Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001386672.1
Sequence Length
4955 nt
GC Content
0.4607
GGUAAUAUGGCUCUUCCUUAGCCAGCGGCGGCAACGGCGGCAGCGGCGGCAGCGGCGGCGGCUACUGUCUGGGCUGAGCAGUAGUGCCUCUCGGGUGGCGGGUUUCUAGGCUGCAGGGGCUUGGUAGGUGGUGGCAAGGGGGCGGCGGCGGAUGCCGGAAGAGUGCCCGCCCCGCCGCUUGGCGGCCCCUGGAUCGAGAUGAGCGCCUCCGCGUCGGUCGGGGGCCCCGUCCCCCAGCCACCCCCGGGCCCGGCCGCUGCUCUGCCUCCCGGUUCUGCCGCGCGGGCCCUGCAUGUGGAGCUGCCGUCUCAGCAGCGGCGUCUUCGACAUCUUCGGAACAUUGCUGCCCGGAACAUUGUUAAUAGAAAUGGCCAUCAGCUCCUUGAUACCUACUUUACACUUCACUUGUGUAGUACUGAAAAGAUAUAUAAAGAAUUUUAUAGAAGUGAAGUGAUUAAGAAUUCCUUGAUUCAUGCCCGAAACCAAAAUGAAAUAAUUUUUGGGCUGAAUGAUGGAUACUAUGGUGCUCCAUUUGAACAUAAGGGUUAUUCAAAUGCUCAGAAGACUAUUCUUCUGCAGGUGGAUCAGAACUGUGUUCGCAAUUCUUACGAUGUCUUCUCUUUGCUACGGCUUCAUAGAGCCCAGUGUGCAAUUAAACAGACUCAGGUAACUGUUCAGAAAAUUGGAAAGGAAAUUGAAGAAAAACUAAGACUCACAUCUACAAGCAAUGAACUGAAAAAAAAAAGUGAAUGCCUGCAGUUAAAAAUUUUGGUGCUUCAGAAUGAACUGGAACGGCAGAAGAAAGCUUUGGGACGGGAGGUGGCAUUACUGCAUAAGCAACAAAUUGCAUUACAAGACAAAGGAAGUGCAUUUUCAGCUGAGCACCUCAAACUUCAACUCCAGAAGGAAUCCCUAAAUGAGCUGAGGAAGGAGUGCACUGCAAAAAGAGAACUCUUCUUGAAGACUAAUGCUCAGUUGACAAUUCGUUGCAGGCAGUUACUCUCUGAGCUUUCCUACAUUUACCCUAUUGAUUUGAAUGAACAUAAGGAUUACUUUGUAUGCGGUGUCAAGUUGCCUAAUUCUGAGGACUUCCAAGCAAAAGAUGAUGGAAGCAUUGCUGUUGCCCUUGGUUAUACUGCACAUCUGGUCUCCAUGAUUUCCUUUUUCCUACAAGUGCCCCUCAGAUAUCCUAUAAUUCAUAAGGGGUCUAGAUCAACAAUCAAAGACAAUAUCAAUGACAAACUGACGGAAAAGGAGAGAGAGUUUCCACUGUAUCCAAAAGGAGGGGAGAAGUUGCAGUUUGAUUAUGGUGUCUAUCUUCUGAACAAAAAUAUAGCACAGCUAAGAUAUCAACAUGGACUAGGGACUCCAGACUUGCGGCAAACCCUUCCCAACCUGAAAAACUUCAUGGAGCAUGGACUAAUGGUCAGGUGUGACAGACAUCACACCUCCAGUGCAAUCCCUGUUCCUAAGAGACAAAGCUCCAUAUUUGGGGGUGCAGAUGUAGGCUUCUCUGGGGGGAUCCCUUCACCAGACAAAGGACAUCGAAAACGGGCCAGCUCUGAGAAUGAGAGACUUCAGUACAAAACCCCUCCUCCCAGUUACAACUCAGCAUUAGCCCAGCCUGUGACCACCGUCCCCUCCAUGGGAGAGACCGAGAGAAAGAUAACAUCUCUAUCCUCCUCCUUGGAUACCUCCUUGGACUUCUCCAAAGAAAACAAGAAAAAAGGAGAGGAUCUAGUUGGCAGCUUAAACGGAGGCCACGCGAAUGUGCACCCUAGCCAAGAACAAGGAGAAGCCCUCUCCGGGCACCGGGCCACAGUCAAUGGCACUCUCCUACCCAGCGAGCAGGCCGGGUCCGCCAGUGUCCAGCUUCCAGGCGAGUUCCACCCAGUCUCAGAAGCUGAGCUCUGCUGUACUGUGGAGCAAGCAGAAGAAAUCAUCGGGCUGGAAGCCACAGGUUUCGCCUCAGGUGAUCAGCUAGAAGCAUUUAACUGCAUCCCAGUGGACAGUGCUGUGGCAGUAGAGUGUGACGAACAAGUUCUGGGAGAAUUUGAAGAGUUCUCCCGAAGGAUCUAUGCACUGAAUGAAAACGUAUCCAGCUUCCGCCGGCCGCGCAGGAGUUCCGAUAAGUGAAGUGAGCAGGUCAACAGUAGGACUGGGGCAGAAGCUCUGCCUAAAAUGAAGUGAAAGCUGCACUUAACCCUUUGUGAUAAUGAUGACACAAAAUGAAUAUUAAUGGAGGAUAUUCCUCGGAAAAACAGACUUUGGGAAUGAAGGAGGGACUCAGGAUCAUUGUUAUCAGUGGGCCAAAGUUAGAUUUUGCUUUCAAGAUUUGCUUUUCGGGCCUGAUGAUUUUAAAGCAAAAAUCACCCUCUAGUUGAAAGAGCUUACAGCUCGAGUCACCUUUUAGCUAUUUGUCUGCUUUUUAUUUACCCUUGUAUGUUAUCCUCAGAGGGAAGAUGAUAAUAUAUAAAUAAUAUAAUGAACACACCCUUAGUUUCUCAUAAGCAUUUGCCCUCACCAUGGUUUAUAAAACUUUGGGAAAACGGAAUAUUCAGAAAUAGGUUUCCGCCAUGUACUGAAAGGUCUGUGGCCAUCUGUGAGGUAGAUGAAGAAGCAGCAUAGUGGUCUCCUUACAUCUAGGCCUAACUGUCCCUCUUCCUGCCCCCGGGUACCACAGUCCACCUUUAGACCCUACUGUCGCCCCAUCUUCUCCGUGGAUGGGCCAUGCGUCCUGAAAACAGGACAUCAGAUUCACUGGUUCUGUAACCCAGUAGCUGUGACGUUCCAUCUCUUCUAACCAGCCAUGGCCUUCCCCUCCUCUGCCAUACCCUUAAUGCGGCCCUCAGAUUAGAUGAAAAACUUGCUCCUGGUGGAUCCCAAGGGACCCUCAAGGACCUCGAGGUUACUGCAGUCAGAUGCCAUCUCAUCCCCUGUGGGGGCCAAAGUUUUUAUGUGGGCAGAUGCUGUGGUCAGGAACUAGGCAUGCUUUCUGGCAAUGCACUCACCAGACAAAAAUCCCUUGAUGUAAAUCCCAUGUUAAUUUAUUAAAUUUCAGUCAGAAGGUCAGCAUUUACAUGACAGAAUGUAUGUAGAGAGUUGGGGUGUCUGGUAGGCAAACUGCAAGGCAGUUGAGAUAGUUGGAUUAAGAGGCUAGACGAGACAUAGAAUACUAUUGGUAUGUGUGCAAUUUCAUGAAUAUUAAAUUAUGUUUCGAAGUCCAGUUGUCAUUCCCGCAUUCAGAUUUCAUUUGCUGUUGCUUUAUACGUUACGUACCCAAGGACAUUGCCUCAGGGUUGCAAACUCUUUAAAGGAAAAUUUAUCCAUAUAUCCAUGUAUUAUAUAGAAGAAUAAAAAUUGAGUUUACUUCACCCGACCUGAUUUUUUUUUACCAGCUUGGAAAUUCCUCUUGAACCUACGUCUCCAUAUGUCACAUCAUGACAGGACUAGCCUGAACAAAAGCCAUGUCUAUCUAAGCGGAGGCUGUUGACUUCAUUCAGUUUGCAUAUUGUAUAUAGCAACACAAACACUUGACAGGUAUAUACUCCAGUCGCCACAUUUGUCCUGCAUAACAGCUUCACUCACAGGCCUCACCGUCACUUUAUUUUGUGUCCAAGCAUUCCUGGGCUCAAGUUUAAUGUAUAGCUACAUUGUUGUUUUCCAUGUAGAGAACUCACAGGAUGACUACAUCACAAAUAAACCCAACUCUCAGGCAGUCGAAAGCUUUAACUGGAUCUGCAGAAGCCCAUCUUCCUCCACAUGAAGAAGUGGGGCUCCUUCACCUAGAGCAGGAGCUUCUCUGCAGUGUACUGUCUGUCGCUCAUUUUGGAGUCAGUGUGGGUGGAGACAGCAUCGUGGAUAUGCACGUGCUGCGGGGCCCUCCAGGGAAGUAACAUUUACCAAAAAAAAAGAAAAGUUCUGAAGGGCAGUGUUAGGAUUGCAGAAUGGAAGGUCAACCCCGUGGGACUUACGAUUGCCCCAGGUGCGGGAUGGACUUAAAUGUCACACCAAACUCAAAGUAGGUACACUGGGUUGCAGGGCAUCCAGCCUGGCGCUGGCACCACCAAGGAGCAGGACUCCUCAUGAUUACAGUGUCCAUCUCAGGCCCACACAACCAUGAGAGCCUGGACUCUGGGGUCUACCCGUCAGUGCCCCCCACCGCUGUGCAGACUCCCUGGUUGAUCCUGGGCUUGUGGCUUUUCACCGCACGGCGGGGAGCCCUGCUCUUGAAUGUCAUCGGGCUGCUCAGAGCUGAUUGCUAGGUGCCUACACAUUUGCCUCGACCCACACAGCCCCGUGGUGAUGCCUCAAAACACCACUUAGGUUUGGGUUCGUUUAGUUCGAGUUUGGGGUUUUCAUUUGAACUUGUUUGAUGUCUGCAGUUUCUGCCAUGACCUGGGUAGAACCUAUGGGAUUACCCGUCUCCUGGAAUAACUGUUUGACGUUUUCCAAAGUUGUAGAGUUAGUAUGGCCUCUGUUUAAAGUGGCUGGGGCCAAAAUAAGGGAUGAGUUAUUAUCUCCUACUAACCUUUUAGUUUUGUAAAUCACUAAGAAAAUUGUUUGCUUGGAAGAUAUAAGUUGAAUUGGAAACUCAUUACUAUCUAUUUCUGAACUGCUAAGAACCCUUUCAGUUUUCUUACAGCUGAGACACUUUUAAACAGCGGGCAAAUGUUAUCAAAUGAAUAUUUGAUUGUGUUUUUUCUCUUCACUUCCCCUUAACCACUUUAGAAAUUCCAGAGAUUUUUUUCCCCUCAGAAUAUUAGUUUUGGAAGAUUGUGCCCAGCUAUAUAUUUUUUAGCAGUUCUAAUGGUGCCCAUUUAUCCUGACCUAACCAGUUAUUUAAAUAAUUUUUUAAACCACCACGAAUAAUAAAUGGCAUGUGAAACUGAUCUGUUGGUAACUGGAAGAAAACUCAGCAUCUGUAUUUAUACAAUAAAAUUGAUUAGUAUUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1539.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1635.21
