Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001385733.1
Sequence Length
2322 nt
GC Content
0.5108
AAAAAUUGCCAAUGCCGACUAUAUUUCAAGUCGUCAUGGCGGGGUAUUGGGAAAAGUUUUCAAUUAGCAAUAAUCGCGCCUCGGAUAAACCUCAUUGGCUACGAUACUGCCACUGCGCAAAGCUGGAAAGGUUCUGUUCGCGCCCCGCUCCCCCACGGAUGAUGACUACCAUUACAUUGAGGGUGAGUGCCUGCCCGUGUGUCCGUGUAUACGACGUGUUCCCACUCCACCAGCCGUAUUUAAGGCCCAUCUGCAUAGGAGGUUUCUUGUUGUUGGAACAUCCCGUGUCAAACAUUCAGGUUUUGAAAACCAUAAGAAUAUUCGCUUGGGACGCUGGGGAAUCUUAUGCAAAUCAACGUGACGUCACAGAGAUGACUCGGUUGAGACUUGAAUUUUGAGCGAGGAGAGUGAGCAGUGGGAAAGCGAGCCUGGAGGGCGCAGACGGACGACUAGCUGUGCUCGAGGGUGCGGAAACAGCAGGGUGGGGGGAGUUGGGAAUAAUUUUAGGACGUCACUGUGACAAAAUCUGAAUGGAGAACACGGCUGGGCGCGGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCACUCUGGGAGGCCGAGGCGGGUGGAUCACGAGGUCAGGAGUUCAAGACCAGCCUGGACAAGAUGGUGAAACGGGGUCGCUACUAAAAAUACAAAAAAAUCAGCGGGGUGCGGUGGGCAGGCGCCUGUAAUCCCAGCUAGUCGGGAGGCUGAGGCACGAGAAUCGCUUGAACCCGGGCGGCAGUUUGCAGCGAGCCGAGAUCGCGCCAGUGCACUCCAGCCUGAGCGACAGACUUCGUCUCAAAAAGAAAACAACAGUGCGAGAGAAAGAAAACAGGACAGCCAGCUGGCAAGAAAAGUCAACACCGCCCUGCAUUUACCUUAAAAGUAGAGAUCACAAAAUCAGCAACUCCAACUUUCACAAACGGAAAUCGCUAAACAGGGGUUCGGCAAAGUUUGCAGCGAGCCGAGAUCACGCCAGUGCACUCCAGCCUGAGCGACAGACUUCGUCUCAAAAAGAAAACAGUGCGAGAAAGAAAACAGGACAGCCAACUGGCAAGAAAAGUCAACACCGCCCUGCUUUUACCUUAAAAGUAGAGAUCACAAAAUCAGCAACUCCAACUUUCAUAAACGCAAAUCACUAAAACAGAAUGAAGAUGAGCUUUGCGUUGACUUUCAGGUCAGCAAAAGGCCGUUGGAUCGCAAACCCCAGCCAGCCGUGCUCGAAAGCCUCCAUUGGGUUAUUUGUGCCAGCAAGUCCUCCUCUGGACCCUGAGAAGGUCAAAGAGUUACAGCGCUUCAUCACCCUUUCCAAGAGACUCCUUGUGAUGACUGGGGCAGGAAUCUCCACCGAAUCGGGGAUACCAGACUACAGGUCAGAAAAAGUGGGGCUUUAUGCCCGCACUGACCGCAGGCCCAUCCAGCAUGGUGAUUUUGUCCGGAGUGCCCCAAUCCGCCAGCGGUACUGGGCGAGAAACUUCGUAGGCUGGCCUCAAUUCUCCUCCCACCAGCCUAACCCUGCACACUGGGCUUUGAGCACCUGGGAGAAACUCGGAAAGCUGUACUGGUUGGUGACCCAAAAUGUGGAUGCUUUGCACACCAAGGCGGGGAGUCGGCGCCUGACAGAGCUCCACGGAUGCAUGGACAGGGUCCUGUGCUUGGAUUGUGGGGAACAGACUCCCCGGGGGGUGCUGCAAGAGCGUUUCCAAGUCCUGAACCCCACCUGGAGUGCUGAGGCCCAUGGCCUGGCUCCUGAUGGUGACGUCUUUCUCUCAGAGGAGCAAGUCCGGAGCUUUCAGGUCCCAACCUGCGUUCAAUGUGGAGGCCAUCUGAAACCAGAUGUCGUUUUCUUCGGGGACACAGUGAACCCUGACAAGGUUGAUUUUGUGCACAAGCGUGUAAAAGAAGCCGACUCCCUCUUGGUGGUGGGAUCAUCCUUGCAGGUAUACUCUGGUUACAGGUUUAUCCUCACUGCCUGGGAGAAGAAGCUCCCGAUUGCAAUACUGAACAUUGGGCCCACACGGUCGGAUGACUUGGCGUGUCUGAAACUGAAUUCUCGUUGUGGAGAGUUGCUGCCUUUGAUAGACCCAUGCUGACCACAGCCUGAUAUUCCAGAACCUGGAACAGGGACUUUCACUUGAAUCUUGCUGCUAAAUGUAAAUGCCUUCUCAAAUGACAGAUUCCAGUUCCCAUUCAACAGAGUAGGGUGCACUGACAAAGUAUAGAAGGUUCUAGGUAUCUUAAUGUGUGGAUAUUCUUAAUUAAAACUCAUUUUUUUUAAAUAAAAAAUUGUUCAGCUUUAUAUGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-773.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -817.21
Frequency: 0.0000
Diversity: 418.77
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......(((((.((.(((((........))))).)))))))((((.(((((((..((((.((.((((((........(((((((((..(((..((((....))))...((((((((((..(((((......(((((((((..(((.((((((((((........((((((.(((...))).))).))).(((((...(((.(((((........(((.(((((((((((((.(((........)))(((...((((((((....))))).))))))....((((((.(((((.(((((((((........(((((((...(((.(((((....)))))))))))))))....(((((.(((.((((......))))))))))))))))))))))))))))).)))).))).).)))))))).))).((((...((((((((..((....))..))))))))..))))))))).)))))))))).)))))))).)))..............((((...))))......)))))))))....)))))..))))))))))...(((((....((((((....)))))).....))))))))..))).))))))((((.(((...)))...))))..((((((((((((....((((.....................(((((((((((((((((((.(((((((((..((((........)))).(((.((((..(((...((((((....))))))(((.(..((.((((.......)))))).).))).)))..)))).)))......(((..((((...................))))..)))...))))).).))).)))(((.......)))..)))))).((((.((((...)))).))))......((((..(((((((((.....(((((((.(((((.(((.........((((((((((...))))..)))))).(((.((((((((((((((......