Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001386211.1
Sequence Length
4791 nt
GC Content
0.3713
ACACUGCUGAGCCUGGGGUGGUUUGGAAUUCUUCGGCGAAGUGGAGCGGGCUGAGAGUGGGUUUCCCGUCCCCGAGCCCUCCCUCAUCUCGGAGAUGCCGCACUUGUGAGCGACAGGGCUUCAUUUGAAUUUUCGCACCUCGCGAGUUGCGGAGCCUGCAUCUCUGAAGCUGCCUCGUUCUUCACCAAAGGACAUGGAUGAAAAUGAAAGCAACCAGUCUCUGAUGACAAGCAGCCAAUAUCCUAAAGAAGCAGUAAGAAAACGUCAAAAUUCAGCACGGAAUUCCGGAGCAAGUGAUUCUUCUAGGUUUUCUAGGAAAAGCUUCAAACUGGAUUAUAGACUAGAAGAAGAUGUAACUAAAUCCAAGAAAGGAAAAGAUGGGAGAUUUGUGAAUCCGUGGCCAACAUGGAAAAACCCCUCUAUUCCAAAUGUUCUCAGAUGGCUGAUAAUGGAGAAAGAUCACAGCAGUGUUCCAAGUUCUAAAGAGGAACUAGACAAAGAACUCCCAGUGCUUAAGCCAUAUUUUAUCACUAACCCUGAAGAAGCUGGAGUGAGGGAAGCUGGCUUAAGAGUCACAUGGCUGGGACAUGCCACGGUAAUGGUGGAAAUGGAUGAGCUCAUAUUUCUCACGGAUCCCAUCUUUAGCUCUCGUGCUUCACCAUCGCAGUACAUGGGUCCAAAGCGAUUUCGUCGUUCCCCGUGCACAAUAAGUGAACUCCCUCCAAUAGAUGCGGUCCUUAUCAGUCACAACCACUAUGACCAUCUGGACUACAAUUCUGUCAUUGCUUUGAAUGAGCGAUUUGGAGAUACUGGUUAUUGCCCUGCUUUUGAAGAGAUAGGAAAAAGAUUUGGACCUUUUGACCUUGCAGCUAUUCCCAUCGGAGCUUAUGAACCGAGGUGGUUUAUGAAAUACCAGCAUGUAGACCCAGAAGAAGCUGUAAGGAUUCACACUGAUGUCCAAACAAAGAAAUCUAUGGCAAUUCACUGGGGAACUUUUGCCUUAGCAAAUGAGCAUUACUUAGAGCCUCCAGUGAAGCUGAAUGAAGCUCUAGAGAGAUACGGACUUAACGCUGAAGAUUUUUUUGUCUUGAAGCAUGGAGAAUCAAGAUACCUAAAUAAUGAUGAUGAAAACUUUUAAUAAAUGUGAGCACAGGCACUUUUAAUGAAAAAGGCAUCAUCUAAGUUUAAAAACAAAUGAAAAGACUUAGAAAUUCAUGAAUAUUGUGAUUAUUUUACAUUUGGAAACAACUUCUGCAAGUUUAUGUUUUAUGUUUUGUGUAAUAACUUGCUUCCUAGUAUGAUCAGCUCAUGUACACUAUGAGAGGGUUCAGGGGUGGGUCAUUUAAAUAAUGAAUUGGCUAAUGUGGAUUUUAAAUUUCAUAUCAUGAUAUAAGCACUGCAAUGGAAAUGUUUUUACUAAAACAUUAUAUUUUUGUGGUACUAGAAUUUCCUGAGGUGAAAAACCGAUAUUGAAGAUUCAUUUUUCUUUUUUCCAUUCUUCAGGACCUUCGGCAAGGUGAGUCAAGGCUCUCUACCUACCUAGAUGUUUUUCAGAGGCCUACAAAUACAAGUAUCUUUCUUAUAUGCACAUUCUAAUAAAUGAUGAAAUUCAGUCCAACAUGCUUAUUAUAAACAUAGCAAUUCUUGCUCUAUCAAAUUAGCUUAUAUGCCAAAUAUUAAAUAUGGUUUAUUUAGGUAAGCAUAAAAACAUAGGGGCUAUCAUUUUUAAAGACUUGAUUUUCUCUAUUGUGGUAAAAUAUAUAAAUACAUAUUUGCCAUUUUAAACAUUUACCAUUUUAACCAUUUUUAAGUGUACAGUUCUUUCGCAUUAAUGCACCCAUGACCACCAUUCACUUAAAUUUUUAAAAGAACAGUAUAUUCUUUUUUUCCUAGAGCCUUCAGAUGAGAGGGAACAGUAUAUUCUAUUGCACGUCUACAAUUCCCAAAAGACCUCUUACUUUGGGAGGCCAAGGUGGGUGGGUCACUUGAACCCAGGAGUUUGACAUCAACCUGGGCAACAUGGUGACCUCCCGUCUCUCUCGGAAAAAAAAAAAGAAAAAAGAAAAAGCCGGGUGAGGUGGUGUGUACCUGUAGUCACAGGUACUUGGGAGGCUGAGGUGGGAGGAUCACUUGAGCCCAGGAGAUAGAGGCUGCAGUGAGCUGUGAUCGUACCACUGCACUCCAGCCUGGGCGACAAAAUGAGACCCUGUCUCAAAAGAAAGCCCUCUCCUUAGCUGAGCAGAGGAAGGGAAGGAGUGUGGCUAUGAGAAUAUGAUUUAUGCCAUUUUCUGUUUUUAAAUCUAGAAGAUCUUCUAAGCACAAAUACAGCUACAAUGAAAUAUUUUACAGACAAAAUGUUAAUAGACCAUAUUCUUUGAAUUAAAUUUGUUUUUAAUUUUCUCUACACAUUUUUUUUUUCCUGGAGUCUCUUAGCUCUAAAUAUAUCAAUCAGAUUUAUAAUUUUUUUUACCUGAUUCAGAUGUCUUACAUUUUUAUAUUAAAUGAACCUUAAGCAUGAUUCUUUUGGUAAGCCAGUAUGAAUGCCAGUGGUUGGGGGGCGGGGGGGGAGUCAGUUGACAUAAGAUUUAGUCCUAAUAAGGACUCUGUAUUCACUUGAUUAUUCUGACCCUUCCUAAGGGAGGGAGGUGGAUUAGAUACCACUGGAGGCCCAUUCUGUAUUCCUAAUCCAGUCUCAGCACUUUAUUCAUACAAAAUAAUCAAAAUAGGUUUUCUACACCAAAUGCUACCCAGGCAGUGCUCUAUAAUUUAUUUGCACACCUGUAUGUGUGGUGCCACGUUAGCCACUAAAUCUGAACUUUUACCCUGCUUUCAUCAUGGAUUUUUUUGUGUAACCUGAAACAAGUCACCAGUGCUCACUGUGCCUGUUUCCUCAUUUGCAACAAGAGGAUAAUUCCGACCUACCUCUGAAAAAUGUGUAGAUUAAAUGAGUUUUUAAAGCACUUUAGAAAAUAUAAGGGAGAAAAUGAUUUCUUAAGAUAUCACUGCCUAAUAUAGACAGGUAUAUUUGAAAGCUAAAUACAGGUUAAUGCUUUUGAUAAUGUAUUGUUCCUGUUGCAAAUUUAAGCAUUAUAUAUUAGGAGACUAAACAUUGAAAACUUUCACUGAUUUUUAAAUUGGAGUAAUAGCCUAAAUAAGUGUAAAUAAUCUUUAUCAAAAUUUAGUGUUUAUCUACAAAGAUGCGAAUCAGUCAAGGGGAAAUGUGUAUGCAAUGUGUGUGUAUAUGAUGUAUGCGAACAUAUGUGAUUUUGGGGUACUAAAGCACAAAAAAAUCCCCCAUAAAAUAAACCUUCCUGAAAAGACUGAUCAUAAACUUUUUCACUCCAAGCAGAUGUGAAUCAAGAUGUUAGGUUUAUGGUGAGUUAGCUUUGAGGUGUGUUGCCCUAAUACUAGCCAGCGUUGUUGUAGCCAUAUUCCCUGCUGCUGCACGCCGAAUUGAAAAUCCAUCUCUUACCUCUUCUCUAUGAAGCAAGCCAGGUAUGUCUUGCUUAAGUAUUUCUUCUCCAUGAAUGGCCUUAACAUUAUUUUGUAUUCACGUGUACUGUUUAACUGAGGGUCUCAAAGCACUUUAAACUGUUGUGUUCUAUUUCCACUCGUCUGGCCUGCCUCAUUUUUCUAGGCCCUUUUGUAAGCUGUAAUUUUUUAUUACCACUCAUGUUCUUUCUACACUGACACUAUUCAUUAAGAACAUCAAGCUUCAUCUCUGCUUACAGAAUCUCACCUUAUUGAGUGGGUUCCACUUUAUUUUUCAUUUGUUAUCUACAUUUUGAAGGGUUUAUGUGCAAAGUGAAAACAAAUUUUGAAAAAUAAGACAAAUCCAUUCUCUUCUUCAAUUCAGUCUAAUAUGCAUUGUAGUGUCUUUUAAUCAGUCUUAUCCUCUAAGUCAACUUCAUUUUCCUCUUCGUGAAUACCCAUAGCAAUAUGUAAGAUUUUAUUGAAGUUUCCUGUGAUAACUGAGGAAUACUUUGCUAUGCCUCACUGCCCAAUAGGGUGGGUCAUCAAUUAGGAGAAAUCCCAAAUUAUAAAAGCCAACAUAUGCCGUGACCUACGUAGGAAAAGAUGUAUUUGUGCAUCUUCUUUCUGGGUAGUUAAAAAUUACUCCCUCUUUUCUCUAGCAUUUUGACAUUUCAGACUCAAUGCUCUGAUCUCUAGGGAGUGUGAUUAUUCAAACUAAUGAGAGGACAAGAAGACACAGUUUUAGAAUCUACUGCUGCUAAAGCACAUUAAAAACAAAUCCUGGUUUUUAAUGUAUGCAUAGUUUCAUAUUUAAUGAAUAUGCUUUCAUUAAAUAGGGAGGUAGAUUUGAAAAAACCGUUAUAAAGAAAUGUGCCUUUUGGGGAAUGAAUACUUUUGUUCAUGUCUAGCCCACUGGGAAUUUUGUUUUCACCUUAUACUGAGUCCUUUUUCUAAUGUAAAAAUAUUUCUUCCAAGUUUGAUUUCUGUAUCAGGGUAACAUUGAGAACACACAUAUUUCUGUUUGAGGAUUUGUGACUUCCUAUGGAAACAGUCUUGCAUCUAUGUAUUUACAAAUGAAAUUUAAAGUAUUCUUAAAGCUUUGCCUUAAAUACUGCUUGCAUACUGAUUUACUUAAUGCUAAGCAUGGCAGGGGUUAUAAAUUUAAAUACUAUAAGACCUGGCUGAAUCCCAGAUGUAUCAAUAAAUUGUUAUAGUAGCUUAUGGAAAAUGCUAUUAAAGAUAAAUUUUCAUACAUUGUAUUUUUAGUCAAGUAAAAUAUGGAUGAAAAUUAAUAAAGUACUGUCAAGGGAAAAAAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1244.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1336.03