Frequency: 0.0000
Diversity: 1343.57
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(.((((.(((((.......)))))(((.((((..((((((.((((((((((((...((((.((((((.((......)))))))))))).((((.((((((((.....((((.((((.((((.(((.((.((((((..((((((((((((((..((.((.......)).)).)))))))).((.((((((((.((((((..(((...)))..).)))))))))))))))))))))..)))))).))..))).)))).))))...))))......)))))))).)))).((.......)).)))))))))...(((((((.((.(((((.....))))))).)))))))..(((..(((.(((((.(((.(((..(((((....)))))..))).))).((((((((((.(((((........................))))).))))))))))))))).)))))).(.(((((.((((((((...............))))))))))))).)(((((((((((((((..((((((((...........))))))))(((((((((....))))))).))(((((((((((((.(((((((........(((((..((((.((((((...(((((((((...(((((((........)).(((((((((((((.(((((...((((....(((...(((..............)))..))).....))))...))))).......)))...)))))).))))....(((((((....)))))))..))))).((((((((....(((((((((((((((((((((..((((((((..(((((....((((((.(........)..))))))...(((((((((((.(((...(((((.(((....(((....)))....))).)))))...)))....((.(((.((((....)))).))).)).....)))))))))))......)))))(((.((((........))))..))).((((((...........))))))...((((((....))))))))))))))....))))))).....((.((((((((.............(((((((...((....)).((((((((...((((((((((((((((....((((((((((((....(((((((((..((...........))...))))))...(((.....)))....................)))...)))))))).))))(((((.((((((.((((....(((((((....(((((((((((.....(((.(((((((..((..........((((...)))).........)).))).)))).))).))))).))))))...)))))))...............(((((((...((((...(((((((((((((......))))))))....((((.((((((.......(((......)))......))))))))))(((((...(((.(((((((((....)))).)))))..))).)))))....((((((..((((((((..((.(((....................))).)).......)))))....)))...)))))))))))..)))).)))))))((((.((..((((...........))))..))))))(((..(((....)))..)))..(((((..................))))))))).))).))).)))))....))))))))...).)))))))...)))))))).....(((((.....)))))((((((((((((........((((.(((((((....)).))).))))))))))))...)))))).))))))))).))))))))))).))))))).))))....)))))))).))))))))).))))))))))..)))))((((((..(((..((((...))))..)))..))))))....((((((.(((((....(((((.....)))))..))))).))))))).))))))))))))((((((((((...))))))))))....))))))))))))..))).....)))))))))).))))))))))))).((((((.(...((((((((((((.(((....((((...))))(((((((...)))))))......(((((.......))))).....((((((..........)))))).............(((((...))))).(((((.(((((....((...(((((...(((((.....(((((....)))))(((((((((.((((((((....)))))))))))))...))))