Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001387260.1

Sequence Length

1894 nt

GC Content

0.5180

GUUUUCAGUUUCCUUUUCUUAGAGUCUCGUGAUGUUUAAGAAGGCAUGCACUAGACUGGGUUUACCUUCCAGAGGCUGGCAAUGCUGUUUCACUGGAGGACACGGCUAAGAAGGAAGUCCACCAGCCUGCCAAGAUGAAUUGCCUUGAAGGGCCAGGUAAGACCUGUGGCCCCUUGGCUUCUGAGGAGGAGCUGGUGUCUGCCUGCCAGUUGGAAAAAGAAGAAGAGAAUGAAGGGGAGGAGGAGGAAGAGGAGGAGGACGAGGAGGAUCUGGACCCAGAUCUGGACCCAGACCUAGAGGAGGAAGAGAAUGAUCUUGGGGAUCCAGCUGUACUUGGUGCUGUCCACAACACCCAGAGAGCUCUGCUUAGCUCCCCUGGAGUCAAGGCCCCUGGUAUGCUGGGAAUGUCACUUGCCUCCUUGCAUUUUCUGUGGCAGACCUUGGACUACCUGUCGCCCAUCCCUUUCUGGCCUACAUUUCCCAGCACCAGCUCUCCAGCACAGCACUUUGGACCUCGGCUGCCCUCACCAGACCCAACUCUCUUCUGCAGCCUGCUGACCUCGUGGCCCCCUAGGUUCAGUCAUCUGACCCAGCUCCACCCUCGGCACCAACGAAUCUUGCAGCAGCAGCAGCAUAGUCAAACACCAAGAGAGCCCCACUUCCUGCUCACCACACUCCUUAGGAAGUGCCAGUGGUGGGAAUAUUACCAGAAGCUAGAGAAGAAGCAGGCAGACGAAGAGCUACUUGGACGAAGAAACCGGGUUGAGUCCCUCAAGCUGGUAACGCCUUACAUUCCGAAGGCAGAGGCUUAUGAGUCCGUGGUCCGAAUCGAGGGUUCCCUGGGCCAGGUAGCUGUGUCGACAUGCUUCAGCCCUCGCCGAGCUAUUGAUGCGGUACCCCAUGGAACUCAAGAGCAGGAUAUAGAAGCUGCAAGCAGUCAGAGGCUUCGGGUAUUAUACCGGAUUGAGAAGAUGUUCCUUCAGUUACUAGAAAUAGAGGAAGGCUGGAAGUAUAGGCCUCCACCGCCCUGCUUUUCUGAGCAGCAAAGCAACCAGGUUGAGAAGCUCUUCCAGACCUUAAAGACCCAGGAGCAGAACAACCUGGAAGAGGCAGCAGAUGGCUUCCUGCAGGUGCUCUCUGUGAGGAAGGGGAAGGCCCUGGUGGCCCGGCUGCUCCCCUUCCUGCCCCAGGAUCAGGCUGUUACCAUUCUUUUGGCUAUCACCCACCAUCUGCCCCUCCUGGUCCGGAGGGAUGUGGCUGAUCAGGCCCUACAAAUGUUAUUCAAACCUCUGGGCAAAUGUAUUAGUCACUUGACCCUCCACGAACUCCUCCAAGGACUUCAGGGAUUAACGCUGUUGCCACCUGGCUCCUCAGAGCGGCCAGUCACCGUGGUGCUUCAGAAUCAGUUUGGAAUAUCUUUGCUCUAUGCCCUGCUGAGCCAUGGGGAGCAACUGGUAUCGCUGCAUUCUUCCCUAGAGGAACCCAACAGUGACCAUACAGCUUGGACAGACAUGGUGGUUCUGAUUGCCUGGGAGAUAGCCCAAAUGCCUACAGCCUCUCUGGCAGAACCCCUAGCUUUCCCCAGCAACCUACUUCCCCUGUUCUGUCACCACGUGGACAAACAAUUGGUUCAGCAGCUGGAGGCCAGGAUGGAGUUUGCCUGGAUUUACUGAUCUGUUUGUUCUGGAAUACGUGUAUGUGGGAAGUUGAAUCAUCAGACACUAGCUACAUAGACUAUGUUUACAGGGAUCCAGAGAGUCUGAAGACAUUUCUUAUGCCUUUAUAUAUUGGAGAACCCUUCCCCAUUUUCAUAUCCUUUCUUCAAAAAUCUAAAUGAUGUGCCUAAAAAUAAGACAUGGCAUAAUAAGGUAUAAUUAAAGAGAUAAUAGAAUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-651.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -681.34

