Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001385205.1
Sequence Length
4153 nt
GC Content
0.6126
AAGCAGUAGCUACCCGCGGGAGCGGGGAGGGGUCCGGGUUCGAGCUUGUGUUCCCCCGGAAGGGUGAGUCUGGACGCGGGCGCGGAAGGAGCGCGGCCGGAGGUCCUCAGGAAGAAGCCGCGGGGACUGGCUGCGCUUGACAGGCUGCACUUGGAUGGGAGCACCUGGUGCCUCGGGACUGCUCCGAUGCCCGGGUCUGUGCUGAAUGUGUAAUAUGCGGAACUAUAUUGAAACAUUACAACCAUCUUUUGAUGGCAACACCCUGAGGACCUCCCUUUUCCAGAUGGGGAAACUGAGGCCCAGAAUUGCUAAGUGGCUUGCUUGAGUUGACACAGGGAGCUCCAGGACUCACCCUCAGCUGAGCCACCUGCCGGGAGCAUGCCUCUGCGCCACUGGGGGAUGGCCAGGGGCAGUAAGCCCGUUGGGGAUGGAGCCCAGCCCAUGGCUGCCAUGGGAGGCCUGAAGGUGCUUCUGCACUGGGCUGGUCCAGGCGGCGGGGAGCCCUGGGUCACUUUCAGUGAGUCAUCGCUGACAGCUGAGGAAGUCUGCAUCCACAUUGCACAUAAAGUUGGUAUCACUCCUCCUUGCUUCAAUCUCUUUGCCCUCUUCGAUGCUCAGGCCCAAGUCUGGUUGCCCCCAAACCACAUCCUAGAGAUCCCCAGAGAUGCAAGCCUGAUGCUAUAUUUCCGCAUAAGGUUUUAUUUCCGGAACUGGCAUGGCAUGAAUCCUCGGGAACCGGCUGUGUACCGUUGUGGGCCCCCAGGAACCGAGGCAUCCUCAGAUCAGACAGCACAGGGGAUGCAACUCCUGGACCCAGCCUCAUUUGAGUACCUCUUUGAGCAGGGCAAGCAUGAGUUUGUGAAUGACGUGGCAUCACUGUGGGAGCUGUCGACCGAGGAGGAGAUCCACCACUUUAAGAAUGAGAGCCUGGGCAUGGCCUUUCUGCACCUCUGUCACCUCGCUCUCCGCCAUGGCAUCCCCCUGGAGGAGGUGGCCAAGAAGACCAGGUUCCUGCGGGACUUCCAGCCGGGCCGACUCUCCCAGCAGAUGGUCAUGGUCAAAUACCUAGCCACACUCGAGCGGCUGGCACCCCGCUUCGGCACAGAGCGUGUGCCCGUGUGCCACCUGAGGCUGCUGGCCCAGGCCGAGGGGGAGCCCUGCUACAUCCGGGACAGUGGGGUGGCCCCUACAGACCCUGGCCCUGAGUCUGCUGCUGGGCCCCCAACCCACGAGGUGCUGGUGACAGGCACUGGUGGCAUCCAGUGGUGGCCAGUAGAGGAGGAGGUGAACAAGGAGGAGGGUUCUAGUGGCAGCAGUGGCAGGAACCCCCAAGCCAGCCUGUUUGGGAAGAAGGCCAAGGCUCACAAGGCAGUCGGCCAGCCGGCAGACAGGCCGCGGGAGCCACUGUGGGCCUACUUCUGUGACUUCCGGGACAUCACCCACGUGGUGCUGAAAGAGCACUGUGUCAGCAUCCACCGGCAGGACAACAAGUGCCUGGAGCUGAGCUUGCCUUCCCGGGCUGCGGCGCUGUCCUUCGUGUCGCUGGUGGACGGCUAUUUCCGCCUGACGGCCGACUCCAGCCACUACCUGUGCCACGAGGUGGCUCCCCCACGGCUGGUGAUGAGCAUCCGGGAUGGGAUCCACGGACCCCUGCUGGAGCCAUUUGUGCAGGCCAAGCUGCGGCCCGAGGACGGCCUGUACCUCAUUCACUGGAGCACCAGCCACCCCUACCGCCUGAUCCUCACAGUGGCCCAGCGUAGCCAGGCACCAGACGGCAUGCAGAGCUUGCGGCUCCGAAAGUUCCCCAUUGAGCAGCAGGACGGGGCCUUCGUGCUGGAGGGCUGGGGCCGGUCCUUCCCCAGCGUUCGGGAACUUGGGGCUGCCUUGCAGGGCUGCUUGCUGAGGGCCGGGGAUGACUGCUUCUCUCUGCGUCGCUGUUGCCUGCCCCAACCAGGAGAAACCUCCAAUCUCAUCAUCAUGCGGGGGGCUCGGGCCAGCCCCAGGACACUCAACCUCAGCCAGCUCAGCUUCCACCGGGUUGACCAGAAGGAGAUCACCCAGCUGUCCCACUUGGGCCAGGGCACAAGGACCAACGUGUAUGAGGGCCGCCUGCGAGUGGAGGGCAGCGGGGACCCUGAGGAGGGCAAGAUGGAUGACGAGGACCCCCUCGUGCCUGGCAGGGACCGUGGGCAGGAGCUACGAGUGGUGCUCAAAGUGCUGGACCCUAGUCACCAUGACAUCGCCCUGGCCUUCUACGAGACAGCCAGCCUCAUGAGCCAGGUCUCCCACACGCACCUGGCCUUCGUGCAUGGCGUCUGUGUGCGCGGCCCUGAAAAUAUCAUGGUGACAGAGUACGUGGAGCACGGACCCCUGGAUGUGUGGCUGCGGAGGGAGCGGGGCCAUGUGCCCAUGGCUUGGAAGAUGGUGGUGGCCCAGCAGCUGGCCAGCGCCCUCAGCUACCUGGAGAACAAGAACCUGGUUCAUGGUAAUGUGUGUGGCCGGAACAUCCUGCUGGCCCGGCUGGGGUUGGCAGAGGGCACCAGCCCCUUCAUCAAGCUGAGUGAUCCUGGCGUGGGCCUGGGCGCCCUCUCCAGGGAGGAGCGGGUGGAGAGGAUCCCCUGGCUGGCCCCCGAAUGCCUACCAGGUGGGGCCAACAGCCUAAGCACCGCCAUGGACAAGUGGGGGUUUGGCGCCACCCUCCUGGAGAUCUGCUUUGACGGAGAGGCCCCUCUGCAGAGCCGCAGUCCCUCCGAGAAGGAGCAUUUCUACCAGAGGCAGCACCGGCUGCCCGAGCCCUCCUGCCCACAGCUGGCCACACUCACCAGCCAGUGUCUGACCUAUGAGCCAACCCAGAGGCCAUCAUUCCGCACCAUCCUGCGUGACCUCACCCGGCUGCAGCCCCACAAUCUUGCUGACGUCUUGACUGUGAACCCGGACUCACCGGCGUCGGACCCUACGGUUUUCCACAAGCGCUAUUUGAAAAAGAUCCGAGAUCUGGGCGAGGGUCACUUCGGCAAGGUCAGCUUGUACUGCUACGAUCCGACCAACGACGGCACUGGCGAGAUGGUGGCGGUGAAAGCCCUCAAGGCAGACUGCGGCCCCCAGCACCGCUCGGGCUGGAAGCAGGAGAUUGACAUUCUGCGCACGCUCUACCACGAGCACAUCAUCAAGUACAAGGGCUGCUGCGAGGACCAAGGCGAGAAGUCGCUGCAGCUGGUCAUGGAGUACGUGCCCCUGGGCAGCCUCCGAGACUACCUGCCCCGGCACAGCAUCGGGCUGGCCCAGCUGCUGCUCUUCGCCCAGCAGAUCUGCGAGGGCAUGGCCUAUCUGCACGCGCAGCACUACAUCCACCGAGACCUAGCCGCGCGCAACGUGCUGCUGGACAACGACAGGCUGGUCAAGAUCGGGGACUUUGGCCUAGCCAAGGCCGUGCCCGAAGGCCACGAGUACUACCGCGUGCGCGAGGAUGGGGACAGCCCCGUGUUCUGGUAUGCCCCAGAGUGCCUGAAGGAGUAUAAGUUCUACUAUGCGUCAGAUGUCUGGUCCUUCGGGGUGACCCUGUAUGAGCUGCUGACGCACUGUGACUCCAGCCAGAGCCCCCCCACGAAAUUCCUUGAGCUCAUAGGCAUUGCUCAGGGUCAGAUGACAGUUCUGAGACUCACUGAGUUGCUGGAACGAGGGGAGAGGCUGCCACGGCCCGACAAAUGUCCCUGUGAGGUCUAUCAUCUCAUGAAGAACUGCUGGGAGACAGAGGCGUCCUUUCGCCCAACCUUCGAGAACCUCAUACCCAUUCUGAAGACAGUCCAUGAGAAGUACCAAGGCCAGGCCCCUUCAGUGUUCAGCGUGUGCUGAGGCACAAUGGCAGCCCUGCCUGGGAGGACUGGACCAGGCAGUGGCUGCAGAGGGAGCCUCCUGCUCCCUGCUCCAGGAUGAAACCAAGAGGGGGAUGUCAGCCUCACCCACACCGUGUGCCUUACUCCUGUCUAGAGACCCCACCUCUGUGAACUUAUUUUUCUUUCUUGGCCGUGAGCCUAACCAUGAUCUUGAGGGACCCAACAUUUGUAGGGGCACUAAUCCAGCCCUUAAAUCCCCCAGCUUCCAAACUUGAGGCCCACCAUCUCCACCAUCUGGUAAUAAACUCAUGUUUUCUCUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1789.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1848.55
Frequency: 0.0000
Diversity: 1407.61
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((....)))......((((((((((..(((((((((((((((((....((((...)))).(((((((((((.(((((((.((.((((.(((((((((((((((((((((...((((.((((.......)))))))).(((((((......((((.(((((((((((....)))))..)))))).)).))..)))))))..(((((((.(((((((......)))))))..))))).)).(((((....)))))......))))))))))))).((((((....))))))(((..((((.((.((((...((.(((......(((((((..(((((((..((((((((...(((((((((..((((((..((((....((((((((.((((........)))))))))))).....))))...))).))).(((((((((...((((((.((((.(((((...(((((....))))))))))..)))))))))).)))....)))))).....(((((((....)))))))))))))))).))))((((.......)))).......))))........)))))))..)))).)))...)))))...)))).))..))))..))).(((((.......)))))...........((((.((.