Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001386461.1
Sequence Length
2654 nt
GC Content
0.5128
ACAGCUGUGUUUGGCUGCAGGGCCAAGAGCGCUGUCAAGAAGACCCACACGCCCCCCUCCAGCAGCUGAAUUCCUGCAGCUCAGCAGCCGCCGCCAGAGCAGGACGAACCGCCAAUCGCAAGGCACCUCUGAGAACUUCAGGAUGCAGAUGUCUCCAGCCCUCACCUGCCUAGUCCUGGGCCUGGCCCUUGUCUUUGGUGAAGGGUCUGCUGUGCACCAUCCCCCAUCCUACGUGGCCCACCUGGCCUCAGACUUCGGGGUGAGGGUGUUUCAGCAGGUGGCGCAGGCCUCCAAGGACCGCAACGUGGUUUUCUCACCCUAUGGGGUGGCCUCGGUGUUGGCCAUGCUCCAGCUGACAACAGGAGGAGAAACCCAGCAGCAGAUUCAAGCAGCUAUGGGAUUCAAGAUUGAUGACAAGGGCAUGGCCCCCGCCCUCCGGCAUCUGUACAAGGAGCUCAUGGGGCCAUGGAACAAGGAUGAGAUCAGCACCACAGACGCGAUCUUCGUCCAGCGGGAUCUGAAGCUGGUCCAGGGCUUCAUGCCCCACUUCUUCAGGCUGUUCCGGAGCACGGUCAAGCAAGUGGACUUUUCAGAGGUGGAGAGAGCCAGAUUCAUCAUCAAUGACUGGGUGAAGACACACACAAAAGGUAUGAUCAGCAACUUGCUUGGGAAAGGAGCCGUGGACCAGCUGACACGGCUGGUGCUGGUGAAUGCCCUCUACUUCAACGGCCAGUGGAAGACUCCCUUCCCCGACUCCAGCACCCACCGCCGCCUCUUCCACAAAUCAGACGGCAGCACUGUCUCUGUGCCCAUGAUGGCUCAGACCAACAAGUUCAACUAUACUGAGUUCACCACGCCCGAUGGCCAUUACUACGACAUCCUGGAACUGCCCUACCACGGGGACACCCUCAGCAUGUUCAUUGCUGCCCCUUAUGAAAAAGAGGUGCCUCUCUCUGCCCUCACCAACAUUCUGAGUGCCCAGCUCAUCAGCCACUGGAAAGGCAACAUGACCAGGCUGCCCCGCCUCCUGGUUCUGCCCAAGUUCUCCCUGGAGACUGAAGUCGACCUCAGGAAGCCCCUAGAGAACCUGGGAAUGACCGACAUGUUCAGACAGUUUCAGGCUGACUUCACGAGUCUUUCAGACCAAGAGCCUCUCCACGUCGCGCAGGCGCUGCAGAAAGUGAAGAUCGAGGUGAACGAGAGUGGCACGGUGGCCUCCUCAUCCACAGGAGCUUUUGUGUGCCUGGUAGAAACUAUUUCUGUUCCAGUCACAUUGCCAUCACUCUUGUACUGCCUGCCACCGCGGAGGAGGCUGGUGACAGGCCAAAGGCCAGUGGAAGAAACACCCUUUCAUCUCAGAGUCCACUGUGGCACUGGCCACCCCUCCCCAGUACAGGGGUGCUGCAGGUGGCAGAGUGAAUGUCCCCCAUCAUGUGGCCCAACUCUCCUGGCCUGGCCAUCUCCCUCCCCAGAAACAGUGUGCAUGGGUUAUUUUGGAGUGUAGGUGACUUGUUUACUCAUUGAAGCAGAUUUCUGCUUCCUUUUAUUUUUAUAGGAAUAGAGGAAGAAAUGUCAGAUGCGUGCCCAGCUCUUCACCCCCCAAUCUCUUGGUGGGGAGGGGUGUACCUAAAUAUUUAUCAUAUCCUUGCCCUUGAGUGCUUGUUAGAGAGAAAGAGAACUACUAAGGAAAAUAAUAUUAUUUAAACUCGCUCCUAGUGUUUCUUUGUGGUCUGUGUCACCGUAUCUCAGGAAGUCCAGCCACUUGACUGGCACACACCCCUCCGGACAUCCAGCGUGACGGAGCCCACACUGCCACCUUGUGGCCGCCUGAGACCCUCGCGCCCCCCGCGCCCCUCUUUUUCCCCUUGAUGGAAAUUGACCAUACAAUUUCAUCCUCCUUCAGGGGAUCAAAAGGACGGAGUGGGGGGACAGAGACUCAGAUGAGGACAGAGUGGUUUCCAAUGUGUUCAAUAGAUUUAGGAGCAGAAAUGCAAGGGGCUGCAUGACCUACCAGGACAGAACUUUCCCCAAUUACAGGGUGACUCACAGCCGCAUUGGUGACUCACUUCAAUGUGUCAUUUCCGGCUGCUGUGUGUGAGCAGUGGACACGUGAGGGGGGGGUGGGUGAGAGAGACAGGCAGCUCGGAUUCAACUACCUUAGAUAAUAUUUCUGAAAACCUACCAGCCAGAGGGUAGGGCACAAAGAUGGAUGUAAUGCACUUUGGGAGGCCAAGGCGGGAGGAUUGCUUGAGCCCAGGAGUUCAAGACCAGCCUGGGCAACAUACCAAGACCCCCGUCUCUUUAAAAAUAUAUAUAUUUUAAAUAUACUUAAAUAUAUAUUUCUAAUAUCUUUAAAUAUAUAUAUAUAUUUUAAAGACCAAUUUAUGGGAGAAUUGCACACAGAUGUGAAAUGAAUGUAAUCUAAUAGAAGCCUAAUCAGCCCACCAUGUUCUCCACUGAAAAAUCCUCUUUCUUUGGGGUUUUUCUUUCUUUCUUUUUUGAUUUUGCACUGGACGGUGACGUCAGCCAUGUACAGGAUCCACAGGGGUGGUGUCAAAUGCUAUUGAAAUUGUGUUGAAUUGUAUGCUUUUUCACUUUUGAUAAAUAAACAUGUAAAAAUGUUUCAAAAAAAUAAUAAAAUAAAUAAAUACGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-916.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -963.80