Frequency: 0.0000
Diversity: 1308.79
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((..((((..(((((((((((((.......(((...((((...(((((((((.((((((.(((((((((.((((((........(((((((((((((((((((((((((.((..(.......)..)).))))...))))))).))))......)))))))))).(((((.(((((.(((((((.......))).))))))))).........(((......)))..))))).....(((((.((((.(((.((((....((((.......((.(((....)))..))...)))))))))).).)))).)))))...((((((.(((((.......((((((((((.((((.......(((......)))((((((((((..(((((((.((((((.....)))))).....(((((.((((((....(((((((.(((.(((((((((...(((..(((....(.(((((.((((((.....)))))).).....)))).)...))))))...))))....))))))))...))).))))..)))))))))))....(((((....))))).((((((.(..(((.((((.......))))..)))..).))).))).....))))))))))))))))).((((..(((((((.(((((.((((.((((((.....((((((...)))))).))))))(((.....)))..(((((..(((((((...(((((((((..((((.........))))....((((((....(((.((((((.....(((((.(((((..(((((((((.((..(((....(((((((((((..((((.......(((((((.((.(((((((((((((.(((((.((((..(....)..)))))).(((((((.............)))))))..)))..))))))))))..)))....)).)))))))((.((....)).)).....(((((((((..((((.......((......)).......)))).)))))))))((((......)))).(((((((.....((((((..(((((((........(((((((((.((((((((..................(((((((.....(((((.((((.(((........))).)))).)))))....)))))))(((((((..............)))))))(((((((........(((((.....)))))...((((.....))))(((((((......................)))))))..(((.(...((((..((((((.....))))))..))))))))(((.(((((((.....)))).))).))).(((((((........))))))).........((.(((((((....((((((((....))))))))......))))))).)).)))))))....(((.....)))......(((((.....)))))..)))))))).))))))))))))))))....))))))....)))))))....)))).....)))))))))))...)))..)).)))))).)))..)).))).))))).....)))))))))....))))))..(((((((((((((((..(((((...)))))...........((......))...............))))))...)))))))))......)))))))))((((............))))....)))))))(((((((.(((........))))))))))...........(((((((((..((.......(((((((.(((((((.(((....)))....(((.....)))...............))))))).))))))).(((((((((.((((.....(((((.((((..((.(((........)))..............(((..(((((((((((((((....)))))))))).)))))..)))..((((((...(((....))))))))).......))..)))).))))))))).)))))))))....................))..))))))))).((((((((....))))))))..))))))))).)))))))))..)))..))))..((((((...((((((.((((....(((.......)))..)))).))))))((((.......((((((...)))))).......)))))))))).(((((((.(((((((((((((((((((((....(((((((((.