Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001385076.1
Sequence Length
2065 nt
GC Content
0.5186
GUGAAGACAGGUGCUCGCAGAUAUCACCGCCUAGUGUUCCCUGGGCCCACUUGCGGGGAAGUCUUGGAGGUGAAAAUCCAGGUCUGGAAUGAAUGCAUUCCACAGAUGCAUAUGGAGAGCUACUGCAUGCCCAGCACCAUUCCUAGGCUGGGAGCAAAACGCAACUAGAAGCCAUUUGUGUCAAGGUAACGUCUGGAGAAACAAAAGGUCAGGAAAGGCCAAUGCUCCUACCGACCACAAUCCAGCCCCAAACUGCAAGAAAGAGCCAGCUGCCCCGGGGGAAUUCCUGCCUGGUGGGGCUCCAUAUCGCCAGCCCUCAGCUGCUCAGGGUACAGCCGCUUGUGAGAACCGAGCCACAGUCCUGCUUCCUAAGUGACUUAUGCCAACCUCCUGCUCAGGGGUUUGUACAGAGACCACUGCCAGCCCUCCAGGUGGUCCCUGCAAAGAGAGUCCCAGCCCCCAAGGCUCCAGAUGAACAGGGCUCCAUGUUGACCCCUUUGUCUGCCUCUGACCCGCUGGCAGUAACAUCUCUUUCAUCCAGUUCAGCACAUCCAUUUAUUUCCAACUUGCAUACAAGACAUACUGAGAAACUAAAAAAAUCGUUAAAAGUAAAGACACGUUCUGGACGGGUAUCUCGACCUCCCAAAUAUAAAGCUAAAGAUUAUAAGUUCAUAAAAACAGAGGAUCUGGCGGAUGGUCAUCUGUCAGAUUCUGAUGAUUACUCAGAACUCUGUGUGGAAGAAGAUGAAGAUCAGAGGGAGAGGCACGCACUCUUUGACUUAUCGAGCUGCUCCCUGAGGCCCAAAAGCUUUAAGUGUCAGACUUGUGAAAAGUCAUAUAUAGGGAAGGGGGGACUGGCCCGACAUUUUAAACUUAACCCAGGCCACGGCCAGUUGGACCCCGAGAUGGUGCUGUCUGAGAAAGCCAGUGGAAGCACCCUCCGGGGGUGCACGGAGGAAAGGACGCUCAGCCUGACCUCCCUGGGGCUGUCCAUGCCAGCGGAUCCAUGUGAGGGAGGGGCCCGCUCCUGCUUGGUGACAGAGUCAGCACGCGGUGGCCUGCAGAAUGGUCAGUCUGUAGACGUUGAAGAGACAUUGCCAUCUGAACCAGAAAAUGGAGCUCUUUUGCGAUCAGAGAGAUACCAAGGACCUAGAAGACGCGCAUGCUCAGAGACCCUUGCAGAGUCCCGCACAGCUGUCCUCCAGCAGAGAAGAGCUGCUCAGCUACCUGGUGGCCCUGCUGCGGCAGGGGAGCAGAGGGCGUCGCCAAGCAAAGCCAGGCUCAAGGAGUUCCUCCAGCAGUGUGACCGGGAGGAUCUGGUGGAAUUGGCUCUGCCUCAGCUGGCUCAGGUUGUGACCGUGUAUGAGUUUCUUCUGAUGAAGGUUGAAAAAGAUCAUCUAGCAAAGCCUUUUUUCCCAGCUAUAUAUAAGGAAUUUGAAGAGUUGCAUAAAAUGGUUAAGAAAAUGUGCCAAGAUUACCUCAGUAGUUCUGGUCUGUGUUCCCAGGAGACCCUGGAAAUAAACAAUGAUAAGGUUGCUGAGUCAUUAGGAAUCACAGAAUUCCUACGGAAGAAAGAAAUACACCCAGACAACCUUGGACCCAAGCACCUCAGCCGAGACAUGGAUGGGGAGCAGCUAGAGGGAGCUAGCAGCGAGAAGAGGGAACGUGAGGCUGCGGAGGAGGGACUGGCCUCAGUGAAAAGGCCCAGAAGAGAAGCCCUGUCCAACGAUACCACUGAAUCUCUUGCUGCCAACAGCAGAGGCCGGGAGAAGCCCAGGCCCUUGCAUGCUUUGGCCGCUGGUACAAUAGUGUCUCAGGAGGAGGACAUUGUCACAGUGACUGAUGCAGAGGGGCGUGCCUGCGGAUGGGCCCGCUAGAAGGAGUUCCUCUAGAAGCUGUGGAGUCGGUCGUCACCGUGGAGCCAGAGCCCUCACAGUGAAGUGGAGUCAGAUCCUAGAUUCGUCUGAUUUUAUCCAGAGAAGGUCUAUGGCAAGCAAUGUAUAUUUUUCUAAUGUGAAUAUUGCACAGAUGAACCUUUUAUUUAUAAAGAAUAAUGUCUUUCUGC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-711.94 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -749.32
Frequency: 0.0000
Diversity: 476.96
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((..(.(((((((........((((((......))))))....))))))).)((.((((((........)))))).))((((((....))))))...((((((.((((....(((.(((...((((((.(........)))))))........)))..)))...)))).))))))(((((..((((((...........(((.((((...((....)))))))))((((....((((((........))..........(((((.....((((((((((((..((((((((.(.((((.(((((((((((...(((((((((((...)))(((((.......)))))..(((((((.(((((((((...)))).((((.(((((((.(((..(((((......)))))(((((...(((((.(.((((((((((((..((.(((((((((((((..(((((..(((((..((((.((......)).)))).(((.(((((((..(((.((((......((((((((((((...((((((.((.....(((((((..(((...................................)))..))))))).....)).))))))(((...........)))...............((........))......((((((.(((((((((((....)))))))))))(((((.......))))).))))))))))))).)))))....)))).)))))))))).))).........))))))))))..((((((((((......)))))..((((..(((((.....)))))..))))))))).)))))((((((((...........................))))))))(.