(((.((.(((..((((((...(((((.((((....))))...))))).))))))))).)).))))).))))...)))))))).)).)).)).))))((((((...(..((((((((...............))))))))..))))))).(((.((.(((...(((...)))..))))).)))(((((....))))).....(((((((((....((((((.(((((.(.(((.(((((....((((((((..........((((((((((((((((...((((.(((((((.............(((((((((((...((((.((((..((((..(..(...(((((((...))))))).)..)..))))..)))).))))..))).)))))))).........(((((((((((((((((((((((..((....((((((.....)))))))).))))).((((.((..((((((((.((((.(((((..((((((((...........))))))))..))))).....((((((((((..(((((((((((((((....((....((((..(.((((..(((....((((((......(((((.(((((.(((((((.(((((.(..(((((.(((((((.((.((....)).)).)))))))((((((......))))))((((.(((((..(((((....(((.(((.(((....))).)))..)))....)))))......))))).)))).....)))))..)...)))))(((..((((((.....)))))))))(((((.((((..((((..........)))))))))))))((..(((.((((((((((((((......(((((((.(((.(((((..((((...((.(((....))).))....)))).))))).))).)))))))(((((....(((((.((((..(.((((((((((((...)))).))))....)))).).)))).)))))..))))).))))))))))).))).)))..)).)))).))))))))..))))))))))))))..)))).)..))))...))))))))))..)).)))))......(((((.((((..((((((((.((..((((((((.......(((((.((........)).)))))(((.(((((((.........))))))).)))))))))))..))..)))..))))).)))).)))))))))))))))..(((.((........)))))((....))...((((.....((((....)))).....(((....))).)))))))).))))))))))))))............)))).)))).(((.((((.((((.((((....))...))))))..((((((((...(((((.(.(((((.((((...(((((((((((((((..((((.((((.((((.....((..(.((((((((((..((((.(((((((((....))))))...((((((((.(((.(.((..((((.((.....))))))...)).)))).)))).)))).)))..)))))))))(((..(((...)))..)))..))))).)..))..)))).)))).))))..)))))))))))))))..)))).))))).))))))(((.....)))))).))))).....))))))).(((....))))).)))))))))))))))..)))))))))..)))))).))))).......)))))))).((((.(((((((....)))...))))..))))......(((..(((((...((((...(.((((((((((......((((((((((.....))))))))))(((((((((((...........)))).))).))))...((((((..(((((((((((....))))).))((((((...((..(((((((..(((........)))..))))).))..))....(((.((((.((.((((......))))))))))))).))))))..(((((((..((((((..(((((.((.....((((......)))).)))))))....))))))..))).)))).((((((....))))))...))))....))))))..)))))))))).))))))))))..))).....(((.(((........))))))...((((((......)))).)))))).).)))).)))))))))))....)))).)))))......)))...)))))))))))))).))))))))...((((((...((((.....))))...))))))(((((((((((((((((.((...((((..(((((((((.(((((((((.(((((.(((..........))))).))).))))))))).))))((((...(((....((((((((((((.((....)))))))..((((((........))))))....((((......))))................)))))))))))))).....(((((....)))))((((.(((((.(((((....