Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001385075.1
Sequence Length
2244 nt
GC Content
0.5192
GUGAAGACAGGUGCUCGCAGAUAUCACCGCCUAGUGUUCCCUGGGCCCACUUGCGGGGAAGUCUUGGAGGUGAAAAUCCAGGUCUGGAAUGAAUGCAUUCCACAGAUGCAUAUGGAGAGCUACUGCAUGCCCAGCACCAUUCCUAGGCUGGGAGCAAAACGAUGUAUAAAUCCAAAUGUUUAGGGGUGGGCACAGUACUCUGCAUCUCCAGACAGCAUCCUCCGCUGAUUCGGAUGCAUGAUGACGUCAGAACACUUGGAUAUUGUGGUAACUUUUGGGCCAGGGGCUCUGAAACCCCGAAGACCUCCCCCUGGGAGAUCCGGGACAGCUCCCAGAGAAGCAACUAGAAGCCAUUUGUGUCAAGGUAACGUCUGGAGAAACAAAAGGUCAGGAAAGGCCAAUGCUCCUACCGACCACAAUCCAGCCCCAAACUGCAAGAAAGAGCCAGCUGCCCCGGGGGAAUUCCUGCCUGGUGGGGCUCCAUAUCGCCAGCCCUCAGCUGCUCAGGGUACAGCCGCUUGUGAGAACCGAGCCACAGUCCUGCUUCCUAAGUGACUUAUGCCAACCUCCUGCUCAGGGGUUUGUACAGAGACCACUGCCAGCCCUCCAGGUGGUCCCUGCAAAGAGAGUCCCAGCCCCCAAGGCUCCAGAUGAACAGGGCUCCAUGUUGACCCCUUUGUCUGCCUCUGACCCGCUGGCAGUAACAUCUCUUUCAUCCAGUUCAGCACAUCCAUUUAUUUCCAACUUGCAUACAAGACAUACUGAGAAACUAAAAAAAUCGUUAAAAGUAAAGACACGUUCUGGACGGGUAUCUCGACCUCCCAAAUAUAAAGCUAAAGAUUAUAAGUUCAUAAAAACAGAGGAUCUGGCGGAUGGUCAUCUGUCAGAUUCUGAUGAUUACUCAGAACUCUGUGUGGAAGAAGAUGAAGAUCAGAGGGAGAGGCACGCACUCUUUGACUUAUCGAGCUGCUCCCUGAGGCCCAAAAGCUUUAAGUGUCAGACUUGUGAAAAGUCAUAUAUAGGGAAGGGGGGACUGGCCCGACAUUUUAAACUUAACCCAGGCCACGGCCAGUUGGACCCCGAGAUGGUGCUGUCUGAGAAAGCCAGUGGAAGCACCCUCCGGGGGUGCACGGAGGAAAGGACGCUCAGCCUGACCUCCCUGGGGCUGUCCAUGCCAGCGGAUCCAUGUGAGGGAGGGGCCCGCUCCUGCUUGGUGACAGAGUCAGCACGCGGUGGCCUGCAGAAUGGUCAGUCUGUAGACGUUGAAGAGACAUUGCCAUCUGAACCAGAAAAUGGAGCUCUUUUGCGAUCAGAGAGAUACCAAGGACCUAGAAGACGCGCAUGCUCAGAGACCCUUGCAGAGUCCCGCACAGCUGUCCUCCAGCAGAGAAGAGCUGCUCAGCUACCUGGUGGCCCUGCUGCGGCAGGGGAGCAGAGGGCGUCGCCAAGCAAAGCCAGGCUCAAGGAGUUCCUCCAGCAGUGUGACCGGGAGGAUCUGGUGGAAUUGGCUCUGCCUCAGCUGGCUCAGGUUGUGACCGUGUAUGAGUUUCUUCUGAUGAAGGUUGAAAAAGAUCAUCUAGCAAAGCCUUUUUUCCCAGCUAUAUAUAAGGAAUUUGAAGAGUUGCAUAAAAUGGUUAAGAAAAUGUGCCAAGAUUACCUCAGUAGUUCUGGUCUGUGUUCCCAGGAGACCCUGGAAAUAAACAAUGAUAAGGUUGCUGAGUCAUUAGGAAUCACAGAAUUCCUACGGAAGAAAGAAAUACACCCAGACAACCUUGGACCCAAGCACCUCAGCCGAGACAUGGAUGGGGAGCAGCUAGAGGGAGCUAGCAGCGAGAAGAGGGAACGUGAGGCUGCGGAGGAGGGACUGGCCUCAGUGAAAAGGCCCAGAAGAGAAGCCCUGUCCAACGAUACCACUGAAUCUCUUGCUGCCAACAGCAGAGGCCGGGAGAAGCCCAGGCCCUUGCAUGCUUUGGCCGCUGGUACAAUAGUGUCUCAGGAGGAGGACAUUGUCACAGUGACUGAUGCAGAGGGGCGUGCCUGCGGAUGGGCCCGCUAGAAGGAGUUCCUCUAGAAGCUGUGGAGUCGGUCGUCACCGUGGAGCCAGAGCCCUCACAGUGAAGUGGAGUCAGAUCCUAGAUUCGUCUGAUUUUAUCCAGAGAAGGUCUAUGGCAAGCAAUGUAUAUUUUUCUAAUGUGAAUAUUGCACAGAUGAACCUUUUAUUUAUAAAGAAUAAUGUCUUUCUGC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-781.34 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -820.31
Frequency: 0.0000
Diversity: 497.60
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((((((.(....((.((((((..((.(((((((.(((((..(((((.((((.....)))).)))))....)))))(((((((....(((((((.....)))))))(((.((((.(((((..((((((.(......(((((((..((((((......))).....)))....)))))))).))))))))))))))).))).))))))).((((((...........)))))).((((...))))))))))).)).....)))))).))...).))).(((((((((....((((..((.(((((...))))).)))))).....(((((((.......((.((.((.....)).)).))......))))).)).......((((......))))...(((((.(((((((....((((((........))..........(((((.....((((((((((((..((((((((.(.((((.(((((((((((...(((((((((((...)))(((((.......)))))..(((((((.(((((((((...)))).((((.(((((((.(((..(((((......)))))(((((...(((((.(.((((((((((((..((.(((((((((((((..(((((..(((((..((((.((......)).)))).(((.(((((((..(((.((((......((((((((((((...((((((.((.....(((((((..(((...................................)))..))))))).....)).))))))(((...........)))...............((........))......((((((.(((((((((((....)))))))))))(((((.......))))).))))))))))))).)))))....)))).)))))))))).))).........))))))))))..((((((((((......)))))