Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001385680.1

Sequence Length

2107 nt

GC Content

0.6251

AGCGCCCUCAGCGCGCUACGGUCCGCGGGCAACUCCGCAGAAGCCCCAGCCCCCAGGACCCCAGGACCCAGUGGCGCAGCCGGCAGCCCCGGAUCCCUGAUCUGCUUGGGCAGCUCCUGCAGAACCUGGAACAGUGAAUGGGUAGGGGACACUGGGCGUGCAGAAGGCGGGGGGCAGUGUGGAACAUGCCUUCACCACCUCCAGCUUCUGCUGCCGGAGGCUGCACCCACCUGGUGCUCCCUGCGAUCCACUGGCAGCCCUGCCUCCCUGGCCAGCAACUUGGAAAUCAGCCAGUCCCCUACCAUGCCCUUCCUCAGCCUGCACCGCAGCCCACAUGGGCCCAGCAAGCUCUGUGACGACCCCCAGGCCAGCUUGGUGCCCGAGCCUGUCCCCGGUGGCUGCCAGGAGCCUGAGGAGAUGAGCUGGCCGCCAUCGGGGGAGAUUGCCAGCCCACCAGAGCUGCCAAGCAGCCCACCUCCUGGGCUUCCCGAAGUGGCCCCAGAUGCAACCUCCACUGGCCUCCCUGAUACCCCCGCAGCUCCAGAAACCAGCACCAACUACCCAGUGGAGUGCACCGAGGGGUCUGCAGGCCCCCAGUCUCUCCCCUUGCCUAUUCUGGAGCCGGUCAAAAACCCCUGCUCUGUCAAAGACCAGACGCCACUCCAACUUUCUGUAGAAGAUACCACCUCUCCAAAUACCAAGCCGUGCCCACCUACUCCCACCACCCCAGAAACAUCCCCUCCUCCUCCUCCUCCUCCUCCUUCAUCUACUCCUUGUUCAGCUCACCUGACCCCCUCCUCCCUGUUCCCUUCCUCCCUGGAAUCAUCAUCGGAACAGAAAUUCUAUAACUUUGUGAUCCUCCACGCCAGGGCAGACGAACACAUCGCCCUGCGGGUUCGGGAGAAGCUGGAGGCCCUUGGCGUGCCCGACGGGGCCACCUUCUGCGAGGAUUUCCAGGUGCCGGGGCGCGGGGAGCUGAGCUGCCUGCAGGACGCCAUAGACCACUCAGCUUUCAUCAUCCUACUUCUCACCUCCAACUUCGACUGUCGCCUGAGCCUGCACCAGGUGAACCAAGCCAUGAUGAGCAACCUCACGCGACAGGGGUCGCCAGACUGUGUCAUCCCCUUCCUGCCCCUGGAGAGCUCCCCGGCCCAGCUCAGCUCCGACACGGCCAGCCUGCUCUCCGGGCUGGUGCGGCUGGACGAACACUCCCAGAUCUUCGCCAGGAAGGUGGCCAACACCUUCAAGCCCCACAGGCUUCAGGCCCGAAAGGCCAUGUGGAGGAAGGAACAGGACACCCGAGCCCUGCGGGAACAGAGCCAACACCUGGACGGUGAGCGGAUGCAGGCGGCGGCACUGAACGCAGCCUACUCAGCCUACCUCCAGAGCUACUUGUCCUACCAGGCACAGAUGGAGCAGCUCCAGGUGGCUUUUGGGAGCCACAUGUCAUUUGGGACUGGGGCGCCCUAUGGGGCUCGAAUGCCCUUUGGGGGCCAGGUGCCCCUGGGAGCCCCGCCACCCUUUCCCACUUGGCCGGGGUGCCCGCAGCCGCCACCCCUGCACGCAUGGCAGGCUGGCACCCCCCCACCGCCCUCCCCACAGCCAGCAGCCUUUCCACAGUCACUGCCCUUCCCGCAGUCCCCAGCCUUCCCUACGGCCUCACCCGCACCCCCUCAGAGCCCAGGGCUGCAACCCCUCAUUAUCCACCACGCACAGAUGGUACAGCUGGGGCUGAACAACCACAUGUGGAACCAGAGAGGGUCCCAGGCGCCCGAGGACAAGACGCAGGAGGCAGAAUGACCGCGUGUCCUUGCCUGACCACCUGGGGAACACCCCUGGACCCAGGCAUCGGCCAGGACCCCAUAGAGCACCCCGGUCUGCCCUGUGCCCUGUGGACAGUGGAAGAUGAGGUCAUCUGCCACUUUCAGGACAUUGUCCGGGAGCCCUUCAUUUAGGACAAAACGGGCGCGAUGAUGCCCUGGCUUUCAGGGUGGUCAGAACUGGAUACGGUGUUUACAAUUCCAAUCUCUCUAUUUCUGGGUGAAGGGUCUUGGUGGUGGGGGUAUUGCUACGGUCUUUUAAUUAUAAUAAAUAUUUAUUGAAUGCU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-830.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -866.96

