Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001385400.1
Sequence Length
1780 nt
GC Content
0.5489
GGAGAGAUCAGCCGCCCAGCCAGGAGUUAAGCUGAGGUCGUCUGAGCCCUGCGACAGCCUGGACAGCAACUCAGGAUGGCAUCAGGCAGGGCACGCUGCACCCGAAAACUCCGGAACUGGGUGGUGGAGCAAGUGGAGAGUGGGCAGUUUCCCGGAGUGUGCUGGGAUGAUACAGCUAAGACCAUGUUCCGGAUUCCCUGGAAACAUGCAGGCAAGCAGGACUUCCGGGAGGACCAGGAUGCUGCCUUCUUCAAGGCCUGGGCAAUAUUUAAGGGAAAGUAUAAGGAGGGGGACACAGGAGGUCCAGCUGUCUGGAAGACUCGCCUGCGCUGUGCACUCAACAAGAGUUCUGAAUUUAAGGAGGUUCCUGAGAGGGGCCGCAUGGAUGUUGCUGAGCCCUACAAGGUGUAUCAGUUGCUGCCACCAGGAAUCGUCUCUGGCCAGCCAGGGACUCAGAAAGUACCAUCAAAGCGACAGCACAGUUCUGUGUCCUCUGAGAGGAAGGAGGAAGAGGAUGCCAUGCAGAACUGCACACUCAGUCCCUCUGUGCUCCAGGACUCCCUCAAUAAUGAGGAGGAGGGGGCCAGUGGGGGAGCAGUCCAUUCAGACAUUGGGAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCCCUGAGCCACAGGAAGUUACAGACACAACUGAGGCCCCCUUUCAAGGGGAUCAGAGGUCCCUGGAGUUUCUGCUUCCUCCAGAGCCAGCACCAGGUAGGGCUGUUCUAUCCCCAGACUACUCACUGCUGCUCACCUUCAUCUACAACGGGCGCGUGGUGGGCGAGGCCCAGGUGCAAAGCCUGGAUUGCCGCCUUGUGGCUGAGCCCUCAGGCUCUGAGAGCAGCAUGGAGCAGGUGCUGUUCCCCAAGCCUGGCCCACUGGAGCCCACGCAGCGCCUGCUGAGCCAGCUUGAGAGGGGCAUCCUAGUGGCCAGCAACCCCCGAGGCCUCUUCGUGCAGCGCCUUUGCCCCAUCCCCAUCUCCUGGAAUGCACCCCAGGCUCCACCUGGGCCAGGCCCGCAUCUGCUGCCCAGCAACGAGUGCGUGGAGCUCUUCAGAACCGCCUACUUCUGCAGAGAUCCUCCAUGUAGCCUAUGCAUGGCACUCCUGCGCUUGUGUGUUGCAUAUCCUGUGUGGCCAUAUGCCCAGCCUGGCAGCUACCUGGCAGCUCUCCUCCAGCCAAGACAAUGGAAGAGGUGGUUCAGACUUGGUCAGGUACUUUCAGGGCCUGGGCCCCCCACCGAAGUUCCAGGUAACACUGAAUUUCUGGGAAGAGAGCCAUGGCUCCAGCCAUACUCCACAGAAUCUUAUCACAGUGAAGAUGGAGCAGGCCUUUGCCCGAUACUUGCUGGAGCAGACUCCAGAGCAGCAGGCAGCCAUUCUGUCCCUGGUGUAGAGCCUGGGGGACCCAUCUUCCACCUCACCUCUUUGUUCUUCCUGUCUCCUUUGAAGUAGACUCAUUCUUCACACGAUUGACCUGUCCUCUUUGUGAUAAUUCUCAGUAGUUGUCCGUGAUAAUCGUGUCCUGAAAAUCCUCGCACACACUGGCUGGUGGAGAACUCAAGGCUAAUUUUUUAUCCUUUUUUUUUUUUAAUUUUGAGAUAUACGCCCUCUUUCAUCUGUAAGGGACUAGGAAAUUCCAAAUGGUGUGAACCCAGGGGGCCUUUCCCUCUUCCCUGACCUCCCAACUCUAAAGCCAAGCACUUUAUAUUUUCCUCUUAGAUAUUCACUAAGGACUUAAAAUAAAAUUUUAUUGAAAGAGGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-670.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -702.89
Frequency: 0.0000
Diversity: 337.24
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......((.(((((((((((.((((((...((((.((((((((((...(((.............))).)))).)))))).))))((((......)))).......))))))))..))))))))).)).....((((((..(((((((.(((.((..(..((((........))))..)..)).......((.((((((((((...(((......)))....))))))).))))).))).)))))))))))))((((((((..(((((((((((((((((((((((..(((((((((((((.(((((....)))))...)))..(((.(((((((((((.....))))(((((.........((((((((.(...(((.(((........((((((((((...))).)).)))))))).))).)))))))))((((((((....))))))))))))).............)).))))).)))..))))))))))((.((((..((.((((((((..(((((((((...(((((((.....(((.(((.(((((....((((.(((....)))))))...)))))))).)))(((....)))....(((....(((((((((((.((.(((((((((((((.(((.(((...(((...)))....))).)))(((((....)))))..........(((((.(((...((((......)))).))).))))))))))))))).........).)).))