...(((((((......)))))))...((.....))..(((((...)))))))))).)))))...))....))))).)))))........((((((((((((.((........)).))))))))))))..........(((((((................(((((((((((((.(((.(((((...))))).)))))..........(((((((((((((.........(((((((..((.((((((..(((((.(.(((((..(((((.((((......(((((..........)))))...))))...)))))))))).)))))).)))))).)).....(((((((((..(((..........((((.(((.((((((((((((((((....))))))(((((.....))))).((((((((((((....(((((((((((((((.............(((((((((.....(((((.((...((((((((.(((((((((............((((.((((.(.((.(((....))).)).).))))...))))(((((((((......))).........(((((.(((((((....(((((((((((((((((.(.((.(((.((....(((((((((....))).)))).))..)).))).......(((((((..((((...(((......)))...))))..))))..)))...(((..(((((......)))))))).(((((((((((((.(.(((((((...(((..(((.(((((..((.((.((((.((..(((.....(((((((((.......(((((((..(((......)))..))))))).)))))))))((((((....(((.......)))....)))))).((((.(((((((.((((((.((...((((.(((......)))..))))((((((((.((((((((((.((((.((.(((((.........))))).)).))))......((((.....)))).((((.(((............))).))))...))))).))))).(((.((((.....(((((.....))))))))))))..(((((((.((((.(((........)))..)))).)))..))))...)))))))))).)))))).))))))))))).....(((.((........)).))))))...)).)))).))))..))))).).))..))))))).)))).))).....((((.(((((........))))).))))..(((((((....)))))))..((((((......))))))......((((....)))).........))))))))))((((........))))..)).).)))))).((((.....))))..)))))))))))...(((((((((((.....))..))))))))).(((((((...((((((.((((((((.(((....))).))))))))))))))...((((......)))).))))))))))))))))))).)))))).......................)))).))))).)))))))))).)))))..)))))))))...((.((((.(........).))))))...)))))))).....)))))))(((..(((...))).)))..))))))))))))(((.....)))..))).)))).)))))).))))((((.(((.(((((.((...((((((......))...)))))).)))))))))))))))..)))))))))....)))))))...((.(((((((((.....(((.((.....)).)))...(((......))).)))))))))))((((((((........).))..)))))((((.(((((((..((.(((((......)))))))..(((((((...((((..((((((...........))))))...)))))))).))).)))))))))))...(((((((((.((.(((((((.....(((.((((((....(((.((..(((((((..((...))..)))))))..)).)))...))))))..)))(((((((((....(((((((((((((((((((.(((......))).)))))))......(((((((....))))))).))))))).(((((((..(....)..)))))))......))))))))))))))))))))).)).)))))))))......)))))))))))))(((.(((((....((((((((.......))))))))...)))))..))).)))))))))))(((((((....))))))))))))))..))).)))))))).........))))..).)))))).(((.(((((((((((.((((...(((((((((......((((((..((((.........)))).((((...(((((..........(((.......)))...((((((......)))))).))))).)))).......)))))))))))))))))))