Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001385044.1
Sequence Length
2847 nt
GC Content
0.3372
GGUAACCGCGUCGCAGUCGCCGAAGAUGGCGGGGCGAAGUCUGUGUCUCACGAGAAGCAGCGUUCCAGGGACUCCGUUCCCGCCACCCGUUCAGCAACCCUCUACACCUGGACCCGACCUCCUCGCCUUGGAGGAAGAAUAUAAAGAGAUCGGCAAGAAGUACGAUCUAGGCCUGUUUCAACACAAAUGAAAUCAUGUGAUGACGAAGAUGAUUACAGUUUAAGAGGUCUGUUACCAUCUGAAGGGAUAGUUCAUCUUCAUUCAGAAACUAAGCCAAAGACCAAAAACAUUGAUCCUGUAAACAAGGUUCAAAACAAAUUACACUCUGCAAAUAAAGGAAGGAAAACAAAUUCAAGUGUUAAAUUGAAAUACUCUGAUGUCCAAACUGCCGACGAUGUUGCCAUUCCAGAGGAUUUCUCAGACUUUUCCCUUGCAAAAACAAUUAGCAAAAUUGAAGGGCAACUGGAGGAAGAAGGCUUACCUGAAUAUAUAGAUGAUAUUUUUUCUGGUGUUAGUAAUGACAUUGGAACAGAAGCACAGAUCAGAUUUCUAAAGGCCAAACUCCAUGUUAUGCAGGAGGAAUUGGAUAAUGUUGUAUGUGAAUGCAAUAAAAAGGAGGAUGAAAUUCAGAAUUUAAAGUCUCAAGUAAAAAAUUUUGAAGAAGAUUUUAUGAGACAGCAGCGAACAAUUAAUAUGCAACAGUCUCAAGUAGAAAAAUACAAAACUCUUUUCGAAGAAGCAAACAAAAAGUAUGAUGGAUUACAGCAACAGUUGUCUUCAGUAGAAAGGGAAUUAGAAAAUAAAAGAAGACUGCAAAAACAGGCUGCAAGUAGUCAAAGUGCCACAGAGGUUCGCUUGAAUAGAGCUCUAGAAGAAGCAGAAAAGUAUAAACUGGAGUUAAGUAAAUUAAGGCAAAAUAACAAGGACAUAGCAAAUGAAGAACACAAAAAAAUUGAAGUGUUAAAAUCAGAAAACAAGAAGCUAGAAAAACAAAAAGGAGAAUUAAUGAUAGGGUUCAAGAAACAGUUAAAAUUAAUUGAUGUUUUAAAAAGGCAAAAGAUGCAUAUUGAAGCUGCCAAGAUGCUAUCUUUCACUGAGGAGGAAUUUAUGAAAGCACUUGAAUGGGGAAAUUCAUAAGUGAUCUACUUCAGUUAGUCUCUAUGACAGUAUGUGAUGGAUACCCAUUUUACUUAUUGUAGUGGUUUGAAUUAUUUUUAUUCUUCAUAAGUAAUAUAUUUGAUUAUGAAAGCAAAAUAAUUUCAAAGAAUUCCCUUUUUAGAUUUAGGAGAUUAGCUAUUAGCUCUUUUUGAGUUGUUUUUUAAGUUCUUAGCGUGACAAUUAAGCACAUCAGAUAAUAAAAUUCUUGACUCUUUUCAUUUAUAAUUCUCCUCCCUUACAGUAGACCAAAAAAGAUGCUUUAAAAGAAAAUUCCAAAUAUUUAUUUCCCUGGCUAAAUCAAGUAAGUAAAGUUCGUAAACACAGACAGAAGGCAGUUCACUUUGGGGUAGAGUUCUGUAUUAGUCAAGGUAAAUAUACUGUCUUGAGGAUGGGGAUGCAAACAGUGCUCUGUAGUGUUGUAGAAAUCGGAUUUUGAAAUUAUCAGUACAAAAAUAACAGCUUGAUUAAAAUUAAUUUGUAUCUGAUAAUUGUUUACAAGUUAUGAAAUUCAGUGAUGAUUUACAAAAUCCAAACAGACAAUGGAUACCUAAUGCCACUGAACUGUAAAACAAAAGUUAUGCUGACAUCUAGUGGUAACAUGCAAAAAAUCUAUGCUUUACCCAAUUUUGAUGAUAUCAUUUCUCUUCACAAAUUUCACUCCUUUGUUGAUAUACUUUCCUGAACUCUUCACCAAGCAGAUCAAUAUCAUCCUCUUUUUUAAAUACUCCCUACGAGAAAAAUACUUUGUGGGUUACUUUUGAAUACCAGAAUAUUUCACUAAAUGCUUUUAAGACUGACAGACAUAAGAUUAGUAAAGUUAUCUCCAAGGUAAUGAAAUCUAUUCAACAGAUUAAUGAAACUUUAAAAAAAUCAAUACUUUUCAAAAAAUAAGACUUUACAUAUAUAUUGAAUAUUCCUAGACUGACCCAAUUUUCUGAUUUAUCAGCUCUAGUGUAGGAGCUUUUCAUAGGAAUCUGAGCUCUUCUACAAGUUCUACUGCUUGGAUUACCUAGAUAGGAAGGCACUUCAUCUAUACUGUACCCUACCCUUUUCUUUAAAUAGCUCUAUAAUAUGAUAUAAUGGUGAGCUUCAGUAGAUUCAUGCAUGGGAUUAGUUCUUCAUGCCUCAGUUCUAUGGCUAAUCAGCAAACAGUCAAUCUUGCAGAAAAGAAUCCAGGUUUGGAGUUAAGCCAUUUAAGCAAACCCUUUGGAAUUCUUCACUGUUCUAUUUUUCUUUUCCCCUACAGUAUACUGCAAAAGGCUCUUUAAAACAAAAUUAAAUAUUUACUUAAAUUGCAAUCUAAAGAAUAAAGAAUUUUAGGGAUAACUGAAGUCAUUUGGCACCAUUAGGACCUAAAGGAUAAAGGUCAUUUUUGGAUAUCAAGUUUAUUAAUCCCUCCUGCUGCCUCCACAAUUAUUUCCUCUACAAAAAUAUCAAAUCCCAAAGAAAGACAUUCCUACAAUUUAUAAUUUAGUUUAUGAAAUGUAUUAAUUACAUAUGGAUUUUAUCAUUAAUACAUCAUUUUGUAUUCCUUAAUCCUUUCUAACCAAUUAGACUAUCAAGUCCUGUGGCCAGGCAGUAAUUACCUAUAUAUCUUUUUCCUUCCUUAGCACCAGAGUGAAUAUAAUAAAAUAAAUAUGCACUUGAUUCUACUGAAUAAAAUAUGAAAUGGCAUUUCUAUAGCUGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-612.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -671.87
