Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001385401.1
Sequence Length
1653 nt
GC Content
0.5481
GGAGAGAUCAGCCGCCCAGCCAGGAGUUAAGCUGAGGUCGUCUGAGCCCUGCGACAGCCUGGACAGCAACUCAGGAUGGCAUCAGGCAGGGCACGCUGCACCCGAAAACUCCGGAACUGGGUGGUGGAGCAAGUGGAGAGUGGGCAGUUUCCCGGAGUGUGCUGGGAUGAUACAGCUAAGACCAUGUUCCGGAUUCCCUGGAAACAUGCAGGCAAGCAGGACUUCCGGGAGGACCAGGAUGCUGCCUUCUUCAAGGCCUGGGCAAUAUUUAAGGGAAAGUAUAAGGAGGGGGACACAGGAGGUCCAGCUGUCUGGAAGACUCGCCUGCGCUGUGCACUCAACAAGAGUUCUGAAUUUAAGGAGGUUCCUGAGAGGGGCCGCAUGGAUGUUGCUGAGCCCUACAAGGUGUAUCAGUUGCUGCCACCAGGAAUCGUCUCUGGCCAGCCAGGGACUCAGAAAGUACCAUCAAAGCGACAGCACAGUUCUGUGUCCUCUGAGAGGAAGGAGGAAGAGGAUGCCAUGCAGAACUGCACACUCAGUCCCUCUGUGCUCCAGGACUCCCUCAAUAAUGAGGAGGAGGGGGCCAGUGGGGGAGCAGUCCAUUCAGACAUUGGGAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCCCUGAGCCACAGGAAGUUACAGACACAACUGAGGCCCCCUUUCAAGGGGAUCAGAGGUCCCUGGAGUUUCUGCUUCCUCCAGAGCCAGCACCAGGUAGGGCUGUUCUAUCCCCAGACUACUCACUGCUGCUCACCUUCAUCUACAACGGGCGCGUGGUGGGCGAGGCCCAGGUGCAAAGCCUGGAUUGCCGCCUUGUGGCUGAGCCCUCAGGCUCUGAGAGCAGCAUGGAGCAGGUGCUGUUCCCCAAGCCUGGCCCACUGGAGCCCACGCAGCGCCUGCUGAGCCAGCUUGAGAGGGGCAUCCUAGUGGCCAGCAACCCCCGAGGCCUCUUCGUGCAGCGCCUUUGCCCCAUCCCCAUCUCCUGGAAUGCACCCCAGGCUCCACCUGGGCCAGGCCCGCAUCUGCUGCCCAGCAACGAGUGCGUGGAGCUCUUCAGAACCGCCUACUUCUGCAGAGACUUGGUCAGGUACUUUCAGGGCCUGGGCCCCCCACCGAAGUUCCAGGUAACACUGAAUUUCUGGGAAGAGAGCCAUGGCUCCAGCCAUACUCCACAGAAUCUUAUCACAGUGAAGAUGGAGCAGGCCUUUGCCCGAUACUUGCUGGAGCAGACUCCAGAGCAGCAGGCAGCCAUUCUGUCCCUGGUGUAGAGCCUGGGGGACCCAUCUUCCACCUCACCUCUUUGUUCUUCCUGUCUCCUUUGAAGUAGACUCAUUCUUCACACGAUUGACCUGUCCUCUUUGUGAUAAUUCUCAGUAGUUGUCCGUGAUAAUCGUGUCCUGAAAAUCCUCGCACACACUGGCUGGUGGAGAACUCAAGGCUAAUUUUUUAUCCUUUUUUUUUUUUAAUUUUGAGAUAUACGCCCUCUUUCAUCUGUAAGGGACUAGGAAAUUCCAAAUGGUGUGAACCCAGGGGGCCUUUCCCUCUUCCCUGACCUCCCAACUCUAAAGCCAAGCACUUUAUAUUUUCCUCUUAGAUAUUCACUAAGGACUUAAAAUAAAAUUUUAUUGAAAGAGGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-615.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -646.81
Frequency: 0.0000
Diversity: 460.56
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.(((.(((((((((.((((((..((...((.((((...((.(.((...((((...(.((((((((.(((.(((((..(((.(((.((((((.(((.((((.....((.(((....))))))))).)))..((((((((((((((.((((((((..(..((((........))))..)..))....(((((.((((((((((...(((......)))....))))))).))))).)))(((((((((....)))))...))))........)))))).)..(((((((((((((((((((.(((((....)))))...)))..(((.(((((((((((.....))))(((((.........((((((((.(...(((.(((........((((((((((...))).)).)))))))).))).)))))))))((((((((....))))))))))))).............)).))))).)))..)))))))))))((.((((((((.(((((((......((((....))))..(((..((((.(((.(((((....((((.(((....)))))))...)))))))).)))))))..(((......)))..((((((.(((((.(((..(((..((((((((((.(((...(((...)))....))).)))