Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001386456.1
Sequence Length
2935 nt
GC Content
0.5073
ACAGCUGUGUUUGGCUGCAGGGCCAAGAGCGCUGUCAAGAAGACCCACACGCCCCCCUCCAGCAGCUGAAUUCCUGCAGCUCAGCAGCCGCCGCCAGAGCAGGACGAACCGCCAAUCGCAAGGCACCUCUGAGAACUUCAGGAGGAGAAACCCAGCAGCAGAUUCAAGCAGCUAUGGGAUUCAAGAUUGAUGACAAGGGCAUGGCCCCCGCCCUCCGGCAUCUGUACAAGGAGCUCAUGGGGCCAUGGAACAAGGAUGAGAUCAGCACCACAGACGCGAUCUUCGUCCAGCGGGAUCUGAAGCUGGUCCAGGGCUUCAUGCCCCACUUCUUCAGGCUGUUCCGGAGCACGGUCAAGCAAGUGGACUUUUCAGAGGUGGAGAGAGCCAGAUUCAUCAUCAAUGACUGGGUGAAGACACACACAAAAGGUAUGAUCAGCAACUUGCUUGGGAAAGGAGCCGUGGACCAGCUGACACGGCUGGUGCUGGUGAAUGCCCUCUACUUCAACGGCCAGUGGAAGACUCCCUUCCCCGACUCCAGCACCCACCGCCGCCUCUUCCACAAAUCAGACGGCAGCACUGUCUCUGUGCCCAUGAUGGCUCAGACCAACAAGUUCAACUAUACUGAGUUCACCACGCCCGAUGGCCAUUACUACGACAUCCUGGAACUGCCCUACCACGGGGACACCCUCAGCAUGUUCAUUGCUGCCCCUUAUGAAAAAGAGGUGCCUCUCUCUGCCCUCACCAACAUUCUGAGUGCCCAGCUCAUCAGCCACUGGAAAGGCAACAUGACCAGGCUGCCCCGCCUCCUGGUUCUGCCCAAGUUCUCCCUGGAGACUGAAGUCGACCUCAGGAAGCCCCUAGAGAACCUGGGAAUGACCGACAUGUUCAGACAGUUUCAGGCUGACUUCACGAGUCUUUCAGACCAAGAGCCUCUCCACGUCGCGCAGGCGCUGCAGAAAGUGAAGAUCGAGGUGAACGAGAGUGGCACGGUGGCCUCCUCAUCCACAGCUGUCAUAGUCUCAGCCCGCAUGGCCCCCGAGGAGAUCAUCAUGGACAGACCCUUCCUCUUUGUGGUCCGGCACAACCCCACAGGAACAGUCCUUUUCAUGGGCCAAGUGAUGGAACCCUGACCCUGGGGAAAGACGCCUUCAUCUGGGACAAAACUGGAGAUGCAUCGGGAAAGAAGAAACUCCGAAGAAAAGAAUUUUAGUGUUAAUGACUCUUUCUGAAGGAAGAGAAGACAUUUGCCUUUUGUUAAAAGAUGGUAAACCAGAUCUGUCUCCAAGACCUUGGCCUCUCCUUGGAGGACCUUUAGGUCAAACUCCCUAGUCUCCACCUGAGACCCUGGGAGAGAAGUUUGAAGCACAACUCCCUUAAGGUCUCCAAACCAGACGGUGACGCCUGCGGGACCAUCUGGGGCACCUGCUUCCACCCGUCUCUCUGCCCACUCGGGUCUGCAGACCUGGUUCCCACUGAGGCCCUUUGCAGGAUGGAACUACGGGGCUUACAGGAGCUUUUGUGUGCCUGGUAGAAACUAUUUCUGUUCCAGUCACAUUGCCAUCACUCUUGUACUGCCUGCCACCGCGGAGGAGGCUGGUGACAGGCCAAAGGCCAGUGGAAGAAACACCCUUUCAUCUCAGAGUCCACUGUGGCACUGGCCACCCCUCCCCAGUACAGGGGUGCUGCAGGUGGCAGAGUGAAUGUCCCCCAUCAUGUGGCCCAACUCUCCUGGCCUGGCCAUCUCCCUCCCCAGAAACAGUGUGCAUGGGUUAUUUUGGAGUGUAGGUGACUUGUUUACUCAUUGAAGCAGAUUUCUGCUUCCUUUUAUUUUUAUAGGAAUAGAGGAAGAAAUGUCAGAUGCGUGCCCAGCUCUUCACCCCCCAAUCUCUUGGUGGGGAGGGGUGUACCUAAAUAUUUAUCAUAUCCUUGCCCUUGAGUGCUUGUUAGAGAGAAAGAGAACUACUAAGGAAAAUAAUAUUAUUUAAACUCGCUCCUAGUGUUUCUUUGUGGUCUGUGUCACCGUAUCUCAGGAAGUCCAGCCACUUGACUGGCACACACCCCUCCGGACAUCCAGCGUGACGGAGCCCACACUGCCACCUUGUGGCCGCCUGAGACCCUCGCGCCCCCCGCGCCCCUCUUUUUCCCCUUGAUGGAAAUUGACCAUACAAUUUCAUCCUCCUUCAGGGGAUCAAAAGGACGGAGUGGGGGGACAGAGACUCAGAUGAGGACAGAGUGGUUUCCAAUGUGUUCAAUAGAUUUAGGAGCAGAAAUGCAAGGGGCUGCAUGACCUACCAGGACAGAACUUUCCCCAAUUACAGGGUGACUCACAGCCGCAUUGGUGACUCACUUCAAUGUGUCAUUUCCGGCUGCUGUGUGUGAGCAGUGGACACGUGAGGGGGGGGUGGGUGAGAGAGACAGGCAGCUCGGAUUCAACUACCUUAGAUAAUAUUUCUGAAAACCUACCAGCCAGAGGGUAGGGCACAAAGAUGGAUGUAAUGCACUUUGGGAGGCCAAGGCGGGAGGAUUGCUUGAGCCCAGGAGUUCAAGACCAGCCUGGGCAACAUACCAAGACCCCCGUCUCUUUAAAAAUAUAUAUAUUUUAAAUAUACUUAAAUAUAUAUUUCUAAUAUCUUUAAAUAUAUAUAUAUAUUUUAAAGACCAAUUUAUGGGAGAAUUGCACACAGAUGUGAAAUGAAUGUAAUCUAAUAGAAGCCUAAUCAGCCCACCAUGUUCUCCACUGAAAAAUCCUCUUUCUUUGGGGUUUUUCUUUCUUUCUUUUUUGAUUUUGCACUGGACGGUGACGUCAGCCAUGUACAGGAUCCACAGGGGUGGUGUCAAAUGCUAUUGAAAUUGUGUUGAAUUGUAUGCUUUUUCACUUUUGAUAAAUAAACAUGUAAAAAUGUUUCAAAAAAAUAAUAAAAUAAAUAAAUACGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-997.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1048.95
