Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001386906.1
Sequence Length
3283 nt
GC Content
0.4843
AGAAAGAAGAAAACCAGCUCCCACACAGAGCCUCCCGGCUGCGCAGACCUUUCCCAGCACAGCGGAUUGCCAGCUCCGAGACCCGGGACUCCUCCUGUCCUGGGCCGAAUGCUCUUUUAGCGCGGUAGAGUGCACUUUCUCCAACUGGAAAAGCGGGGACCCAGCGAGAACCCGAGCGAACGAUGGGAGGGAGCUGCGCGCAGAGGCGCCGGGCCGGCCCGCGGCAGGUGCUAUUUCCUUUGCUGCUGCCUUUGUUCUACCCCACCCUGAGUGAGCCGAUCCGCUACUCGAUUCCGGAGGAGCUGGCCAAGGGCUCGGUGGUGGGGAACCUCGCUAAGGAUCUAGGGCUCAGUGUCCUGGAUGUGUCGGCUCGCAAGCUGCGAGUGAGCGCGGAGAAGCUGCACUUCAGCGUAGACGCGGAGAGCGGGGACUUACUUGUGAAGAACCGAAUAGACCGUGAGCAAAUAUGCAAAGAGAGAAGAAGAUGUGAGUUGCAAUUGGAAGCUGUGGUGGAAAAUCCUUUAAAUAUUUUUCAUGUCAUUGUGGUGAUUGAGGAUGUUAAUGACCACGCCCCUCAAUUUGAUAAAAAGGAAAUACAUUUAGAAAUUUUCGAAUCUGCAUCCGCUGGUACACGACUAUCGCUUGACCCUGCCACGGAUCCUGAUAUAAACAUAAACUCAAUUAAAGAUUAUAAGAUAAACUCUAAUCCUUAUUUUUCAUUAAUGGUUAGAGUUAAUUCCGAUGGUGGCAAAUACCCAGAGUUAUCUCUGGAGAAACUCCUAGACCGGGAAGAACAGAGAUCUCAUAGCUUGAUAUUGACUGCCUUGGACGGAGGGGACCCACCAAGAAGUGCCACCGCUCACAUAGAAAUUUCUGUCAAGGAUACCAAUGAUAACCCCCCGGUUUUCAGCAGAGACGAAUAUAGAAUUAGUCUUAGUGAAAAUCUGCCCCCUGGGUCCCCUGUGUUGCAAGUGACAGCCACUGACCAGGAUGAGGGGGUCAAUGCUGAGAUAAACUACUACUUCCGAAGCACUGCCCAGAGCACAAAACAUAUGUUCUCAUUGGAUGAGAAAACAGGUAUGAUUAAGAAUAACCAGUCAUUUGAUUUUGAAGAUGUAGAAAGGUACACCAUGGAAGUGGAAGCGAAGGACGGAGGUGGUCUCUCUACCCAGUGUAAAGUAAUCAUAGAAAUCCUUGAUGAAAACGACAACAGCCCAGAAAUAAUCAUCACUUCUCUCUCUGAUCAGAUUUUGGAGAAUUCACCUCCAGGAAUGGUUGUUGCCCUCUUCAAAACACGGGAUCUGGAUUUCGGAGGAAAUGGAGAAGUCAGGUGUAAUAUAGAAACAGACAUUCCAUUCAAGAUUUAUUCUUCUUCCAAUAACUACUACAAACUGGUGACAGAUGGAGCCCUGGACCGAGAGCAGACACCAGAAUACAAUGUCACCAUCGUAGCCACUGACAGGGGCAAGCCGCCUCUUUCUUCCAGUAGAAGCAUCACCUUGUAUGUCGCUGACAUCAACGACAACGCCCCAGUUUUCGACCAGACGUCCUACGUGGUCCACGUGGCCGAGAACAACCCGCCAGGAGCCUCCAUUGCGCAAGUGAGCGCCUCUGACCCGGAUUUGGGGCUCAAUGGCCACAUCUCCUACUCUAUAGUGGCGAGUGACCUAGAGCCCCUGGCGGUGUCGUCAUACGUGUCAGUGAGCGCGCAGAGCGGGGUGGUGUUCGCGCAGCGCGCCUUUGAUCACGAGCAGCUGCGCGCCUUCGCGCUCACGCUGCAGGCCCGCGACCACGGCUCGCCCACGCUCAGCGCCAACGUGAGCCUGCGCGUGUUGGUGGGAGACCGCAAUGACAACGCACCGCGGGUGCUGUACCCAGCUCUGGGUCCUGACGGCUCCGCGUUCUUCGAUAUGGUACCUCGCUCUGCAGAGCCCGGCUACCUAGUGACUAAGGUGGUAGCGGUGGACGCCGACUCGGGACACAACGCCUGGCUGUCCUACCACGUGCUGCAGGCCAGUGAGCCCGGACUCUUCAGCCUGGGGCUGCGCACUGGGGAGGUGCGCACGGCUCGAGCCUUAGGCGACAGGGACGCAGCCCGCCAGCGCCUGCUGGUCGCUGUGCGUGACGGUGGACAGCCGCCACUCUCUGCCACCGCCACGCUUCAUCUGGUCUUCGCAGACAACUUGCAAGAGAUACUGCCAGACCUCAGCGACCGCCCUGUACUCUCUGACCCCCAGGCUGAACUGCAGUUUUACCUGGUGGUGGCCUUGGCCUUAAUCUCAGUGCUCUUCCUCCUCGCCGUGAUUCUGGCCAUUGCCUUGCGCCUGCGACGCUCUCUCAGCCCUGCUACUUGGGACUGCUUCCAUCCUGGUCUCUGUGUCAAGUCUGGACCUGUAGUUCCCCCCAACUACAGUGAGGGGACUUUGCCUUAUUCUUAUAAUCUGUGCAUUGCACAUACGGGUACAAAAGAGUUUAAUUUCCUAAAAUGCAGUGUGCCCCUACAUUCCAAUGAAGACAUGGUUUGCAGUGUUUCUCCUGGAGCCUUAAUUCCACCUCAUGGUGGGGAGGAUUUGACUUCACAUCCUGAGACUCUGACUUCGAAGAUUUUUGAAGAAAAAAGAUAAAAUCUUUGAAGAGUUCUAUACUUGGAAGGCAUAGUGACAUAAACACUUCUGAACAUCCUGUUCUCUGUGUGAAAGAAGUGAACUUCUAUACCCUUUGCAUUUGAGGGAACAAUUGCUACUGGGUUGAUGGGCACACACAGUUGAAGAUAUGUGAACCACUGGACUUUGGCCUCUGAUACAAACUGCCUAAGAGAAGAGAUUAUUUAUACUGGUAUUAAUGCUCUGAUGAAAACAGGUCAUUUGACAUAAACACUUACUUGUUAAAAACCUAUAUCACUACAUCUAACUUUGUUUUCUAAAACUUUUAGUACUUCAAAUUCUACGUAUUUCUUUUCUCAUUACAAUGCAAACAGUUUAAUUUGCAACUGUAAUAUAUGUUCAUUUUAGUUUGUGAUUACCUGCUUAAUCAUUUAAAUAGGUCCAUUUAACUUGUAUCCCUGUAAGAUAAAGUAUGUUUUACACAAAAAGGUUAAUUAAGGCUCAGUAAAACUAUUCUAGAAGAGUACUUUAAAAACCUCUUACACAAUCCUAAGCUAAAUAAGUUUAAUGAAUUAAGUAGUUACAAUUAUAAAGCUUCAGAGUGAAUUAUCUCAUGAGUUUAUUUAAUAUAAUCUUUGUAUGAAUGUAUACUAAAUAAAAUUGGCCUAUUCAAAUCACAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1060.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1121.61
Frequency: 0.0000
Diversity: 799.99
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((.....(((((((.......))))(((..(((((.((((.....((((......).))))))))))))..))).((((((((.......))))))))......(((((((..(((((.(.(((((((.(((((((.........(((((((.....(((((..(((...(........)..)))..)).)))((((((((((((...))))..((((((((........))..)))))).))))))))....(((((((((((((..((((....(((.(((.......))).))))))).....)))))).)))))))..)))))))....(((((((((.....)))))))))((((..(((((((...)))))))..))))))))))).))))))).).))....)))))))))).((..(((.(....))))..))((((((((((((((((....)))...((((((((((((((((((((...((((((((.((..(((((((((.........)))))))))..)).(((((((((..(((((((((((((((..((((.(((...........(((((((..................(((.(.(((((.((((((((((...)))..))....)))))))))).).))).......(((((((......(((((((((((..((((((((((.(((........))).))))))))))............((((((...((((((....))))))...............(((((..((((.(.((.((..(((((((((.((((((((((((((.((((((((((......((((....))))...(((((....)))))...((...))..(((.((((....)))).)))(((((.....((..(((.....)))..)).....)))))....)))))))))).)))).)))).).))).....(((((((((((((.((((...(((((((....((.(((((((((......((((....((((((((((.((((((((((...)))))))....(((((........)).)))...))).)).)))))....))).....)))).....))))))))).)).((((((.(((((((((.(((((...(((((.............(((((((..(((........((((((((((((...................))))......((((((((.......))))))))..))))))))(((............)))))).)))))))(((((((((((((..(((..((...........)).))).)))))))..(((.....)))))))))........((((....((((((((..((.....((((..............))))....)).))))))))..)))).)))))..)))))...)))))))))))))))..(((.(((......))).))).