Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001385402.1
Sequence Length
1363 nt
GC Content
0.5282
GGAGAGAUCAGCCGCCCAGCCAGGAGUUAAGCUGAGGUCGUCUGAGCCCUGCGACAGCCUGGACAGCAACUCAGGAUGGCAUCAGGCAGGGCACGCUGCACCCGAAAACUCCGGAACUGGGUGGUGGAGCAAGUGGAGAGUGGGCAGUUUCCCGGAGUGUGCUGGGAUGAUACAGCUAAGACCAUGUUCCGGAUUCCCUGGAAACAUGCAGGCAAGCAGGACUUCCGGGAGGACCAGGAUGCUGCCUUCUUCAAGGCCUGGGCAAUAUUUAAGGGAAAGUAUAAGGAGGGGGACACAGGAGGUCCAGCUGUCUGGAAGACUCGCCUGCGCUGUGCACUCAACAAGAGUUCUGAAUUUAAGGAGGUUCCUGAGAGGGGCCGCAUGGAUGUUGCUGAGCCCUACAAGGUGUAUCAGUUGCUGCCACCAGGAAUCGUCUCUGGCCAGCCAGGGACUCAGAAAGUACCAUCAAAGCGACAGCACAGUUCUGUGUCCUCUGAGAGGAAGGAGGAAGAGGAUGCCAUGCAGAACUGCACACUCAGUCCCUCUGUGCUCCAGGACUCCCUCAAUAAUGAGGAGGAGGGGGCCAGUGGGGGAGCAGUCCAUUCAGACAUUGGGAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCCCUGAGCCACAGGAAGUUACAGACACAACUGAGGCCCCCUUUCAAGGGGAUCAGAGGUCCCUGGAGUUUCUGCUUCCUCCAGAGCCAGGCUCCACCUGGGCCAGGCCCGCAUCUGCUGCCCAGCAACGAGUGCGUGGAGCUCUUCAGAACCGCCUACUUCUGCAGAGACUUGGUCAGGUACUUUCAGGGCCUGGGCCCCCCACCGAAGUUCCAGGUAACACUGAAUUUCUGGGAAGAGAGCCAUGGCUCCAGCCAUACUCCACAGAAUCUUAUCACAGUGAAGAUGGAGCAGGCCUUUGCCCGAUACUUGCUGGAGCAGACUCCAGAGCAGCAGGCAGCCAUUCUGUCCCUGGUGUAGAGCCUGGGGGACCCAUCUUCCACCUCACCUCUUUGUUCUUCCUGUCUCCUUUGAAGUAGACUCAUUCUUCACACGAUUGACCUGUCCUCUUUGUGAUAAUUCUCAGUAGUUGUCCGUGAUAAUCGUGUCCUGAAAAUCCUCGCACACACUGGCUGGUGGAGAACUCAAGGCUAAUUUUUUAUCCUUUUUUUUUUUUAAUUUUGAGAUAUACGCCCUCUUUCAUCUGUAAGGGACUAGGAAAUUCCAAAUGGUGUGAACCCAGGGGGCCUUUCCCUCUUCCCUGACCUCCCAACUCUAAAGCCAAGCACUUUAUAUUUUCCUCUUAGAUAUUCACUAAGGACUUAAAAUAAAAUUUUAUUGAAAGAGGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-481.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -507.32
Frequency: 0.0000
Diversity: 454.19
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......((.(((((((((((.((((((...((((.((((((((((...(((.............))).)))).)))))).))))((((......)))).......))))))))..))))))))).)).....((((((..(((((((.(((.((..(..((((........))))..)..)).......((.((((((((((...(((......)))....))))))).))))).))).)))))))))))))((((((((..(((((((((((((((((((((((..(((((((((((((.(((((....)))))...)))..(((.(((((((((((.....))))(((((.........((((((((.(...(((.(((........((((((((((...))).)).)))))))).))).)))))))))((((((((....))))))))))))).............)).))))).)))..))))))))))((.((((..((.((((((((......((((....))))(((.(((((....(((((..((((((.(........((((((((((.(((..((((((((((..((((..((((((....(((.((.((.((....)).)).)))))(((..((((((((..(((((......(((((.(((((....)))))...((((((((((((((..........)))))...((((((((((((.(((.((((...((.((((((((((((((.....))).)))((((((.(((((........))))).)))).))..(((.((((.....(((((((((((((((((..(((((((.((......)))))))))))))..).).)))(((((....))))).(((((.....((((..(...)..))))))))))))))))))))).))).....((((((....)))))).))))))))..))...)))).))).))))..))))))))))))))..)))....)))))....))))).))))))))))).))))))...))))..)))))))).....)).))).))))))))))(((((((......)))))))..........).)))))).........)))))....)))))))).....(((((((.(((....................))).)))))))......((((((((((((((((..((((........))))..)))).)))))...))))))).....))))))))))..)))).))........((...)).))))))))))))).))))))))))..)).))).)))..........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,.,.{.((.(((((((((((.((((((...{((,{(({(({{(,({{{(((..{,.{{{{{...,...,))))),)),}.}},,||||}}}.,,}}))}}},,..))))))))..))))))))).)}.|...((((((,.(((({(({(((((({({{({(((,.......},||,.....((((((((((.....))))}},)))},.,,,..})}}.}}}))))))}),,,|.|||.}))}}||}}}}})||||{(((,,(((((((((((((({{(((((((.((((((((((((((.(((((....)))))...)))..(((.((((((({(((.....)))|(((((.........((((((((.,.,,(((.(((........(((({|{(||...,)),||.}))))))).))).}))))))))((((((((....))))))))))))),............)),})))).)))..))))))))))}(,{(((,,((,{(((((((.,{{,.,(((,.,,|||,..{,(,,{(((.(((.(((((....(({{((((....)))))))...)))))))).}))||||.,(((......|}}..,{((,({{((,({,{{.,|,|,.|||||({({{.(((,.,({,...||,....))|,||}(((((....))))).,}}|.|||,,|||{{|},.}}}}}..)))),{{{(((((((({,,{.((({(((({{{{{.,,(((({{..||||..{(((((.(((((((((.(((((........))))).)))).)),..,)).)))))}...||||}}||||}}((((..(((((({,((......)))))))))))))..}.)}))).||||}}..|||||.(((((.....{{{{.,{...}}}})))))))),,))),,,||||.|...,,,,((((((....)))))).}}}}}|))||)}...}))),}}}})))),.|||}}|||||||,,..})))))},))),}}}}))),)}))))))|))}},|,||||{..,,,,..,|))})||,,{{,||.,,,|}}}}}}|||,{{,,,|}},}}}.})}})}}}}.},},,}})}))}}}),...,,|},}}}}},.,,}}}}}}}}|||,,,,,((((.(((....})).)))}....,.,,,,,....,}}),.....||||{|||||||{|||.,((((...{{,,.,}|}..,}||,}}}}),,.)}))))}.,,,,)))}})))))..}))),}........,{,...,,.)))))}}}}}|||,||}}}}}}}}..}},})).}||..,,,,,....}))}}..,}},,,..
Back