Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001385810.1
Sequence Length
2990 nt
GC Content
0.6120
GGCUGUUGGCAGAGUUGCGUGAGGCCAUUCACGCCGCCACUUGAGGACCAGAGGUUGAAAUUCUGCCUCUGAGAAGCUAACAGUCUUCCUGUGGUCGCCACUCCUCCCCAGCAGCCCCCUCCUUGCCAAGGACGGUCCAGAAGGAGCCCCACUGGGGCCUCCCCGCUCAGCAAAGCAGACCUCACCUCCCACUACCAGCUUGAAGUCACAGCAGCCAGAGGAAAUUCUGCCACCAUUUUCCCAGGUCUGCAGCCCCUCCAGCUGGGAACCUGCUCCUGGAGCCAUCCCUCUGCAAACAGAGAGCCCAGAGUGCCUCGGGGAAAAUUGGCUGAAUAAAAGAGCGAUCAGGACGCCACGGCUCCGCCUGAAGCGAUGGCCCAGCCCUACCCCCCCGCCCAGUACCCCCCUCCGCCACAGAACGGCAUCCCUGCCGAGUACGCCCCGCCCCCACCGCACCCCACGCAGGACUACUCCGGCCAGACCCCGGUCCCCACAGAGCAUGGCAUGACCCUGUACACACCAGCACAGACCCACCCCGAGCAGCCAGGCUCCGAGGCCAGCACACAGCCCAUCGCCGGGACCCAGACAGUGCCGCAGACAGACGAGGCGGCACAGACGGACAGCCAGCCGCUCCACCCCUCCGACCCUACAGAGAAGCAGCAGCCCAAGCGGCUACACGUCUCCAACAUCCCCUUCCGGUUCAGGGACCCCGACUUGCGGCAAAUGUUCGGGCAAUUCGGAAAAAUUUUAGACGUGGAGAUCAUUUUUAACGAGCGGGGCUCCAAGGGUUUUGGGUUUGUAACUUUUGAAACUAGCUCAGAUGCUGACCGAGCCCGGGAGAAGCUGAAUGGGACGAUCGUAGAGGGACGGAAAAUUGAGGUCAAUAAUGCCACGGCCCGAGUGAUGACCAACAAGAAGACGGGGAACCCCUACACCAACGGCUGGAAGCUAAAUCCAGUGGUCGGCGCAGUCUACGGGCCUGAAUUCUAUGCAGUGACGGGGUUCCCCUACCCCACCACCGGCACAGCCGUUGCCUACCGGGGCGCACAUCUUCGGGGCCGGGGCCGGGCCGUGUAUAAUACAUUUCGGGCUGCGCCACCCCCACCCCCCAUCCCGACUUACGGAGCGGCACUGGAGCAAACGCUUGUUAAAAUGCCAGUCCCAUGGGCGGGGCUGGCACCGUGCCCCCUCCCUCCUCAGCAGACACCGGAGCCGGCCUACCCCACCUCUCCAGCGUUCCCACCACUUUCUUGUCCGUUUGCUUCCAGGGUCGUGUAUCAGGAUGGAUUUUAUGGUGCUGAGAUUUAUGGAGGCUACGCAGCCUACAGAUACGCUCAGCCCGCUGCAGCGGCGGCAGCCUACAGCGACAGUUACGGCAGAGUCUACGCAGCUGCCGACCCGUACCAUCACACCAUCGGGCCCGCGGCGACCUACAGCAUUGGAACCAUGUGAAACCUUCCACCGUUUCCUUCUCGGACCAUGAAGGGCAAAAACAAAAAAACAAAAAAAAUCACAAAACAAAAAAAACAAAAAAAGAUGUUAAGAUCCAAGCAACAAAAAAAAAACCAACCAAACCAAGAGGCAUCCAACCAAGUCCAAGUCCCGCGUCCUGGCCACACGCCCGCACCGAGGGAGCACGCCGGCAGGGGCGCCGAGGAGCGGCCCCAGGACAGGACGGCCCCACCGCGUCCUGGCUGGCAGCACAGUGGGAACACGCCCCUCCGUCUCAGGCAGUGGGGGAGUUGGAGGGGAAGGGGCCUCCCUUGUGGGACCCGUGGGGGGCUCUGUUUUCCAUCCAGUCUUCCUUUCCCAGCCCCCAACUCCCAAGACAGACAGUGUGGAGCCCAGCGGCGGCGGAGCAGGCCCGGGCCUGAGCAGGCAGGCGCUGCUAGCAAGACUUGAUCUUUGUGGCCAGCUGUGCCAGGGGGCCGGCGGGGCUGAGGGGUGCGGGCAGCUUUCAUCCCAGGGGCUCCACUGGGCCCCGUCACCCUCCUGUCGCGUCCCCUGCGUCCCACCUCCCUCCUGCCCGGCAGUCCCGCCCGUGCCCCCAGCCUGGCGAGGAAGCCGUCCAACAGUAGCCCCGGGGCCAGCUCCCAACAGAAAGGGCUGACGUGGCUCCAGGACUCAGGGGCGCUCCAUGGGAGGACGAAGGAAGCCCAGCCAGCCAGGAGCCACUCCUCACACCUCCAAGUGUGGCCAAGUGGGCCCUGAGGCCAAGGACUUACUUGCUCUUCCUGGCCAUCUCUCCCUUUCUGGAGGAGGCCCGGGGCCUGUGUACACCAAGGCUGACCUCGUGCUGCCUGCUGGGACCCAGCCCUCCCUGCCGCUCCCCUGUGAGCCCAGUCCACCGUGGGCGCCCAGGGCCAGGGACGGGCCAGCGCCCGGCUGCAUCGCGAGGUUGGGAGUCACAGUGGCUGUGGGCCUGGACGGGCACAGCCAGAGCAGGGGCCCAUGGGAAGGGCAAGGGAUGGGGAAGCCUGGGCCGGCCCCUUCCCUGCUCCCAAGGCAGGUGUCCAGGUGGCGGGAGCAGCACCAAGGACAGCCAGGCUUACCCGGUGGGAGGAGCAGGAGCAGAGCAGGUGGCAGGGAGGAACCCCUGGCGAGGCAGGGAGCACUGAAGUAGGGAAGCAGCAAAAAAUACAGGCUCCCAACGUGGCUCCACUGUCUCAUGAAGUGUCAAAAAUUUAAAAAUACACCUCACUUUCUAUUCAGCAUCAGCUAUUGAAAUGGAAUUCUCCUUUUCUAUUCCCGUUGUACAUAGCCCCACGCCCUGCCUCCGGCUUUGUCCUCUGUACAGAGCCCCCUGUCCCCUCUGCUGUUCCGGACCCUUUUCUUGCAGCAGCUCAACCCCCCGACUCACUCAGAUCCCCAGGACUGCAGCCGAGCCCCGGGCUUCCUUUCUUACCAUUCUGUAUGCUUCCAAGGUGUGACCAUUCAAACUAACAGUAUUAUUAAGAUUAUUAAUAAAGAUUUCUUUCUUCAAACCAGGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1165.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1218.63
