Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001385266.1
Sequence Length
4664 nt
GC Content
0.3604
GCCUCGGCGCGUGUAUUGGCUCCUUCGGCUGCGGGCCGGCUCGGCUACGCGCUCUGCUCCGAGCCGCUCACUGCAUGGUAGAGUCUGGUGCCCCCGCCGCCGCCUGCAUCGCCGCCACCGCCGCUCCGCCACGACCACCGCCGCCUCCUGCCCUGCAGCCACCGCCACCGCCUGUGUCGCCGCCGCCUCGGGACCGGCUGUAUGAUUAGGCCACAAUCUUCAAUGAGUAAACAUAUUCCUCAAUUCUGUGGUGUUCUUGGUCACACAUUUAUGGAGUUUCUGAAGGGCAGUGGAGAUUACUGCCAGGCACAGCACGACCUCUAUGCAGACAAGUGAACUGUAGAAACUGAUUACUGCUCCACCAAGAAGCCCCCAUAAGAGUGGUUAUCCUGGACACAGAAGUGUUGAAUUGAAAUCCACAGAGCAUUUUACAAGAGUUCUGACCUGGAUGGGGUAAACCUCAGUGCACUUCUUUUCUGUUGGCCUCAGUAUUACUGGAUUGAAGAAUUGCUGCUUCUUGUUAGGAGGUUCAUUUCACUUAUCAUUACUUACAACUUCAUACUCAAAGCACUGAGAAUUUCAAGUGGAGUAUAUUGAAGUAGACUUCAGUUUCUUUGCAUCAUUUCUGUAUUCAAUUUUUUUAAUUAUUUCAUAACCCUAUUGAGUGUUUUUUAACUAAAUUAACAUGGCUCGAAUGAACCGCCCAGCUCCUGUGGAAGUCACAUACAAGAACAUGAGAUUUCUUAUUACACACAAUCCAACCAAUGCGACCUUAAACAAAUUUAUAGAGGAACUUAAGAAGUAUGGAGUUACCACAAUAGUAAGAGUAUGUGAAGCAACUUAUGACACUACUCUUGUGGAGAAAGAAGGUAUCCAUGUUCUUGAUUGGCCUUUUGAUGAUGGUGCACCACCAUCCAACCAGAUUGUUGAUGACUGGUUAAGUCUUGUGAAAAUUAAGUUUCGUGAAGAACCUGGUUGUUGUAUUGCUGUUCAUUGCGUUGCAGGCCUUGGGAGAGCUCCAGUACUUGUUGCCCUAGCAUUAAUUGAAGGUGGAAUGAAAUACGAAGAUGCAGUACAAUUCAUAAGACAGGGGCUUUUGCCUUGUUUCAUUUUUUUUUUUUUUUCCUCCCAGAAAGCGGCGUGGAGCUUUUAACAGCAAGCAACUUCUGUAUUUGGAGAAGUAUCGUCCUAAAAUGCGGCUGCGUUUCAAAGAUUCCAACGGUCAUAGAAACAACUGUUGCAUUCAAUAAAAUUGGGGUGCCUAAUGCUACUGGAAGUGGAACUUGAGAUAGGGCCUAAUUUGUUAUACAUAUUAGCCAACAUGUUGGCUUAGUAAGUCUAAUGAAGCUUCCAUAGGAGUAUUGAAAGGCAGUUUUACCAGGCCUCAAGCUAGACAGAUUUGGCAACCUCUGUAUUUGGGUUACAGUCAACCUAUUUGGAUACUUGGCAAAAGAUUCUUGCUGUCAGCAUAUAAAAUGUGCUUGUCAUUUGUAUCAAUUGACCUUUCCCCAAAUCAUGCAGUAUUGAGUUAUGACUUGUUAAAUCUAUUCCCAUGCCAGAAUCUUAUCAAUACAUAAGAAAUUUAGGAAGAUUAGGUGCCAAAAUACCCAGCACAAUACUUGUAUAUUUUUAGUACCAUACAGAAGUAAAAUCCCAGGAACUAUGAACACUAGACCUUAUGUGGUUUAUUCCUUCAAUCAUUUCAAACAUUGAAAGUAGGGCCUACAUGGUUAUUUGCCUGCUCACUUUAUGUUUACAUCUCCCACAUUCAUACCAAUAUACGUCAGGUUUGCUUAACCAUUGAUUUUUUUUUUUUUUUACCAAGUCUUACAGUGAUUAUUUUACGUGUUUCCAUGUAUCUCACUUUGUGCUGUAUUAAAAAAACCUCCAUUUUGAAAAUCUACGUUGUACAGAAGCACAUGUCUUUAAUGUCUUCAGACAAAAAAGCCUUACAUUAAUUUAAUGUUUGCACUCUGAGGUGCAACUUAACAGGGAGGGCCUGAGAAAAGAAUGGGAGGGGGCUAUUAAUUAUUUUUAGCAAAAUGUUGCCUUUGUCUUGUGCAAACAUGUAGAAUAUGCUCUUUAAUUUAGUAAAAUAUUUUUUUAAAAGGUAGAGAUGCUUUGUUAUUGUAAUCAUAAACUUCCUGAAAUUCUUGUAAUUUUUUUCCCAUACUUAUCAGAAGUGUGUUUACCAACUUAUUUUUGUUUGAAAGUGUGAUUUUUUUUUUCCUUCCCAACCUCUCUUGCAAAAAAAGAAAUGGGUUUCUGCUAAUGAAUUGAGCAGACAUCUAAUAUUUUAUAUGCCUUUUGAGCUGUGUAACUUAAUAUUUGGAUACUUGACAAUUUGUUUUAUUAUGUAAUUGAUAAAAUGGUGAUGUGUAUUAAUGUUAGUUCAACCAUAUAUUUAUACUGUCUGGGGAUGUGUGGUUAUAGUUCUGUGGGAGAAAUAAUUUUGUCAGUGUUCACCAGCUUGUAAAAACUUAGUGCGAGAGCUGAAACAUCUAAAUAAAUAAUGACAUGCAUUUAUCAUCAUUGAGAUUGGUUUGCUUAAAAUUAACUUAUUUUGUAGAAGACAAAAUGAAUUGCACUUCACUUAAUGUGUGUCCUCAUCUUUUUACAAAUAAAUGAAGGAUUAUAAAUGAUGUCAGCAUUUUAGUAAACUUUUAGACAAAAUUUGUUAGGGUCAUUCAUGAAAACUUUAAUACUAAAAGCACUUUCCAUUAUAUACUUUUUAAAGGUCUAGAUAAUUUUGAACCAAUUUAUUAUUGUGUACUGAGGAGAAAUAAUGUAUAGUAGAGGACAGCCUUGGUUUGUAAAGCUCAGUUCCACUAGUUCAUGGUUUUGUGCAACUUCUGAGCCUCAGUUUUCUCCUUUGCAAAUUAAUAAUUACAUACCUUUAUAGAUUUUGAAAUUAAUUUAAAUAUUAGUAUUUGGUACAUGAAGGCUUAAUGUUAAGUUUCCUUUAAUGAUCCACAAUAAUCCCUUUGAUCACGUUAAUCUAAAUCUAGAUGUCUUUGUCUAAUUUUUUUUGAAUAGCAGUUAUAAAUGUAAAGGACUCAAAGUUUAAGUAAAAAGUGAUACUCCACCUUGUGUUUCAAAGAAUUUAGUUCCACCUCUUCAUACCAGUUUAACACUUAAUAUAUUUCAUUGGAUUUUAGACAGGGCAAAAGGAAGAACAGGGGCCUCUGGAGGCCCUUGGUUAUUUAAAUCUUGGAUUAUUUGUGAUAGUAAUCACAAAUUUUUGGCUAAUUUUUAACCUGAGGUUUUGUUUUUUUUUUAAAGGAAAUGCAGCCUAGUCUUGAGAACAUAAUUUUAUAUAAUCAAUUACUAAAUGUUAAACUAUUACCACACAGCCCAUAAAACAGCAUUUGCGUUUAUUGAGAGAGAGGAUGUGCCAUCAUGAUUAAUGAAAACUAUCUUUUGAGUUUGAAAAGAAAUUAAUUUGCAGUGUUUGGAUUGUAUAUAUGGUGCUAAAAAUAAAUUAAUUUACUUUAUAAACCUUAUCUGUACAUUAUACGAUGUGAUGAAAUUUGCUUUUUAUCCAAAUAUUUUGUAUCUUGUAAAUAUGGCUAAUUAUAGGAAUGCCUAUAAUACAUCUUAGAUUCCUUAUAUCUAAUAAGAGUUCAAAGAGUUAUGAGUUGAAGUCUUGAAUGCAGGAAACUAUCUGAUAGUGUUCUAAAAUUUGGUUACUUGGGUUUGGAUACCCUUAGUGGGAUGAUGUAAAUAGAGGCUAGCUACCUAGGCUUGUCUAUAGCAACCAUAAUGUUGAUGUAAGUAAUGCGGUUACUGAAUCAUAAGAAAAUGCCAUCUCUUUUUAGUUGAAGGAAAACUCUGGAAGUAGGUGCCAUUGGUCAUUCUGCAGUGCACUGCAACCAUUGUUUCCCCUAGUGCCCUCUUUUCCCUAGGGCAUUGCUCUCCUAUUCCCACGCCUUAACACAGCUCUAUACCUAGAAGCAGCCAGCCCAGGCAUGCAGUCACAUUUAAUCACAUCCCCCUUCUAGAGUGCUUCAAAAUGAUGUAGUCCCUCAACUUGGCUAAAGAAUCUCAAUCUCUUGAAAUUUAUUUUUUUAAUGUCAUAUUCAUCUGGUAAAUAUCUACUGUUUGCCAGGCAUUUAAGAAUAUGGCAAAGAACAUAAAAGAUGGUGUCACCAGAUUUUGGUCACCAAUGAGUACCCGACCCGUUGCCAUGAUUAAGAGAGAAUGCUUUCUAUUGGAGUUUCAGGAAAUAUAAUUUGAGAAUACUUUAAAGGGAAGUGGAAGUAUAAGUGAAUGAUAUUUUUCUUUUACAUGUAAACAAUGAAGUUAUUUCAAAGUUAAGUUUUAAACAAAAUACAUGAAGUAGUGUCUGCCAUACAUGUUAAUAUUCUACAUUCUUGCUUCCUUAAAUUAAUAUGUUUGUGUGUAUAUAUGUGCCUCACACCUGAAUUGAAAAUUAAAGACUGGUUUAAAAGUGGUUUAAAAGUGACAUUUAAUGUUUCUCCAUUACGUUUGGGGUAACCAGCCUAAGUGGAAUCUUGGAAGGAAAGUAAGGGAAAAACUUGUAUUUGCCUUCAAUGAAUUAAACCAGUGAUAUGUGUUAACGUAUGAAUGAAAGGAUUGAUGGUGAUUUUAUAAUUAUAUAUAUUGCCGCAGUAACCAGUUAAUAAAUUGAUAGCUACCAUUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1114.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1216.95
