Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001385040.1
Sequence Length
3009 nt
GC Content
0.3496
GGGGGCGCACGGCGCGGAGGGCGGCGCGGGCCAGCGGGCCAGGGAAGCGCGCCGCUGGGGGCCGGGAGGAGUCCGGCCCGGCUGGUGGAGAGCAGGAAAACGUGGGGGAGGUGCUGGCGAGAGAAAGAGAACUUGCGUGAGGAGGAGGAGGAGAAACCAAAUUUAAUAAUAUUUGGCGUGGAAAUGGGAUUUGGGCGGGGGAGGCAUCUUCAAAGCAAGUAAAGAGAAAUCAACAUUAUCCCCCUUCCCCUGCACAUGCAUGUGAGGAUUACUUCCUCCCUGAGUAAAUGAAGAGAACUGAAGCAGAGAGAUCGGCAAGAAGUACGAUCUAGGCCUGUUUCAACACAAAUGAAAUCAUGUGAUGACGAAGAUGAUUACAGUUUAAGAGGUCUGUUACCAUCUGAAGGGAUAGUUCAUCUUCAUUCAGAAACUAAGCCAAAGACCAAAAACAUUGAUCCUGUAAACAAGGUUCAAAACAAAUUACACUCUGCAAAUAAAGGAAGGAAAACAAAUUCAAGUGUUAAAUUGAAAUACUCUGAUGUCCAAACUGCCGACGAUGUUGCCAUUCCAGAGGAUUUCUCAGACUUUUCCCUUGCAAAAACAAUUAGCAAAAUUGAAGGGCAACUGGAGGAAGAAGGCUUACCUGAAUAUAUAGAUGAUAUUUUUUCUGGUGUUAGUAAUGACAUUGGAACAGAAGCACAGAUCAGAUUUCUAAAGGCCAAACUCCAUGUUAUGCAGGAGGAAUUGGAUAAUGUUGUAUGUGAAUGCAAUAAAAAGGAGGAUGAAAUUCAGAAUUUAAAGUCUCAAGUAAAAAAUUUUGAAGAAGAUUUUAUGAGACAGCAGCGAACAAUUAAUAUGCAACAGUCUCAAGUAGAAAAAUACAAAACUCUUUUCGAAGAAGCAAACAAAAAGUAUGAUGGAUUACAGCAACAGUUGUCUUCAGUAGAAAGGGAAUUAGAAAAUAAAAGAAGACUGCAAAAACAGGCUGCAAGUAGUCAAAGUGCCACAGAGGUUCGCUUGAAUAGAGCUCUAGAAGAAGCAGAAAAGUAUAAACUGGAGUUAAGUAAAUUAAGGCAAAAUAACAAGGACAUAGCAAAUGAAGAACACAAAAAAAUUGAAGUGUUAAAAUCAGAAAACAAGAAGCUAGAAAAACAAAAAGGAGAAUUAAUGAUAGGGUUCAAGAAACAGUUAAAAUUAAUUGAUGUUUUAAAAAGGCAAAAGAUGCAUAUUGAAGCUGCCAAGAUGCUAUCUUUCACUGAGGAGGAAUUUAUGAAAGCACUUGAAUGGGGAAAUUCAUAAGUGAUCUACUUCAGUUAGUCUCUAUGACAGUAUGUGAUGGAUACCCAUUUUACUUAUUGUAGUGGUUUGAAUUAUUUUUAUUCUUCAUAAGUAAUAUAUUUGAUUAUGAAAGCAAAAUAAUUUCAAAGAAUUCCCUUUUUAGAUUUAGGAGAUUAGCUAUUAGCUCUUUUUGAGUUGUUUUUUAAGUUCUUAGCGUGACAAUUAAGCACAUCAGAUAAUAAAAUUCUUGACUCUUUUCAUUUAUAAUUCUCCUCCCUUACAGUAGACCAAAAAAGAUGCUUUAAAAGAAAAUUCCAAAUAUUUAUUUCCCUGGCUAAAUCAAGUAAGUAAAGUUCGUAAACACAGACAGAAGGCAGUUCACUUUGGGGUAGAGUUCUGUAUUAGUCAAGGUAAAUAUACUGUCUUGAGGAUGGGGAUGCAAACAGUGCUCUGUAGUGUUGUAGAAAUCGGAUUUUGAAAUUAUCAGUACAAAAAUAACAGCUUGAUUAAAAUUAAUUUGUAUCUGAUAAUUGUUUACAAGUUAUGAAAUUCAGUGAUGAUUUACAAAAUCCAAACAGACAAUGGAUACCUAAUGCCACUGAACUGUAAAACAAAAGUUAUGCUGACAUCUAGUGGUAACAUGCAAAAAAUCUAUGCUUUACCCAAUUUUGAUGAUAUCAUUUCUCUUCACAAAUUUCACUCCUUUGUUGAUAUACUUUCCUGAACUCUUCACCAAGCAGAUCAAUAUCAUCCUCUUUUUUAAAUACUCCCUACGAGAAAAAUACUUUGUGGGUUACUUUUGAAUACCAGAAUAUUUCACUAAAUGCUUUUAAGACUGACAGACAUAAGAUUAGUAAAGUUAUCUCCAAGGUAAUGAAAUCUAUUCAACAGAUUAAUGAAACUUUAAAAAAAUCAAUACUUUUCAAAAAAUAAGACUUUACAUAUAUAUUGAAUAUUCCUAGACUGACCCAAUUUUCUGAUUUAUCAGCUCUAGUGUAGGAGCUUUUCAUAGGAAUCUGAGCUCUUCUACAAGUUCUACUGCUUGGAUUACCUAGAUAGGAAGGCACUUCAUCUAUACUGUACCCUACCCUUUUCUUUAAAUAGCUCUAUAAUAUGAUAUAAUGGUGAGCUUCAGUAGAUUCAUGCAUGGGAUUAGUUCUUCAUGCCUCAGUUCUAUGGCUAAUCAGCAAACAGUCAAUCUUGCAGAAAAGAAUCCAGGUUUGGAGUUAAGCCAUUUAAGCAAACCCUUUGGAAUUCUUCACUGUUCUAUUUUUCUUUUCCCCUACAGUAUACUGCAAAAGGCUCUUUAAAACAAAAUUAAAUAUUUACUUAAAUUGCAAUCUAAAGAAUAAAGAAUUUUAGGGAUAACUGAAGUCAUUUGGCACCAUUAGGACCUAAAGGAUAAAGGUCAUUUUUGGAUAUCAAGUUUAUUAAUCCCUCCUGCUGCCUCCACAAUUAUUUCCUCUACAAAAAUAUCAAAUCCCAAAGAAAGACAUUCCUACAAUUUAUAAUUUAGUUUAUGAAAUGUAUUAAUUACAUAUGGAUUUUAUCAUUAAUACAUCAUUUUGUAUUCCUUAAUCCUUUCUAACCAAUUAGACUAUCAAGUCCUGUGGCCAGGCAGUAAUUACCUAUAUAUCUUUUUCCUUCCUUAGCACCAGAGUGAAUAUAAUAAAAUAAAUAUGCACUUGAUUCUACUGAAUAAAAUAUGAAAUGGCAUUUCUAUAGCUGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-685.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -747.46