(((((..((((((((((.........(((((....)))))(((.........)))...............)))))..)))))...))))).))))))))).((((((((......))))))))...)))))).)))))))))))).....))))))))))......(((((((((((..................))))))..)))))....(((((.......)))))........))))..))))))))))...))))).)))).)).)).)))).)))))))))((((.((((((.(((....(((....(((((....))))))))....))).)))))).))))..(((((((...))))))).(((((........)))))((((............)))).)))))).))))))).))...............((((......)))).....(((((...((....((((..((((..............)))).))))...)).)))))))))....)))......))))))))...))))))))).))....((((((((((((((.((((.(((...(((((.(((..(((.(((((((((((.((((((((........(((....)))...(((((..........).))))..))))))))((((((((....))))))))((((.(((.((....((((.((....)).)))))).))).)))))))))))))))..)))..)))....(((((.((((((..........))))))..)))))(((........))).......((((....))))(((((.....((((.((((((((.....(((.((....(((((((((....(((((.....)))))....)))))).)))...)).)))......)))))))).))))...))))).......((((((.(((((((...))))))).)))))))))))))).))))......))))))))))))))(((...((((..((((((((....(((((((...................(((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((..(((.(((.....))).)))..)))))..((((.((.(((((..........))))).)))))).((..((......))..))................(((((((.((....)).)))))))..........)).))))))...))).)))))))...))).))))))))...))))))...((((((......(((((...........)))))......)).))))...((((((...........)))))).((((((((((.(((((.....))))).....((((((((.....................))))))))..............))))))))))............(((((((((....(((((((((((((((((.....(((((((.(.(.....).).)))))))..))))))...)))))))))))...)))))))))...........)))))))..(((((((....(((((((((.....(.((((.....)))).)..........(((((((..((((((..(((.(((.(((((....((((((.((..(((((((((((.(((((((.(((......))).)))))((((((....)))))))).))))..)))))))..)).......))))))....)))))))).)))..((((.((((((((((((((....)))))))).)))))).))))........((((((((....((...((((((((((....)))))....)))))..)).....))))))))....)))))).......)))))))..))))))))).(((((((...(....)...)))))))(((((((((((........)))))))))))))))))).......((((((((((......))))))))))))))))))..))))................((((((((((((..((((..(((((((....)))))))......))))..))).....((((((((((((((((.((((((((.....(((((....)))))......)))...)))))..)))).)))))......)))))))..)))))))))((((((((((((((((.....((((((..((....))..))))))...))))))))......((((((.........))))))))))))))..(((((((((.............)))).)))))((((((...((((.(((((..((.(((((..((.((((((((.....(((((((.((....(((((.(((((((...........)))))))