Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001385177.1
Sequence Length
3660 nt
GC Content
0.5719
AUGGUGCGCGUGCUGGGCCGCGGGCCGAAGGAGUCGCCAGGGCUGCGUAGGCUUGUGGCGCGCCCGCGGAGAGGCCGGGGCUCUGACGCCCGCUCUGCGGCUUCGGUGUUUGAACAGGCCACAGUCCAGGAGCGCUUACAUUCAGGAGCUCCGCGUAGCACCUGCCCAACCAAACUCAGCCCUCCGUUAAGAUCCUGGUUCCAUGCCGCAGUAGGACAGCAGGCCCAAGUCUGCACAUCCCAGGCAGUGAGCACACGUAUGAGAGCUGUGGUGACGGAGUCCCAGCCCCGCAGAAAGUGCUUUUCCCCACGGAGCGACUGUCUCUGAGGUGGGAGCGGGUCUUCCGCGUGGGCGCAGGACUCCACAACCUUGGCAACACCUGCUUUCUCAAUGCCACCAUCCAGUGCUUGACCUACACACCACCUCUAGCCAACUACCUGCUCUCCAAGGAGCAUGCUCGCAGCUGCCACCAGGGAAGCUUCUGCAUGCUGUGUGUCAUGCAGAACCACAUUGUCCAGGCCUUCGCCAACAGCGGCAACGCCAUCAAGCCCGUCUCCUUCAUCCGAGACCUGAAAAAGAUCGCCCGACACUUCCGCUUUGGGAACCAGGAGGACGCGCAUGAGUUCCUGCGGUACACCAUCGACGCCAUGCAGAAAGCCUGCCUGAAUGGCUGUGCCAAGUUGGAUCGUCAAACGCAGGCUACUACCUUGGUCCAUCAAAUUUUUGGAGGGUAUCUCAGAUCACGCGUGAAGUGCUCCGUGUGCAAGAGCGUCUCGGACACCUACGACCCCUACUUGGACGUCGCGCUGGAGAUCCGGCAAGCUGCGAAUAUUGUGCGUGCUCUGGAACUUUUUGUGAAAGCAGAUGUCCUGAGUGGAGAGAAUGCCUACAUGUGUGCUAAAUGCAAGAAGAAGGUUCCAGCCAGCAAGCGCUUCACCAUCCACAGAACAUCCAACGUCUUAACCCUUUCCCUCAAGCGCUUUGCCAACUUCAGCGGGGGGAAGAUCACCAAGGAUGUAGGCUAUCCGGAAUUCCUCAACAUACGUCCGUAUAUGUCCCAGAAUAAUGGUGAUCCUGUCAUGUAUGGACUCUAUGCUGUCCUGGUGCACUCGGGCUACAGCUGCCAUGCCGGGCACUAUUACUGCUACGUGAAGGCAAGCAAUGGACAGUGGUACCAGAUGAAUGAUUCCUUGGUCCAUUCCAGCAACGUCAAGGUGGUUCUGAACCAGCAGGCCUACGUGCUGUUCUAUCUGCGAAUUCCAGGCUCUAAGAAAAGUCCCGAGGGCCUCAUCUCCAGGACAGGCUCCUCCUCCCUUCCCGGCCGCCCGAGUGUGAUUCCAGAUCACUCCAAGAAGAACAUCGGCAAUGGGAUUAUUUCCUCCCCACUGACUGGAAAGCGACAAGACUCUGGGACGAUGAAGAAGCCGCACACCACUGAAGAGAUUGGUGUGCCCAUAUCCAGGAAUGGCUCCACCCUGGGCCUGAAGUCCCAGAACGGCUGCAUUCCUCCAAAGCUGCCCUCGGGGUCCCCUUCCCCCAAACUCUCCCAGACACCCACACACAUGCCAACCAUCCUAGACGACCCUGGAAAGAAGGUGAAGAAGCCAGCUCCUCCACAGCACUUUUCCCCCAGAACUGCUCAGGGGCUGCCUGGGACCAGCAACUCGAAUAGCAGCAGAUCUGGGAGCCAAAGGCAGGGCUCCUGGGACAGCAGGGAUGUUGUCCUCUCUACCUCACCUAAGCUCCUGGCUACAGCCACUGCCAACGGGCAUGGGCUGAAGGGGAACGACGAGAGCGCUGGCCUCGACAGGAGGGGCUCCAGCAGCUCCAGCCCAGAGCACUCGGCCAGCAGCGACUCCACCAAGGCCCCCCAGACCCCCAGGAGUGGAGCGGCCCAUCUCUGCGAUUCUCAGGAAACGAACUGUUCCACCGCUGGCCACUCCAAAACGCCGCCAAGUGGAGCAGAUUCUAAGACGGUGAAGCUGAAGUCCCCUGUCCUGAGCAACACCACCACUGAGCCUGCAAGCACCAUGUCUCCUCCACCAGCCAAAAAACUGGCCCUUUCUGCCAAGAAGGCCAGCACCCUGUGGAGGGCGACCGGCAAUGACCUCCGUCCACCUCCCCCCUCACCAUCCUCCGACCUCACCCACCCCAUGAAAACCUCUCACCCCGUCGUUGCCUCCACUUGGCCCGUCCAUAGAGCCAGGGCUGUGUCACCUGCUCCCCAAUCAUCCAGCCGCCUGCAACCCCCCUUCAGCCCCCACCCCACAUUGCUGUCCAGUACCCCCAAGCCCCCAGGGACGUCAGAACCACGGAGCUGCUCCUCCAUCUCGACGGCGCUGCCUCAGGUCAACGAGGACCUUGUGUCUCUUCCACACCAGUUGCCAGAGGCCAGUGAGCCCCCCCAGAGCCCCUCUGAGAAGAGGAAAAAGACCUUUGUGGGAGAGCCGCAGAGGCUGGGCUCAGAGACGCGCCUCCCACAGCACAUCAGGGAGGCCACUGCGGCUCCCCACGGGAAGAGGAAGAGGAAGAAGAAGAAGCGCCCGGAGGACACAGCUGCCAGCGCCCUGCAGGAGGGGCAGACACAGAGACAGCCUGGGAGCCCCAUGUACAGGAGGGAGGGCCAGGCACAGCUGCCCGCUGUCAGACGGCAGGAAGAUGGCACACAGCCACAGGUGAAUGGCCAGCAGGUGGGAUGUGUUACGGACGGCCACCACGCGAGCAGCAGGAAGCGGAGGAGGAAAGGAGCAGAAGGUCUUGGUGAAGAAGGCGGCCUGCACCAGGACCCACUUCGGCACAGCUGCUCUCCCAUGGGUGAUGGUGAUCCAGAGGCCAUGGAAGAGUCUCCAAGGAAAAAGAAAAAGAAAAAAAGAAAGCAGGAGACACAGCGGGCAGUAGAAGAGGAUGGGCAUCUCAAAUGCCCAAGGAGUGCCAAGCCCCAAGAUGCUGUUGUCCCCGAGUCCAGCAGCUGCGCACCAUCCGCGAAUGGCUGGUGUCCUGGGGACCGCAUGGGGCUGAGCCAGGCCCCUCCUGUGUCUUGGAAUGGAGAGCGGGAGUCUGAUGUGGUCCAGGAACUGCUCAAAUACUCAUCUGAUAAAGCUUACGGGAGAAAAGUUCUGACCUGGGAUGGCAAGAUGUCGGCGGUCAGUCAGGAUGCUAUUGAAGACAGCAGACAGGCCCGGACUGAGACCGUGGUUGAUGACUGGGACGAAGAGUUUGACCGAGGGAAGGAAAAGAAAAUUAAAAAAUUUAAGAGAGAGAAGAGGAGAAACUUCAACGCCUUCCAGAAACUUCAGACUCGACGGAACUUCUGGUCUGUGACUCACCCAGCAAAGGCUGCCAGCCUCAGCUAUCGCCGCUGACUGUGCCCCUGUGGAAGGAGAUGAUCAAGCGGUGCUGAUUCACGAGAGUGGAAGCCUCCAGAGCUUGGGGCUUUCUGGCUGCUCUUCAUUGACCUGUGUGUUCCCAGCACACGAACAGUGCCCCUAACGGAGAUUUGUUCAGCGACUGAAUAUACACCUGUAAACGAGUAGCAUGUAUACAUUGAUUUUGAUUACAAAUGGUUCUGUAUUAUAUACCACCGUUCUGACUGCUUUUUUCACUUAUAGCUUGGAAAUUGUCUUCUGUUGGUAAUACAGAAAUCUGUUUCAGUCUUUUGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1323.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1387.93
Frequency: 0.0000
Diversity: 766.43
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......(.(((((((((((((((.(((((((((.(((((.(((((((.((.(((((((..((((.(((.....)))))))((.((((((.(((....)))...)))))).))....))))))).)).(((((.(((......))).))))))))))))................(((((...(((((..((((....((((.(.((((((..(.(((((((((....)))))).((((((((((.((((((...((.(((((.(((..(((...(((((((..(((((((.(((..(((((..((((.((((((....).))))).)).)))))))....))).))).))))...)))))))...)))..)))....((((((((((...((((((..((((.((((((.(((.(((........(((((.......((((((....))))))...(((((((((((.((((((.((.(((((((((.(((((((..((((((((...........(((.((.(((......))))).))).(((.((.((((((((...(((.(((.(.(((................))).).))).)))...)))).)))).)).)))))).)))))..)))).....))).)))))))))(((((((.....((((.(..(((...)))..)))))...))))))).)).))))))((((.........)))).((.(((((....((.((((((.(((.((((.((((....))).).)))))))........((.....))...)))))))))))))))))).)))))))).....((((.(((((((((((((((((((...(((..(.(((.....))).)...)))...)))...(((.....)))...))))))))))))..)))).))))...............((((((...((.......(((((((((..((...............)))))))))))...))...)))))).)))))...((....)).........((((((((((((((((......))).))......))))))))))).....((((((((((.....)))))..)))))((((......)))).............))).))))))))).))))..)))))).((......)).((((((((.......((((...(((.(((((((((((.....(((((((....(((.(......).)))....((.((..((......))..))..))(((((.((.(((((((..((((((((((((((((.(((((.(((...((((((...))))))...........(((((.....((((.....)))).((((..(.(((........).)).)..)))).))))).....(((((((((((((....))..))))))))......(((((..((....)).)))))((((....(((((((.(.(((((((((.......((((.....((((........))))......((((((..................(((.((((((......))))...)).)))........((((((((....((((.((((.....)))).)))).)))))))).)))))).)))).....)))).))))).).))))))).....))))