Frequency: 0.0000
Diversity: 734.58
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((...))))....(((((((((((((....)))).......)))))))))..((((((((.....))))))))(((((.((((((((................((((((((.(((.(((((((((((.((.((.((((((.(((((....((((((........)))))).(.((((((((.....((((((((((((((((((.((((((..((..((((.....(((((((((...((((((((((...(((((.(((.....((((((((((((....(((((((((((((((((((..((((((..........))))))....)))))))..((((..((....))))))((..(..(((((...((((..........))))...)))))...)..))))))).)))))))))))........................((((.(((.......))).))))............((.(((......(((...........(((((........)))))...........)))....))).))....((((((......(((.....)))...((((....((((...........))))....)))))))))).))))))))..(((((....(((........((...(((((((((((((((....))))))))))).))))...))........)))...)))))...))))))))..)))))).))))..)))))))))(((((....))))).(((((((((((((((...........((((((((((((........)))))....)))))))((((((.(..((.............))..).)))))).(((......))).....(((((((...(((((((.......(((........)))........))).))))....)))))))..................((((((.......(((((....)))))...(.(((.....))).)((((.....))))....(((((..(((.(((((((((((.(((((.((((........((.................))...((((((.............((((((.((..(((((((.....(((((((((.........((((((((((((((.(((((.((((((....(((...(((.(((((((((((((((((..((((((((((.(((.......))).)))).)))))).((((((((((.(((((((((....(((....)))....)))))))))..))).)))))))......((((.((((((.(((((((....)))))..)).)))))).))))(((((((((((((.....(((((((.(((.....))).)))))))...))))))).))))))......))))))))))..((((((.((((....((((((.....))))))....)))).))))))((...........))))))))).))))))..)))))))))))..))))...))))))))))...(((.((((............)))).)))........((((..........(((((..((...(((((..((((...(((.(..((....((((((..((.((((...)))).).)..))))))....))..).).))...))))..)))))))..)))))(((((.((.(((...))).)))))))......(((((((((((((((((................((((.......(((((((((.............)))))))))......))))))))))))).))))))))..........)))).......(((((((((.(.(((.(((....))).))).)...)).)))))))............)))).)))))......)))))))..)).))))))))))))...)))).)))))...)))..)))))))).)))...))))).....)))).))....))))))))))))))).......((((((((........))))))))....(((((.....)))))..))))..))..)))))).)))).))..........((((((((((.((((.((((((..(((((..........((((((..(((((............((((((............................))))))....(((((.((((..........((((....))))...)))).)))))(((((((.(((((((((((((..................))))))))).))))....)))))))..)))))..)).)))).......((((((((((...(((.(((...........((((((((.((((((((........((((((((.....)).))))))....(((..((((((...(..(((((......((((......))))......)))))..)...))))))...)))...((((..(((((((((...((((((.................(((....)))......((..(((((....((((.....))))..)))))..)).......)))))))))))))))))))...)))))))).......))))))))))).)))))))).)))))))))))))))).)).)).)))))))))))))))).))))))......)))))))).)............((((((...........(((..((((.(((((((......))))))).))))..))).......))))))........(((((......))))))))))..))))))....(((....((((....))))...))).)).))))).............)))))))).))).)))))))).(((((.