Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001385852.1
Sequence Length
3082 nt
GC Content
0.3475
AUUACCAGGCACGCGCAGGAAACAUGGCGGCGGCGGGUGUUGUGAGCGGGAAGAUUAUAUAUGAACAAGAAGGAGUAUAUAUUCACUCAUCUUGUGGAAAGACCAAUGACCAAGACGGCUUGAUUUCAGGAAUAUUACGUGUUUUAGAAAAGGACUCCAGUUCAGUUGUAGAAUGGACUCAGGCCCCAAAAGAAAGAGGUCAUCGAGGAUCAGAACAUCUGAACAGUUACGAAGCAGAAUGGGACAUGGUUAAUACAGUUUCAUUUAAAAGGAAACCACAUACCAAUGGAGAUGCUCCAAGUCAUAGAAAUGGGAAAAGCAAAUGGUCAUUCCUGUUCAGUUUGACAGACCUGAAAUCAAUCAAGCAAAACAAAGAGGGUAUGGGCUGGUCCUAUUUGGUAUUCUGUCUAAAGGAUGACGUCGUUCUCCCUGCUCUACACUUUCAUCAAGGAGAUAGCAAACUACUGAUUGAAUCUCUUGAAAAAUAUGUGGUAUUGUGUGAAUCUCCACAGGAUAAAAGAACACUUCUUGUGAAUUGUCAGAAUAAGAGUCUUUCACAGUCUUUUGAAAAUCUUCUUGAUGAGCCAGCAUAUGGUUUAAUACAAAAAAUUAAAAAGGACCCUUAUACGGCAACUAUGAUAGGAUUUUCCAAAGUCACAAACUACAUUUUUGACAGUUUGAGAGGCAGCGAUCCCUCUACACAUCAACGACCACCUUCAGAAAUGGCAGAUUUUCUUAGUGAUGCUAUUCCAGGUCUAAAGAUAAAUCAACAAGAAGAACCAGGAUUUGAAGUCAUCACAAGAAUUGAUUUGGGGGAACGCCCUGUUGUUCAAAGGAGAGAACCGGUAUCACUGGAAGAAUGGACUAAGAACAUUGAUUCUGAAGGAAGAAUUUUAAAUGUAGAUAAUAUGAAGCAGAUGAUAUUUAGAGGGGGACUUAGUCAUGCAUUGAGAAAGCAAGCAUGGAAAUUUCUUCUGGGUUAUUUUCCCUGGGACAGUACCAAGGAGGAAAGAACCCAAUUACAAAAGCAAAAAACUGAUGAAUACUUCAGAAUGAAACUGCAGUGGAAAUCCAUCAGCCAGGAACAAGAGAAAAGAAAUUCGAGGUUAAGAGAUUAUAGAAGUCUUAUCGAAAAAGAUGUUAACAGAACAGAUCGAACAAACAAGUUUUAUGAAGGCCAAGAUAAUCCAGGGUUGAUUUUACUUCAUGACAUUUUGAUGACCUACUGUAUGUAUGAUUUUGAUUUAGGAUAUGUUCAAGGAAUGAGUGAUUUACUUUCCCCUCUUUUAUAUGUGAUGGAAAAUGAAGUGGAUGCCUUUUGGUGCUUUGCCUCUUACAUGGACCAAAUGCAUCAGAAUUUUGAAGAACAAAUGCAAGGCAUGAAGACCCAGCUAAUUCAGCUGAGUACCUUACUUCGAUUGUUAGACAGUGGAUUUUGCAGUUACUUAGAAUCUCAGGACUCUGGAUACCUUUAUUUUUGCUUCAGGUGGCUUUUAAUCAGAUUCAAAAGGGAAUUUAGUUUUCUAGAUAUUCUUCGAUUAUGGGAGGUAAUGUGGACCGAACUACCAUGUACAAAUUUCCAUCUUCUUCUCUGUUGUGCUAUUCUGGAAUCAGAAAAGCAGCAAAUAAUGGAAAAGCAUUAUGGCUUCAAUGAAAUACUUAAGCAUAUCAAUGAAUUGUCCAUGAAAAUUGAUGUGGAAGAUAUACUCUGCAAGGCAGAAGCAAUUUCUCUACAGAUGGUAAAAUGCAAGGAAUUGCCACAAGCAGUCUGUGAGAUCCUUGGGCUUCAAGGCAGUGAAGUUACAACACCAGAUUCAGACGUUGGUGAAGACGAAAAUGUUGUCAUGACUCCUUGUCCUACAUCUGCAUUUCAAAGUAAUGCCUUGCCUACACUCUCUGCCAGUGGAGCCAGAAAUGACAGCCCAACACAGAUACCAGUGUCCUCAGAUGUCUGCAGAUUAACACCUGCAUGAUCACUGUUCUUGCUUUUUUGGGAAGAGACACUUUGUUGCAACCCUUUUUCAAGUACUUGAAAGUUGAAAAUUUGAAAUCUUGGUAUUGAUCAUGCUUUAAGGUUUAUGUAAAGAAAGUGUACUGAUGUUCUUACAUUAAAGCUUUACAAAGAUUUAAACUAAUUAUUUUUGUAGUUACUUCUACCAAAUAGCCUUUCCUUUUCGAUAACAUUCCUCAGUAUUUUUAUAGCCAAGUACAUUUUAUUUUCUUGCUGAUGAACUGGAAUUGGAUAAAUAUUGCAAGUGGAUGAGUUGGAAAUUAUGCACUUUGAAAAACAUUCACUUUGUUUAAGCUUAUUGGGUUUCAGAUUUGAUUAAAUUAAAUGUGGAGGCUUUCUAUAGCAUUCUAAGCUGAGAAGUAGAUUGUUACCCAGUAAUGAAAUAAAAAAUAAAAAUAAAAGGAUUUUUUUCUCUAUUGUUUACGACAGUACUCAGCUUAAAUAUUUAUGCUGGUCAAAUGUGAUUUAAAUUGGACAUUUUCAUCAAUGCAGUCUAAUGUGUAGAUAAAUAUUUCAACCAUAAUAAGUGGAUUGGCAGUAUAUUUUUUACAUUGAACUUUUCUUCACUUGUAUAUAAAGAUUAUAUAUAAGUACUUAUUUAUGAGUAUAAGAAAGGUUAGGCAUAUUUUCAUUAACUGAAUAAACGACUUGAUUUAUAUAACCUGGUUUAUCAAAAUUUAACAUGGCUUCAGUAUGAGAUCUUUUUCAAAACUAUUUUCUUAAACAUUUAUUUCAUGAGAUUAUGUUCAACCCUGUACCUGGUGUAAUUUUAAAAUUAAUUGCUUGUAACCUCACUUUACUAAUAAUGUUUAUUAUCUUUCCUAAUAAUGCAUUAACUGAUUAAUCAGGUGUUUAAAUUUUUAUAAAAUACUCUUGCAAAAAGUUUAUUUGAAAAAUUUCUAGAUGGUCUCAUGAGUUUCAAAAUAAUAAUUUUUGUGUAUGAACAAAGCUGUUGUUUUUACCAUGCAGUAUUGCAUGAUUUUAAGUUAUGUGGAAUUAACAUAACUGAUUUUGUUUUAAUUGUAAGUUGUUAACUCCUGUAUAUAUCAUUAAAAUAAAUCUGAAGUUGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-721.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -784.85
Frequency: 0.0000
Diversity: 918.58
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((((.(((.((.......)))))))(((((((((...(((((((..............((((((..((((........)))).))))))((.....))............(((((((.((((.............(((((.((..((((....))))..)).))))))))).))))))).....((((.((.((((((..(((.(((((.(((......(((....))).(((((((((.((.......)))))))))))....((...)).........(((((...)))))........((((((((..(((..(((.((.((..((((..((((((..((.......))..))))))..))))..)))).)))..)))..))))))))))).))))))))....)))))).)).)))).))))))).))))).(((((((((((((..((((..((((..((((.((((((............((((.((((......)))).)))).....(((.(((....))).))).....))))))...))))))))..))))...)))))))))))))(((.(.(((.(((((..................)))))..))).)))).....((((.(((...)))...))))((((((.((....))..))))))(((((........))))).........)).)).(((((((((....(((((((((((.((((((((..(((.(((((..................)).))).))).....)).)))))))))))..))))))((((....))))..(((((..((.......(((((...))))).........))..)))))....)))))))))..............................((((((((.((.(((((.......((((((.(((......)))))))))..........((((((.((((((((((.......)).))).))))).)))))).((((((((((((((..((((........))))..(((((((.((..(((...(((((.(((((((((....(((......)))...)))....((((((....((((..(((.((((..((((....((.....)).....))))..)))).)))))))....))))))(((((((((......(((((((.((...((((...((((((((((..((((((((((((((.((((((((((....(((((...)))))..((.((..........)).))..(((((((...((((((((((((((((((((........))..)))).))))))))...(((((..(((.((((...))))...((((.((((((((.((((((((((((.