Frequency: 0.0000
Diversity: 800.46
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.((.(((((((....))))))).))))))).............((((((((((((.((((((((....((((......)))).(((((((((.(((((((((((((((....(((..(((((((((...(((...(((.((....)).))).(((((((((.....((.(..((((...))))..).))..)))).))))).(((((.(((((.((((((.........((((.....)))).........)))).)).)))))..)))))((.(((....))).)).((((((((...))))))))..........(((((((((..(.((((((.....((((..(((....)))..))))....)))))).)...........((((((((((((..((..(((((.((((((((((((((.(((((...((....))...))).))....)))))))))......((((((((((.((.........)))))).))))))(((.(..((...((((((((((.((((((((((((((((((((..((((((........))))))))).)))))).(((((((....)))))))..((((..((((.....))))))))(((......)))......))))))...((((...))))........))))).))))))))))))..).)))((((((((.(...(((............)))....(((((.....)))))....).))))))))...(((((((((((((...........(((((((.((..((((.(((......))).))))..(((.(((........)))..)))......(((....))).........(((((.((((...((((((.....)))).))...)))).))))))).)))))))((((........))))((((.(((((..(((((....((.(((((((((((..((......((.((((((.((((..((.(((((((..((...))..))))))).))((((.((((((...((...((((........))))....))....)))))).))))..(((..(((.(((..((.(((((...))))).))..))).)))..)))........)))).)))).)).)))).)))))).))))).)).......)))).)...))))).))))(((((((.....((...(((((((.....(((((.((((((((((...))))))..)))).)))))........)))))))..))...))))))).))))))))).))))((.((((...)))).))..........)))))))))))).)))))).).)))))...))))))))).....))).)))))))))))).)))))(((((((.((..(..(((((.((((.(((.((((((.((((.(((.(((((.((((((((...((...))...)))........)))).).)))))...............(((((((....)))))))((((((((((....)))))))))).((....(((.((.((.((((...(((((((((((((..((((((.(((.((((((((((..........................(((((((((.((.((.(((...((((((.(((((.((((((((....)))))........)))))))).))))))....))).)).))..))).))))))..((((((........)))).))))))))))))((.(.(((........)))).)).((((((((((((((((.((.(((((...(((...((((((((..((.(((((((.(((((((.(((...(((..........)))...))).)))))))...))))))).)).))))))))...))).))))).)).(((((.(.(((...))).).))))).............(((....)))..((((.....((.(((...))).)).......))))..))))))))))((.((((((.((...((((((.((......)).))))))....)).)))))).))..))))))..)))..)))))).))).)))))).))))...)))))))).)))....))...(((((.......))))).......))))))))))))).)))))))..)))))..)..)).)))))))(((((.((.((.(((..((((((((..(((((((.(((...)))...))))))).........((((....))))((((((((((((((((((((((((.(((...((((....))))....))).)))))).)))))))))).)))))))).(((.....))).(((.((((((((....))).......)))))))).....))))..))))..))).)).)).)))))...((((((((((........))))))))))...........)))).)))))).)))).)))))...)))))..)))...)))......)))).)))))..........(((((..((((........))))..))))).((((((......(((((......))))))))))).........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
