Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001386460.1
Sequence Length
2771 nt
GC Content
0.5161
ACAGCUGUGUUUGGCUGCAGGGCCAAGAGCGCUGUCAAGAAGACCCACACGCCCCCCUCCAGCAGCUGAAUUCCUGCAGCUCAGCAGCCGCCGCCAGAGCAGGACGAACCGCCAAUCGCAAGGCACCUCUGAGAACUUCAGGAUGCAGAUGUCUCCAGCCCUCACCUGCCUAGUCCUGGGCCUGGCCCUUGUCUUUGGUGAAGGGUCUGCUGUGCACCAUCCCCCAUCCUACGUGGCCCACCUGGCCUCAGACUUCGGGGUGAGGGUGUUUCAGCAGGUGGCGCAGGCCUCCAAGGACCGCAACGUGGUUUUCUCACCCUAUGGGGUGGCCUCGGUGUUGGCCAUGCUCCAGCUGACAACAGGAGGAGAAACCCAGCAGCAGAUUCAAGCAGCUAUGGGAUUCAAGAUUGAUGACAAGGGCAUGGCCCCCGCCCUCCGGCAUCUGUACAAGGAGCUCAUGGGGCCAUGGAACAAGGAUGAGAUCAGCACCACAGACGCGAUCUUCGUCCAGCGGGAUCUGAAGCUGGUCCAGGGCUUCAUGCCCCACUUCUUCAGGCUGUUCCGGAGCACGGUCAAGCAAGUGGACUUUUCAGAGGUGGAGAGAGCCAGAUUCAUCAUCAAUGACUGGGUGAAGACACACACAAAAGGUAUGAUCAGCAACUUGCUUGGGAAAGGAGCCGUGGACCAGCUGACACGGCUGGUGCUGGUGAAUGCCCUCUACUUCAACGGCCAGUGGAAGACUCCCUUCCCCGACUCCAGCACCCACCGCCGCCUCUUCCACAAAUCAGACGGCAGCACUGUCUCUGUGCCCAUGAUGGCUCAGACCAACAAGUUCAACUAUACUGAGUUCACCACGCCCGAUGGCCAUUACUACGACAUCCUGGAACUGCCCUACCACGGGGACACCCUCAGCAUGUUCAUUGCUGCCCCUUAUGAAAAAGAGGUGCCUCUCUCUGCCCUCACCAACAUUCUGAGUGCCCAGCUCAUCAGCCACUGGAAAGGCAACAUGACCAGGCUGCCCCGCCUCCUGGUUCUGCCCAAGUUCUCCCUGGAGACUGAAGUCGACCUCAGGAAGCCCCUAGAGAACCUGGGAAUGACCGACAUGUUCAGACAGUUUCAGGCUGACUUCACGAGUCUUUCAGACCAAGAGCCUCUCCACGUCGCGCAGGCGCUGCAGAAAGUGAAGAUCGAGGUGAACGAGAGUGGCACGGUGGCCUCCUCAUCCACAGCUGUCAUAGUCUCAGCCCGCAUGGCCCCCGAGGAGAUCAUCAUGGACAGACCCUUCCUCUUUGUGGUCCGGCACAACCCCACAGGCCCUUUGCAGGAUGGAACUACGGGGCUUACAGGAGCUUUUGUGUGCCUGGUAGAAACUAUUUCUGUUCCAGUCACAUUGCCAUCACUCUUGUACUGCCUGCCACCGCGGAGGAGGCUGGUGACAGGCCAAAGGCCAGUGGAAGAAACACCCUUUCAUCUCAGAGUCCACUGUGGCACUGGCCACCCCUCCCCAGUACAGGGGUGCUGCAGGUGGCAGAGUGAAUGUCCCCCAUCAUGUGGCCCAACUCUCCUGGCCUGGCCAUCUCCCUCCCCAGAAACAGUGUGCAUGGGUUAUUUUGGAGUGUAGGUGACUUGUUUACUCAUUGAAGCAGAUUUCUGCUUCCUUUUAUUUUUAUAGGAAUAGAGGAAGAAAUGUCAGAUGCGUGCCCAGCUCUUCACCCCCCAAUCUCUUGGUGGGGAGGGGUGUACCUAAAUAUUUAUCAUAUCCUUGCCCUUGAGUGCUUGUUAGAGAGAAAGAGAACUACUAAGGAAAAUAAUAUUAUUUAAACUCGCUCCUAGUGUUUCUUUGUGGUCUGUGUCACCGUAUCUCAGGAAGUCCAGCCACUUGACUGGCACACACCCCUCCGGACAUCCAGCGUGACGGAGCCCACACUGCCACCUUGUGGCCGCCUGAGACCCUCGCGCCCCCCGCGCCCCUCUUUUUCCCCUUGAUGGAAAUUGACCAUACAAUUUCAUCCUCCUUCAGGGGAUCAAAAGGACGGAGUGGGGGGACAGAGACUCAGAUGAGGACAGAGUGGUUUCCAAUGUGUUCAAUAGAUUUAGGAGCAGAAAUGCAAGGGGCUGCAUGACCUACCAGGACAGAACUUUCCCCAAUUACAGGGUGACUCACAGCCGCAUUGGUGACUCACUUCAAUGUGUCAUUUCCGGCUGCUGUGUGUGAGCAGUGGACACGUGAGGGGGGGGUGGGUGAGAGAGACAGGCAGCUCGGAUUCAACUACCUUAGAUAAUAUUUCUGAAAACCUACCAGCCAGAGGGUAGGGCACAAAGAUGGAUGUAAUGCACUUUGGGAGGCCAAGGCGGGAGGAUUGCUUGAGCCCAGGAGUUCAAGACCAGCCUGGGCAACAUACCAAGACCCCCGUCUCUUUAAAAAUAUAUAUAUUUUAAAUAUACUUAAAUAUAUAUUUCUAAUAUCUUUAAAUAUAUAUAUAUAUUUUAAAGACCAAUUUAUGGGAGAAUUGCACACAGAUGUGAAAUGAAUGUAAUCUAAUAGAAGCCUAAUCAGCCCACCAUGUUCUCCACUGAAAAAUCCUCUUUCUUUGGGGUUUUUCUUUCUUUCUUUUUUGAUUUUGCACUGGACGGUGACGUCAGCCAUGUACAGGAUCCACAGGGGUGGUGUCAAAUGCUAUUGAAAUUGUGUUGAAUUGUAUGCUUUUUCACUUUUGAUAAAUAAACAUGUAAAAAUGUUUCAAAAAAAUAAUAAAAUAAAUAAAUACGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-957.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1006.87