((.......)).))((((((.(((.((((((((((((((((((.(((((.((((..........(((((..((.(((........))).))..)))))((((((((((....)))))).))))..((..(((((((...((((((.........)))))).....)))))))..)).(((.(((((((((.(((((....))))).))))....((((((......))))))(((((((..............(((((((((...............)))))))))..........(((((...)))))..(((..((((.((((((.((.....((((....)))).....)).))))))))))...)))(((((((.(((((.((.((.....((((((.........))))))..(((((.....)))))..(((.....)))........(((((.......))))).........)))).)))))..))))))).....))).))))))))).)))..)))).))))).)))).)))).))..))))...)))).)))))))))((((.((.....)).)))).......(((((((((....((((((....))))))))))...((((.(...((.((((.(((((.((((((..(((((((((..(((((((....((((((....))))))((((((.((((((............(((((..((((......)))).)))))((........((((((..(((((.((((((.....((((...........)))).....)))))).))).))..))))))........))(((((.((((........)))).)))))((((.....))))))))))..))))))......(((((.(((((((...))))))).))))))))))))...)))...))))))..))))))))))).)))).))...).)))).........((((((.((((......)).)).)))))).))))))))))))))).))....))).)))))))...)))..)))))(((((((...............)))))))(((((((.(((((((((((((((.....)))).)))).))))).)).)))))))..((((((((((.((((((((((((...))))))))))))(((((....)))))..))))))))))))))))..)))))))..............)))))...))))).)))))...)))))))))..)))))....)))))(((((....)))))................)))).)).))))))).......)))))))))..))))))((((((........))))))..((((.......))))...((((((((((((.......)))))).)))))).((((....))))......((((((((...(((((..(((.....)))..))))).))))))))...))))))))..)))))))))((((((((..((((((......)))))).))))))))....((((((....))))))......((((((((.......))))))))..))))))))...))))))........))))).)).)))))))).........)))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
....,({{((.((({(,,....,.},))}})}}}{{||{({{{(((((((.,{,..........((((((..((((........)))).)))))|((.....}}.....,,.....{{(((((,(((,{{{{{{{..,||||||{,|||..{({,.,,.||||,,,|,|,}},}}}},}}}}}}}.....{{{,.((.((((((..|{,{((({,.,|}}}}.,.{{,....,}}.(((((((((.((.......)))))))))))....{{,..||..,{{{{..(((((...)))))........{(((((((..(((..(((.((.{{,.((((..((((((..((.......))..))))))..))))..}})).)))..)))..))))))))))),)}))}}}}....)))))).)).}))).))))))).)))}},{((((((((((((..((({..{{{|.,||,|,||||||,......,|||||{((.{{{{.....,)))),}}},......,,,|||}}}}|,,,||||,,.,||||}|,.,||,,}}|}.,||}|...|}}}}}}})))||((({.....}|||||,.........,,,....,}}))}},}}}.,))}...,.|{||.{||,,,)))...}))}{{{{((.((,,,.}},.