Frequency: 0.0000

Diversity: 567.47

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((((.(((....((((((((((....))).)))))))(((((.((.(((..((((......(((((((..(((((((((..((((.((((((..(((.(((((....(((.((..(((((((((.((.....(((..(((..(..(((((((((...)))..)))))))..))))))...)).)).))))))).)).)))...))))).............(((((..(((((((((((.......((((((((((.((((((.(((((..(((....)))..)))))...((((((((((.((..(((((((((((..............((((.((....)).))))((((((((((((((.......(((((.(((.......((((((.((((((((((((....(((((((((((.((((((((((.(((...((....)).)))))).........((((..........))))..((.(((((...((...))..((((((((.(((((..((((.......((((..((((((..(.(((((((...(((.((((......((.((((....)))).))...((((((((.(((((....((....(((.((....)).)))...))...........((((..........)))).......(((...))).))))))).)))))).............)))))))....))))))).)..))))))....))))........(((((.(((((...))))).)))))...(((((........))))).))))......)).))).))))))))....(((((((.((((....(((.(((((((((...((((..((....)).))))..)))))))))))))))).))))))).))))).))..))))))).))))))......)))))(((((........))))).......))))))))..)))))))))).........(((((((((((....((((((.(((....((((((.((....)).))))))....))).)))..)))))))))).))))...))))))))))))))...(((((.(.(((((........))))).).)))))))))))))..((((((((((.((((..((....))))))..)))))))))).)))))))))))..)).)).)).)))))).(((...............))))))))).))))((((((..(((((((((((.((((......................))))...)).)))))))))....))))))......)))))).(((..((((((.(((...((((((....((.(((...(((((((.(((((((.(((((((...((((.....((.((((.((....)).)))).))....))))))))))).((((...(((..((((((..((((((....)))))).....)))))))))....)))).....))).)))).)))))))..))).))..))))))...))).)))...(((.....))).)))..))).(((......)))..))).)))))))))))))))).))).)))))))....))))..)))))..)))))))))))..))).)).)))))(((((....)))))......(((((((((.((.(((((((..((((((....)))...)))..))))))).)))))...........))))))))).))))))))((((((((((((((......((((((((......................))))))))..(((.....)))(((((..............)))))...)))))))).....))))))..........

Thermodynamic Ensemble Prediction

,,,{(({{,{{{,,{{(((({{(((({.{{|||{|||,,,,|||||},|}|,|}}||{(.....||((((({.,(((((({,,{{((({((,{,,,.|||,}}}}|,....{((.{{..(((((((({.((.,,,.{{{..(((..{..(((((((((...)))}.,)))))}..)))}))}..)).)).))))))).)).)))}}}}})))}},...{{{(({{.((((((((((((((,((.{{...,((((({((((.((((((.(((((..(((....)))..))))),{.((((((((((.((..(((((((((((...,{{,.......{{{|,||....,,.}}}}((((((((((((((.......(((((.(((..,,...(((((,.((((((((((({...,((({{{{{{{{.,{{{{({({({(,,...,(.,..||,)))}||.........,{||,..,,,.||||||}|||},|{{|{|,,|,...}}...{|{{{{(,{(((((({{{{....,..{{{{..((((((.,{.(((((((...{((.((((...{{.((.((((....))))}),}}.,({{{{{(.({{{{....{{....(((.((....)).)))..,}}.........,,||||...,,,,,,,|}}}.......,,,.,,))),)))}}}),)))))).......,,,,..)))})))....))))))).).,))))))....}}}}........(((((.(((((...))))).)))))...(((((........))))).},}|{{{.{((((((({((|(({.{(({{.(((((,..((({..{(,{(((((,,,,|}}.||},}.||}}..)}.))))}.))))).))).},,))))))}})))}.)))).|,..,}}}}}},)))}}),.,...)))))|((((........))))}..,,|,,}}}}}))),,))))}}|||}.....,.,,(((((((((((....((((((.(((....((((({.({....)).})))))....))).)))..)))))))))).))))...))))))))))))))...(((((.(.(((((........))))).).))))))))))))).,((((((((((.((((..((...,)}))))..)))))))))).)))))))))))..)).)).)).)))))}.||{...............}}})))))).))))((((((..(((((((((((.((((.......{..............))))...)).)))))))))....)))))).....})))))}..((.{,,(((,{.....},|||,,|||.,{{((({.{{,,,||,}|||||,,.,,{{{(({{{(((({.,{.,{{((((..,{{{{{{({{||.||.,{{{{|{||||,||{(({,...{(({.{(((((..{(((((....)))))).....))))))))}....(({.(({.{(.|.,((.(((((|,..,(((.((({(.,,{{......|,,,...,,}}}}}.)))))))))))..})).))),.)))..,,..,))))))||||,||{|,|,,.},})))),})}..)))))))))}})))))),||||{{||||},.,}}}|(((((....}}}}}}},,}}|||||,{{{.((.(((((((..((((((....)))...)))..))))))).)).,},,,..)))))))))))}}},})))))),)||||||,{{{,(({{{.....||}}|,.}})))))))...}))}}.}}.}))))))....,{{.....},|(((((..............)))))}..,}))},,,....,))))),....,,....