Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001385804.1
Sequence Length
2317 nt
GC Content
0.6215
AGCAGAACCUCCUCGGACAGCGGCCCCAGCCGGGCCCCAGCAGCUCGCGUGGUCGGAGGAGAAGCAGCUGCCACAGCUGCCGCCCGAGCCCGGCCUCGCGCGCCCCUUGCCGCUGGCUCGCCGGUGCCUGUGCGGCCCCAGGACGCCGCUGCCCGCUCGGCGGCCGGGAUGCAGCCGGGGCAUGGCCGCCGGCCCCCAGUCACCUGCCGCGGGGAGCGCUGAGCCCGUUGAAAUUCUGCCUCUGAGAAGCUAACAGUCUUCCUGUGGUCGCCACUCCUCCCCAGCAGCCCCCUCCUUGCCAAGGACGGUCCAGAAGGAGCCCCACUGGGGCCUCCCCGCUCAGCAAAGCAGACCUCACCUCCCACUACCAGCUUGAAGUCACAGCAGCCAGAGGAAAUUCUGCCACCAUUUUCCCAGGUCUGCAGCCCCUCCAGCUGGGAACCUGCUCCUGGAGCCAUCCCUCUGCAAACAGAGAGCCCAGAGUGCCUCGGGGAAAAUUGGCUGAAUAAAAGAGCGAUCAGGACGCCACGGCUCCGCCUGAAGCGAUGGCCCAGCCCUACCCCCCCGCCCAGUACCCCCCUCCGCCACAGAACGGCAUCCCUGCCGAGUACGCCCCGCCCCCACCGCACCCCACGCAGGACUACUCCGGCCAGACCCCGGUCCCCACAGAGCAUGGCAUGACCCUGUACACACCAGCACAGACCCACCCCGAGCAGCCAGGCUCCGAGGCCAGCACACAGCCCAUCGCCGGGACCCAGACAGUGCCGCAGACAGACGAGGCGGCACAGACGGACAGCCAGCCGCUCCACCCCUCCGACCCUACAGAGAAGCAGCAGCCCAAGCGGCUACACGUCUCCAACAUCCCCUUCCGGUUCAGGGACCCCGACUUGCGGCAAAUGUUCGGGCAAUUCGGAAAAAUUUUAGACGUGGAGAUCAUUUUUAACGAGCGGGGCUCCAAGGGUUUUGGGUUUGUAACUUUUGAAACUAGCUCAGAUGCUGACCGAGCCCGGGAGAAGCUGAAUGGGACGAUCGUAGAGGGACGGAAAAUUGAGGUCAAUAAUGCCACGGCCCGAGUGAUGACCAACAAGAAGACGGGGAACCCCUACACCAACGGCUGGAAGCUAAAUCCAGUGGUCGGCGCAGUCUACGGGCCUGAAUUCUAUGCAGUGACGGGGUUCCCCUACCCCACCACCGGCACAGCCGUUGCCUACCGGGGCGCACAUCUUCGGGGCCGGGGCCGGGCCGUGUAUAAUACAUUUCGGGCUGCGCCACCCCCACCCCCCAUCCCGACUUACGGAGCGGCACUGGAGCAAACGCUUGUUAAAAUGCCAGUCCCAUGGGCGGGGCUGGCACCGUGCCCCCUCCCUCCUCAGCAGACACCGGAGCCGGCCUACCCCACCUCUCCAGCGUUCCCACCACUUUCUUGUCCGUUUGCUUCCAGGGUCGUGUAUCAGGAUGGAUUUUAUGGUGCUGAGAUUUAUGGAGGCUACGCAGCCUACAGAUACGCUCAGCCCGCUGCAGCGGCGGCAGCCUACAGCGACAGUUACGGCAGAGUCUACGCAGCUGCCGACCCGUACCAUCACACCAUCGGGCCCGCGGCGACCUACAGCAUUGGAACCAUGGCUAGCCUCUGCCGAGGAGGGUACAGCCGCUUCACCCCCUACUAGCAAGAGACCCAGCCCCUAACAGCAUUCACACUGACUGCCUAUUACACACCAAACCCAACAGCCCAAAACCAGGCACAGCCACCAGAAGACAGUGCACCCCUCCCGGUCAGCGACACGCACGGCUGGCCCCCUGCAACUCUAAAAUCUAUAGAUUAUUUCUCUCCAGCCAGUUGGUCUCCCCACCCCACCUGUGCUGGUGUGUGUGUCUUUGACCCUGGUUUUUCCUGUAUGUCUGCAACCGUGAUUUCCUAUUUUGACUUUGUUGAUGUUGUACUACCCAAGCCAUUGCAGGUACGGUGUGCACACCGUGGGGUCCAGGCUGGGCCAGGAGACCAGGCAGCCCCCAACCUGGGAGUAGCGGUAGCGCCCUAUGAGGGCAAGAGCCACAUUUCCUGGCCUCCCAGGCUGCACAGAACAACAGAAACGCCUGGCAGGGCCUCCCCCAAAGCCACCCGACCAGCCCCGUGCCAUGGCCCUAGUGUCCAGCACCCUGACGCAGGGAGGGAGGGGCUCCAGGCACCCAGUGUGGGUCUCCCCGGCCUGAGGGUGCUCCCGCAGGCCUUCACCCAGCCAACCACAGGAGUAGCCACUGCCCCUCCUCGCCCCAUUCAGCUGAAACUAAUAUUUUUCAUUAAAUUUUAUUGACGAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-847.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -885.97
Frequency: 0.0000
Diversity: 618.20
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......(((((((((.(((.(((...(((((((..(((((.((.((((.((((((.((.(..(((((((...)))))))..)))....)))))).)))).))...(((((((.((((((..((((...((((((((...)).(((((((((..((..((.((..(((.(((((((.((((.(((((.((((((((.((.....((((.((((((((((((.(((.((((...((((.......))))..)))).((((((.((((((((.(((((..((...(((...((.(((((...))))).)).......((((((((...)))).))))..(((......))).(((((((((((((.((((......((.(((.((.((((..((((.....((((.(((.........)))..))))..))))..((((((.....((.(((((.((.....(((((....))))).)))))).).))..(((((......(((((......(..((..(((((..((....))....))))).))..)....)))))......))))))))))).((((.(((.(((.......)))....((((((((((.(.((.((................)).)).))))).))).))).....((((((....((((.((((.((..(((((.(......).)))).........)..)))))).))))((((((.........)))..)))..))))))......(((((((...........)))))))....((....))(((((((......(((.(......).)))..((....))...))))))).(((((((........((((........))))...((((.((((.............)))).)))).........)))))))((((....))))...))).))))((((..((((((..((((.(((...(((((.......)))))))).)))))))))).))))..))))