..)))))...)).))))))).....)))))))).))....)))))))..))))).))))....)))))).)))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,(((({{({(.(((({,,,,,{{,|||},.,|||..,||||.,.{{(((|{({{(((({,,||||{|{|{.}||||((({{....(((((((((((((((((((((((((.{({..,{{....)},}},))))...))))))),,))),.....}))))))))).(((((.(((((.(((((({.......})).)))}}}}}}..,},.,,|(({....|,|}|,,||||}.....{{{{{.,(((,(,,,(((({.,{.,,{,,.{{{,((.(((....)))..))...}}}}||||||,|.|}}|,|||}}...{{{{{{.{||||,......{||||||||(,((((,,,,...(((,.....|||({((({(((,..((((({{.((((((.....))))))....,|||||}{||||{..,{(((((((,(({,{{{,{,{(({{..,(,.{((....|||,||,.((((((.....)))))).|{,,,,{..,{{{{{{{{{{{{{{|||..{{{|.{{{{{...,||}..,,),.,))))))),))}}..|||||}}}},,,,,..,((((,(,,(((,{{((.{,.,{,||||,.|||,.,,|||{,},.....}}}}))}}}}}))))}},||||,,{{{,|||,||||{,|{((.((((((.....((((((...)))))).)))))){||...,,|||,.(((((.,{...{(({{.((((,.,,,..((,,.......,.,)))}...((((((..{,(({.((((((.....(((((.(((((..(((((((((.({.,((,....(((((((((((,.((((.......(((((((.,{.(((((((((((((.(((((.((((..(....)..)))))).(((((((,............)))))))..)))..))))))))))..)))....}}.))))))}{,.,,....}}.,|.....(((((((((..({(((((..,.}},,.,}||},......)),},)}))))))){(((......)))}.(((((((.....((((((.,(((((((........(((((((((.((((((((..{(((....,.......(((((((.....(((((.((((.(((........))).)))).)))))....))))))|{((((({.........,....}}}}}}}||,..{{{{,,...,|{|{|...,,))})},,,{{{{.....}},,(((((({.,{,,,.{{,.....},,.,}})))))))..(((,,..{((((..((((((.....))))))..)))})),}}|}}|||{{{{.....|||||{{|.,|,,{((({({,,,.....|||||,|||.||.,,.((.(((((((.,,.((((((((....))))))))...,,.))))))).)).,,}},}}.}}},||}}}},))).}}}}}},,)))))}},..)))})))))))).))))))))))))))))....))))))....)))))))....))))....})))))))))))...,,),,)).))))))))))..)).))).))))).....))))))),),},.))))))..{(((((({{,,,,,,..((((,...,)))),,,......,,|{...,,.||,,.,,.,,,,|,|||}}|}}}...}))))))}}......(((((((..((((..{,....,}..))))..))))))).|((((((({(((........))))))))))}........,,|{||{{{{{|,||.,.|||,|{{{{{(.(((((({.(({....}))....,,{{,,,,|,,{{{,,,...,,,,,.}}}}}}}.}}}}})||(((((((((.(((({{{{{,,,,,.||||}..{,(((.....,,,))...,,.,....,{{{{{{,,{.,,.|||{||||||}},.},,||||(((.(((((((({{..((((((...(((....)))))))))...},.))))))))))))))))))).))))))}},...,,.......,}}}}...))})))))))))}.((((((((....))))))))..))))))))).))})))))}.,))),,)|||..((((((...((((((.((((.,..(((.......)))..)))).))))))((((.......((((((...)))))).......)))))))))).,|||(((.((((((((((({(((((((((,,,.(((((((((.(((((..((((((((((.........(((((....)))))(((.........))).....,,........)))))