Frequency: 0.0000
Diversity: 1513.21
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.((((((.((..((((......((((((((((.(((..(((...(((((..((((...(((((.....))..))).))))..)))))....)))))))))))))..)))))))..)))))...((..((.....))..))((((((((((.(((..((..(((..(((.(.(((.(((......))))))))))(((.(((((((((((((.........(((((....)))))........)))))....)))))))).)))....))).))..))).))))))..))))......)))))))(((((((....(((....)))...)))..))))...(((((.(((((((.....(((((.....((((.((..((((((((((((((..((((((((...(((((.(((((((((((.(((...))).))))))...)))))((......)))))))))))))))(((((..(((..((((((..((((.......(((.((..(((((((...))))))).)).)))......((((((((((((((((((((((....((((((.....)).)))))))))...)))))).......(((((((.......((((((((((..(((((((((((..(((((.((....(((((((((((..((.....))..)))))((((.....((((.(((((((((((((((((((......((((((((((.(((.((((................(((.(((...(((((..................)))))..)))))).....(((((......((((((.(((...((.....)).))))))))))))))......)))).)))))))))))))...((((((.....(((((((...)))))))(((((((.((.((.((((..(.((((.((....))...)))).).)))).)).)).))))))).(((.((((((((.(..((....((.(((((((((.(.((.((((...(((((...)))))...)))).)).)((((.((((...(((((((..............((((((((.......)))))))))))))))...)))).)))))))))).....))).))..))..).)))))))))))((((((........))))))..........((((((((...(((((...((((.....))))...)))))....)))))))).......((((((...)))))).(((((...)))))..........))))))...(((((((.((.((((((((((....))))).))))).)).)))))))))))))))))))))..))...))).)))).....))))(((((.((..(((((((((((((((........)))))...)))))...)))))..)))))))...((((((((.((((..(((((((...))))))).((((.(((...))).)))).......(((.((((((........).))))).))).............)).)).)))))))).))))))..)).)))))))))))))))).(((((.((((((..(((........)))..))))))..)))))))))))))))........))))))).((((...((((((......))))))....)))).....(((((...)))))((..(((((((..((((((...((((.((........((((((((((((((((((((.(((.......((((.((((((.........((((((((((((((..(((..(((..((.(((((......((((((....))))))..))))).)).))))))..)))))))..........))))))).....((((((((.(((((((.((((..((((....))))..)))).)..((((((...))))))(((((((....))))))).......(((((((...(((((((((((...((((((......(((((...(((((((((((((((........).)).))))).........((((((((......(((((.....))))).....)))))).)))))))))..)))))......))))))...)))))).............(((((((..((((((((.(((....))).)))))))).....)))))))...)))))...)))))))..((((((((.((((((...