..)).....))))))))))))......((((....)))).........)))).).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,,....,,{,((((((...((((((((.(((((((((((((((.(({((((.(((((({{((((((,({.....,))))))))))))..{((.((((((((.....((((.((((.((((.(((.((.((((((..((((((((((((((..({,((.......,)))).)))))))).((.(((((((,{(((((...{{(,,.}}}.}}.)))))))))))))))))))))..)))))).))..))).)))).))))...))))...}}.)))))))).))}))))))).}))...))))))||{{,.(((((((.((.(((((.....))))))).)))))))..||..((((.........)))).}}..,,((..(((((((((..,,...((((((((((.(((((..{{..............,,....))))).))))))))))..,|||.,.(((.{.(((((.((((((({...............))))))))))))).}.})|,,,.,,{|,,.,)))},{((((((,,(..(,(((((..(((.,((((((....)))))))))..))))).}}..})))))))}...||||||,{{.{(((,....((((((((((((....)))))..))).))))......)})),|{{,,,.}||((((...,{{{||,.||{|.,,|||||,.......,,,.,,,..}}}.,..|||,|..,||,.........}}},,.|||{||{{{{,....,((((({,,.,||||}}}..,))),}.})}))},,((((((((.,{,,.,{{,{{{{.....{((((....(((((.{{.((((((.(........,..)))))).,.(((((((((((.{((...(((((.(((....(((....)))....))).))))).,,|||{...((.,,..,||{,.,,)))).))}.,}.....)))))))))))..,...)))))..)))))}})))))}))))))))...||,||,,}}}..}},}}),},)),}}|,{{{|....)))}))....)))))))))..)),.....,}}}}|.((((((..{,.....},.)))))),...)))))))))((((((((...((((((((((((((((..,,({(((((({{((,,{,,{(((((((,{(({{,,,,.....,,.,.))))||{{.({(.....}}}..,}},....,|..,,....,,},..}}}}}}|}}||..{{{{|,|{{||{,{{{{....(((((((....(((((((((((....,(((,((({{{{,,{{..........((((...))))............))).}}}).))},))))),,)))))...))))))).....,{,.....,,||{((((,,.((({...((({{((((((((......)))))))),,,.{{{,.|||{||,,,,...(((......)))..,,,,))))))}))){{|||,,,,,,.(((((((((....)))).))))).,))),)})))....((((((..((((((((,.((.({(......,.............))).}},}}....)))))....)))...)))))))))}}..)))}.}}}}}}}((((.({..{((({,.........))))}.}}))))|||,}|||..,.}}},,|||,,(((((..................)))))))}),))),})).))))}....))))))))...}.}))))))...)))))))).....(((((.....)))))(((((((((({,((((((...(((((,{{..,,..((((((((((.((((((..((((((((,(((((((.((((..{.........))))..))))))).(((((((......))))))).....,,.........{((((((((.(((...{{{,(((((...)))))..,|||...,||,.....((({{.{((((((.,{..{{{{,((({(((,{.(((((({{...,{{((({((((((((((...))))))))))}...{{,,({{{(((({{{{{{,.,,{(,,,{(((((((((,{,..|}||,||||||{{||},.||{{||,|,,{{((((..{(({.,,||||(((((((...)))))))....,{(((((,...,..}|}}}.,,,{{(((((.{,....,,,||}}||,,,,,.....,{,(((((...)))))..............,((({{{((,{{{,((((,..{(.,(((((....))))){,||(((({,((((((((....)))))))))))))..,|||||{.(((((((......))))))}...{{{((.(((..(((((...)))))...}},{||{{{{((((,{(({(({{{{(((((({{,,.