Frequency: 0.0000

Diversity: 685.39

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

...((..(((((((((((((((((..(((....(((......((....)).....))))))..)))))..))))))).))(((.(((((.(((....((..((((((((.((((((.(((((.....((((..((.....((((((((((.(((((((.(((((((..(((((...(((.((......))..)))..)))))..)))))))))))((((((.(((((.....)))))...((((.........))))....))))))....((((....))))....)))...))))))))))..))..)))).....))))).....((((....))))..(((..((.(((.(......).)))))..)))(((((..(..((...(((((((((((.(((((....((....)).....))))).))))))))))).....))..)..)))))))))))))))))))..))..))).)))))..))).((((((.((((.((.......))))))..............(((..(((((((((....(((..........((.((((.(.((.(.((((((....))))))).))).)))).)))))...))))))))))))..........(((.(((.....))).)))..)))))).......(((.....))).....................(((((((.....(((((((((((((..(((...........................((((((((((((.((.(((((((.....((((((((((.....(((((((.((((.....))))........)))))))...............(((......)))(((((((((........((((((((((((((((((((.((((.((((((.......(((((((..(((.(((....(((....)))......))).))))))))))((((((((((..(.(((..((...)).))).)..))))))))))................)))))).))))..(((((((.((((..(((..(((((.......))).))....)))..)))).))))))).((((....)))).((((....(((((((.((((((((((((...(.((((..(.((......)))..)))).)...))))))))))((((((.((((((..........))))..)).))))))(((((((.....)))))))(((((.....)))))..((((.....))))....))))))))).....))))))))))))).)))))..............(((((.((((.((.((.(.((((.(((........))).)))).))).)).)))))))))........((((.((..(((((((.(((((...))))).(((((((....)))))))..........(((((((((.((.(((((((((((((.((((((((((.(((((((((.....(((.((...))..))).....)))))))))((((((((...((((((((..(......)..)))).)))))))))))).((((...........(((((..((((............(((((.......))))).....(((........))).......(((..((((........)))).)))...............(((((.....).))))...)))).)))))...........))))..)))))).(((((((((((....((((((...((((.((...........))))))))))))))))).......((((....)))).)))))).)))))))....)).)))))))).)).)))))))))...)))))))..))))))(((((.(((((....))))).)))))(((.((((...)))).)))((((.................)))))))))).)))))))))....)))).))))))..))))))).)).)).........................))))))))))))).)))))))))))))..)).)))))........................)))..)).

Thermodynamic Ensemble Prediction

{((((.....|{((((((((((((..(((,...{{{,,....||....)),,...)))))},.)))}}..})))))).}}.(((,(((((((({{...|}}}}|,,,||||,|||.{((((({{..{(((...{,({((((((((((((,{((((((,{((((({({{(((((({,(((,((.....,|},.}}}..}}}}|,{|,,,,))))}|(|(((,.(((((.....)))))..}||{|...,,,,|{||||,.,|}}}}},,{((((({{...,|||....,.,}}})}}},},,,},,.,..||||{{{{.||||,..{{{((({,,.,||||{((((..((.(((.(......,.)))))..))}|)},)))))}}},,},|,}}})|))))))},||,|,|}}}}}}|.,,.})}}}}}||||{||||||,,..,|}|{{{,{,..,|.|||||,,.})|||,{,..,..)))))),}}}},.})))|{{{,|.{{||..||||{||||,,,,,,,|......{{{..((({{{,,....,{|,....,,..,,}})))}))}}|.}|.||||}}}}}},))}},}})),..)))))})))}}}))),|||||.(({.....,,,.|,|}|||({{...,,.,,)})}},,,)))}...}}}))}}}.||........,,,.........,,(((((({.....(((((((((((((..(((..........................,((((((((({({.{{.{{{((((,{,.,((((((((({.....(((((((.((((.....))))........)))))))...............(((......)))(((((((({........{{{{||||||{|||{{{|||.{{{||||(((({(..{(({({(({{..{((,((({{(((({,,|||||,,,...|}},}}}|||}|||((((((({{{||{.||{|.{,,.,},..,).}}.}}))))))}}................||||||.,,,,..(((((((.((((..(((..(((((.......))).)}..,.)))..)))).))))))),(({{,...}}}},||{|..,,||{{{{{.{,{{{(((((((...|,((((..{.{{......}},..)))).|...))))))))))||||{{.|{{{{{..,.....,.}})),})),))))))|||||||,,,..}}))})),{||{,,,..)))))|.((((.....)))).,}.)))))))))}..}})),,}}})))}}|,|||||,...,.{{......(((((.((((.((.((.(.((((.(((........))).)))).))).)).))))))))).,||.,,{((((.,,.,(((({{(.(((((...))))}.(((((((....))))))).........{((({(((((,((,((({((((({({..{(((,,.{{||(((((((((.....(((.((...))..))).....)))))))))((((((((...((((((((..{......)..)))).))))))))))))......|||||{||,,.,|,..,{{|},,,{{{,,||..,||||...,,,,)))),{{{{{(({........||}.{{.,,,{.,,,{{,,.,|||||,||||,.,.....,,,,,,,.,,,(({{,.,,,,|.}|||,..|||||}}|||.......,..})))),....}.}}||||,,(((((....{(((((,..{(((.({.{......}..)))))))))))))))))....{(.((((....)))).)).}}))))))}})},,.)).))))})}).)).)))))))))...))))))),})))}}}|||||.,||||,,,,|||||,||}}|{((.((((...))))}})}|,(({......})).......}))))})))).})))))))),,..)))).))))}},.}}|}}}}.}}.},........................,))))))))))))).)))))))))))))..)},))))}}}}...,,,.{{{{{,....}}))))},,)),