((((....))))..))))).))))).))))(((((.......))))).)))))..)))).)).))))))))))(((....)))..(((((((((((..((((....))))............((....(((((.(((((...))))).)))))....))...(((((((((((.((...)).))))))).)))).)))))))))))..((((((((...(((...((((((..(((.((((((....)))))).)))..)))))).....)))(((.(((((((.(((((((((((..((((((((......(.((...(((((...)))))...)).)..))))))))..)))..((((((((((((........((....((((((((...........))))))))))........)))))).(((((...)))))))))))..((.(((((((((...(((((...(((....)))...(((((((......(((((((..((.((((((.....))).((((......))))....((((.((((...........)))))))).))))))))))))........(((....(((((((.(((((((((....))))).))))....((((((((((((((..........)))))))).))))))(((((((((.....))))))).))...((......))..)))))))..))).))))))).....))))).))))..))))).))(((((.......))))).))))))))..)))))))..))))))).))))......)))))))..))))))........(((((((.........)))))))....)))).))))))((((.((((....((((...........))))......)))).))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((....))).,,,{{,{{{|||||({{(((((((((,,,((((....)))).}}}))){{((((((((((({((((((({((,,,{(.(((((((((((((((((((((...{{(||({({,.,,,,,)))))))).{({((({,,.,..(,((.(((((((((({....}))))..)))))).)),)),}})))))},}{{(((((.(((((((......)))))))..))))).},.(((((....)))))......)))}}}}}}}}}),{{{(((.,.,||||||{{({,(((({{{..,{{,..,(|(((,.{|,,((({{{{..{{{({{|,,}|,|||||},,|||{{{({(,|({{{((,,((((.{{.((((((((.(((({{...}}.)))))))))))).....)))},{||||.}||.{((||{((({({(,,,||}||||.(((((...(((((,.,.))})}|)})|{{|||}||||}|{|||,{..||||||{,{..(((((((....)))))))}}||}||||,||||{({(.,,,...|}},.....,,,}}}....,,|||})|||},|||||.|||,{,|||{{,{{||||{{{{{{|||,.,||{((({{{{{{.{,|,}||{{.{{..,.,.((((.((.(({.((.(((..((((((...(((((.{{({....}}})...))))).)))))}))).)).})))).)))).},))}))))}.}},})}|)|)),,((((((...{..((((((((...............))))))))..})))))).,||,|,||{,.,,|||},.}}}.,))))}})))||||{..,,)}})||.,,.(((((((((....((((((.(((((,(.(((.((,{({{.,{,..,,......{{{{({,,(((((((,.((((,...,,{{.,,,,||{{{,,{(.({(((((((..,({.{{{{{{{||{||,||||,{{,.|....||||{|||({{{.}|||||{(((((((({|,....,.,|{(({({{{.|{.{((({{.{{{{..{(((.(......).)))}{(({{..|{|...((((((.....))))))})})))))..((((((,((((((((({(((({(((((..((((((({...,,..,}..})))))))..))))).....,..)))}}})).,...(((((((((((.((,.{((((((((..(.((((..(((....((((((......(((((.(((((.(({((((.(((((.{..(((((.(((((((.((.((....)).)).)))))))((((((......))))))((((.(((((..(((((.,..(((.(((.(((....))).)))..)))....)))))......))))).)))).....)))))..}...)))))|((,.((((((.....)))))))))(((((.((((..((((..........)))))))))))))((..(((.((((((((((((((,,,{,{(((((((.(((.(((((..((((...((.(((....))).))....)))).))))).))).)))))))