..)))((((((((..(((((((((..(((((((.............((((((((...(((((..((((....))))..)))))..((((..(...(((.(((((((((((.....))((((((.....)))))).((.....))....))))))).))..)))......)..)))).......)))))))))))).))).)))))))))...))))))))....((((((((((((((((((((.((....(((..((((((((((((((.(((...(..((((..(((.(.(........).).)))..))))..)...))).)))).........(((((((((((.((........((((((..((((....))))))))))....)))))))))).))).(((((((((....(((.......................))).............(((.......)))....))))))))))))))))))).))).......(((.(((((((((.....(((.....(((.(((.((((((((...(((((((((.((.....(((((....(((((((.((..((((...((..(((((.(((.........(((((((.((((((........((((((.((((........))))..(((.(.((((((((.........(((...)))(..(((((((..........(((((....)))))....((.(((((((((.....))))))))))))))))))..).((((((((((...........)))))))....)))..((((...))))...)))))))).).)))....)))))).))))))..))))).)).))))))))..)).))))...))...).)))))).)))).)......))...)))))).))).)))))(((((.....))))).....))).))).)))))))))))))).).))))).)))))))).))))))))).))).))).))))).....((.....)).))))).)))))).....))))).....))))))).)).).)))))))))))..))))).)))))).)))...))))((((.((((((.(..(((....)))..).)))))).))))...))))))))................))))))))))((((((((.((((............(((((((.....)))))))....(.((..(((((((......(((.((((((.((..((.(((((.(((.......)))...))))).))..)))))))).))))))))))..)))..))))...)))))))).........((((((...((((........))))..)))))).....))))).)).....))))))((((......))))).))))))))).......((((((((((((((.((.((((.(((....))).)).))..))..))))).....(((((((..((((((((((..((((((((.....((((((......(((((....)))))........((((........))))....)))))).......))))))))..))....))))))))..)))).)))..(((..(((((...)))))..)))...)))))))))))).)..))))))).))))..)))).))))).)))))..(((....)))((((((.(((.....)))))))))))))).))))))..))).)))))).)..)))))))).)((((((..(.((....)).)..))))))...(((((((....((..(((((.((((....(((....)))....)))).)))))..)).((((((((....(((((.((....(((.....((((((.........))))))..)))...)).)))))))))))))......))))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,,.,((,(((((((((((((((.((({(((((.(((((((((((((.(({((((((({{(((({((({,..,|||||||.{.,,,|||}|||}}}}))}...})})),...,,,,)))}))).)}.(((((.(((......))).)))))))))))).,,,,...........(((((...(((((..((((....((((.{.((((((..(,(({((((((....)))))).((((((((((.((((((...,{.(((((.(((,.(((...(((((((..(((((((.(((,{,{(({((((((.((((((....).))))).}).))))).)},,}))).))).))))...)))))))...))).,)))....((((((((((...((((((..((((.((((((.(((.(((........(((((.......((((((....)))))).|.((((((((((({((((((.{(.(((((((((,{({((((,.((((((((.....,{,...(((.,,.|||....,,|}},,.))}.{({.((.((((((((...{((.(({.{.({,...|.{{....}}...}}).).))).)))...))))))))).)).))}))),})))),.)))).....}}).)))))))))(((((((.....((((.(..(({...}))..}))))...))))))).}}.))))))|(((.........))),,((.{((((....({.((((({.(((.((((.((((....))).).)))))))...{{.,.({.....)).})))))))}})))))))))),}))))))).....