(((((....))))).)))).)))..)))..))).)))))((((((((.(((.((((((((((((((((((((......))).......(((((((((.............(((....))).((((((..((((((((((...(((((((..(((.(((....))).(((((....))))).((((...(.((((.(((((((((((.......((.(((((.((((((((((.(.(((.((..((...))..))))).)..)))).))).))))))))))......(((((...))))).))))))))..))).)))).)...)))).......)))..))))))).))))))))))..)))))).((((((..(((((((.((((((.(((((((((.(((((........))))).)))).)))...)).))))))...((((..(((((.((((..(((((((.((......))))))))))))).........(((((....))))).(((((.....((((..(...)..)))))))))..)))))..)))).....))))))))))))).....)))))))))))))))...)))..)))))))).).)))))))))).....)))))).....))))))).)))))))).))))))).......).))))))))))))..........))))))))).)))...))))).))).)))))))).)....)))))).).))....))))))..)).))))))))))).......((((.(((....))).))))................(((......((((((((((((((((..((((........))))..)))).)))))...)))))))......)))....)))).))))).....(((((.......)))))....((((((((.((((..........................))))..))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{.{,{.((.(((((((((((.((((((...{((,{(({(({{(,({{{(((..{,.{{{{{...,...,))))),)),}.}},,||||}}}.,,}}))}}},,..))))))))..))))))))).}},|,.,{((((({.((((,(({(((((({({{(((((,,,.....},||,.....((((((((((.....))))}}})))),.,,,..})}|.}}}))))))}}|,,|,|||,||}|||||,,,,)}|}|{{(({{(((((({{{((((({{(((((((,((((((((((((((.(((((....)))))...)))..(((.((((((({(((.....)))|(((((.........((((((((.,.,,(((.(((........(((({|{(||...,)),||.}))))))).))).}))))))))((((((((....))))))))))))),............)),})))).)))..))))))))))}({,((((((((,(((((((.,{...{(({....|}}}..{,{,,{(((.(((.(((((....(({(((((....)))))))...)))))))).)))|||},,{((......}}}..{(((,(,{(({(,{{{.,{{{,.{((((({(((.(((...({,...}}}....))).)))(((((....))))).})}}.})}..}}|,.}}}.}}))}((((((((.(((.(((((((({(((((((({{{......})}.......(((((((((..............{({{{{||,.((((((..((((((((((...(((((((..{((,(({..,,))).(((((....))))).((((...{.((((.(((((((((((.......(,{((({{{((((((((((.{.((({{{,,{,.,.),,.))}}).}..)))).))).))))))))))......(((((...))))).)))))))),.,)).)))).,...))))..,,...)))..))))))).))))))))))..)))))).,,|||,||||{(({,.((((((.(((((((((.(((((........))))).)))).))}..,)).))))))...((((,,(((({.((((..(((((({,((......)))))))))))))..,.|.||,{((((....))))}.(((({.....{(({.,,...}}}})))))))),.))))),.))))}....,})}|||{|,,,.}}}},)))))))))))))))...)))..)))))))).).))))))))))..,,.}))))}...,,))))))).)))))))),))}},},|{{{{..,.,,..,,))}}|,,,||,||.,,,}}}}}}}}||}|{..,|}},}}}.})}})})}}.}.,,,},)}))})})....,}}},)}}}}}.,}}}}}}}}}|||,,,,,((((.(((....))).)))}....,,,,,,,....,}}),.....||||,|||||||,|||.{((((...{{{,,,|||..,|||,,,,,),}.}}}})),.},}}))),,)))))..,)))}}.....,,,,{,......))))),,,,||||{|||}|}}}}|,.}},|}}.,||..,,,,....,})),)..}})}}},.
Back