Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001385639.1
Sequence Length
1684 nt
GC Content
0.6407
AGUGGAGGGCAGUGGAGAGGACCGCGCUGUCCUGCUGUCACCAAGAGCUGGAGACACCAUCUCCCACCGAGAGUCAUGGCCCCAUUGGCCCUGCACCUCCUCGUCCUCGUCCCCAUCCUCCUCAGCCUGGUGGCCUCCCAGGACUGGAAGGCUGAACGCAGCCAAGACCCCUUCGAGAAAUGCAUGCAGGAUCCUGACUAUGAGCAGCUGCUCAAGGUCACCAUCCUGGAGGCAGAUAACAGGAUCGGGGGCCGCAUCUUCACCUACCGGGACCAGAACACGGGCUGGAUUGGGGAGCUGGGAGCCAUGCGCAUGCCCAGCUCUCACAGGAUCCUCCACAAGCUCUGCCAGGGCCUGGGGCUCAACCUGACCAAGUUCACCCAGUACGACAAGAACACGUGGACGGAGGUGCACGAAGUGAAGCUGCGCAACUAUGUGGUGGAGAAGGUGCCCGAGAAGCUGGGCUACGCCUUGCGUCCCCAGGAAAAGGGCCACUCGCCCGAAGACAUCUACCAGAUGGCUCUCAACCAGGCCCUCAAAGACCUCAAGGCACUGGGCUGCAGAAAGGCGAUGAAGAAGUUUGAAAGGCACACGCUCUUGGAAUAUCUUCUCGGGGAGGGGAACCUGAGCCGGCCGGCCGUGCAGCUUCUGGGAGACGUGAUGUCCGAGGAUGGCUUCUUCUAUCUCAGCUUCGCCGAGGCCCUCCGGGCCCACAGCUGCCUCAGCGACAGACUCCAGUACAGCCGCAUCGUGGGUGGCUGGGACCUGCUGCCGCGCGCGCUGCUGAGCUCGCUGUCCGGGCUUGUGCUGUUGAACGCGCCCGUGGUGGCGAUGACCCAGGGACCGCACGAUGUGCACGUGCAGAUCGAGACCUCUCCCCCGGCGCGGAAUCUGAAGGUGCUGAAGGCCGACGUGGUGCUGCUGACGGCGAGCGGACCGGCGGUGAAGCGCAUCACCUUCUCGCCGCCGCUGCCCCGCCACAUGCAGGAGGCGCUGCGGAGGCUGCACUACGUGCCGGCCACCAAGGUGUUCCUAAGCUUCCGCAGGCCCUUCUGGCGCGAGGAGCACAUUGAAGGCGGCCACUCAAACACCGAUCGCCCGUCGCGCAUGAUUUUCUACCCGCCGCCGCGCGAGGGCGCGCUGCUGCUGGCCUCGUACACGUGGUCGGACGCGGCGGCAGCGUUCGCCGGCUUGAGCCGGGAAGAGGCGUUGCGCUUGGCGCUCGACGACGUGGCGGCAUUGCACGGGCCUGUCGUGCGCCAGCUCUGGGACGGCACCGGCGUCGUCAAGCGUUGGGCGGAGGACCAGCACAGCCAGGGUGGCUUUGUGGUACAGCCGCCGGCGCUCUGGCAAACCGAAAAGGAUGACUGGACGGUCCCUUAUGGCCGCAUCUACUUUGCCGGCGAGCACACCGCCUACCCGCACGGCUGGGUGGAGACGGCGGUCAAGUCGGCGCUGCGCGCCGCCAUCAAGAUCAACAGCCGGAAGGGGCCUGCAUCGGACACGGCCAGCCCCGAGGGGCACGCAUCUGACAUGGAGGGGCAGGGGCAUGUGCAUGGGGUGGCCAGCAGCCCCUCGCAUGACCUGGCAAAGGAAGAAGGCAGCCACCCUCCAGUCCAAGGCCAGUUAUCUCUCCAAAACACGACCCACACGAGGACCUCGCAUUAAAGUAUUUUCGGAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-735.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -766.23
Frequency: 0.0000
Diversity: 336.31
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((..(((..(((((((((((.((((((...(((((((.(((.((((((((((.....)))).....(((((((((((((.....)))).(((((((((..((((.((((((.((((.....((((((((((((.(((.(..(((...(((((....))))).................(((.(.((((((..(((((.(((((....))))).)))))..)))))).).))).....)))..).))))))))).(((((.((....))))..)))...)))))))))).)))((((((((.((.....))...))))))))...((((...(((((...(((((...))))).))))).....)))).....((((..............))))))).)))))))))))))....(((......)))...((((((((((..((((((((((......)))))...)))))((((((((((((...((((.....))))((((.(((((...))))).)).))..(((((((..............))).))))((((((....(((...(((((.((((.((.(((....))).)).)))).))))).(((..(((....)))...)))))).....))))))))))))).)))))((((...(((((.....)))))))))(((((..((((..(((((...))))).((..