Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001385043.1
Sequence Length
1495 nt
GC Content
0.3906
GGGGGCGCACGGCGCGGAGGGCGGCGCGGGCCAGCGGGCCAGGGAAGCGCGCCGCUGGGGGCCGGGAGGAGUCCGGCCCGGCUGGUGGAGAGCAGGAAAACGUGGGGGAGGUGCUGGCGAGAGAAAGAGAACUUGCGUGAGGAGGAGGAGGAGAAACCAAAUUUAAUAAUAUUUGGCGUGGAAAUGGGAUUUGGGCGGGGGAGGCAUCUUCAAAGCAAGUAAAGAGAAAUCAACAUUAUCCCCCUUCCCCUGCACAUGCAUGUGAGGAUUACUUCCUCCCUGAGUAAAUGAAGAGAACUGAAGCAGAGAGAUCGGCAAGAAGUACGAUCUAGGCCUGUUUCAACACAAAUGAAAUCAUGUGAUGACGAAGAUGAUUACAGUUUAAGAGGUCUGUUACCAUCUGAAGGGAUAGUUCAUCUUCAUUCAGAAACUAAGCCAAAGACCAAAAACAUUGAUCCUGUAAACAAGGUUCAAAACAAAUUACACUCUGCAAAUAAAGGAAGGAAAACAAAUUCAAGUGUUAAAUUGAAAUACUCUGAUGUCCAAACUGCCGACGAUGUUGCCAUUCCAGAGGAUUUCUCAGACUUUUCCCUUGCAAAAACAAUUAGCAAAAUUGAAGGGCAACUGGAGGAAGAAGGCUUACCUGAAUAUAUAGAUGAUAUUUUUUCUGGUGUUAGUAAUGACAUUGGAACAGAAGCACAGAUCAGAUUUCUAAAGGCCAAACUCCAUGUUAUGCAGGAGGAAUUGGAUAAUGUUGUAUGUGAAUGCAAUAAAAAGGAGGAUGAAAUUCAGAAUUUAAAGUCUCAAGUAAAAAAUUUUGAAGAAGAUUUUAUGAGACAGCAGCGAACAAUUAAUAUGCAACAGUCUCAAGUAGAAAAAUACAAAACUCUUUUCGAAGAAGCAAACAAAAAGUAUGAUGGAUUACAGCAACAGUUGUCUUCAGUAGAAAGGGAAUUAGAAAAUAAAAGAAGACUGCAAAAACAGGCUGCAAGUAGUCAAAGUGCCACAGAGGUUCGCUUGAAUAGAGCUCUAGAAGAAGCAGAAAAGUAUAAACUGGAGUUAAGUAAAUUAAGGCAAAAUAACAAGGACAUAGCAAAUGAAGAACACAAAAAAAUUGAAGUGUUAAAAUCAGAAAACAAGAAGCUAGAAAAACAAAAAGGAGAAUUAAUGAUAGGGUUCAAGAAACAGUUAAAAUUAAUUGAUGUUUUAAAAAGGCAAAAGAUGCAUAUUGAAGCUGCCAAGAUGCUAUCUUUCACUGAGGAGGAAUUUAUGAAAGCACUUGAAUGGGGAAAUUCAUAAGUGAUCUACUUCAGUUAGUCUCUAUGACAAAAACAGAAGAGGAGGAAACAUAUCCCCAUUCAUUUUAUGAAGAUAGUAUUACCCCGCUACCAAUAUAAAAAAUUACAGACCAAUAUUCCUCGUGAAUAUGGAUGCACAAAUCCUUAACCCAAUAUUAGAAAAAUAGAUCAUACAUUAAAAGAAUUAUUCACCAUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-353.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -382.64
Frequency: 0.0000
Diversity: 353.51
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.((((...))))....(((((((((((((....)))).......)))))))))..((((((((.....))))))))..(((.(....).))).....((((((((((((.((((((((..........)))))....................((((((........))))))(((....)))....(((((((((((((.(((((((.......(((.........(((((((((((...((((((((((...(((((.(((.....((((((((((((....(((((((((((((((((((..((((((..........))))))....)))))))..((((..((....))))))((..(..(((((...((((..........))))...)))))...)..))))))).)))))))))))........................((((.(((.......))).))))............((.(((......(((...........(((((........)))))...........)))....))).))....((((((......(((.....)))...((((....((((...........))))....)))))))))).))))))))..(((((....(((........((...(((((((((((((((....))))))))))).))))...))........)))...)))))...))))))))..)))))).))))..)))))))))))........))).........)))))))...)))..........((((((.....((((((((....)))))))).)))))).(((((......((((((((((.((((((...(((......))).....(((((((...(((((((.......(((........)))........))).))))....))))))).................))))))........(((((....)))))...(.(((.....))).).(((((((..((((((((.....((......)).....))))))))......(((((..(...............((((...(((..(((((............)))))....)))...........))))...............)..)))))......)))))))...((((((....)))))).((((((...)))))).....)))))))))).)))))...((((((((((((.((((((((((.(((((((((....(((....)))....)))))))))..))).)))))))..(((.....))).......(((..((.(((......))))).))).......)))))))))))).))))))..))))............))))))....))))))))).....((((......))))....)))..............................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
,({,((((.,.}|}}....{{({{{{({((((....)))).......)))))))))..((((((((.....))))))))..(((.{....}.)}}.....,.{{((.,{,,{.((.(((.(((........))).))).)).|.{{,{,{,.....((((((........)))))),{({{...|{,,,{((((((((((,,,.(((((((.......,,,.........(((((((((((...((((((((((...(((((.(((.....(((((((((((({...,{(((((({{(((((((((.,((((((,{.....},.))))))...,))))))},.{{{{..((....|||}|}.,.....{((((||,{{{{,{,..,,{{{}}}}.,,)}))).,,,.,,}})))),)))))}))))),......||,..............((((.(((.......))).))))...........||||}}.......||,,{,....,...,{{{({{{{{.....,,}|}}||,|||,{{{,...,,...},,...|||{{|.},,}}|||,,,,}))),}.||||,|..((((........||.}}},..,,)}}})))}}}.))))))))..(((((....(((........({...(((((((((((((((....))))))))))).))))...}}..,.....)))...)))))...))))))))..)))))).))))..))))))))))).,|.,...))).........)))))))...|}}..........((((((..,,,(({(((((....)))))))),)))))).(((((......{(((((((((.(((((({..(((......)))....,(((((((...(((({{{,,.....{{,,,......,}),.,....,))),))))....)))))))...............,.})))))........(((({....)))))...{{(((.....}}|,}|{{{{,,{..((((((((.....((......)).....))))))))..,}...}}.,}}}...........,,,.{,,{...{{{..(((((........,...)))))....}}}...........}}},...............{{{{{........}})))....,.((((((....}))))).||||||....,))),.....)))))))))}.)))))...((((((((((((,((((((({((,(((((((((....(({....})},...)))))))))..))).))))))}..(((.....)))...,,..(((..((.(((......))))).)))..,,,..)))))))))))).))))))..})}}.........,,.},..}},...}))))).|,..,,.{{{{...,..})))}}..)))}...........,,,..,,...........,,.,,.})}.))....
Back