||||,.,..{,{(({({(({{({,((,(((((,(.{{{,||,.,,)),}}.),))})}))))}),,,)}.))))..))))))))))).))).)))..)).)))).})))))))..))))))))))))))..)))).)..))))...))))(((..((((((((.(((((((..{{{,{((({,{,..(((((((({.,(((((((.......(((((.((.{....}.)).)))))(((.(((((((.........))))))).)))))))))))))))))))}}}))},({{{{|{{{,.(((((((((({..(({.((........)))))(((.(((((((((((..(({((,{....||||..,{{,,(({,{.({,{{((((((.{{{{..||,.,(((........})}..}|,.}|}||}}}|||.|||{|||||,{,}}.)),}.}|,|||.(((((((((((((((((.,,(({(,.{.,{...,}}|}.,,.,||))|,,,,|})))}|.|})))))}))|.{{|(|||.})))|,.||||,.,,((((((....)))))).}})))..)))...}})))))}.)))..,,.,{{(((,(({..((((({{...))}),))),,)}}))))})))))))))))..}})),}}))).{{{.(((((((((((({........).)))))))..)))))..,)))||||{|||,{{{||||{((......}}},}))},))).)}.)))},,)))))))),,)))).})).))))))))..)))..(.((((((((....)))))))).}.....||})).))))))))))).)))))))),)})))).({{{,,{{(..{..,...||||}}).,)))}..)))),))))))),.)}),|))))))))))))))))))),)))){(((({{{{||},.,,,,....)))),)}}.}))}|||,||||}}}}),)})),|||}}}})),))})),||}||}}}||,.,,||{((.,(((,,,.....|||,.}})))|||}||||...(({.,,||,((.((((......)))),)))))))).)))}}},.(((((((..((((((..(((((.((.....{(((......)))).)))))))....))))))..))).)))),((((((...,||||}}.|||}},.,|}}}}}}}.|||||,....},}.,))))},))},})).,,...|.)))}.}}}...)))..)))))){(({......)))),},}))).)})))),))))))))))}.,..)))).})))),,,}|.}})..}))))}))).))}|}||}|||}|,..,{{{{,,,,.{{{||.,..|||}...,}}}|||||{{{{||(|(((((|,{,},}||{|.}||||.((((.(((((((((.(((((.(((......,...))))).))).))))))))}.}))}({({..,((({.,,((((({{(((((.((....)))))))..((((((........))))))....((((......))))..........,,....)))))||}||||||,.,..(((((....))))}((((,(((((.(((((...,((((....)))},.))))).))}}}.))))||,|||,|.||.,)}}},))))),}))))}})})))))))}|,|||}.}})})..(((((((((((..((((....)))).......{{{.{(({{{{(,(((,(((((...))))).}}||}....,,.,,||||||||,,,.||}}})).,}||||,.,))),)))))))))))..{(((({{{.||{{{...((((((..(((.((((((....)))))).)))..))))))....,}))|||.{{{((((,{({((({{(((..((((((((....,,{,({...(((((...))))).,.)),)..))))))))..))).,|||{((|{|{{{,,,,,,..,,....((((((((...........)))))))}{{,{,.,...}})))).(((((...)))))}))))),,((,(((((((((...(((((...(((....)))...(((((({,{..{,(((({{{..{,,{{({{({{.{,,||{(({{.},},,)})),...((((.{({{...........}))))))).))))}))))))}.,.....|||,.{{{({(((({.(((((((((....)))))}})))....((((((((((((((..........)))))))).)))))).})))),)))},}}}))}|}|.|||..((......})..)))})))}}}..,))))))).....))))).))))..))))).))(((((.......))))).))}))))}..}))}}))..))))})).))}}..,,,,}},))))}}))},,}........(((((((.........)))))))..,}))}}.)}}}}},,,{.||||},..|{||,,,}},}},,,))))....,,|}}}.)))).,,,..
Back