((((((((.((((((.........)))))).)))........((((((....((((((((.........(((((...((((.(.((....((((((((((......)))))))))))).).))))...))))))))))))).))))))......((((...(((.((((((((.((((((...(((.((((....)))).)))(((((...(((((((((.........)))..)))))).)))))............((((((.(((((((.(((..((((.(((((((.....))))))))))).((((((((((.....((((..(((((..........)))))...)))).)))))))))).........))).)))))))))))))((((((.(((((....(((((((((........((((((((...(.((((((.((((....((((.((((..((((.(((((.......(((.((((....)))).)))...((((((...((((..(((((((((.....(((((..((((....))))...)))))..((((((.......(((((((......))).)))).))))))......)))))))))))))...)))))).............((((((........))))))......))))).))))....))))))))..)))))))))).)...)))))))).(((........))).........(((((....)))))...)))))))))..(((((((((..((((.............(((((...))))).........(((......))).))))..)))))))))....((((..(((.......((.((((((...(((((.......)))))...)))))).)).....)))..))))((((((((....))))))))(((((...........((..(((((((((....)))))))))..))..........)))))(((((((.(((((((.......(((........)))......))))))).))))))).........)))))))))))..)))))).)))))))).))).....)))))))))...))).))).))))))))))))))..((((.....))))......((....))(((((.(((((((((((((((.....((((((((((....))))).)))))..))))))))))).)))).)))))....))))))))..((((((((.(((((((......)))))))))......))))))...)))))).))))..((((((((....)))))))).....((((((.......))))))(((((.(((((...........))))).)))))....((((.(((((..(..(((....)))..)..))))).))))))).))))).......)))))).)))))))))))))))))))))..)))))))..))....((((......)))).))))))))))))))))))))).)))..)))))(((((((((((((..((((((.(((..((((((((((..((((.((.((((.....(((((....))))))))).)).......(((((((((.........)))))))))...............((.........))((((....)))).((((((......))).)))...............)).))..))))))))))((.(((...))).))..))).)))))).....)))))...((((....))))..(((((.(((((..((((((((((.(((((((((((.....))))))))))).......))))))))))))))).))))).)))))))).(((((.(((((((((.(((((.((.....)).)))))...)))))))))......(((((((.((((((((((..(((......)))..))).))))))).)))))))(((((((..((((...((((((........(((((((......((..((((((((..((...(((((....))))))).))))))))..)).....))))))).))))))...))))..))))))).....(((((.....((((.((((....))))..)))).....)))))..........))))).....(((((......((.(((((...))))).)))))))..))))))))))))))..))..))))..)))))(((((.((((((((......))).))))).))))).((.((((....((.(.((((((....)))))).).))....)))).))((((((..((((....)))).))))))))))))).))))).......................