(((((..((.((((((..(((.......)))....)))))).))..))))).)..(((((..(((.(.....))))..))))))))))))).))..)).))).))).)))).))))))..(((((.(((..(((((((((((.(((.((((..((((.(((((((((...((((.((((.(.(((((.((((((......(((((((...))))...)))..)))))).))).))..).))))...............((.((....))))...)))).)))))).)))))))...))))..))).(((((.......)))))..(((..(((.(..((((((....)))))).).)))..)))))))))))))).)))..)))))..((((...)))).))))).))).)))))))...)))).....((((((..(((((((((.((((((((((....((((((...(((((((((..(((((((.....(((...))).....)))))))((((..((((((...((.(.(((((...))))).).))..))))))..))))....((((.((((((....)))))).))))...((((.(((((....))))).))))....(((((.((....))..)))))(((((((......))))))))))))))))...))))))....)))))))....((((..((.(((....)))...))..)))))))))))).))))))))))(((((..................)))))))))).)))))))((((........))))..((((((((((...((((....))))...))...)))))).))(((((((((((.(((((((.....))).)))).)))).))..)))))(((((..(((((.((.((((.....)))))))))))..))))).)))).)))).))))).))...))))))))))))))))).))))))))))))...)))))))))...)))).((((.((((.((....)).).))).)))).((((((((((((.........))))))))))))(((.(((...))).)))...((((((((((((.....)))))..))))))).)))))).)))))((((((.....)))))))))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((((((,{{((({,,,,,..{((((.((.((..(((((((.|......}.)))))))..)}.)).))))}...||||||,|{((((((....)))))),..||{{{{.{(((...,(,,.{||.,,((((((.{........})))))),||}....|||..},,...}}}},)))))}{((((..((((((,,.........((((......})))...|||||,||(((((.,..(((({,........||........,,(((((.....((((((((((((..((((((((((.((((.(((({{(((((...(((((((((((...)))(((((.,....,)))))..{((((((.(((((..(({..(({{((((,.((((((({(({,.(((((......))))),||{({..(((({{(.((((((((((((..((.(((((((((((((..{{{,,.{(((((..{(((.((......)).))))}|||}|((((({..(((.((((,.....((((((((((((.,,((((((.((.....{({{(((....((({....|}}|.....,{{,,............,,|||..,}}}}}}.....}}.))}}))(((,......,}},,}}..........,,..........,||},......{{{{(({(((((((((((....)))))))))))|||{{,|....,))))}.))))))))))))),,))))....)))).)))}))))),.|||,,,..,,,.,},}})})}),}{(({((((((......))))),.{(((..(((((.....)))))..))}},)))).})))){(((((((.,.........................)))))))|(.(((((..((.((((((..(((.|....}))).,,.)))))).))..))))).)..(((((..(((.{.....})))..))))))))))))).))..))},)).))).)))).))))))..(((((.(((..(((((((((((.(((.((((..((((.(((((((({..,((({.,(((.{.(((((.((((((......(((((((...))))...)))..)))))).))).)),.).)}}},}},,{{..{{....{{.((....))))..,),}),)))))).)))))))...))))..))),((({(......,)))))..(((.,(({.{..((((((....)))))).,,))).,)))))))))))))).)))..)))}}..{{{{.,,)))).}|}}}.}}}|}|)))))..})))),}...{(((((..(((((((({{((((((((((....((((((...(((((((((..{((((((.....{({...})).....))))))|((((..((((((...,,.(.(((({...))))).).}}..))))))..)))},...{(((.((((((....)))))}.)))},,,((((.(((((....))))).}}}..,}}{{{{{.||,.,,)),.)))}}(((((((......))))))))))))))))...))))))....)))))))....((((..((.(((....)))...))..)))))))))))).))))))))))|||||,,,..|.,}...)})}}}))),,))))).))))))|((((........)))),.{{(((((({{,..((((....))))...}},..)))))).}}(((((((((((.(((((((.....))).)))).)))).))..)))))(((((..(((({.((,((((.....)))))))))))..))))).)))).)))).))))).})...))))))))))))))))).)))))))))))).}.))))))))),,.))))}{{{{.{{||.((....)),}|}}}.}}}}.{(((((((((((.........)))))))))))),||.{|{,||})}.})),..((((((((((((.....))))),.})))))).)))))).))))){(((((.....)))))})))))))....
Back