(.(((((((((.((((.(((......((.(((((((((((..(((((...((((((((((.((((.((((((((((.....)))))))).))........)))).))))))))))....)))))..))).))))))))))..((((.....(((....))).....))))))).))))....))))).)))).)..))))))..))))).(((.(((((..((((((.((((........))))))))))))))))))))))))))))(((((((..(((((((((((((((...)))).((.(((....)))..))..)))))))))))..)))))))((((((((.((.....((.((.(..........).))..)))))).))))))))))))))).....(((((((((((.(((((((((((..((((((.((....)).))))))..))))).(((((((((.(((((....)))))))....))))))).....))))))..)).)))))))))..(((((((.....))))))).)))))))))))))))).)))))).))).((((((((.(((..(((((.((.(((((...))))).)))))).)..)))))))))))(((((...((.....))..(((((((.(((.......(((.((.(((.(((((((((((.......))))..(((...(((((((((((.(((....)))....((((((...)))))))))))........))))))...))).(((.(((((((....((..((((....))))..)).)))))..)).))).((((((((...(((.(((.....)))))))))))).)).......)))))))..)))..)).)))))).)))))))....)))))....)))))).....))..))).)))(((...))).......................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((({.({{..,((((((((((.((((((...(((((((.((,,((((((({((.....}}}|.....(((((((((((((.....)))).(((((((((..((((.(((((((((({,...{((((((({({{{.|||}|}.|||,..(((((....)))))..,....,,}.......(((.{.((((((..(((((.(((((....))))).)))))..)))))).}.))).....,))}}}.))))))}}}.{({{,.((....))},..})}...}})})})}|,||||((((((((.((.....))...)))))))),,.((((...{{(({...(((((...))))).))))).....)))).....{{{{...,.,........)}}}})).))))))))))))),{..(({..,,,.))}...((((((((((..,(((,(((((.{{{{{{||||...||}||((((((((((((...((((.....))))({{(.(((((...))))).}),}}..(((((((..............))).))))((((((....(((...(((((.((((.((.(((....))).)).)))).))))).(((..{((....)))...)))))).....))))))))))))).)))))||.|...(((((.....)))))}},)|||||}}|,,|}.|||||}.,|||||{((..(.(((((((((.((((.(((......(,{(((((((((((..(((((.,.((((((((((.((((.((,(((((((.....)))))))}.)).......,)))).))))))))))..,.)))))..))).))))))))))..((((.....(((....))).....))))))).))))....))))),,))).)..)))),)},}}}},.(((.(((((..((((((.((((.,.....,))))))))))))))))))))))))))))(((((((..(((((((((((((((...)))).{{.{{{...,)))..)}..))))))))))),,)))))))((((((,(.{{....,{..(({({.........,.,}},}}))}).))))))})))))))).....(((((((((((.(((((((((((..((((((.((....)).))))))..))))),(((((((((.(((((....))))),,.,,,))))))).,...))))))..)).)))))))))..{((((((.....))))))}})))))))))))))))).)))))).))).((((((,(((((..(((({.((.(((({...})))).)))))).)..)))))))))))(((((...((.....))..(((((((.(({......,(((.((.(((.((((((((({(.{{...((((((({((,...}},})))))).,.{|||||||..{.((((((...)))))),}.|,..|||,....|||,...(((({,(((..{(....)||||,|||||...|)))..|,,}|||,({{{{{{{{{|,|{{|{{|,{.,.,|),))),)).,},)))))))})})).})})))))))..)))..)).)))))).)))))))....)))))....))))))).....)..}))}).{((({{.|||........}..}}}}}}......
Back