Thermodynamic Ensemble Prediction
((..,((((.(((,..((((.....((((((((((({(((..(((..,({(((,,(({{.,.(({{{.....))..))),))))..)}})),...))))}})))))))..))}}.....))))....)))}..,.}})))))|((((((({,..(((((....,,,...((({(.((({({({,,,..,})),,}))).}}..}|||||||,,{{.{{{({{{({((((,...,}}}}.|{{{{.{|,,|((((((..(({..(((.(((((((.(((((({..(((((((({{{.{{.(((||{(.{{,.,{{{....{{{..,,}},...)))..)))))),},}}..})))))),)}..},))))))..))))))).))),..}}),.)))))){{{||{||,,,,,,|,.(((((((((((.((,....}).))))))...)))))((({....))))||,||}|}}}}...,,}.,})}}|{{|{..,)))}}}}}))})}.,,))})),....}.}))))))}.............(((((((((((,{{{{((((((....((((((,...,)),}))))))))},,|||||}.,,|,,,|||{{,((((((((((((((((((((((...(((((((....(((((((.((.(((((((((..{{.....}}..)))}}((((.,...((((.(((((((((((((((((((,.,,,.((((((((((.(((.{(({.,....,{{,,{{{{.,{,.(((,.,((({{......,....|}||...||||}..}}|||}|.,|.{{{{,....,{((((((.(((..........}..)))))))))))))}...,,.}))}.)))))))))))))..,|{{{{,.....(((((((...)))))))(((((((.((.((.((((..{.(({{.((....))...)))).}.)))).)).)).))))))).(((,,((({{{{....|||,|}||,((((({((((,{(({({{{.,{{{{((({,{,}|}...,,||.||{|((((,((((,{,(((((((..,,......,,,.((((((((((....|)))))))||||||||.,,||},.}}|)|})|,}...,,|||,|||}}}||},,}}}}}}}}}}{({{((,{,,,.{,|||}}}.,|.|||..||||||{{({,.(((((,{,(,(({{{{{{{{,.,.|..,,.,}}))}|||{{{{,,...{|||||}}})}}}}},,|},||||||}}|,,||}}}},}})))))...{((((((.((.((((((((({....}))))},)))).)).))))))})))))))))))))).,))...))).)))}...,.))))....((({{,.,,,{||{||,,,,,{{({(((((((..,..(((({.....,{|{((({.{((((,..{,,..,,,,,}}}(((((((...)))))))}||||..,}}}})}}})))).....)))))}}.||||||{{,{{,{{,..,,,}}},,,,||||..{{,...,|,.||.((((((......))))))..}}},)}},)},}}|||||.,,,.,,...|}},||,,,,}})},|(((((((((((({({,,,,,||....,...{((({.,.{{{,...((((((......)))))),}}}},,,..,,.{{((((({({{||{(((((((,...{((((((...(((((,..,,..{{(({,.....................,}}},}.}|))))).....)))))}}.((((((((((((((..(((..(((..{{.(((((......((((((....))))))..))))).}).))))))..)))))))..........))}}}))....{{({.{.((((.((((.......)))))))).}))),....)}}}}||{{{,..,}}}}|}{((((((....))))))},......|||||||...|||||||||||||||{{||{|,,...{,{{{...||{{{{,{{{{{|||,,,.,,,,),)}}},}}},,,.,,,,.((((((((.{{,..{((((.....))))).,,},)))))).)),}}}}}}..|}},,,},,..}}}})}|,,||},,,...,.........(((((((..((((((((.(({....})).)))))))).....))))))).,,}}}}}||,}}}}}}},.((((((({.{{{.,{|,||,,(((((.((((((.,.....,.)))))).)))}},,,,,|{{{({(,...,{{{||{||,,|{,,,{(((({.,,{(((.,.