Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001386450.1
Sequence Length
2161 nt
GC Content
0.4577
AUUGUGAGAGUAACCAACGUGGGGUUACGGGGGAGAAUCUGGAGAGAAGAGAAGAGGUUAACAACCCUCCCACUUCCUGGCCACCCCCCUCCACCUUUUCUGGGCUCCGGAUAUCUUUGGUGACUUGUCCACUCCAGUGUGGCAUCAUGUGGCAGCUGCUCCUCCCAACUGCUCUGCUACUUCUAGUUUCAGCUGGCAUGCGGACUGAUCUCCCAAAGGCUGUGGUGUUCCUGGAGCCUCAAUGGUACAGGGUGCUCGAGAAGGACAGUGUGACUCUGAAGUGCCAGGGAGCCUACUCCCCUGAGGACAAUUCCACACAGUGGUUUCACAAUGAGAGCCUCAUCUCAAGCCAGGCCUCGAGCUACUUCAUUGACGCUGCCACAGUCGACGACAGUGGAGAGUACAGGUGCCAGACAAACCUCUCCACCCUCAGUGACCCGGUGCAGCUAGAAGUCCAUAUCGGCUGGCUGUUGCUCCAGGCCCCUCGGUGGGUGUUCAAGGAGGAAGACCCUAUUCACCUGAGGUGUCACAGCUGGAAGAACACUGCUCUGCAUAAGGUCACAUAUUUACAGAAUGGCAAAGGCAGGAAGUAUUUUCAUCAUAAUUCUGACUUCUACAUUCCAAAAGCCACACUCAAAGACAGCGGCUCCUACUUCUGCAGGGGGCUUUUUGGGAGUAAAAAUGUGUCUUCAGAGACUGUGAACAUCACCAUCACUCAAGGUUUGGCAGUGUCAACCAUCUCAUCAUUCUUUCCACCUGGGUACCAAGUCUCUUUCUGCUUGGUGAUGGUACUCCUUUUUGCAGUGGACACAGGACUAUAUUUCUCUGUGAAGACAAACAUUCGAAGCUCAACAAGAGACUGGAAGGACCAUAAAUUUAAAUGGAGAAAGGACCCUCAAGACAAAUGACCCCCAUCCCAUGGGGGUAAUAAGAGCAGUAGCAGCAGCAUCUCUGAACAUUUCUCUGGAUUUGCAACCCCAUCAUCCUCAGGCCUCUCUACAAGCAGCAGGAAACAUAGAACUCAGAGCCAGAUCCCUUAUCCAACUCUCGACUUUUCCUUGGUCUCCAGUGGAAGGGAAAAGCCCAUGAUCUUCAAGCAGGGAAGCCCCAGUGAGUAGCUGCAUUCCUAGAAAUUGAAGUUUCAGAGCUACACAAACACUUUUUCUGUCCCAACCGUUCCCUCACAGCAAAGCAACAAUACAGGCUAGGGAUGGUAAUCCUUUAAACAUACAAAAAUUGCUCGUGUUAUAAAUUACCCAGUUUAGAGGGGAAAAAAAAACAAUUAUUCCUAAAUAAAUGGAUAAGUAGAAUUAAUGGUUGAGGCAGGACCAUACAGAGUGUGGGAACUGCUGGGGAUCUAGGGAAUUCAGUGGGACCAAUGAAAGCAUGGCUGAGAAAUAGCAGGUAGUCCAGGAUAGUCUAAGGGAGGUGUUCCCAUCUGAGCCCAGAGAUAAGGGUGUCUUCCUAGAACAUUAGCCGUAGUGGAAUUAACAGGAAAUCAUGAGGGUGACGUAGAAUUGAGUCUUCCAGGGGACUCUAUCAGAACUGGACCAUCUCCAAGUAUAUAACGAUGAGUCCUCUUAAUGCUAGGAGUAGAAAAUGGUCCUAGGAAGGGGACUGAGGAUUGCGGUGGGGGGUGGGGUGGAAAAGAAAGUACAGAACAAACCCUGUGUCACUGUCCCAAGUUGCUAAGUGAACAGAACUAUCUCAGCAUCAGAAUGAGAAAGCCUGAGAAGAAAGAACCAACCACAAGCACACAGGAAGGAAAGCGCAGGAGGUGAAAAUGCUUUCUUGGCCAGGGUAGUAAGAAUUAGAGGUUAAUGCAGGGACUGUAAAACCACCUUUUCUGCUUCAAUAUCUAAUUCCUGUGUAGCUUUGUUCAUUGCAUUUAUUAAACAAAUGUUGUAUAACCAAUACUAAAUGUACUACUGAGCUUCGCUGAGUUAAGUUAUGAAACUUUCAAAUCCUUCAUCAUGUCAGUUCCAAUGAGGUGGGGAUGGAGAAGACAAUUGUUGCUUAUGAAAGAAAGCUUUAGCUGUCUCUGUUUUGUAAGCUUUAAGCGCAACAUUUCUUGGUUCCAAUAAAGCAUUUUACAAGAUCUUGCAUGCUACUCUUAGAUAGAAGAUGGGAAAACCAUGGUAAUAAAAUAUGAAUGAUAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-630.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -675.38
Frequency: 0.0000
Diversity: 634.05
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(.((((((((.(((...)))(((((((.(((((....((((..(((((((((((((.........((..(((((((((((.((((((((((((...(((((...)))))....((((((.((((((.(.(((((.(((.((..(.(((((((((.(((((.....(((((...(((......((..(((((((.....))).)))).))......))).)))))......))))).(((((((.....((((((((((.......(((((.....(((((.((((((((....)).))))).).))..))))))))..(((((......(((((......))))))))))...))))))).)))))))))).))))))))))..).).))).))))).).))))))))))))(((.((((..((((((((.(((((.((.(((((....((((......))))....))))).)).)).((((((((.(((((((.(((((((..(((((..((....(((((((....((((.......((((((((.....(((.(((((.(((((.(((((...(((.(((((................))))).)))...)))))...........((((((((....(.(((((.(....).))))).))))))))).))))).))))).)))..((.(((((.((....(((.........))))).))))).)).((((((...........(((....))).(((((((........)))))))))))))..((((((((.((((((.(((((((.......)).)))))..........(((.(..(((.....)))..).)))...)))).........)).))))))))...............((((((((...))))))))....))))))))..)))).))))))).