(((((((......))).))))..........)))))((((((((...((((((.(((....)))....(((((((((......(((((((((...))))))))).(((......))).(((((((....((((((......................))))))..)))..)))))))))))))(((..((((....(((.(((((..........)))))..)))((((((.(((((((.....(((..((((((....))))))..)))(((((.((((((...(((...(((....(.((.(((((((((.......(((......))))))))))..)).)).)...)))..)))...))))))...))))).....(((((......(((((((.....)))).))))))))(((((((((.((.((.(((((...(((...((....)).)))..)))))))))...))))((((....))))((((((((.................))))))))..))))).....)))))))))))))(((((.....)))))...))))..))).((((....))))..((.((((((((((((((((....(((((((((.(..(((.((((...((((.((.((((.((((...)))))))))))))))))).)))..).)))))))))...)))).))).))))))))).)).)))))).....((((...((.(((.(((((...))))))))..))...))))...))))))))((((....((((.((.((((((((.((((....))))((.((((...)))).))((((((....)))))).....((((((.(((...((((((..((((.(((((.((((....(((((....))))).......((.(((.((....)).))).)))))).))))))))).....((((....)))).......))))))))).)))))))))))))).))))))....)))).((((.((((.....)))).)))))).)))))))))).....))).))).))))))))))))))))))..))))....)))).))))))......((((...((((((...))))))))))))))))))))...)))))).)))))).)).))))...)))))))...........((((.(((((((....)))).)))...))))........((((....))))(((((((........)))))))..........))))(((((((......)))))))..((((........)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
......{((({{((.(((((........))))).))))))}{{{{,{((((({.,((((,{(,(((({(,,,.,,,,(((((((((..(((..((((....))))...((((((((((..(((((......((((((((,..(((.((((((((((....,...,{{{{|,||,...|,,.}}),})).(((((...(((.(((((........(((.{(((((((((((,.(((........)))(((.,.(((,((((....)))))}.),)))....((((((.(((((.(((((((((,.......(((((((...(((.(({((....))))}))))))))))....{((((.(((.((((......))))))))))))))))))))))))))))).)))}.))).).)))))))}.))).((((...((((((((..((....))..))))))))..))))))))).))))))))))))))))))).)))........,,,,,,((({...})))....,,|)))}))))....)))))..))))))))))...(((((,...((((((....)))))).....))))))))..))).))))))({{(.{{,...|}}..,||||{,(((((((((((({..(((((.,,..................,..((((((,(((((({((.(((((((((..{(((......,,)))|(((((((((((,.,...((((((....)))))){{,...,||.((((.......))))}}..)))).))},))))),|||||,...,{||,{|||...................}}}}..,,}...))))).).))).))|(((.......))),.))))))))))).{(({,...,,,.))))......((((..(((((((((.....((((((({(((((.(({.......,.((((((((({...})))..)))))).(((.(((((((({(((((......(((((((......))).))))....}.....)))))((((((((...((((((.(((...,|||..{,{((((((((......(((((((((...))))))))).{{,......,}}.(((((((,,.,{(((((......................)))))).})))..)))))))))))))|.{|||||,....|||,,((((.{{{{..,,,||||,{{||,(((((({(((((((.....(((..((((((....))))))..})}(((((.((((((...(((...,(({,..(.((.(((((((((.......,,{,,....}}})))))))..)).)).}..,}))}.)))...))))))...))))).....((((({.....(((((((.....)))).))))))))((((({(((,({.{{.{||{{..,{{{..,((,,,,||,}},..}}}}}))))...)))))|||....}))}((((((((.................))))))))..))))).....)))))))))))))(((((.....)))))...))))..))))}|,)))}.)))}..,,,((((((((((((((((....(((((((((.{..(((.((((...((((.({.{(((.((((...)))))))))))))))))).)))..}.)))))))))...)))).))))))))))},)})).)))))).....(({(.{{((,{{{.(((((...))))))))})),,..))})...))))))))((((....(({{{((.((((((({,((((....))))((.((({...}))).))((((((....))))))....,((((((.(((...((((((..((((.(((((.(((((({.(((((....))))).,}},..((.(((.((....)).))).))}))).)))))))))...,{.(((....)))),......))))))))).)))))))))))))).))))))....)))).((((.((((.....)))).))))})}}))))))))).....})).))).))))))))))))))))))..))))...}))))..||||....}}}|(((...((((((...)))))))))),.,)))))))...)))))).|||}}}.}),)},,{{{{{{|,...,,.,......{{((.(((((((....)))).))).}}}||}.....,}.,|}}}}}}}))}}||{|||.....,}}))})))).}}}}},,,}}}},{,{{(({,.....)))))},.,{{((........)))}.
Back