}}}}}|(((((......,.))))).,}..,,,,...,,.(((((((({.,..(((((((((((.((((((((..(((.(((((..................)),,)).))).....)).))))))))))}..))))))((({....))))..{{(((..,{......,|(((|...)))))...,.|...}}..},})}||,,|))))))))..,,,,,..,}}}}}}}.............((((((((.((.((((({{,....{(((((.(((......))))))))|..........((((({.((((((((((.......)),})).))))).}))))).{(((((((((((({..((((........))))..{((((((.({,{(({...(((((.(((((({({....{{,......}))..,}}}....((((((....((((,.(((.(({(..((((....({.....}}.....}})}..)))}.}})})))....))))))(((((((((....,.(((((((.,,...((((...((((((((((..((((((((((((((.((((((((((,,..{((({...}}}}|||{,,{(..........}}.))},(((((((...(((((((((((((((((({{,,,.....)),.)))).))))))))...{(({{..,||.{{{{,.,||||,,.{(,,((((({{,,.|||||(((((,....,,,{,.,({.(((((((((({(.((((({{{{{{(({((((.(((((.((((.{,.{{{{{{((((((((({.,((((.....,,,.||..,..,{((({((((((....)))))}.}}}}|,{{..{{((((({,,{{((((,......,.}}}}})},...}})))))..}),|||,{{({{((((.(((((....))))).)))}||,.{{((((......)))))},|||{,,..,......,....(((((((((...............))))))))),}|||.....||{(({{{|||||,{{....((((.((((((.{(.....((((....)))).....)).))))))))))...,{{{|||||{,{(({{,{,|{|,.,..{{{(((,,....,.,}}))))..(((((.....))))).,{||,...,))).,.,},}}||,,,.....,,,,)))))))).,....,,,},)))}.)))))}}))}}}))).,},.......)),},)))).))))).)))).)))).))..,}}...})))).|)))})))||||,,|,.....||{,}|,{(({...|}}}.,..||,.,((((((,{..|,,,.},}}}},,},}}}}}|.,,.||||,}||}}))))|,|,||||{{{{({{|{{{{{(({{..{(((((....)))))},{{||{{(((((({{...........}}}}}}||||......},,}.}|,,,{{....,.{{((((((..((((({(((((({{{..,,..((((...{{.{{{{{{....,,,,)))))).))...)))),.}}}})}}).,||,|}|||,}}}}}}},,,},,)}}}}|{{{...,,}}}},}})))||,,|||{{{{(({(((((.(((((((...})))))).))))|{{|,|||.{|||.,,,,,,}|}|}}}}))}}},|}|}}))}))}}}.,||,,,,.......,,{,,,.,{{|.....,)),})})))}}},.}),,)))))))))).,,..,.))).))))))),,,}})..},,,.{((((((...............)))))))(((((((.,,(((((((((((((.....)))).)))).))))).}},)))))))..((((((((({.{(((((((((({...}))))))))))|(((((....})))),.})))))))))})))))..}))))))...,,.........)))))...))))).)))))...)))))))))..)))))....)))))(((((....))))}................)))).,,.)))))))...,...)))))))))..)))))}((((((........))))))..{{{{.......,}}}...(((((({(((((.......)))))).)))))).((({....)))),,....{(((((((...(((((..(((.....)))..))))).))))))))...))))))))},))))))))|((((((((..((((((......)))))).)))))))),...((((((....))))))......((((((((.......))))))))..}))))))),..,))))).,,,....))))).)).))))))))........,)))..,.....
Back