((((((((((....(((.(((((((((((((((.(((...(.((.....)).)....))).)))))))...(((.((((.(((((.(((.....)))))).)).))))...)))....(((((((...((.(((.((.((.(((....))))).))))).))..)))))))))).))))).)))....))))))))))....(((((((((((((.(((((((((((((.((((..........(((((((.((((....)))).)).))))))))).)))......(((((((...(((...))).....))))))))))))((((((((((....)))).....))))))..((((((.((((((((((....)))))....)))))))))))......)).))).))))))))))))).(((((..((((((.............))))))(((((((((((...((........))..)))).)))).)))....(((.(((((....(((......)))....))))).)))((((((((.....)))))))).)))))(((((.((((((((((((..(((((.(....).).))))(((((((((.(((((.((((((.(((..........))))))))).))))).......(((((..((((....(((....)))...)))).))))).)))))))))))))))........(((.(((((..((((....))))..))))).)))(((..(((((..((((.(.(((...........))).).))))..)))))..)))...)))))).)..)))))))))))((........)))))).))).)))))))))))).))))))))).)))))))))..)))))(((..(......)..)))..))))))....)))))))))))((((...))))..............))))))))))))))...(((((.((((((....((..(((.((....)))))..))(((.(((((...(((((((((...((((((....))))))))))......)))))......))))).))).(((((((((((((..............)))))))))))))..(((((....))))))))))).)).)))..((((....(((((...)))))...))))...(((((....)))))..((((...(((.(((......))).)))....))))))).)))).......(((((((....(((...)))....)))))))((((...............)))).((((((((..(((....))).)))).))))..........))))).))))))).((((......)))).....)))..)))))))))....................))))))))......))))).)))).)))))))))))((((((.((((((........))))))..))))))....((((((((((((((((((((..((((((((((((....((((((.......)))))).....(((((((((.....))))))))).....(((((....(((((((..................)))).)))....)))))............((((((.....))))))))).)))))))))....)))))).)))))..)))))))))....))))).)))))))).(((((.((.......)).)))))............)))....))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....{,,.....,,.((((.......}}||(((,,(((((.((((..,..{{{,.,,...),)),})))))))).,|,|.((((((((.......)))))))),|,..,(((((({..(((((.(.(((((((.(((((((..,{,....,,|{{{,.,,.,{{{,{..|||,.,,,,,||..,||{|{|{{{,{||,({(((((((((..({{{.,...}|||.|}}}},....}},,)))}))}})))))})))..(((((((((((((..((({..,,(({.(((.......))).}))))))....,)))))).)))))))..}))))))..,,(((((((((.....)))))))))((((..(((((({...}))))))..))))))))))).))))))).},)),...})})))))))}||,.|||.,,{{{||,,..,,(((((({(((((((({....}))...(((((((((((((((((((({,.{{{{{{{{.{(,.(((((((((.........)))))))))..}}.(((((((((..(((((((((((((((..((((.(((,.,,.......(((((((.......{,....,}}..(((.(.(((((.(((((,,{({...,,}..})....)))))))))).}.))).......(((((((......(((((((((((..((((((((((.(((........))).)))))))))).......,,{{.