..)))))...))))).))))))))).((((((((......))))))))..,||||||{|||||}}}}}}}|,,,,|}}}}}}))),},...(((((((((((....,...........,.))))))..))))).,,.(((((.......)))))........|||}..}}}}}}|||}...))))}.}))),)).,},)}}}||}}|||||||,|{|((((((.(((....{{{...{(((((....))))))}}.,..})}.||||||,{{.{,.{((((((...))))))),((((({{,,,,,,|}}}|((|,,,))),,,,)}})}})})))))).})))}}}............,,.,}}}}}},,....(({,.....{{||,..,{{..,.({((,,((((...,.....,....)))).}}))...))|)}||},......,))),,..,..)))}})}}}..)))})}}},,.....(((((((((((((({(,,,{((({{,({(((.(((..,,|}|||||{|||||}{{{,,||||,,||||||||....,}}...,,,}}}}},,,,,,})))))),.,}}}}}||{(((((({...,|})))}},{(((.(((.((....((({.((....)).)))))).))).})))}}})))))))},}))),,))}....(((((.((((((.,,....,,.))))))..))))){((........))}.......((((,...}}},{{{{{,,...{{{{.((((((((.,,..(((.{(,,,.{((((((((....(((((.....)))))....)))))).))),,,}}.)}}...},.)))))))).}}||,,,,}|||||,,{{,{(((((.{((((({...))))))}.)))))}|||,||||{|}},.,,,,,))))),,,,,,)))}}.....,,,..{{{{{{{{,,,,,((((,({,,{{{,,,,.,{{{,,,.,{{{{|{{|||||{{{{{{{{{{||||||||||,{||||{{.,||{||||||||||,},))),,}}))},.(((,,((.(((((..........))))).)))))).{,..,{......),,,)),,.}}}},.},,....(((((((.((....)).))))))),{{{{,,,.{||,|||}||,.{||}..}|||||.{||||,|}}}|||},,.}||||,.,,{(((((......(((((...........)))))......)).}}},...((((((...........)))))).{(((((((((.(((((.....))))).....((((((((.......,{,.......,,..))))))))..,,..........)))))))))}............(((((((((...,(((((((((((((((((...,.(((((((.,.{.....}.}.))))))),.))))))...}))))))))))...)))))))))...........}}})},,,.{{||{||....(((((({{,.....{,((({,,,,,}}}}.}...,,.....{({((,,,|{|||,...(((.(({,(((((..,.(((((({(,..(((((((((((.(((((((.{((......))}.)))))((((((....)))))))).))))..)))))))..,,.,,....)))))).,..)))))))).)))..((((.((((((((((((((....)))))))).)))))).))))........((((((((....,,.,.((((((((((....))))}...,)))))..)).....)))))))){{{.,,,))}.....,}))))))).,))))))))).((((({(,,,(,,,,|,,.}}}})))(((((((((((........))))))))))),}))})}.,,,{.(((((((((((......)))))))))))}))))))}}))))....,.,,,.,}},,,||,|||||||||,,||||}}|{|||||,,,.}))}))),})}}}))))}})))}.,}}|||||{{{{{{{{{{{,|{{{{|||,,...|{{{{....}}}}}......}}}...}}}}},.}))),)))}}..,,,)))))))),{||}|}||||...,}}})}},})}|,.||||,.|)))..,}}},,}}||}}|,{{{.,|||},..}}},.,||,.,||.|},}}},.}|}}}||,.,..,,.,|||||||||...|.........}})).}))))||||||,,.{{{{.{{{{{..{{.{(({{..((.((((((((.....(((((((.,,.{{,(((((.(((((((...........)))))))..))))).}}},.))))))).....)))))))).))....))))))),.))))).}))},,,,))))),,)))}.......
Back