..))))))))).))....))).....(((((((..((((((..((((((((((...(((((((..(((.(((....))).(((((....))))).((((...(.((((.(((((((((((.......((.(((((.((((((((((.(.(((.((..((...))..))))).)..)))).))).))))))))))......(((((...))))).))))))))..))).)))).)...)))).......)))..))))))).))))))))))..))))))...))).))))....(((((((((.((((((((.(((((........))))).)))).....(((((((.....)))))))..)))))))))))))))).))))....))))))))).....((...(((.((......)).))).))(((((.((((((((((((..(((((((((((...(((...((((..(......)..))))((((.((((((..(((((((.((......)))))))))((((.((((.(((...((((((....((((.................))))....)))))).))))))).)))).......((((((....)))))).(((.(((((((.....)))..)))).)))......)))))).))))))).)))))............))))))))))).....((((..((((((.((.......)).)))...)))..))))((((..(((.((((..((((((...))))))......)))).)))..))))......))))))).))))).(((((((.(((....................))).)))))))......((((((((((((((((..((((........))))..)))).)))))...))))))).....))))))))))..)))).))........((...)).))))))))))))).))))))))))..)).))).)))..........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....,.((.(((((((((((.((((((...{((,{(({((,{(,({{((((..{,.{{{{{...,...,))))),)),}.}},,||||}}}.,,}}))}}},,..))))))))..))))))))).)).}...((((((..(((((((,((({(({{{,{{(((........}}||,.....{{{{((((((....,|}|}||,}}||,......})),.,}))))))))),.,,.,,,.))))))))))))){{{(((((..(((((((((((((((((((((((.{(((((((((((((.(((((....)))))...)))..(((.((((((({(((.....)))|(((((.........((((((((.,.,,(((.(((........(((({|{(||...,)),||.}))))))).))).}))))))))((((((((....))))))))))))),............)),})))).)))..))))))))))|(.((((..((.((((((((.,(((((((((...(((((((.,..,(((.(((.(((((....(({(((((....)))))))...)))))))).))){({....)})....{((....(((((((((((.,,.{(.((((((((((.(((.(((...(({...}}}....))).)))(((((....))))).......,..(((((.(((...((((......)))).))).)))))))))))))))||.......},,,.,}..))))))))).))....})}.....(((((((..((((((..((((((((((...(((((((..{((,(((....))).(((((....))))).((((...{.((((.(((((((((((.......(,{(((({{((((((((((.{.((({{{,,{,.,.),,.))}}).,..)))).))).))))))))))......(((((...))))).)))))))),.,)).)))).,...))))..,....)))..))))))).))))))))))..))))))...})).)))).,,.{{(((((((.((((((((.(((((........))))).))))...,.|((((((.....))))))),,)))}))))))))})))}})))..,.})))))))),,,..{{,..{,{,(|||{...,},)})|},(((((.((((((({((((,.(({,(((((((...(({...((((..(......)..))))((((.((((((..(((((({,((......))))))))){(((.{(((.(((,{,(({{{{,},,|,((,{,.....,,,,.,,..,))),,},)))))}.))))))}.)))}.......((((((....)))))).(((.(((((((.....)))..)))).)))......)))))).))))})).)))))))..,,,.}}},}}},,,,||||.,,..,,||.}||}...,{{.,,{(((((({{,,..|,|..{||{(.((..,,|,.}}}.})||)|}.}.},))))))))}..,}}......,,,.......))))))).))))).|{,((((.(((....})}.))},.......,|,,....}))),.....((((((((((((((((..((((........))))..)))).)))))...))))))).....))))))))))..)))).}.........{{...}}.))))))))))))).))))))))))..)),})).)}|..{{{,,....}}}}}..........
Back