((((((((((((.((........)).)))))))))))).......,,.,,.....,,(,{((((({{{(({((({{((({{{.{,{{{.{||||,,.))))).}))|,..{{((,...,,(((,...{((.....((((({..((|||,{{|{|||||..{{{{|.|.|||||,,|||||,|}}|,|,|||{|{{{..........))))),..,}))}}})))))}}}))}}})))).}}}))),}}}}}}}}.{||.,,,,,)))||(((((((.......)))))))......((((((....))))))..,{{..{|{|}|||,(((,{{{{|||{,|}|||||,{{{{{{{{{,.......}}}.}}||||,,,,{,,,..||||{.,,..||.,,{{{{{((((((({(...(((({....((((.((((,(.((.(((....))).)),).))))...)))){|,.,,(((......))),.,,)}))),,,|,}|||||||...,|||||,||,|||}||||||||}}{,,}||}}}}|||,,((((....)))}.|{{.{(.((((((({.....{(({((((..{{{{...{{{......}}}...}}}}..))))}.,},.{{((.({(((((,,{,...})))))))||,,|||||||||}}}|||||||,{{((({.,,})))||{}}||}|,}||,|}||}}|||,,},{(((((((({..,..,.(({((((,,{{{......)))..)))})},.)))))))))|,||||}...|,|}}}}}}}})),,..}}}))),||||.||||||{,{{{{{{,{..,,((((.(((......)))..))))|||,{||{.,,{,,||{{..,{{{.{{.(((((.........))))).)}.}}}}......,|||}}}}})))}.,,||}|||.,,,..,,,}},,,}.)))),,.})))),}}},..|,,.{{{{,....(((((.....)))))||||,,|,.{,,.,,..|||{.,|}}}......)))}}))))},,},,))))}}}))),})))}}.||||||,|}|}},}|||.....,{{{.{{,....,,.)).)))},,.,.,,.||||{||||..,,|||{{.||..|||||||.,|,|.|||.,.,.{(((.(((((.,......))))).))}}..,{{((((...,|}}}}|{{.((({(({.{.{,||,,||||,}||||{||}..},.,.........,,,,,,,,,|{((((({,,...,,,....,,},..{{{{{({.,{{{{,{{{{.{|,....))}))}}}|||(((((({(.....},,.)))))),,,}))|||||,.,||||||},,{{{{||.|||}}},},,,))))))))))))))||.{(((......)))))))))}}}))))}}}}})}),}||,,..,|,.,.................)))}..}}||{||}}}|||,||})}}}.,))}}))}},.}}||,||{|.|,,...,,,),))))})}},))))))))},,..,)))))))||..|||,..)))},)}.})))))),)))))))).)))))))))))))))))}}}..|.(((((((((.(((({{.,.....,.(,(,{,,{(.((((((((..((((((.(.(((.(((.((.,(((((..(((......)))..)))))..,..)).))).)))||))))))....)))))))),}}.....}}).}|,,,),)))))).))))))))),........))).))))))...))))..,}..}))))))...(((((((((.((.,......((((..((((((.{.........))))))...)))).((((((...((((((((((...(((((((((.((.(((((((..,{{(((.((((((....(((.((..(((((((..((...))..)))))))..)).)))...))))))..)))|||((((((,{{.,.{(,(((((({(((((((.(((......))).)))))))......(((((((....)))))}),))))))),{((((((..{....}..))))))}.......,,))))))))}},))))))).)).)))))))))...))).........)))))))....))))))((((((((.......))))))))............,))))))))))).(((((((....))))))).(((...........}}}..................,...((((((((......(((......)))......)))))))))))))))))).((((.........)))).........))))))).......,,{.......|||{{.{(((((......))))),...,{,,..........}}}...}}}.,,,}}..))))))))....))))))...,,,,,....,{{{{,.,|,||{,...,,}},,.,}},,...
Back