Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001386964.1
Sequence Length
2773 nt
GC Content
0.4688
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Secondary Structure

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Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-832.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -886.12
Frequency: 0.0000
Diversity: 678.60
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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