Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001386946.1
Sequence Length
2097 nt
GC Content
0.3729
AAUUCAAGGUGAACAAAGGACAUGUUGUUUGGAAGGCUGAUGCUCUGGUUAAAGAGUCAAGAGAAUCUUUUUCUUUUAAAUUAUUUAUUCUUUAGAGCAAUUGGGUGAAGUAUGUUUUUAUGAGCAAAUUUACCUUUCUCUCCAAGUUCUCCCAAAUUUGGAAACCAUGUUUCUGUUGGCAAUAACAUGUGCAUUUGUAUCCAAAACACUGUCUGGAUCUUAUAUGAAUUCCAUGCUCACACAAAUAGAGAGACAAUUCAACAUCCCAACAUCUCUAGUUGGAUUCAUUAAUGGAAGCUUUGAGAUUGGAAAUCUUUUGUUGAUUAUAUUUGUGAGUUAUUUUGGAACCAAACUGCAUAGACCUAUAAUGAUUGGCAUUGGAUGUGUGGUUAUGGGCUUAGGCUGUUUCUUAAAAUCACUACCUCAUUUCCUCAUGAACCAAUAUGAAUAUGAAUCUACAGUUUCAGUUUCAGGCAACUUGUCCUCAAACAGUUUCUUGUGUAUGGAAAAUGGAACCCAGAUUUUAAGACCAACGCAGGAUCCAUCAGAGUGUACAAAGGAAGUUAAAUCAUUAAUGUGGGUGUACGUCCUAGUAGGCAAUAUUGUACGUGGAAUGGGUGAAACUCCCAUCCUGCCUUUGGGUAUUUCCUAUAUAGAAGAUUUUGCCAAAUUUGAAAAUUCUCCUUUAUAUAUUGGGCUUGUAGAAACAGGAGCUAUUAUUGGUCCUUUGAUUGGACUUUUGUUGGCAUCAUUCUGUGCAAAUGUUUAUGUUGACACUGGAUUUGUGAACACAGAUGAUCUGAUCAUAACUCCCACUGACACUCGUUGGGUCGGUGCAUGGUGGUUUGGCUUUCUGAUUUGUGCAGGAGUUAACGUGCUCACUGCCAUUCCUUUUUUCUUUUUGCCCAACACACUUCCAAAGGAAGGACUAGAGACUAAUGCUGACAUCAUUAAAAAUGAAAAUGAAGACAAACAAAAAGAAGAGGUCAAGAAGGAAAAAUAUGGAAUCACUAAAGAUUUUCUACCUUUCAUGAAAAGUCUUUCCUGCAAUCCAAUUUAUAUGCUUUUCAUACUUGUAAGUGUGAUACAGUUCAAUGCAUUCGUUAACAUGAUCUCCUUCAUGCCUAAAUACCUAGAACAGCAAUAUGGAAUAUCAUCUUCAGAUGCAAUCUUUCUAAUGGGUAUUUAUAACUUACCUCCAAUAUGUAUUGGAUAUAUAAUUGGUGGUUUAAUUAUGAAGAAGUUCAAGAUUACUGUCAAACAAGCUGCCCACAUAGGAUGUUGGUUAUCCUUACUUGAGUAUCUUCUCUAUUUUUUAUCUUUUCUCAUGACUUGUGAAAAUUCUUCAGUUGUUGGAAUAAAUACCUCUUAUGAAGGAAUUCCACAAGAUUUAUAUGUGGAAAAUGACAUCUUUGCUGAUUGCAAUGUGGAUUGCAACUGUCCAUCUAAAAUAUGGGAUCCUGUGUGUGGAAACAAUGGCUUGUCAUAUCUGUCAGCUUGUCUUGCUGGUUGUGAGACAUCCAUUGGAACGGGAAUAAACAUGGUGUUCCAAAAUUGCAGCUGUAUUCAAACAUCAGGAAAUUCAUCUGCAGUUCUUGGGCUGUGCGACAAAGGACCUGACUGUUCCUUGAUGCUCCAGUACUUCCUAAUCUUGUCAGCGAUGAGCAGUUUCAUUUAUUCUUUGGCUGCCAUACCUGGAUAUAUGGUUCUCUUGAGGUGUAUGAAAUCUGAAGAGAAGUCCCUUGGUGUGGGAUUACAUACAUUUUGCACAAGAGUAUUUGCUGGCAUUCCUGCACCUAUAUAUUUUGGCGCUUUAAUGGAUUCCACAUGUUUACACUGGGGAACUUUGAAAUGUGGUGAGUCAGGGGCAUGCAGGAUAUAUGAUUCCACCACCUUCAGGCUCUCAUUUUAUCCUGCAUGAUUUCAUCAUCUCACGAGUCUGAAGCCUCACUUCCUCUCACCACCAGUCUCUGGUCUCCAAAAUCAUAUAUUUUCUCCCUCUUUACAUUUUGCUGAAACAAUCUUCUUCAUGUCUCCUAAUGCCUUCUCUUUGGUAAAUACAAAUCUAAUUUUGAAUAAAACUCUUUGUUAUUUCUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-536.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -580.08
Frequency: 0.0000
Diversity: 482.83
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((((......((((((.((((((((((..(((((.(((.(((.((((((((.(((((((.....))))))).........))))))))(((.....(((((((...(((((....)))))..)))))))..)))((((((((......))))))))...(((((((.((((((........((((((((((..(((((((.(((((.((((((......))..)))).))...((((((((((..(((((.........(((..(((((.((((...((((....))))))))..)))))))).......)))))..)).)))))))))))..)))))))..)))).))))))..((..........))(((.(((.(((.(((..(((..(((((......)))))..)))..))).))).)))..)))..)))))).)))))))...))).))).))))))))))))))).))))))............(((((.(((.(((.((((..((((.....((((((..(((.((((((...((((((.((..((.(((((((((.((.(((((((.......(((((.(((((...........(((.((((.......))))))))))))))))).....))))))).)).))))...((((((.((((........)))).)).)))).(((((....))))).((((.((..(((((.......)))))..)).))))(((((.(((((((...(((((.((....)))))))...))..)))))))))).......))))).))..))))))))..))))))..)))....)))))).....))))...((.((((((((......)))).))))))........)))).)))..))))))))...