCUCCCUGGACUUGAUCUGCUGUUUCAGAGGCUAGGUUGUUUCUGUGGGUGCCUUAUCAGGGCUGGGAUACUUCUGAUUCUGGCUUCCUUCCUGCCCCACCCUCCCGACCCCAGUCCCCCUGAUCCUGCUAGAGGCAUGUCUCCUUGCGUGUCUAAAGGUCCCUCAUCCUGUUUGUUUUAGGAAUCCUGGUCUCAGGACCUCAUGGAAGAAGAGGGGGAGAGAGUUACAGGUUGGACAUGAUGCACACUAUGGGGCCCCAGCGACGUGUCUGGUUGAGCUCAGGGAAUAUGGUUCUUAGCCAGUUUCUUGGUGAUAUCCAGUGGCACUUGUAAUGGCGUCUUCAUUCAGUUCAUGCAGGGCAAAGGCUUACUGAUAAACUUGAGUCUGCCCUCGUAUGAGGGUGUAUACCUGGCCUCCCUCUGAGGCUGGUGACUCCUCCCUGCUGGGGCCCCACAGGUGAGGCAGAACAGCUAGAGGGCCUCCCCGCCUGCCCGCCUUGGCUGGCUAGCUCGCCUCUCCUGUGCGUAUGGGAACACCUAGCACGUGCUGGAUGGGCUGCCUCUGACUCAGAGGCAUGGCCGGAUUUGGCAACUCAAAACCACCUUGCCUCAGCUGAUCAGAGUUUCUGUGGAAUUCUGUUUGUUAAAUCAAAUUAGCUGGUCUCUGAAUUAAGGGGGAGACGACCUUCUCUAAGAUGAACAGGGUUCGCCCCAGUCCUCCUGCCUGGAGACAGUUGAUGUGUCAUGCAGAGCUCUUACUUCUCCAGCAACACUCUUCAGUACAUAAUAAGCUUAACUGAUAAACAGAAUAUUUAGAAAGGUGAGACUUGGGCUUACCAUUGGGUUUAAAUCAUAGGGACCUAGGGCGAGGGUUCAGGGCUUCUCUGGAGCAGAUAUUGUCAAGUUCAUGGCCUUAGGUAGCAUGUAUCUGGUCUUAACUCUGAUUGUAGCAAAAGUUCUGAGAGGAGCUGAGCCCUGUUGUGGCCCAUUAAAGAACAGGGUCCUCAGGCCCUGCCCGCUUCCUGUCCACUGCCCCCUCCCCAUCCCCAGCCCAGCCGAGGGAAUCCCGUGGGUUGCUUACCUACCUAUAAGGUGGUUUAUAAGCUGCUGUCCUGGCCACUGCAUUCAAAUUCCAAUGUGUACUUCAUAGUGUAAAAAUUUAUAUUAUUGUGAGGUUUUUUGUCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUGGUAUAUUGCUGUAUCUACUUUAACUUCCAGAAAUAAACGUUAUAUAGGAACCGUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1668.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1756.07
Frequency: 0.0000
Diversity: 1485.86
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.(((((((((....(((.((((((((..(((....)))....)))).)))).)))........)))))))))((((((((((....((((...(((.((..(((.(((.......)))....)))..)))))))))....))))))).)))..((....((((((.((((((.......))))..))))))))....))((((.....))))))))..(((((.((((..((((((((((.(((((......))..))).....))))))))))(((........)))..(((((...(((((..((((..(((((((((((((((.......(((.(((((((((((((...............(((((...((((((((((.....(((((((((((((..........(((((((((((...((.(((....(((.((..(((.(((((((...((((..(((((.(........).))))).((((((........)))).))((((((.(((........))))))))).))))...(((((((((...((...((((...((....)).))))...)).))))))))).((((.(..(.(.((.(((((...))))).)).).)..).))))))))))).)))..))))).....)))...))....)))))))))))((((....(((((((......................))))))).))))...((((...((((..(((..((.........))..)))..))))...))))....((((..(((.(((.....))))))..)))).))))).)))))...((.((((((((((.((((((...(((((.((((.(...(((((((....(((.(((..((((((..((((((((((((.((((((((.........((((.(...).))))))))).....)))..)))).))))))))....(((((((.(.((((.....((.((((..((((((...((((................((.((.((((..((((...(((((((....)))))))....)))).)))).))..))))))))))))..)))).)))))).).)))))))..((((......))))..)))))).)))))).((...)))))))))....).))))))))).)))))).((((.........)))).))))))))))))........))))))))))))).)))))((((((((....))))))))..))))))))).)))))))......((((((((.(......).))))))))...(((((((........)))))))