Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001385185.1
Sequence Length
2014 nt
GC Content
0.5204
AGAAACAAGGCUGAGCCUACAGCAAGAGCCUCCUUUUCUUCUCACCGCAUUGAUGGCAGCACUUGCCAAGUUUCCCAGCAAACCCUGUGACAAAUAGGAGGCCUCAGCGGGGCAACAGUCAUUGACUCCCUCGAUACCCUCUACCUCAUGGAGCUGAAGGAGGAGUUCCAGGAGGCCAAGGCCUGGGUGGGAGAGAGCUUCCACCUGAACGUGAGCGGAGAAGCAUCCUUGUUUGAGGUGAACAUCCGCUACAUCGGGGGACUCCUCUCAGCCUUCUACCUGACAGGAGAAGAGGUGUUCCGAAUAAAGGCCAUCAGGCUGGGAGAGAAGCUCCUGCCGGCGUUCAACACCCCCACGGGAAUCCCAAAGGGCGUGGUGAGCUUCAAAAGUGGGAACUGGGGCUGGGCCACAGCCGGCAGCAGCAGCAUCUUGGCGGAGUUUGGAUCCCUGCACUUGGAAUUCUUACACCUCACUGAACUCUCUGGCAACCAGGUCUUCGCUGAAAAGGUCAGGAACAUCCGCAAGGUCCUCAGGAAGAUCGAAAAGCCCUUUGGCCUCUACCCCAACUUCCUCAGCCCAGUGAGUGGGAACUGGGUGCAACACCAUGUCUCAGUUGGAGGACUCGGGGACAGUUUUUAUGAAUAUUUGAUCAAAUCCUGGUUGAUGUCGGGCAAGACAGAUAUGGAGGCUAAAAAUAUGUACUACGAAGCCUUGGAGGCGAUAGAGACCUACUUGCUGAAUGUCUCUCCCGGGGGGCUGACCUACAUUGCCGAGUGGCGAGGGGGGAUUCUGGACCACAAGAUGGGGCACCUGGCCUGUUUCUCCGGGGGCAUGAUCGCCCUUGGCGCCGAGGAUGCCAAGGAAGAAAAGAGGGCCCACUACCGAGAGCUCGCAGCCCAGAUCACCAAGACGUGUCACGAGUCAUACGCCCGCUCAGACACCAAACUUGGGCCUGAGGCCUUCUGGUUUAACUCCGGCAGAGAGGCCGUGGCCACCCAGCUGAGCGAGAGCUACUACAUCCUCCGGCCAGAGGUGGUGGAGAGCUACAUGUACCUGUGGCGACAGACCCACAACCCCAUCUACAGGGAGUGGGGCUGGGAGGUGGUGCUGGCCUUGGAGAAAUACUGUCGGACAGAAGCCGGUUUCUCUGGGAUCCAAGACGUGUACAGUAGCACCCCCAACCACGACAACAAGCAGCAGAGCUUCUUUCUAGCGGAGACACUAAAGUAUCUCUAUCUUCUGUUCUCUGAAGAUGACUUGCUCUCCCUGGAAGACUGGGUGUUCAACACCGAGGCCCACCCACUCCCGGUGAACCACUCAGACAGCUCCGGCAGAGCCUGGGGCAGACACUGACCCCAUCUCCUGCCGCCGCCCUGGGGCCGCCGCAGGGAUGCCUUGCCUUUUCAGGAUUUGAGACUGUUCUCAAAGGGAUUGGGAACGAAGGCCCCAUCUCGGGCAGACCCCCAGCAGAUGUGUCGGACAAGCAACUUCUUUUCCUCUGUGAGGAGACAAGACUUGGAGACUCAGCGAUGUCAGGCCAGGGCCAUGGCCACACUGGCCCACACAUUCCUUUCUACAGAGAAUUUCUAUGAAGCCCACUCACUUGCCAUUCCAGGGCCAAAGGACCGGAGGUUUGCAUAUCCGCCCCUUGUAUUUGAUUUGCUUCCUUUUGGUUUCUUGGUUUUUGUUUUUGCUUGAUUUUGUCUUUUCUCUACAGUUUAGUUUUGUCACAAUUACACAUAUAGUUUUCAAAAUCAUGCACUUUCUAAAAUGGUGUCAUCCUGAAAAACAAAACCCAGUGUUUGCACACACACAAAAUCUUGACCCCGUUAUCUAUAUUUUAAAUGCUUUUUGCCCAACACUGACCCUAUGUUCAACUUUGUGUCAUUUACCUUAUAAUUUGAGGAGGGGUUUCCCUUUGGGCCUCAGUGUUACAAAUUACUAGUGCUAUUUUCAUUAUUAUUGUAAUGGAAAAAUCUGUGGACUAGAAUAAAAGAGUUUAUUGAAUAAGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-696.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -732.14
Frequency: 0.0000
Diversity: 730.72
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((.((((...)))).((((((((((((((...((((((..((((((((((((((.....))))...(((((((((....(((((.....))))).(((((...(((((((.(((((...))))((((((((..(((...((((.(((((((........))))))).))))...)))...(((((((((....)))))))))....((.((((((....((.((((....))))))....)))))))))))))))).(((((.((((........)))).)))))....).))))))).....))))).....)))))))))...(((.(((((((((((((.((((((...(((...)))...))).))).))))).......((((...(.......)..)))).)))))))).)))((.((((((.((((((((.((((((.......))............(((.((((..(.((((...)))))..)))).)))...))))..)))).)))))))))).))(((((.(((((((..(((....))).....((((....(((((..((((.....))))(((((((.(((......)))))))))).)))))...))))...((((....)))).)))))))...)))))))))))).)))...))).)))...)))))))........((.((.....((((...)))).....))))...)))))))...((((((....))))))...(((...(((((....)))))...)))(((((((.(((((.(((((((((.((((.((((..((((((((((....((..(((((((((....).))))))))..)).......))))