..)).)))..)))))).)))).)).....))))))).....)))...))...))))).))))).))).))))))((((((((((..(((..((.((((((.......)))))).)).(((.(.......).))).............)))..))))))))))............))).))).)))).))..))).)))).....))..))))))))))))).)))(((((...)))))..).)))))))...))))).))..((((((.((..(((...(((((.((((((((((((..........((((((((((......))))))))))..(.(((..((((....((....))....))))..)))).....................................))))))).))))).)))))))))).)))))).......((.((((((.....((.(((((....))))).))......)))))))))).)))))))))((........))........((((((.((....))..))))))..)))))).....))))..)))))).)))))))......))..)))..)).))))).))).))))))))))))...((((.(((............)))..(((((((.((........))....((((((..(((((....................(((........)))...((.((.........)))).((((((((((((((.((((((((((((.((...)).))...((((.......))))..........((((((((.(((..........))).))).))))))))))))))).)))))).((((((.....(((((....((((.((.(..........).))...))))....))))).....))))))...(((((((((.(.((.....((.((((...(((((((((((((((...(((.((.((((...)))).)).((....))(((((...)))))....)))...))))))))))).((((((...................))))))..(((.....)))..)))))))).))..)))))))))).)).((((.(((((.((....))))))))))).))))))))....)))))..)))))))))))))...((((((.(((....))).)))))).................(((((..((....))..)))))...........))))...................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{{.{,.(((((((((.(((.(((...(((((((..(((((.((.((((.((((((.((.(..(((((((...)))))))..)))....)))))).)))).))...(((((((.((((((..((((...((((((,...,||.,((((((((,.((,,(({((..(((.(((((((.((((.(((((.((((((((.((.....((((.((((((((((((.(((.((((...((((.......))))..}}}}.((((((.((((((((.(((((..,({..((({,.{(.(((({...})))).)).......((((((((...))))},)))..(((......))).((((((({(((((.{{{(,{(({,(,.{.,.,,|(((((,(,({{{{,},}|.......|}||||,||.}}||,{...|},.}}}})}|...,,|{{{{{{|.{(..,,,(((((....))))).||||}}|||,,|||((((......(((((.........((..(((((..((....}}...,}}})}.))..},},.)))))......)}}|{{{({{|,{{{,.,,,.,,,......{|||,...,|||||,{,,.({(({((................|}.||,.,,,}}}||}.,,.....((((,{....{{((.((({.((..,((((.{......).))))......,,,|.|}|||}}.|}|},{,{({,.{{.....}|||.,,}|||||}||,.,...(((((((...........))))))),{.{({..,,||,{({(((,.....(((.{......}.)))..{,.,.,||...,}})))).,.|||||,.......{{{{...,,...,)))..,|||{.{||{}}}...,}}},,})},,.)))),........,},})))||||.....,,,...),)))))))|,,..||||,|}}|||{.{{,...,,{{,....,,,}}}}},)),)}}}}}))})}))))..)))}..)))).,..,,)))),)))).)).....))))))).....)))...))...))))).))))),,)).))))))((((((((((..({(,.((.((((((.......)))))).)).||{.(.,,,...},))}.,...........)))..)))))))))).........,..))).)))}}))).))..})).)))).....))..))))))))))))).)))(((({...)))))..).))))))),,.})}},.,,..((((((.((..(((...(((((.((((((((((((........,,((({(({{{{..,,,.}||||||||,,,({({(..(({{....,,.,..)},,..))}),,)))},..,,,,........},}},......,,......},.)))))))},)))).)))))))))).)))))).......((.((((((.....((.{((((....))))}.))......)))))))))},)}}))))))|}.|}},..,||....}},.((((((.{,....}}..))))))..)))))).....))))..)))))).)))))))......}}..)))..)).))))).))).)))))))))))),,.,,{|.(((............)))..(((((({.((........))...,((((((..(((((....................({{........}||...{,,,,.....,...)))).{{{{{(({((((((.((((((((({((.((...)).))...,,,,.......,}))..........((((((((.(((..........))).))).)))))}))))))))).)))))).|(({{{....,{{({{{{.{(((,.({,{..........},}}.,})),),}},,))}}.....}}}}}}...,,|||((((,(.{{.....|{,((((...(((((((((((((((...(((.((,((({...}))).}}.((....))(((({...}))))....)))...))))))))))).((((((,..................))))))..(((....,)},..})))}})).))..))))}})))),,),((((.(((({,((....))))))))))).)))))))),...)))))..)))))))))))))...((((((.(((....))).))))))......,,........,{((((..({....))..))))).,......,,.)))}...........,.||,.,{,....,,.}}}.,...
Back