Frequency: 0.0000
Diversity: 708.80
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((.(((.......)))......((((((((((.(((((.((....(((........)))..)).))))).)).))))))))...((((((.............)))))).(..(((((.......)))))..).........((((((..........))))))((((((.((..(((.....((.((((((.(........).)))))).))))).)).))))))))))))...((((((((....)).))))))(((((.....((((((.............((((.(((.......))).)))).........(((((((......((((((((((((....(((((........)))))..(((.(((((((((((........((((.(((((.....(((.....))).((((((((((((((...........)))...(((((((((....((.(((((((((....)))((((((.......)))))).(((((((((((....)))))))))))....((.((((...(((.(((((((((((((.((((.(((...)))))))...))))....((((((((....)))))))).....(((((((((..............((((((.....((((((((....)))))))).))))))......((((((((..((((((.((((((...(((......))).....(((((((...(((((((.......(((........)))........))).))))....))))))).................)))))).......(((.((((.((((...(((((((..((((.(((.........))))))).(((((..(((.(((((((((((.(((((.((((........((.................))...((((((.............((((((.((..(((((((.....(((((((((.........((((((((((((((.(((((.((((((....(((...(((.(((((((((((((((((..((((((((((.(((.......))).)))).)))))).((((((((((.(((((((((....(((....)))....)))))))))..))).)))))))......((((.((((((.(((((((....)))))..)).)))))).))))(((((((((((((.....(((((((.(((.....))).)))))))...))))))).))))))......))))))))))..((((((.((((....((((((.....))))))....)))).))))))((...........))))))))).))))))..)))))))))))..))))...))))))))))...(((.((((............)))).)))........((((..........(((((..((...(((((..((((...(((.(..((....((((((..((.((((...)))).).)..))))))....))..).).))...))))..)))))))..)))))(((((.((.(((...))).)))))))......(((((((((((((((((................((((.......(((((((((.............)))))))))......))))))))))))).))))))))..........)))).......(((((((((.(.(((.(((....))).))).)...)).)))))))............)))).)))))......)))))))..)).))))))))))))...)))).)))))...)))..)))))))).)))...))))).((((((((.(((((((..........((((((.....((((((((........)))))))).....))))))(((((((..((((.((((((((((.(((....))).)).)))....))))).))))..)))....)))).(((((..((((.......((((.......)))).......))))..)))))....................)))))))......(((((((((...((((....))))..)))).)))))((((((((((((((....)))...))))))..))))).......))))))))....(((....)))..)))))))...))))..)))).))).......(((......(((((.....(((......)))..))))).....)))....)))))).)))).))))))))).)))).(((..((((((...(..(((((......((((......))))......)))))..)...))))))...)))....))))))))).)))...)))).)).......))))))))..(((....)))......)))))))))...((((((...(((((...................)))))...))))))))))).....))))))...))))).))))..(((((.........)))))...))))))))))))))..............(((((((((((((.............................................((((.(((((((......))))))).))))............(((((........((((((......))))))....)))))..............((((....)))).)))))..))))))))...............)))))))))))).....)))))))