......(((....))).......((((....))))...((((((((((((((.(((...((((....))))..)))))))))....((((.((((..((((((((((......(((((((((((......((((.(.(((.......))).))))).((((((.((..((((...))))..)).))))))...(((((((((......((((((((((((((((((((((.............((((((.........))))))(((((((.((((...(((....((((....((((((((..(((((....))))).............(((.(((.((.((....)))).))))))...(((.(..((((((((((........).)))))..))))..).)))..(((.(((...))))))......))))))))..)))))))...)))))))))))..)))))))....((........))........))))))))))))))).......)))))))))..((((.......(((((((((((((((.(((((.(((..((((((((((...)))))))).))..))).))))).))).)))))((((((((.(((((.....(.((.....)))....))).)))))))))).....)))))))...))))......))))))))))).....))))((((((..((((....(((((...(((.........))).(((........)))....((((((.(((........))).))))))........((((((((((((((((((((.((.((((......)))))).)))).))))))..((((.((((..........))))))))(((.(((((.......(((((((((.((((.....)).)))))..))))))(((((((..((((((.(((((..((((((...)))).)).)))))...........(((((......))))).((((((((((((((((((((....)).)))))))).....((.(((.(((.....))).))).)).((((((.......).))))).((((((((((((.((....(((((((.((((..((((........))))((((.........))))(((...(((((.....((((((..(((((((((((.((((...(((............(((((((.(((((.((((((.......)))))).)))))....................((((.......)))))))))))..............)))...)).)))))))))))))...)))))))))))...)))..........)))).)))))))))))))).)))))))..)).)))))))).(((((.(((((((((..(((...(((..(.(((((...((.(((((((((.((((.(((((((((...........)))))........(((((.((((((.....((((((((.(((((.....(((........))).....))))).)))).))))....((((........))))...)))))))))))....(((.((((.((((..(((((((((.((((....(((((..(((((((........)))))))............)))))........(((...)))...(((((((((((.(((((...(((.(((..((((((((.((((.....)))))).......((((((..(((((((.(((((((.((((..((((((((...........))))))))......))))....)))))))((((...)))).......((((((((((((((((((((((.(((((((((((.(((.((((((((((.((..(....)..))))))...)))))).))))).)))))))).).))).......)))))))))))(((((.(((......))).).)))).((((((...)))))).........................))))))))..))))))).))))))..((((.....))))..((((((...(((.....)))....))))))...(((((((((((..........)))..))))))))....))))))))).))).))))))))))))))))((((((((((((((.....))))).)))))))))...)))).))))))))).))))..))))...))).......)))).))))..)))))).))).))..))))))..)))))).)))))))))(((((((((...((((((((((((((.(((((.....(((((.((.......((((((((((.(....))))))))))).......))))))).....)))))..)))..(((((((((((((..((((((((......))))))))..((((((((.((((((((((((((((((((((((....)))))((((.........))))(((.(((.(((...(((((..(.((...(((.((.(((((((((((((..((((((((.((.((.((((((((.(((((...)))))))))))))))..)).))))..))))(((.(((((.....)))))))).((((((((((((..((((((..........)))))))))))).))))))(((.((.((((.((((((.....)))))))))))).)))...))))))))))))).)))))...)))..)))))....)))))))))(((.(((......))).)))......((((.(((.((((((.((((....))))