Frequency: 0.0000
Diversity: 639.52
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((.((.(((((((((....))))))((((((((((......((((((.(.(((((((((((((((((...(((((.((.(((((((((.((((....)).((((.....(((........)))...(((((((((....(((.((....)).))).(((((((((.....((.(..((((...))))..).))..)))).))))).(((((.(((((.((((((.........((((.....)))).........)))).)).)))))..)))))(((((((((((((..((((((.(((...(((((((((((((((....)))))(((..((((..(((((((((((..(((....)))..)))(((.((((((.((........)).))..)))).)))................))))))))..))))....))).((((.(((((..(((((.(((((...(((....((((((((((.((.........)))))).))))))....(.((((((((((((((((.((((((((((((((((((((..((((((........))))))))).)))))).(((((((....)))))))..((((..((((.....))))))))(((......)))......))))))...((((...))))........))))).))))))))))....(((..((((((((.(...(((............)))....(((((.....)))))....).))))))))..))).(((((((((((.((((.(..(((((.((((((.((((.......((((((.(((.(((...(((........)))(((((..(((((...(((((..........(((((.(((((((((((..(((((((((.......(((((.......))))))))).......(((((((((((.(((((..(((((....((.(((((((((((..((......((.((((((.((((..((.(((((((..((...))..))))))).))((((.((((((...((...((((........))))....))....)))))).))))..(((..(((.(((..((.(((((...))))).))..))).)))..)))........)))).)))).)).)))).)))))).))))).)).......)))).)...))))).)))))(((((.((((((..(((..((((.........)))).....))).....)))))).)))))..((......))...)))))))))))..)))).....((((..((.....))..).)))..((((.((((.((((((....)))))).)))).))))...........)))))))((((.((((((((((((((((((((.((((....)))).(((((..((((.(((((((.....(((((((.........((((......))))))))))))))).)))..))))))))).)))))))))))))......))))))).)))))))))..))))).)))))...)))))...))).)))))))))........)))).))))))))).))..).))))))))).).)))))...............(((((((....)))))))((((((((((....))))))))))........)))))).)((((...(((((((.(((.((((....)))).))))))))))))))................)))..)))))))))).))))))))).....))))))))))..(((((((((....)))))........)))).)))..)))))).))))))))))))))).)))))))..)))).(((((..(..(((((.......(((((..(((.....))).))))).......))))).)..)))))((.(((((...(((...((((((((..((.(((((((.(((((((.(((...(((..........)))...))).)))))))...))))))).)).))))))))...))).))))).)).(((((.(.(((...))).).))))).............(((....)))..)))))))).))).))..)))))........(((((.......))).))........((((((((.........)))))))).......))))))))).((((.........))))..)))))))))))))))......)))).)).))))((((((.......(((((.......)))))...((((((........))))))...(((((.((.((...)).)))))))(((((.((.((.(((..((((((((..(((((((.(((...)))...))))))).........((((....))))((((((((((((((((((((((((.(((...((((....))))....))).)))))).)))))))))).)))))))).(((.....))).(((.((((((((....))).......)))))))).....))))..))))..))).)).)).)))))...((((((((((........))))))))))......((......))...(((((((.(((....))))))...))))..))))))))).)).)).(((((((.(....(((((..((((........))))