((((..........)))).))))).((((....)))).............)).)))))))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,,((((.,.}|||....{{{{{||{{((((....)))).......)))})))))..((((((((.....))))))))..((((((,,(((,(((({{{.({({{.,,({(((((({,(,{(,,,,,,,.,{{(,{(,(((((((.(((((,...((((((........)))))).{,((((,((({,,,,(((((((((((({{((((.((((((..{,..({({.,,{((((((((((...((((((((((...(((((.(((.....(((((((((((({...,{(((((({{(((((((((.,((((((,{.....},.))))))...,))))))},.{{{{..((....|||}|}.,.....{((((||,{{{{,{,..,,{{{}}}}.,,)}))).,,,.,,}})))),)))))}))))),......||,..............((((.(((.......))).))))...........||||}}.......||,,{{...,,...,{{{({{{{{.....,,}|}}||,|||,{{{,...,,...},,...|||{{|.},,}}|||,,,,}))),}.||||,|..((((........||.}}},..,,)}}})))}}}.))))))))..(((((....(((........({...(((((((((((((((....))))))))))).))))...}}..,.....)))...)))))...))))))))..)))))).))))..))))))))))|{{(,,..}})),.(((((((((((((((.{{{.......,,,,((((({.,,,.,,,{{|||,...})))))))}||||||.{,{((,...........}}}..|,|||||,.(((......)))....,(((((((...(((({{{,,.....((,,,......,}),.,....,))),))))....)))))))...............,.,|||||{.......{{{||,..,}}}))...{,||{.....})),}|||||....|,||{,,.(((((..(((.((((((((,((.{{(((.{{{{........{{.....,,,,,,,,....,,...((((((.............((((((.{{..(((((((.....(((((((((.........((((((((((((((.((((,{((((((....((,..{(((.(((((((((((((((((..((((((((((.(((.......))).)))).)))))).((((((((((.(((((((((....(({....}))....)))))))))..))).)))))))......((((.((((({.{{{((((....)))|,.|}}.}))))).))))(((((((((((((.....(((((((.{((.....))}.))))))),,.)))))))}))))))......))))))))))..((((({.((((..,.((((((.....)))))).,..)))).})))))((.,,........))))))))).)))),,..)))))))))))..)))),..})))))))))...{{{.((((............}})).},,..,.....,,.......,,...(((((,.((...(((((..((((...{{{.{..{{....((((((..((.({{{,,.|}}}.}.}..)})))).,..)),.}.).,,...))))..))))))).,)))))((({{(((.(((...))).))))))}......(((((((((((((((((.,............,,((({.....,,(({(({{{{.,..,,,,,,,..}}))))))),.....}}),))))))))).))))))))..........}||,...,...(((((((((.{.(((.(((....))).))).}...)).)))))))............)))).)))))......)))))))..}}.))))))))))))...,}},.}})))...)))..)))))))).)))...)))))....})).,.,,,,,.))))))))))))))).......((((((((........))))))))....{((((.....))))}..}))).,),..)))))).)))).}}..........((((((((({.((((,({{{{||,||{{{...,|,.}}.{{((((..(((({............{{{{{{..,.,..,.,........,,,....,..}}))))....(((((.(((({.........{(({....)))).}}}))).)))))(((((((.(((((((((((((..................))))))))).))))....)))))))..}))))..)}.)))).,,,,..||{,{((({{...,((,((,...........{{{|{{{|}|||{{{(({{{.....((((((((.....))}})))))...,,,}}}|||(((...,,,|{{{{......{{((,,,,..||||,{{{,{|||||..,,,,|}},}},..,.),}}||,,.}|||||||||.,|{|{.........,,.,.....,}}}|}...}}||,,.,}||{{((((......{,{{,,........))}},}}},....}}}))).,}})))}}}}}))))...})))))))..,,,,,}}||}}}}}||,||,,,,},.,,))))),}}}})))).,}.)).)))))))))))))))).)))))}......,|||||,,........,....,||||||,,..,,......}},,{{{,.(((((((......))))))),||||.....,,}}},.||||,..,,.,,.,(((((......))))))))))..))))}}}}.,}|},...((((....))))}).),)}))}))),}..,..}}},,...,,,)))))))..))),,))))}|((((.{(((..........)))}.)))),.((((....))))....,,.{,,,,.,,,))))}}},}))....
Back