..)))))).))).))))((((((((...)))))))).(((.((...(((..........))).)).))).(((((((((((((((((...))))))))).............))))))))((((((..........))))))....))).))))))))))))))))..((((.(((((.(((((.((((((.(((.((.((.((.....))))))..)))))))))))........(((((..............)))))..................))).).)))).))))..(((....))).........))))))))..))).)))).))))))...))))))))))).....))))))))).)))))...))))))...))))))).......))))).))).((...((((((....))))))..)).....)))))))))).......(((((((....))))))).))))))))).))))))))))))))))))))..(((((((..((.((....))))))))))).....((((((...)))))).......)))))))).))))))...(((((........)))))..(((((((((((.............)))))))))))...............................))))).))))..)))))))))....)))))..............)))).))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
((({.(((((((((.,,.{((.((((((((..(((....)))....)))).)))).))),}......)))))))))(((,(((((({{{{{{{{.}}|||.||}}|{|}{{{,{....|}||...,|}|..|},}}||||....)))),))})))|.{,..,.((((((.((((((.......))))..)))))))),,..}}((((.....)))}})))..(((((.((((..((((((((((.(((({......},.}))).....))))))))))(((,((..,{,(((((((((.,......)))))...))))....||.}}}.,,,..{,,....,{{{{,,..|}|}},,|}...,,,,.{{(((((|{||,{,.(((((((((,{({(((({,{{{{(((,.{...{{({((,,.......,,.,{,..((((((.{.....}.))))))}}}}}},|,,||||}|}},}}...}.|}}}},}}}{{({{{({.(((((({{,(((((((({(........})))))))).{{{{|{.{{||||(((...{{...((((,,,((,...}}.}))),|,)}.))))})))},|||,|,.||,||,,.{||||,.,}}|}},||{|.((,{,||}{||||,((({((((...{{{{...,|,...|,...,{{({{{{{,.,{{(({{{{((,{((((({{{,.............|},|||}||}.|}|}},.,,|....,{(({.(((......|||,||||...{(((((({{,,,|||.(((,((((..(((.(((.....))))))..)))).}}}{{{{{{{{,,,{{,(((((((((({((((((...(((((.((((.(,..(((({((,...,||||}},,,{|||,..((((((((((((.((((((((.........((((.(...}.))))))))).....)))..)))).))))))))....||{{,,..|,||,,..{{,(,.,(((..((((((...,,{{..........,...}}}}}||}||||,.{{,,...((((((({{{{|||}|,,..,.|||}{||||.||,.,||{|,||,,,,..,)),,)))))).)}))),},,..{{{{..,,..}})).})))))))),))))}{||,||.}}))})),,,.).))))))))).)))))).{(((.....}}}.}},).))))))))))}}...,||..((({,{{({{{{{.|{{{{{((((({,....}}}||}},.......,,|||},..,,}....,}|||,||||},,.{{{{{{{|{|||,|...(((((((........))))))),,|...(((....))).,,..{,,((({{.,||||,,,,.{((,(({((({,,,...,{((,.{{{{||},{((...))).|||))),}}},,}}}}}}}|)).,,}}}..}}|||||,}}}||.}}.}}|||,}|}|||}}}}}}}}},.,,},,.{(((((.((..((((...))))..)).)))))}.,}||||,||,|}}}.,,|(((((((((((((((({{(((...,{{,,,,...((((((.......,.)))))),,.,,((((((.,,,{{{.,||||||.,,.((((((((..(({{,....}}}}|,,.........,,||.,(((.((.{{....)))).))))}},,,{{{,|{{(((((((({,........).))))),,)}))..}.,}},|||{.{,,..,})))}),,....))))))))||}}}},,.......})))})))).}}))))),.,,((........))........)))))))))))))))}}}}}}}.}))))}})}}||||}......{{{((((((((((((.(((((.(((..((((((((((...)))))))).))..))).))))).}||,|||||{(((((((.(((((.....({({.....}||,,,|))).)}}))))))}.....}}}}}}}.,|}}}|,....{{||||||,,,}{{{{((.((((.((((,.