..........................((((....))))...........)))).)).......))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((.((.((...}}.)}.)))...,.((((((((((.(((((.((....{((........)))..)).))))).))}})))))))....((((((...,.,,,.....}))}..{..(((((.......)))))..}.........((((((,{.....},.)))))).((({,{((({,.{,,,..((.,{{|||,|,.....,,|,||||||,},,||,,|,||||||,,,))).|||{||{{{{|,,.,})))))).,}}})),,,...|||..............((((.(((.......))).)))).....,,,.(((((((....{.((((((((((((....,((((........))))},,({{.(((((((((((.,,,,,..((((.((((({,,,,((((....,,,.((((,,((((,(((,....,,,{{.,,,.,}|||,(((({.,,,{{{((({(((((,{,.|||,.,,,({((({{{{,.,,,.(((((((((((....))))))))))}.(((((...((.{(((((((((({{{{((({.((((.(((...)))))))...})))..,,{({(((((,,,,|}}}},|((((((((((((((.,{{.......,,,,((((({.,,..,,,{{|||,...})))))))}||||||.{,{((,...........}}}..|,||||},.(((......)))....,(((((({...(((({{,,,.....{{,,,......,|},.|....,)))}))))....)))))))...............,..|||||{.......{{{||,..,}}}}}...{,{{{.....})}|}|||||....|,||{,,.(((((..(((.((((((((,((.{{(((.{{{{........{{.....,,,,,,,,....,,...((((((.............((((((.{{..(((((((.....(((((((((.........((((((((((((((.((((,{((((((....((,..{(((.(((((((((((((((((..((((((((((.(((.......))).)))).)))))).((((((((((.(((((((((....(({....}))....)))))))))..))).)))))))......((((.((((({.{{{((((....)))|,.|}}.}))))).))))(((((((((((((.....(((((((.{((.....))}.))))))),,.)))))))}))))))......))))))))))..((((({.((((..,.((((((.....)))))).,..)))).})))))((.,,........))))))))).)))),,..)))))))))))..)))),..})))))))))...{{{.((((............}})).},,..,.....,,.......,,...(((((,.((...(((((..((((...{{{.{..{{....((((((..((.({{{,,.|}}}.}.}..)})))).,..)),.}.).,,...))))..))))))).,)))))((({{(((.(((...))).))))))}......(((((((((((((((((.,............,,((({.....,,(({(({{{{.,..,,,,,,,..}}))))))),.....}}),))))))))).))))))))..........}||,...,...(((((((((.{.(((.(((....))).))).}...)).)))))))............)))).)))))......)))))))..}}.))))))))))))...,}},.}})))...)))..)))))))).)))...)))))..,,})),}.,,,,,.))))))))))))))}.......((((((((........))))))))....{{{(({,,..,|||,.{{{{,{.,,,,(((({(,,,{{.|||,,,.|,,....,}}}}.,,||||||}..,))))),||||||||||}}...||||,..,{,....,........,,,.,,..,}}},........,..}))}}}}}}}}}))||,..,(((((.(((({.........{{{|....)))).}}}))).)))))|||||||.}}))))))))),}}))})).{{{{{......))))),,,,.|||,...})).)))}.,}))}))))),,}}}..,,,..,,,,,|||,,....{|{{{,.,,.{,,....,.,}},,))))}...,||||.,..}|||{||||..}},)},,}}}}),,,.|,|,.||||{{.,,|..{{{{{.,....{{((,,,,..||||,{,{,,|||||..,,,,|}}},},.,,,)}}}})}},))))}}))}}.,||||.,,.....,,,,,...,,.,}||}...}}}|,,.,}}}|{{{{{.....,{,{{,,........}},},}},.....}}}})}..,,,,,|||{|||,,,...}))))))}..,))))).}}}}..(((((.........)))))...}))))))))))))}...,..........(((((((((((((................................{{{{{{....,..{{{{.(((((((......))))))),||||.....,,,,,..{{{{{........((((((......))))))....,,,,),,}}}.........((((....)))).)))))..))))))))...............}))))))))))),....))))))),,}...............,.....,.((((....))))......,|||||}}},}},,....)))))).
Back