(((((((((((((((((............(((((...((((..(((....((((..............((((((...(((.....)))...)))).)).(((((.((((((.(((.((((.........(((..((((((((.((((((....)))((((.((((((......((.(((((....))))))))))))).....))))..(((((((.((((((((....(((((((((((..........)))((((((....))))))..............))))).)))...........(((.((((...(((((.............)))))...)))))))............)))))))).)))))))((((((...))))))....)))))))))))..)))..)))).))))))))).)))))....)))).....))).)))).....)))))))))).))))))))))))...((((....))))))..))))).))))))).))))))).)))).)).)).............)))))))))))..........(((((((....))))))).......((((((.....))).)))...........((((((((...(.((((((.((.....)).)))))).))))))))))))).))).))))))))).)))......(((((((((.....((...(((((((..((.(((...((((((..(((..(((..((.(((((.........))))).)).)))................))).)))).)).))).))...)))))))...))....))))))))))))))))).)))..))......((((..(((((...))))).))))))))))))).))))....)))).))))).)))))))........((((((((.........(((((......))))).))))))))..(((.(((...))).))).(((((....)))))......((.((.((((.(((.......))).)))).)).))(((.((((.(((..((((........))))..))).)))))))((((((((((((((((((.(((......))))))....))))))...))))))))).........)))))))).)......((((.....))))........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
..{.((((((((.{{,.,,{||(({((((.((({{..,,(({{..(((({{{{(((({.......}}||..{((((((({(((((((((((((((...(((((...)))))....((((((.((((((.(.(((((.(((.({..,.(((((((((.(((((.....(((((...(((......{{..{((((((.....))).)))).,,......})}.)}))}......))))).(((((({....{({{(((((((.....,.(((((.....({,((.((((((((....)))))))).).))..,))))))).||({{{,,,...(((((......)))))}})),...))))))).}))))))))).))))))))),..}.).))).))))).).))))))))))))(((.((((..((((((((.((({(.((.(((((.{{.((((......))))..}}))))).)).)){((((((((.{((((((.(((((((..(((((..({..,,({(((({,.,,((((,.....,((((((((.....(((.(((((.(((((.{{{((,,.,{(,{{((({,{,............}}})},))),,.}}}}),...,|||...((({{(({.,{.{{{{(((.{....}.})))))))))))))).))))).)))))})))..(({({{((,{{,,,.{((,..,,....})},)|)},))})}.|||,||,,.....,,,,{((...,|||,{((((((.,,,....||||}}}|||||}..((((((((.{{({{{.(((((({.......}).)))))...,,...|.{((.{,,(((.....))).,).))),,.||||........,))}})))))))...,,........,.((((((((...))))))))....}}}}}}}}.,)}}}.))}})))}|{,,,,,{{{(((({{,,,..........,{{({..,{(,,,,,.....}},}.)))}.........,{({{({,{,,,({{{{{|||,..,|||.{|{{{(((.((((((.(((.((({.,,,.....(((..((((((({{((((((....}}},{({.((((((......{{.(((({....)))))}})))))).,...||||..(((((((.(((((((({{{((,,{((,.{({..........}}}{(((((....)))))}....,,,.......}))}}.)))},.,,,,{{,.,{|}||||,,}|||{,..........||.}|||,...,,,,,)),,,,,,......}))))))).)))))))((((((...))))))...))))))))))))..)))..)))).))))))))}.))}},..,}}|||,,....,,},}|,,}})}}))},,},,},}))))}}))}}},,.||}|,},})))}))..))))).))))))).))))))}.)))).)).)).............))))))))))).....,....(((((({....})))))).,||...((((((.....)))},))...........((((((((...{.((((((.((.....)).)))))).))))))))))))).))).))))))))).)))}},,..,{{{{{(((.....{...,{(((({(..((.{{{...{{{(((..(({.......{{.(((((({.{{....,,,},..).}))))).,...........}}}.)))),,}.))),)}...}}|||||,..||....|||}|}}||||||}||}.}}}..||,,,,,,{(((..{((((,,,}}|}}.,}}}))}}))))),)})},...)))),)))}},||}|||||,{{....{(((((((,,..,{,..,|||{|,|,,.,.,}|,}}}}}))}..||{.|||..,))}.))}.,{{{{....}}}}}}|...{((,((.{(((.(((.......))).)))},)),))||,{({{{.,((,,((((........}}||..,|||}}}}},.,{||||||||||,,|}|}}|||},..,}))})}}}},,,)))))},,)),))},,},}}}}..},)))))))).}......((((.....))))........................
Back