....))).)))...)))).)))).....((((..(((((..((((.........)))).)))))....))))((((...(((((((((.(........).)))).)))))..)))).(((((((..((..(((((........(((((.(((....)))))))).((((((......))))))......(((((...(((.......))).)))))((((((((..((((..((((((((.....((((((((....((..((((.....))))..)).....))...))))))((((((..............((((......)))).(((((((.(((((.......(((..((.((((((........))))))))..)))))))))))))))...))))))......))))))))))))..)))))))).............)))))..))..)).)))))((((((((((....((((.(((((.((.(((....))).)).))))))))).......((((((((((((((((....)))))).(((((.(((........))).)))))(((......))).....((((((.(((.(((......))).)))..(((((.(((((.(((((((((((....((((.(((((((..((((((((....)).))))))...(((....((((....)))).....)))...........((((......))))(((((.((((((((((...(((.(((..............))).)))...)))))))))).)))))..........))))))).))))....)))))).))))).))))).)))))...)))))).................(((((.........))))).))))))))))........))))))))))...............)).)))))))............((((((....((((((....((((((.(.(((((..(((((..........))))).))))).))))))).....))))))...)))))).................((((((((((....))))))))))....))))).)))))))......)))).............
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....{,{{(((,.|..|.||}}..,(((((((,..({((((,.(((({((({(((((,...}))))}.,{(({{{{({....{{(((,....)}))),|{{{|..,(((((((..,{((.,.||}|{(({(((,..((({{,{(((,(((,((((,.{((((||||||.,|((((,,||||||(((((((((.,..}}}||}|||{...(({((((((....((.((((....))))))....)))))),)})))}))))|||||}||||},,{{{.,||},.))))),}|||||||}}}|,....}}}||.....||}||||}}...(((.(((((((((((({.((((((...(((...)))...))).))).})))),{{....{{,,..,|||,|||,..})),).)))))))).))).,,,||||||||||||||{{,||||,,...,,)),.}}}..,}|||||{.{{{{..{.{{((...))))},,|||},|||...}}},,|||,,.)))}}},))),}}|||||,||||{{,..|||,,,,)))}}}|.,{{{..}}|||||,,||||.}}}}||||((({{((,({,.,,,,.,)))))))})})))),.},))))..,|||,...,}},,.,}}|}}|,..}}}))}))))}},}}),..|)},})}.,.}}|}}}},,,,,,,,|,|{{{.{{|{({,,|{{(((({.((((((...{.....}...)))))}..((((((((,{.{{{,{,(((({{{{{}||||{(((((..((((,.((.,.(((((((((..((((.((((,,((((((((((....((..(((((((((....).))))))))..}}.....,,})))....}}),)}}...)})).)}}}....,((((..(((((..((({,........)))).)))))....))))|(((,,.(((((((((,{......,,),}))}}))))),,}}||.{{{{{|||,{|,.{{|||.,,.,..,(({{.{{{{,,,|}})))),}.|||,||..,.||||||||,.....(((((..,(({.......))).)))))((((((((,.((((..((((((((....,{{({((({,...{{..((((.....))))..)),..},}}}}},,,|}|{{({{(..............{(((......)))},{((((((.(((((......{(((..((.((((((........))))))))..)))))))))))))))...)))))},...}.)))))))))))),.)))))))),...,.|||||...{|,,((((((((..((((((((...))).))))).))}})))))..)),)))))},)))}||||||.,,}}}}}}.,{{{||||.{{{{{{{..,,||||||,,,,,}}))}},},...))))))))).})|)}}}))))).{{..,{(({{.{{|,|{|,....,|||{|||{{,,,||}||||,.|||||||{{{|},}.||||,||{|||{,,(((((({(....}}.))))))....,,,.,{{{,...,}}))}....||{|||{{|,.,,,.||||||.....,|)||{{|,||{{{{{{||,,,{||.|{|.}},}}}}}.....,},,))),}}),,,,)))))},))))...}}}}}}}))))|}}|)))},,..,)))}}.}||}}.|||||.}}},}...},}},,...|{{{{{{..,,.,.(((((.........))))},}}..)))))),},,,.....((({......}},,.,......,}).)})))}}.{{{.{((((.....((({{{{{,,,(({{{{(((((,.{.,,{{{..,,|{|.......{{{||,,,.,))))}||||},,.}}}}}}))),.}})))))}....,,,.(((((.({{((((((((((....)))))))))}.....)))))))))}},.}}))})),,...))}}}}}}..
Back