Frequency: 0.0000
Diversity: 603.57
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.((.(((((((....))))))).))))))).............((((((((((((.((((((((....((((......)))).(((((((((.((((((((((..(((........))).(((((((.....))).)))).(((.((((((.((........)).))..)))).)))((((..((.........(((((((((.(((((...((....))...))).))....)))))))))......((((((((((.((.........)))))).))))))((..((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((..((((((........))))))))).)))))).(((((((....)))))))..((((..((((.....))))))))(((......)))......))))))...((((...))))........))))).))))))))))..((((((((.((..(((((......)).))).)).))))).)))((((.....))))((.(.(((...((((((((.((.((((.(((((...(((.(((.((((........((.((((((((.(((((((...................)))))))......(((....))).........(((.(((((....((((..(((((((((.......(((((.......))))))))).......(((((((((((.(((((..(((((....((.(((((((((((..((......((.((((((.((((..((.(((((((..((...))..))))))).))((((.((((((...((...((((........))))....))....)))))).))))..(((..(((.(((..((.(((((...))))).))..))).)))..)))........)))).)))).)).)))).)))))).))))).)).......)))).)...))))).)))))(((((.((((((..(((..((((.........)))).....))).....)))))).)))))..((......))...)))))))))))..))))........)))))...)))....)))))))))).((((.(..((((((....(((((((((...(((......))).......(((((((.....((((..........(((..(((((((.(((........)))..)).)))))...))).((((((((.((((((.(((......))).))))))...).))).))))...(((((.(((((((....))))).))...)))))....))))..))))))).((((((((((((((((((.....((((((....((((....((((((.....(((.((....)).))).))))))....))))....))))))........))))).))))...)))))).))).((((((...((.((.(((((((((((.(((((..((((.((((.((((((....)))))).)))).))))...)))))((((((((...(((((((..((((((((.((.(((((((.((((((.......)).)))).)))))....((((((((((.((((.....)))).))(((.((....)).)))))))))))((((((.........))))))(((((((((((((((((((((((((((((....((((((((......(((..((((............))))...)))......))))))))..)))......)).)))..))))))))...(((((((....)))))))((((((((((....))))))))))................(((....(((((((((.((((((....)))).))((((((((((..........................(((((((((.((.((.(((...((((((.(((((.((((((((....)))))........)))))))).))))))....))).)).))..))).))))))..((((((........)))).))))))))))))((....))...)))).)))))...)))))))))).))))))((.(((((...(((...((((((((..((.(((((((.(((((((.(((...(((..........)))...))).)))))))...))))))).)).))))))))...))).))))).)))).))))))))))...))))))).............))))))))..))))))))))).))))....))))))......)))))))))....))))))..)))))(((((....((((((.((......)).))))))..)))))))))))).)))...))))).....)))).)).))))))))...))).).))....))))))))..))...(((((.......)))))...((((((........))))))...(((((.((.((...)).)))))))(((((.((.((.(((..((((((((..(((((((.(((...)))...))))))).........((((....))))((((((((((((((((((((((((.(((...((((....))))....))).)))))).)))))))))).)))))))).(((.....))).(((.((((((((....))).......)))))))).....))))..))))..))).)).)).)))))...((((((((((........))))))))))..))..)))).)))).)))))).)))).)))))...)))))..)))...)))......)))).)))))..........(((((..((((........))))..))))).((((((......(((((......))))))))))).........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