{{....{(((((((((......)))))))))))},},}}))}}}})}))))))}}}|,||||||,,,.,.{{{{.,{((|.((((((((.{(((({..,{{{|{|{{,..,||||,||,(((((...(((((({{{.........)}},.}))))).))))},,,....,,,..((((((.(((((((,({(,,{{((.{((((((.....))))))},||{{(((((,,,,.}}}}}}|||...{{{{....,.....))))|{{{||||,||||,,,,,,.,.}}),,}))).))))))))))))),,|||||||{{,....{{{||||||,,|{{{|.((((((({...{.{{{({{|{{{{.,,.{{({.{(({,,{{{{.{{{{{.,,{,{{(((.{(((....}}}}.}}}...{{{{{{...((({..(((((((({...,,{{(((..((((....))))...}}})}..(({{({,,,{||.|{,,,,,},.,,,)}).}}},.})))))..,,..)))))))))}))).,.)))))}.,....,,|,,,,{||{{{,|{{,,..||}}}},,.,}}}))}}.}))}...,)))))}}},.}))))))))},}.,.}))))))),|||........,,||,.......{((((....}))}}{,,|||}}||||..{{{{{(({{..{|{|,,,,...,},,,,|||||,..}}}}}.,,......{||,,,,,.)}}.}}))|,)))}}}}},....||||,.||{.{|....((.((((({...{{{{{.......)))))...)))))),))},,..}}),,)}}|{(((((((....)))))))}|(({{..,{{{,.,{,({..(((((((((....)))))))))..}}.,.,,,,,|,}}}}}..(((({.{((((((({....})))))))}.))))),},,}}|}}}}}|,,,,,,},..,.,}}},,}}}}}}}}}},.}})))}.}))))))).)}),...,||}||},,}}},)}}.})).}))))))),}},,,..{(((.....))))..,,,.{{{{{{.},,,},)))))),,,,,,,}}}))}})})))))}))}...})))))))))))}})}.......,,...,,....,||.|||...((((..((((((((,(((((((......)))))))}}..,,,.})))))..)))).,,,,)),,.((((((((....))))))))...{{((((((.......))))}},,})},,)))))).))))))))))))))..))))))))))}|,((((,...}|||}..,||,.....}}}|{(((.((((......))))..))))}))))))))))}.}}||||,((((.....)))).))))....((((......)))).))))))))))).((((((((..,{{..,{{{{,{({(((({{{{{{,,...,,.{{,{{{(..(((..((({{((,{((((.........)))))))))))..)))..))))}}..(((((((((.........)))))))))...{{{(,(((.,({(,.((((((((((((((....)))},)).,,(({..((((..((.((.(((((.{{..(((({..(((((.(((((((.{(({{{,{.|{{(,.{{(...{((({.|,{{,((({.,.,,.((((((((,,((({{.(((({..((((((((((.(((((((((((.....))))))))))).......))))))))))})))).}}}}}...(((((..((((,...}))))))))}(((.(({.......,),))))))..))}})))),....,,))))..}.)))))..,))).,)}}.,))))))}.))))))))))))....(((((((..((((.,.(((((,........(((((((......((..((((((((..((...(((,...,,.,}}},}.))))))))..)).....))))))).))))))...))))..)))))))..,,{{......}},})))))..}}.))))).))))..))))..||}..........{(({{{{(({.{,{{{,,,,..,{.{((({...})))}.}|(((({..{,((((,....)))}}},,))))),.{(...(((((.{(((((((......))).))))}.)))))...)}.))))))))})....))))))))})).,)}}})},))))..)}}|||{{|,,|{{{....,,,,.}})),,,)))))))),{{{{.....,}},}.)).........
Back