Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001385166.1
Sequence Length
1403 nt
GC Content
0.4255
AGGCUCCUAGGAGACCAGAAGCAGCAGCCUUUCCUGAGCUCAGGCCUUACCUGCUGGGCACUAACGGCGGAGCCAGGAUGGGGACAGAAUAAAGGAGCCACGACCUGUGCCACCAACUCGCACUCAGACUCUGAACUCAGACCUGAAAUCUUCUCUUCACGGGAGGCUUGGCAGUUUUUCUUACUCCUGUGGUCUCCAGAUUUCAGGCCUAAGAUGAAAGCCUCUAGUCUUGCCUUCAGCCUUCUCUCUGCUGCGUUUUAUCUCCUAUGGACUCCUUCCACUGGACUGAAGACACUCAAUUUGGGAAGCUGUGUGAUCGCCACAAACCUUCAGGAAAUACGAAAUGGAUUUUCUGAGAUACGGGGCAGUGUGCAAGCCAAAGAUGGAAACAUUGACAUCAGAAUCUUAAGGAGGACUGAGUCUUUGCAAGACACAAAGCCUGCGAAUCGAUGCUGCCUCCUGCGCCAUUUGCUAAGACUCUAUCUGGACAGGGUAUUUAAAAACUACCAGACCCCUGACCAUUAUACUCUCCGGAAGAUCAGCAGCCUCGCCAAUUCCUUUCUUACCAUCAAGAAGGACCUCCGGCUCUGUCAUGCCCACAUGACAUGCCAUUGUGGGGAGGAAGCAAUGAAGAAAUACAGCCAGAUUCUGAGUCACUUUGAAAAGCUGGAACCUCAGGCAGCAGUUGUGAAGGCUUUGGGGGAACUAGACAUUCUUCUGCAAUGGAUGGAGGAGACAGAAUAGGAGGAAAGUGAUGCUGCUGCUAAGAAUAUUCGAGGUCAAGAGCUCCAGUCUUCAAUACCUGCAGAGGAGGCAUGACCCCAAACCACCAUCUCUUUACUGUACUAGUCUUGUGCUGGUCACAGUGUAUCUUAUUUAUGCAUUACUUGCUUCCUUGCAUGAUUGUCUUUAUGCAUCCCCAAUCUUAAUUGAGACCAUACUUGUAUAAGAUUUUUGUAAUAUCUUUCUGCUAUUGGAUAUAUUUAUUAGUUAAUAUAUUUAUUUAUUUUUUGCUAUUUAAUGUAUUUAUUUUUUUACUUGGACAUGAAACUUUAAAAAAAUUCACAGAUUAUAUUUAUAACCUGACUAGAGCAGGUGAUGUAUUUUUAUACAGUAAAAAAAAAAAACCUUGUAAAUUCUAGAAGAGUGGCUAGGGGGGUUAUUCAUUUGUAUUCAACUAAGGACAUAUUUACUCAUGCUGAUGCUCUGUGAGAUAUUUGAAAUUGAACCAAUGACUACUUAGGAUGGGUUGUGGAAUAAGUUUUGAUGUGGAAUUGCACAUCUACCUUACAAUUACUGACCAUCCCCAGUAGACUCCCCAGUCCCAUAAUUGUGUAUCUUCCAGCCAGGAAUCCUACACGGCCAGCAUGUAUUUCUACAAAUAAAGUUUUCUUUGCAUAACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-392.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -420.03
Frequency: 0.0000
Diversity: 365.36
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((....))).))(((((((((.(((..(((((.((((..((((((..(((...))).))).))).)))))))))((((((.........((((((..(((((((((.........))))((((..((((....)))).))))...((((((.....))))))(((((((((....(((.(((((((.((((((....((((.((...(((.(((.(..((((((.((.(((..(((((((.(.((((((((((((...(((..((((.....))))..)))...))))).((((...))))..(((((((..(((((((...((((((((((((.(......)))))))))).....)))...))).))........((((..........))))...(((((..((((((..(((((((.(((((.(.((..((..((........)).))....)).)...))))).)))))))..))(((.(((((...................))))).))).......))))..)))))..((..((((.(((....(((((((......)))))))......(((..(((((((....))))))).)))....))).))))..))......)).)))))))......(((((((((((....))).)))...))))))))))))..).)))))))..))).))))))))).))).)))))..))))....))))))...)))))))..))).......)))))))))........)))))..).))))).((((((............))))))((((((((...((.(((.(((((((((((((((((.....)))))).)))))...........(((((((((((((((...(((((((......))))))).......((((....))))(((.....(((.(((((.........)))))..)))...)))(((((((...((((....(((......))).....))))...)))))))..(((((((((...((........)).)))))))))...(((.((((....)))).)))....))))))))))))))).((((((..((...........))..)))))).....)))))))))...))))))))))(((((.((..((((....(((.((.(((((....((....))...))))))).)))....)))))).)))))(((((..((((((...((((..((((....((((((......))))))...))))...))))...))))))..)))))..))))))...........(((((..((((.....))))...))))))))..)).)))..)))).....(((((....))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((....))).)){(({(((((.(((..(((((.((((..((({{,.,(((.,.)}}.,,}.))).))))))))){{((((.........((((({..(((((((((.........))))((((..((((....)))).))))...((((((.....))))))(((((((((..,,(({.(((((((.((((((....((((.((...(((.({{.|..((((((.((.(((..(((((((.{.((((((((((((...(((..((((.....))))..)))...))))),({(({{{{||,..(((((((..{{(((,{...,,((((((((((.(.....,})))))))))}....|})|}.|||{}}..,|,,..{{((,...,,,|{,|,||,({{((({..(((((,,.({(((((,((({(.{.,,..{|,,|||,...,,||}.}}}},,}|,|...,}})).,}||}||,.||(((.(((((,...............,..))))).}},......,)))),,)))))}.((..((((.(({..{((((((((......)))))))}.....(((..(((((((....))))))).)))....))).))))..))...,..,,.}}})}})})))),||)))}|,{||.....,,{|||....}))))))))))..}.)))))))..))).))))))))}.}}).}}}}}..}))),,..))))))...)))))))..}}}.}}....)))))))))........)))))..}.)))))..,,{{({{,,.{{((((((,|(((((((((((...{{.(({.(((({((((((((((((.....)))))).)))))}..........{((((((((((((((...(((((((......))))))).....{(((((,..,|{|......}}}|,,}||||}}...,,{,.|,},,..||,...|{((((((((...((((.{{.({(......)))..,..))))...))))))))}|{(((((({...{{........},.)))))))},...(((.{(({....)))).)))....))))))))))))))},{{{|{|,,|},.............,},},.......}))))))))...}})))}|,,,,,,,,,({.,{{,,....|||.,,,,.,..,}}}||}...,)}}})),)).)}}}}}},,|||...,}}},.(((((..((((((...((((..((((....((((((......))))))...))))...))))...))))))..))))).,}))))},,,,,......(((((..((((.....))))...))))))))..)).))}..}}}).....,{{{{....))))),......
Back