((((({(,(((({.,.,,(((((((.(((((((({..............((((((.(({,(,...,)))).))))))......}))))))))....||||.|||,,({{{{{,...{{{,||{||{|||,{|||||}.{{{{,.{{{,||.,,.,|,.,}},))))}||}},}}}..,,..,{{{{{{{{{.{{(({,{{,}}.)))))..)))}}}.{{||||||,..,,..{{|||}}|,{{{{...}}}}.}},)}))).,,,,{,,{.,.|}}|,,}|}},))))))}..,,,({{{{{,,.,{{{,||.,|||},.}}},..}}}.||||,.||{((({(.,,,||}}},.|||||{{.{|{{{||{}|||}||.,,..,.,})}}.,)}.})))))}))),}}.}))))}})).)))))).((((((((.(((.(,.({{({{.((.((((({(((((((((..((.(.((((((((((((((.....((((.,((((.(((((((((.((((((.......)))))).)))))............((((..,.((((.......))))...}))){{(({,,..............)))))...((((((..{,,{{.,,{{{{{.,|,,},.,,..|||}}...,,...},.)))))))))).)))).}.)))))))))))))).))))).))....)))...))))))}.))))).}}.)),..)})).,))).)))))))).{||||,||}},||||||{||||,|||||,}}}}|||||}}}},||||||||.|||||..}}}}}}}}},,,||}}..{{,.||||||}}||,.,,,....|||,.......,)))),})))}}}},....,}})})})},,}}}.....,.(({((....}})))..(((((..(((((((........))))))).,,.....,...)))))........|{{,.,||,(((.((((..((((..(((((...)))))))))..))))))).))},||.(((((....((((({....}))))).....)))))|,|},,,,|||||{||},,,,,,..},))))))}}...,{{{,|...,})))))})|}||,..,,}.........,,|||||(|||((((||||,|}}|||,,|,|||,|||,{(((((((({{({{,(,{,,|..}}}}}}...||||||{|||||,||||||||{|.||,......|}},)))))))},))))})))).,,)})))}.})))))|(((((...)))))|{{{{{{{{{{{{{{{{{{{((((({{{{{{{..,{||(|,,,.{({(({...}))}},||||{,,,...)))))),,},,.........,{{||||.,||((((((((({..........}}},,))))))),(((((((((((((,.....{(((((((.{(((((((.(((((((((((,...,))))).......,,,,{{{.,,{.,,,{.....,,,))))..,...((((((.........))))))(((.,{(((((.......)))))..},))).)))))).)))))))....}.)))))))))))))))))))))..,,{,(((.{{||,,,,|{((((((({{.{....}}}}}}))}.....,,,,))),)).,}||}}}},}}}}}||,|||||}}|||,,,..((((((((......))))))))..})}}}}},},{{{{{....,,,))))}.(((((....))))){{|,..}}..,,.})))))))},{({.{(((.((((((..((((((({,{{.(((((((((((({..((((((((.((.((.((((((((.(((({...}))))))))))))))..)).))))..)))){((.(((((.....}))))))}.(((((((((((,.,((((((..........)))))))))))).))))))(((.((.((((.((((((.....)))))))))))).))}...})))))))))))).,||||,((({(..{{(({{{.((({....,.,,,.)))).,,,,)))}).}}.))).((((.(((.((((((.((((....))))..)))))).))).))))((((((((...))))))))(((((((((..((((.((..((((((((((({(((.((((..(((((((((...))))))))),(((......))}},,,(((((...{(......}}((((((.,,.{{{(((({{.{{{{{{(,,(((..((((.(((((.((((,{((((((.(((.{{.{(,(,..,,,,}}}}}..))))))))))).....,..(((((..............))))).....,,...........))).).)))).))))..)))..,,,}}}}..,}}.}}))))...,||{{|(((((((({.,((((((,(((((...(((.((((((((.,.((((..(((((.....)))))))))..)))).)))).)))......)))))}))))),,))))))))),,.((((.........(..(((((((....)))))))..}..,....}.)))),)))).))))))....}}))).)))).)})),......((((((.....))))))...)))))))))))...)).)))))))).))))).))))}})}...)))))).))))||||(((((((({....})))))))),,))))))},....}})))))))))))))))))}}}..)))))))))))).,}},.......}})))))..,...........}))).))))).
Back