..((((..(((((.....)))))..))))))))).)))))((((((((...........................))))))))(.(((((..((.((((((..(((.......)))....)))))).))..))))).)..(((((..(((.(.....))))..))))))))))))).))..)).))).))).)))).))))))..(((((.(((..(((((((((((.(((.((((..((((.(((((((((...((((.((((.(.(((((.((((((......(((((((...))))...)))..)))))).))).))..).))))...............((.((....))))...)))).)))))).)))))))...))))..))).(((((.......)))))..(((..(((.(..((((((....)))))).).)))..)))))))))))))).)))..)))))..((((...)))).))))).))).)))))))...)))).....((((((..(((((((((.((((((((((....((((((...(((((((((..(((((((.....(((...))).....)))))))((((..((((((...((.(.(((((...))))).).))..))))))..))))....((((.((((((....)))))).))))...((((.(((((....))))).))))....(((((.((....))..)))))(((((((......))))))))))))))))...))))))....)))))))....((((..((.(((....)))...))..)))))))))))).))))))))))(((((..................)))))))))).)))))))((((........))))..((((((((((...((((....))))...))...)))))).))(((((((((((.(((((((.....))).)))).)))).))..)))))(((((..(((((.((.((((.....)))))))))))..))))).)))).)))).))))).))...))))))))))))))))).))))))))))))...)))))))))...))))).....))))))))))))))))(((......)))(((((........))))).((((........))))((((((.(((.....((((((((((((.....)))))..)))))))....))).))))))(((((.....))))).)))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((((((({(,{({{{.((.({((((,.((.(({{((({(((((..(((({.((((|....))}),}))))....))))){((((((....(((((((.....))))))){((.((((.(((((..((((({.,.,,.,,(((((((..((({{,......,)).....)))....))))))))}))))))))))))))).))),))))}}|.((((((...........)))))).{(({...)))}))))))}.)).,...)))))}.}}..|)|))}.(((((((((....((((..((.(((((...))))).))))))....{({{{(((...,,..({.({.{{.....)).)).)),,....)))))}),.......((((......))))...(((((.{((((((.,..(((({,........||........},(((((.....((((((((((((..((((((((((.((((.(((({{(((((...(((((((((((...)))(((((.,....,)))))..{((((((.(((((..(({..(({{((((,.((((((({(({,.(((((......))))),||{({..(((({{(.((((((((((((..((.(((((((((((((..{{{,,.{(((((..{(((.((......)).))))}|||}|((((({..(((.((((,.....((((((((((((.,,((((((.((.....{({{(((....((({....|}}|.....,{{,,............,,|||..,}}}}}}.....}}.))}}))(((,......,}},,}}..........,,..........,||},......{{{{(({(((((((((((....)))))))))))|||{{,|....,))))}.))))))))))))),,))))....)))).)))}))))),.|||,,,..,,,.,},}})})}),}{(({((((((......))))),.{(((..(((((.....)))))..))}},)))).})))){(((((((.,.........................)))))))|(.(((((..((.((((((..(((.|....}))).,,.)))))).))..))))).)..(((((..(((.{.....})))..))))))))))))).))..))},)).))).)))).))))))..(((((.(((..(((((((((((.(((.((((..((((.(((((((({..,((({.,(((.{.(((((.((((((......(((((((...))))...)))..)))))).))).)),.).)}}},}},,{{..{{....{{.((....))))..,),}),)))))).)))))))...))))..))),((({(......,)))))..(((.,(({.{..((((((....)))))).,,))).,)))))))))))))).)))..)))}}..{{{{.,,)))).}|}}}.}}}|||)))))..})))),}...{(((((..(((((((({{((((((((((....((((((...(((((((((..{((((((.....{({...})).....))))))|((((..((((((...,,.(.(((({...))))).).}}..))))))..)))},...{(((.((((((....)))))}.)))},,,((((.(((((....))))).}}}..,}}{{{{{.||,.,,)),.)))}}(((((((......))))))))))))))))...))))))....)))))))....((((..((.(((....)))...))..)))))))))))).))))))))))|||||,,,..|.,}...)})}}}))),,))))).))))))|((((........)))),.{{(((((({{,..((((....))))...}},..)))))).}}(((((((((((.(((((((.....))).)))).)))).))..)))))(((((..(((({.((,((((.....)))))))))))..))))).)))).)))).))))).})...))))))))))))))))).)))))))))))).}.))))))))),,.))))).....)})))))))))))))){{{......|||(((((((({.........))))))))}}}}.,,.{((((((.{{(.....((((((((((((.....)))))}.}))))))....))).))))))|,{{{.....}}}},.)))))))....
Back