,((((.((.{((((((....)))))),.))))))|{{{..,{......{(((((((((((.(({(((((....((((......)))).(((((((((.((((((((({..(((........))).....,((({((....(((.((....)).))).(((((((((.....((.{..((((...))))..).))..)))),,)))),(((((.(((((.((((((.......{.((((.....)))).,.......)))).)).)))))..)))))(((((.((.((((((({(((,,,((,.{{||||.....,{(({...|||{((((({{({(({{((...{{((((..((({...,,|{{|||(...((({{{,((........}).))|.|))).,{(.....,||,,,.,,{,,(((((((((.{,,(({{.{,....,,....))}),....)))))))))......((((((((((.((.........))))))}}))))).((((.....,.((((((((((.(((((({({(((((((((({..((((((.,......))))))})).)))))).(((((((....)))))))..((((..((((.....))))))))(((....,,},}.,....}))}}}..{((({...)))),)},...}))))).))))))))))..,.(((..((((((((.(...(((............)))..{.(((((.....))))),,..}.))))))))..)))))))}}}}}}}.....}}}}..||.}}}|.{|{.((((.(((......))).))))...}},{{{....,...,,},})},..}}}}|||,}}.))),,..,}}}}|(((({(,,,...(((((({{{..{|||.......|((((.......)))))))}|...{{{{...(((,(((({((((((.,(((((((.,,,((((((({{{{..{{,,,,,,((,{{((({.{(((..{{.(((((((..((...))..))))))).)){{{{.((((({.,,((,{,((((,{,,...,|}}},...|},,,.)))}}}.))))..{({..(({.{{{..{{.{{{||,,,})})),)),,)}}.)))..))),......,)}||,|||}{|}.|}||,||||}|,|||},,||{,.,..,||||{|,,{|||||,|||||({{(({{((((.......})))},,...{((((.((((((((({...})))))..)))).)))}),},},}}}))})))),.}}}}}))}.,}).))})}})))})))},,.((((...)))).||{|{{|.....,,))))))))}}}))))}|{|{}||,|{{{}||||||||{,,.,.....})))))).,)).)))),||{||||.,{.,({{((,(({((((,{((.{((((((((,{((((.{{{((,{{{{((({...{{...}}...)))},......})}},}.||||},..,,..,,},}...(((((((....)))))))((((((((({....})))))))))..,....(({,,,{(({,((({.{(((((({((({(({,....|})),))|||||||{{{..............,|,,,.,.,{,{((({{(({({({,{{.,,,...{(((({.{(((||((({{{{{....}}}}}........)))))))).)))))}{{{{,||.||,||,,||,.,},,||,.({{{,({{{...,.,)))),,,}}}}}}}}}||,}.})).,.)))}}),)),}}}},,.(((((...))))),|.(((((...(((...((((((((.{({.((((((({(((({((.((({{{((,.....}}}}}}},...))).)))))))}..})))))}.)).))))))))...))).))))).}}.({(((.{.(((...))).).))))).....,,,,,}},{{{....}))..|)))))})})}}},,.})))).))}......{(({.......))),}{(.((((((.((...((((((.((......}).))))))....)).)))))).))}))}))))).)))})))))))))))})))}})))))),.,)))).)))...)))}......{((((.......))))}.......,,,,,}})}))))}))))),...,,,))}})}..}}),)))))}}))))).,((((((.({.(((..({.(((((((.(({...}))...)))))))..}}...)))..),))))))|((((((((((((((((((((((((.(((.,,{{{.....,,}}..,,))).)))))).)))))))))).)))))))),(((.....))).((,{((((({{(,...}}}...,,..)))))))}..,{{....,,}....)))))))..))))))....((((((((((........))))))))))...........,})).)))))).)))).)))))...)))))..)))...))}......)))).)))))......},.,|||,,,,(((({...,,.,||,,..}}},,.{(((({......(((((......))))))))))}..........,,,....}})))},.
Back