Frequency: 0.0000
Diversity: 657.36
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((..((((.(((((((....)))))))((((((..(((((((((((((.((...)).)))))))...........))))))..)))).))..))))....)))))))))((.(((((...))))).))(((....((((((((...)))).))))..(((......)))..............(((...((.(((((((((((((((((.(.(((((............)))))).)).))))(((((.....(((.((...((((((((((........(((((....)))))......(((((..((((((....(((((((.....((((((..(((((..((....))....))))).))...(((((((..((.(((((((((((............(((.((((..(((((....))))).....((...((((.....(((((((..((.(((....))).))(((.(((((((((((.....((.(((..((...((((.(......).))))...))..))).)).(((((((.(((.((((.((.....(((..((((.(((..(((.((.(((((((...........)))))))(((((((..(((((((..(((..((((((((.......((((....(.((((.....)))).)...)))).........(.(((.((((((...(((((.((((....(((((.((...((..((.(((....))).))..))..)).)))))....)))))))))((((..((((((..((((.(((...(((((.......)))))))).)))))))))).))))...)))))).))).).)))..)))))..)))....(((((((......(((.((((((((((((((........(((((.((((((((((..(((..((.((((((.......)))))).)).(((.(.......).))).............)))..))))))))))...........((((...)))).(((((....)))))....)))))((((..((((((((.(((((((...))))...))).))).))).))....))))((((((.((..(((...(((((.((((((((((((..........((((((((((......))))))))))..(.(((..((((....((....))....))))..)))).....................................))))))).))))).)))))))))).)))))).......((.((((((.....((.(((((....))))).))......))))))))((((..(((((....)))....))..))))..((((((.((....))..))))))........))))))....))))).))).)))))))).))((.(((((....(((((..(((((..(((.........))).....)))))........................)))))..........((((........))))....)))))))......................((....))...........((((..(..((((.(((((((.....((((...(((..(.....)..)))...))))))).))))))))..)..))))((((((.........)))))))))))))........(((......))).)))))))..((.((((((((....(((((((((((((..((((....)))))))(((((((((...))))))))).....))))))))))...))))).))).))..........)).)))..))).)))).)))...)).)))))))))))).)).((((.(.(((((((..((((.....))))..))).))))).)))).))))))))).))..))).))))))))))).))..........(((((((....))))))).........)))).))).........(((((.....((((((((.(((.((((((.(((.((((.(((((((((......))))..........((((((((.((..((((....((((((((..((.(((((..((((((((((((.((((((.(((..((.(...((....)).)))..))))))))((((..((((((......))))))...))))).)))))))..((((......))))....)))))))))).)).))))))))))))..))))))))))(((((.((.(((......((((((((.(((..((((((..(..((((((((((......(((((.(.(((((........))))).).))))).)))))).))))..)..)))))).))).)))))))))))..))))))).))))).)))).))).)))).)).))).).)))))))....))))).))))..)))..)))).)).))))))).((((((.(((((((.....)))))).)...))).))).(((((((((....((((((...(((((...(((.(((.(((((.(((((((.((..(((((((((......)))))..((((((((((((.(....((.((((.((..............)))))).))..)))))).))))))).(((.((((...............)))).)))..........(((....)))...((((.(((....))).)))).......((((....)))).)))))).))).)))).))))).))).)))....)))))..))))))....))))))))).........))))....)))).)))..))))))..)))))......))))))..)))))).)))...))))).((((......(((.....))).....))))))))))