((((.(((((((((((((((((((...(((..(.(((.....))).)...))).},)}|.,.(((.....)))...})))))))))))..)))).)))).............,.{(((((...((,,,....(((((((({..,({{,...........})))))))))))....,...)))))).)))))...||....}}.........((((((((((((((((......))).))......))))))))))).....((,(({{((({{{.,}||||{.,,,}},|||..,,,,))))}}}..,,.}}...))).))))))))).))))..)))))).{{......}}.((((((((.......((((...(((.(((((((((((.....(((((((..,.,((,,,{{,....||,....{{.{||,,{.,|,..)),,}}..}}(((((.((.(((((((..((((((((((((((((.(((((.(((.{.((((((...}))))).|.........(((((.....((((.....)))}.((((..{.{({........},,).)..)))).)))))....,((((((((((({(....}}..))))))))......(((((..,|....},,}})))((((....(((((((.{.(((((((((.......((((.....((((.......,)))}......((((((..............{,{..{,.(((,((......)))),..}..))),.....{,((((((((....((((.{{((.....}))).)))).))))))))})))))).)))).....)))).))))).}.))))))).....)))).,))}((((((((..(((((((((..({(({((,,...........((((((((,..(((((..{(((....)))}.,)))))..|(((..{,..(((.(((((((((,,....{|,((((((.....}}))}}.||,..,,}}..,.))))))).))..)))......|,,}))|,,..,,.)))))})))))).))),)))))))))...))))))))..,.((({((((((((((((((((.((....(((..((((((((((((((.(((...{..((((..(((.(.(......,.).).)))..))))..}...))).)))).........(((((((((({,((........((((((..((((....))))))))))....)))))))))).))).(((((((((....({{.......................)}}.............||{.......,,,....))))))))))))))))))).))).......(((.{((((((({....,({{.....(((.(((.((((((((...(((((((((.((......{{{,....(((((((.((..((((...((..(((((.(((.........(((((((.((((((........((((((.((((.{,,,...}}}),}|((.,.((((((((....({.(.(((...})}.}.}}.||{{,,.{{{{{..,||||}...|||||.......}}}}|(((((.(((((((((.{{({{,{{.|......},{|(((((...........)))))))).)))))))))))))))))..,.)))))))).,.}})....)))))).))))))..))))).)).))))))))..)).))))...}}.,.).)))))).)))).}......},...)))))).))).)))))(((((.....))))).....))).))).)))))})))))))).).))))}.)))))))).))))))))}.))).))).))))).....((.....)).))))).))))))}},..}}})).....))))))).)).),,))))))))))..)))))))})))).)))...))))((((.((((((.(..(((....)))..).)))))).))))...)))))))}................))))))))))((((((((.((((............(((((((.....)))))))....,.((..(((((((...,{{{({.((((((,{(..((.(((((.(((.......)))...))))).))..}))))))).))))))))))..))}..))))...)))))))).........((((((...((((........))))..)))))).....})))),)}.....)))))),{{(,.....))))}.)))))))))||,....((((((((((((((.((.((((.(((....})}.)).)}..))}.))))),....(((((({..((((((((((..((((((((.....((((((......{{{((....,}}))........{{{(.,......))))....)))))).......))))))))..))....))))))))..)))).)))..(((..(((((...)))))..)))...}))))))))}}).),.)))))),.))))..)))).))))).))))),{(((....)))|(((((.(((,...,)))))))))))))).))))))..))).)))))).)..)))))))).}|{{{{|,,{,{{....)).}..}}||||,{.{{{{{{|,,.,,,..(((({.((({...,{((....}}}....}})).})))).,,|{((((((((,...|{{{(,{{....(({.{{..((((({.....,,..))))))..))}.,}}).))))))))))))}..}}}}}))))))..,,,,.
Back