..)))))).)))))))...((((((......))))))..............................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....{((((((((((((((((.....(((((((...,{..,........,.....}}.)))).)))....}))))))))}((((((((..((((((((((((.{.,...(((....{{.{{(({....((((..{{...(((.((....)).)}}}}..}})).,)))}}.))...|))}.,,),})}}).))))))))...)).)))))).((((((((((..((((((((((((((((((((((.(((((((.((((((((((((((((..,.((.(((....))).}}..(((((((((.(,((,..,,((,,{(,{{{||||,.((((((.(..(((((((((((..(((....)))..)))(((.((((((.((........)).))}.}))).))).,,,,,(((((,,{({.(((((((((.{,,(({{.{,....,,....))}),....)))))))))......((((((((((.((..,......)))))),,))))){((,(..{{...((((((((((.(((((({({(((((((((({..((((((.,......))))))})).)))))).(((((((....)))))))..((((..((((.....))))))))(((....,,},}.,....}))}}}..{((({...)))),)},...}))))).))))))))))}}..},|}}((((((((.(...(((............)))..{.(((((.....))))),,..}.))))))))..{{({{(((((((.......,.{{..(((((((.(({.((((.(((......))).))))...}},{{{..,,,,..,,}.}}},......(((....))).........(((((.((((...((((((.....)))).))...)))).))))),..))))))).}}..},...)))))|((((.(((((,.{((((.,..((.(((((((((((..((......((.((((((.((((..((.(((((((..((...))..))))))).))((((.((((((...((...((((.{......))))....})....)))))).))))..(((..(((.(((..((.(((({...})))).))..))).)))..)))........)))).)))).)).)))).)))))).))))).))...,...)))).}...))))).)))))))))))}}.,))))),...{{||,,,,,,,,,}}}}..))))))))})))))).,)}}.)))))|...},.....)).}.)))))))))((.....}}{(((,({((((((((.((.(((.....(,(({(.((((((((.....(((((.(((({((((,...})))))..)))).))))}........))))))))..|))}}))))}))))))}.||)}}}}}.}}}}}}...}))),})})..))))))))),.})))))).))))}..,)).)))..,(({{((((((.........))))))))),)))))))(((((((.{(..(..(((((.((({{(((.(((((,{((({{(((.(({(({({{{((((...{(...}}...)))}.......})}},|.|||||,..,,..,,,,,...(((((((....)))))))((((((((({....}))))))))).,{....(((.((.((.((((...(((((((((((((..{{(((({((({((((((((((..............,{......,,.,({{{(((((,{(,((.{{{...((((((.(((({{((({{{{{....,}}}}........)))))))).)))))),,,,}||.}|.|},,}}}.}}}}))..{{{||(|||...}.)}))}}}))))))))))((.,.{||...,|.,.}}}||}|.{{{{(((((,,,||||},{.(((((...(((...((((((((.{({.((((((({(((({((.((({{{((,.....}}}}}}},...))).)))))))}..})))))}.)).))))))))...))).))))).}}.(((((.{.(((...))).}.))))).............(((....)))..||||}},}.|{.|||.,,))),}}......,||||..,}}}})))}){{.((((((.({...((((((.({,.....}),)))))}..,.)),)}})}}.}}.,)))))),.))),})))))),))).)))))}}})))...)))))))).})}....,,.,.(((((.......))))).......))))))))))))).)))))))..)))))..)..)}.)))))))(((((.((.((.(((..((((((((..(((((((.(({...}))...))))))).........{(((....)))|((((((((((((((((((((((((.(((.,,{{{.....,,}}..,,))).)))))).)))))))))).))))))))}(({.....))).{(,{((((({{(,...}}}...,,..)))))))}.....))))..))))..))).)).)).)))))...((((((((((........))))))))))......,,......}}..........((((....)))).)))))))..})))).....)))))))))},,........(((((..((((........))))..))))).{(((({......(((((......))))))))))}................})))))}..
Back