..))))).))...)))..((((((.....))))))((((......)))).......)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((((..((({.(((((((....))))))),(((((..(((((((((((((.({...}).)))))))...........))))))..))))}}}..}))},,..))))))))).{.(((({,..,||||.(((..,((((((((((....(((({,((,,.(((,,{...,((((,,,,............,,{((({(,.{.,,,,{{{(((.(.(((((.,.,,.......}))))}.)),)))).|,..,},.}))}))}...|||{((((((.{...,,.(((((....)))))......(((((..((((((....{{(((((.....((((((..(({((.{((...,||...}))}}}.}}..{(((((((.,{{.{(((,,.(((({((...(({{,.,,,....|..(((((....))))).,,..(((({((({,..,,((.,,{,..||.(({....))),|}{.,.{{(((((((((.....((.(((..((...((((.(......).))))...))..))).)).(((((((.(((.((((.((...{.(((..((((.(((..(((.((.(((((((...........)))))))(((((({..(((((((..(((..((((((({,,,....{{{,.,..{,,(((....,}))).,.,,||||,......,,{{{{{.{{{,||}}.{{(((,{(((,...,{{{{.{{..}||..||,|,,....,,,.)}.}))..)}.}}}))....})}}}}}}}((({..(((((({,((((.(({...{{{{{.,,.,,,)))))})),}}}})))))).))))..,))),,}}))},}.}})..)))))..)))....{((((((......(((.((((((((((((((........(((({.((((((((((..({(,.((.((((((.......)))))).)).(((,(.{,,...},)}},|........,,.)})..))))))))))..||||..,,.{(((...)))).||{{{...,)))},....}))))((((..((((((((.(((((({...))))...})).))).))).})},..)))}((((((.((..(((...(((((.((((((((((((........,,((({(({{{{..,,,.}}|||||||,,,({({(..(({{....,,.,..),,...))}),,)))}...,,,,........},}},......,,......},.)))))))}})))).)))))))))).))))))......,((.((((((.....((.{((((....))))}.))......))))))))((((..{{(((,,,.}}}...,}},.,,|,..((((((.||....}}.,))))))..,,},..))))))....)))))}}}).)))))))).)}((.(((((....,(((,..{,{{{,,|.|,,{{{{{{..},.....))))),.......................,,,,,..........{(((........))))....)))))))......................,,....||...........((((..{..((((.(((((((.....((((...(((.{{,....).})))...))))))).})))))))..}..))))((((((,,......,)))))))))))))......{.(((......}))})))))))..((.(((,((((.{{{(((((((((((((,,((((....|}},}))|{|||||||,,.}}}}}}}},.....)))))))))),}}))))).})),)}..........)).)))..))).)))).))),,.)).)))))))))))).)).((((.(.(((((((..((((.....))))..)))}})))).)))).))))))))).)))))}).))))))))))).},..........||||{{{.,,,))))}}|{..,.....,})},)}|{(((.(((.(((((....,({((((((.(((.((((((.(((.((((.((((({(((......)))}..........(((((((((((..((((...,((((((((..((.(((({.,((((((((((((.((((((.(((..((.{...((....)}.}))..))))))))((((..{(((((......))))))...))))).))))))){.{(((......))))}...)))))))))).)).))))))))))))..))))))))))(((((.{(.((....,,{((((((((.(((..((((((..{..((((((((((..,...(((((.(.(((((........))))).}.))))),)))))).))))..}..)))))).))).)))))))))))..))))))).))))).)))).))).)))).)).))).).)))))))....))))).,,))}.)))}})))).}).)))))))}{{{{{{.|((((((.....)))))).).,,})),))).(((((((((....((((((...(((((...({{.{||.{{(((,(((((((,((.{(,(((((((.,,...})))}.,((((((((((((.(....((.((({,((..............)))))).))..}))))).))))))).,(({(((,...............,,,,.,))}}},......{((....}}},..({((,(((,...,}}.,))).}},...|||,....,,)),}},,}),)))))})).))))),))),)))....)))))..))))))....))))))))).........))))....)))).}}}..))))))..))))).},,..)))))),,))))}.)))))))))))},))))),,.}}}.}}}},.,{||,.....||{,|||....,}}.}}}...}}}.|((((((.....))))))|(((......)))}......})),
Back