(((((((((((....(((((...........(((((...)))))..(((((((((..(((((.(((((((.((((((((((.....((((......((((((((((..........).)))))))))...(((............)))...(((((((....))))))).(((((((((((((((.(.....(((((.(((....((((((......)))....)))....)))..)))))...).))))))..(.(((((((((((.((((((((..(((.(((((((((((...)))))).))))).))).(((((.((((....)))).))))).......((((((((((((((((((((...((....))......(((......)))...........(((((.((.....)).)))))(((((((......((........)).....))))))).(((((((.........)))))))......(((......)))((((((....))))))....(((((.......))))))))))))))).))......)))))))).........((((.......))))))))))))..))))))))))).)((((((.......))))))..((((((((.((..(((........)))....)).)))))))).)))))))))(((...(((((.(.....).)))))..)))))))....)))))..))))).(((..(((.((((((.............)))))))))..)))((((((((((((((((.((((.......)))).))))))(((......((((((((((.(((......(((.(((((((((.(((.((....)).)))...)))).)))))))).....)))))))))))))......)))(((((.....((...((((((((..((((((((((((((((.((((..((..........))...))))..))))))))))).(((((...((....))...)))))......)))))))))))))...)).....)))))...)))))))))).....)))))))...))))).)).........))))))))))))......))))).))))))..............)))))))))....................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{{(((((((,,....((((((.((((((((((.,((((({(((((({.{((({(((.(((((((.....)))))))......,,,)}))})))))))}...(((((((...(((((....)))))..))))))).....((((((((......))))))))...(((((((.((((((........((((((((((..(((((((.{{{{{.(((({{......))..)))).}}...((((((((,{..(((((.......,.(((,.{((((.((((...(((,....}})}))))..)))))))),......)))))..)}.)))))))))))..)))))))..)))).))))))..{{.,........}}(((.(((.(((.(((..(((..(((((......)))))..)))..))).))).)))..)))..)))))).))))))).......,,,.))))))))))))))).))))))......,..,.,(((((.{(({(((.((({..((((.....{(((({.,(((.((((((...((((((.((..((.((((({(((,{{.(((((((.,,,...(((((.(((((...........(({{((((.......))))))))))))})))),,,..))))))).|}.||}||,.{{,,...||{|,,.,,},,}}},,,,,,}})|({(({....}})}|.((((.{{..(((((.......)))))..}}.)))){{{(,{({(((({{{{{{{,,,{,.,.}},,}}}),}}},,.))})))}}}),})}},,))))),)}..}}))))))..))))))..)))..,,)))))).....))))...{(.((((((((......)))).)))))).}}}..,})))}.,.,,}}}})}}}}.,.(((((((((((..{{(((((..,,,......{{{{|...,}}}}..(((((((,,..(((((.(((((((.((((((((((..,,.((((.,({..((((((((((..........)))))))))))..}|.|.}}}},,,,...,||...(((((((....))))))).{{{(({,{,,{,,...,....(((((......))))).{({......}}}....{{{{,.(((((((((({.,,..,||,,..{(.(((((((((((.(((((((,..(((.(((((((((((...})))))}})))).))).,{{||,|||{..,,|}}}.|||}}.,{....(((((((((((((((((((({{.((....})..,,..(((......))).........,.{((((,(({{,{{{|{|,||.(((((((...,..((........)).,...))))))).||,||||}}.....,,))}))))},.,,.,,..,{{{.,.,,||||{,,||}}}})},..,||{{{.......}))),)))))))))).))......}})))))),,.,..,..||||,}{{,{{||,}},,)))))}}))))))))))).}}|,,|....})))))))))}.,|||||{|,||,|{{{......,,|||,...},.}})}}})}.}}))||||,(({.,.{{(((,{.....).)))))}.))),,))}}..)))))..))))).(((.,(((.((((((.............))))))))).,)))((((((((((((((((.((((.......)))).)))))){{{......((((((((((.(({......{((.(((((((((.(((.((....)).)))...)))).)))))))).....)))))))))))))......,}|(((({.{,..((...((((((((..{(((((((((((((((.((((..{{.,........))...))))..))))))))))).,{(({...{(....))...)))}}.,,,..,}))}))))))))...))...},)))))}..)))))))))).....)))))))...))))).}}.........)))))))))))).},...))))).))))))......,,......}}))))))}..,,,.....)}}.......
Back