,((((.((.{((((((....)))))),.))))))|{{{..{{......((((((((((((.((((((((....((((......)))).(((((((((.((((((((({..(((........))).(((((((,...,)))}}))).(((.((((((.((........)).))}.}))).))),{{{..({......{,.(((((((((.{,,(({{.{,....,,....))}),....)))))))))......((((((((((.((.........))))))}})))))((..((((((((((((((((((.(((((({{{(((((((((({..((((((.,......))))))})).)))))).(((((((....)))))))..((((..((((.....))))))))(((....,,},}.,....}}}}}}.,{((({...}))),}},...}))))).))))))))))..,,{((({(,{(,,(({(,..,...,,.,}}.},.})))).}}(((((.....))))){{,.(((...((((((((.((.((((.(((((...(((.(({{((((..,,,.,,((.((({{{{{.|||{|||,.......,,.........)))))}},,....(((....))).........(((.((((({...((((..(((((((({...,,,.(((((.......)))))}},|.......{{((({(((((.(((((,.{((((.,..((.(((((((((((..((......((.((((((.((((..((.(((((((..((...))..))))))).))((((.((((((...((...((((.{......))))....})....)))))).))))..(((..(((.(((..((.(((({...})))).))..))).)))..)))........)))).)))).)).)))).)))))).))))).))...,...)))).}...))))).)))))(((((.((((((..(({..((((.........)))).....})).....)))))).)))))..((......}}.,,)))))))))))..))))......,.)))))...)))....}))))))))}.((((.(..((((((....(((((((((..,(((......))).,.....(((((((.....((((..........(((..((({{{({.,{{{,......,.,,,}})))))...))).||{{((((,((((((,(((.....,))).))))))...,.}}),)))}...(((((.(((((((....))))).))...)))))....))))..))))))).((((((((((((((((((.{...((((((....{(((....(((({(,....(((.((....)).))).)))))).,..))))....)))))).,....}}))))}.))))...)))))).))).((((((...,,.((.(((((((((({.,{{({..((((.((((.((((({....}))))).)))).))))...)}}||((((((((.,,(((((((..((((((({{((.(((((((.((((((.......)).)))).)))))....((((((((((,(,,,.....)))).,,,((.{{....)),))})))))))){(((((.........))))))(((((((((((((({((({({((({({({{{{.((((((((.,.,.,(((..((((..,.........))))...})).}.,..)))))))}..}}),},|..)),}}}..}}})))))...(((((((....)))))))((((((((({....})))))))))..,....{|,,...||||{....((((((((({({((({....}))).))((((((((((...............,..........{{{{(((((.{(,((.{{{...((((((.(((({{((({{{{{....,}}}}........)))))))).)))))),,,,}||.}|.}},.}}}.}}}}))..{,{||(||,,..},)}))}}}))))))))))((....))...)))).))))).}}).)))))))),,))))){{.(((((...(((...((((((((.{({.((((((({(((({((.((({{{((,.....}}}}}}},...))).)))))))}..})))))}.)).))))))))...))).))))).}}}).})))))))))...))))))).,,....,,....))))))))},))))))))))).)),}....))))))......)))))))))....))))))..))))){((((....((((((.((......}).))))))..)))))))))))).)))...))))).....)))).)).))))))))...))).,.)),,..))))))))..))...(((((.......)))))...((((((........))))))...(((((.((.({...}).)))))))(((((.((.((.(((..((((((((..(((((((.(({...}))...))))))).........{(((....)))|((((((((((((((((((((((((.(((.,,{{{.....,,}}..,,))).)))))).)))))))))).))))))))}(({.....))).{{,{((((({{(,...}}}...,,..)))))))}.....))))..))))..))).)).)).)))))...((((((((((........))))))))))..}}..}}},.}))).)))))).)))).)))))...)))))..)))...))}.....,)))).)))))......}}.}|||,,,{(((({...,,.,||,,..||},..{(((({......(((((......))))))))))}..........,},,...}}}}}},.
Back