((((({..,((((((....)))))).,....{{{,.....||||{..((((.(.(({{,..(((((((((.({((((((((((((.((((((((((....{.{(((....}))}}..{{(((....)))}}...{{...,,..{{{.{{{{....||||,|||{({((,,,..{{..{{,....,))),.,),,,,,))})}....)))))))))).)))).)))).).))).....(((((((((((((.((((...(((((((....,,.{{{{,{(((..,({(((({.,,((({{....,...,,(((((((...)))))),.,,,(((((........}}.,)).||({,,,,.,,.,,.,,,||{{...,{{|||,{{{{,|||}}}}..{(((((({.(((((((((.{((((...(((((....,.,,,,.,,(({((((,,({(,,,.....(((((((({{((...................}}})....,,((((((((.......))))))))..)))))))){{{..,,,,......)))))),)))))})(((((((((((((..(((..((...........)).))).))))))}..{((.....)))))))))........((((....((((((((..((,,...((((.,,.....,.,...)))}....}}.))))))))..)))).)))))..|)))}...)))))))))||||,.....}}}|((((((({({({.{{((((((((((..,,(((.{(((((({(((((((.(((..,(,((.....)).,.,,,))).)))))))...(((.((((.(((({,(((.....)))))).)).))))...)))....(((((((...((.(((.((.(({(((....))))).))))).))..)))))))})).))))).))}....)))))))))}.,,,||},.|||||||||}|},((((({(({,((,,..,....,,.||,||||}||||,,,,))}}.}},))}||||||,{(({....,{(({|{{...,||...)))}...,))),)))}}}({(((((,((((....))))...}})},)))..||||||}{||||{{{{{},,,)}))),,..}}))))))}))}}}}}}}.,..||||||}.||||,}},)}))..}|{||||{,.,.....}}))))),)}(((((((((({...{({,......}},,)))).)))).)))..|||||{{{||{|||,|,{..,,},}},{(((((((((((.((((((((.....)))))))).(((....)))(((((.(((((((..(((({.{,...}.),}))),((((((((.(((((.((((((.(((..........))))))))).))))).......(((((..((((....(((....)))...)))).))))).))))))))})))))).).,})))).)))))))))))},,||||,...,,}}}}}))}(((..(((((..((((.(.({(,..........})).).))))..)))))..))),}||}}}}))).}))..)))))))((........)))))).))),})))))))))}).))))))))).})))})))).,}}}}|({{.,{....},}.})))..)))))),}}})))))))))))((((...))))....,.,,,,....))))))))))))))...(((((.((((((....,,{{((({,{..,.|||||,,|,{((.{||{,..,})})}}}.....((((((....)))))),(((((.((....)).))))),,{{{{{|..,{(((((((((((..............)))))))))))))}}||||,....))))))))))).)).)))..((((....(((((...}))))...))))...(((((....)))))..{(((...(((.(((......))).)))....))))))).))))...{{{{,,(,,,,,..}|||..,||,....||})))|((((....,.....}....)))).((((({((..{{{....}}}.}))).))))..........)))))}}}))))).((((......)))).....)))..))))))))).........|,,..,,,|,,},}))))}....,.))))).)))).)))))))))))((((((.((((((........))))))..))))))....(((((((({(((((((((((,.((((((((((((,...(({(((.......}}}}}}.....(((((((((.....))))))))).....{((({....{(({{{{..,.....,,,,.,...,)))).))),,..})))).,,.........{(((((.....))))))))),,)))))))).,..))))))))))))..}))))))))...,))))).))}|||||.,{{{{.{{..,,,,,|}.}}))}.,|||,.....,))).,}})))...}}}},.
Back