Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001386306.1
Sequence Length
1336 nt
GC Content
0.4963
AGUUUUCAGGCGGAUUGCCUCAGAUCACACUAUCUCCACUUGCCCAGCCCUGUGGAAGAUUAGCGGCCAUGUAUUCCAAUGUGAUAGGAACUGUAACCUCUGGAAAAAGGAAGGUUUAUCUUUUGUCCUUGCUGCUCAUUGGCUUCUGGGACUGCGUGACCUGUCACGGGAGCCCUGUGGACAUCUGCACAGCCAAGCCGCGGGACAUUCCCAUGAAUCCCAUGUGCAUUUACCGCUCCCCGGAGAAGAAGGCAACUGAGGAUGAGGGCUCAGAACAGAAGAUCCCGGAGGCCACCAACCGGCGUGUCUGGGAACUGUCCAAGGCCAAUUCCCGCUUUGCUACCACUUUCUAUCAGCACCUGGCAGAUUCCAAGAAUGACAAUGAUAACAUUUUCCUGUCACCCCUGAGUAUCUCCACGGCUUUUGCUAUGACCAAGCUGGGUGCCUGUAAUGACACCCUCCAGCAACUGAUGGAGGAAAAUGCAGAGCAAUCCAGAGCGGCCAUCAACAAAUGGGUGUCCAAUAAGACCGAAGGCCGAAUCACCGAUGUCAUUCCCUCGGAAGCCAUCAAUGAGCUCACUGUUCUGGUGCUGGUUAACACCAUUUACUUCAAGGGCCUGUGGAAGUCAAAGUUCAGCCCUGAGAACACAAGGAAGGAACUGUUCUACAAGGCUGAUGGAGAGUCGUGUUCAGCAUCUAUGAUGUACCAGGAAGGCAAGUUCCGUUAUCGGCGCGUGGCUGAAGGCACCCAGGUGCUUGAGUUGCCCUUCAAAGGUGAUGACAUCACCAUGGUCCUCAUCUUGCCCAAGCCUGAGAAGAGCCUGGCCAAGGUAGAGAAGGAACUCACCCCAGAGGUGCUGCAAGAGUGGCUGGAUGAAUUGGAGGAGAUGAUGCUGGUGGUCCACAUGCCCCGCUUCCGCAUUGAGGACGGCUUCAGUUUGAAGGAGCAGCUGCAAGACAUGGGCCUUGUCGAUCUGUUCAGCCCUGAAAAGUCCAAACUCCCAGGUAUUGUUGCAGAAGGCCGAGAUGACCUCUAUGUCUCAGAUGCAUUCCAUAAGGCAUUUCUUGAGGUAAAUGAAGAAGGCAGUGAAGCAGCUGCAAGUACCGCUGUUGUGAUUGCUGGCCGUUCGCUAAACCCCAACAGGGUGACUUUCAAGGCCAACAGGCCUUUCCUGGUUUUUAUAAGAGAAGUUCCUCUGAACACUAUUAUCUUCAUGGGCAGAGUAGCCAACCCUUGUGUUAAGUAAAAUGUUCUUAUUCUUUGCACCUCUUCCUAUUUUUGGUUUGUGAACAGAAGUAAAAAUAAAUACAAACUACUUCCAUCUCACAUUAUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-422.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -448.09
Frequency: 0.0000
Diversity: 370.90
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.(((.(((((((.(((...(((((((..((((((((..((...))...)))).))))((((((...(((((((((..((.((((...)))).))...))))).((((((((.....)))...)))))(((((((((((.((((((((..(.(((((....))))).)..))).((((.....((((((.......((.((((...)))).)).......))))))....)))).....(((((....(((((.((.(((....((((..(.((((....(((((((.((..((....)).)).))))))).)))).)..))))...)))))..))))).....)))))((((((((((((.((((.(((.(..(((((..((........)).)))))..).)).).)))))))(((((((((...........(((((((((((((.......((((((........))))))....))))).)).)))))).(((.((((......)))).)))..........))))))))).......((((.(.((((...))))).))))...((((.....)))).)))))))))......((((((((((((((((((((((((........((((((.((((((((............)))))).)).))))))((((.(....).))))((((((..((((((...(((.(((((.((......(((((.....)))))((((((....)))))))).))))).)))...((((((...))))))..(((((((((((((.(((.((((....)).)).))).)))))).)))........((((.....))))((((((.((((.((((..(..(((((.........(((((.((((.(((.((((.(((((((.(((((((....))))))).))..))))).............))))..))).))))...))))).........))))).)..)))).)))).))))))..))))(((.....)))))))))..)))))).)))))).))))...)))))))))))))).))))).))))).))))))))))....)))))).)))))))...))).)))))))..((((.....))))((((...((((((....))))))....))))......((((......))))))).))).........(((((.((((............((((.(((...............))).)))))))).))))).((((...(((((...((((((...............))))))....)))))...))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
,({.{{{,(((((((.(((...(((((({..((((((((..({...}}...)))),,))}{(((((.{.(((({((((..({.((((,..}}}}.|},,.}}}},.((((({{{.....}}}},.)))}}(((((((((((.((((((((..,,{((({...,|)}}|{{,,|}},((((|....((((((.......((.((((...}))).)).......)))))),}},)}))}}}}.{{{{{,{..(((((.{{.(((....((((..(.((((....(((((((.((,.((....)).)).))))))).)))).}..))))...)))}}..))))).....})))}((((((((((((.((((.(({.(..(((((..((........)}.)))))..}.)}.).))))))){((((((((...,,.,....(((((((((((((.,.....((((((........))))))....))))).))},))))).,((|(({(......}}}}.}}|,......,,,))))))))).......((((.|.{(((...))))}.))))...((((.....)))).)))))))))......((((((((((((((((((((((((,,,.....{(((((.((((((((...,.......,)))))).)).)))))|(((((.(((((.{{|.(((((...||||},...((((,.,...|}}}{...{((((.....))))}{{{|{({{,.||}||{(((((((((((({{,((((((...))))))..,{(((((((((((.(((.((((....)).)).))).)))))).|||..,,..}}|{{{,,...}}}|((((,,.{|||,|{|{..,..,{((({{.,...,,({(((.,{{|}|||,{|,,,,||||}},|||||||,}.,}}}}},}})))))).)))))).)}}},}.})))}||}||,,,||{{{,|||,{{{{...,{|,,..,)}.,)))},,))},,))))}.}))}})|}}))))))))},,}...}})}}.)))))),})))...)))))))))))))).))))).)))))},)))))}))).,..)))))).)))))))...))).)))))))..{{((.....)))){(((...((((((....))))))....)))}......{(((..,...}}))}}},}},.........{||{{,||||.|||,.......|{{{.{{(,,,,,,,....}}},})).))}))))}.}}}},..,{|,..(((((...((((((...............))))))....)))))...,,,.
Back