Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001387261.1
Sequence Length
2232 nt
GC Content
0.5220
GCUGUCUGUACAUCGGCGCCCUCCGAUCUGGGGUGCGCGCCCCAGCUUGGGACACCGGGCGCUCAUUCUAGGACUUCAGGCUGGAGGCACAUUAAGGCUGCCCCCUCGCUUUGCAGACUGGCCCCAGAGAUGCUAAGUGACUUGCUAAUGGUGCCCCAGCCAGUUAACUGCUCGGACCUGCAUUUUUCAUUCGAGAAAACGGAAACCCAGAAGAUUAAGAUCUUUGAAUGCUACCUAGCAGAAGGAGAACUUCUGUUUAUAACUACAGCUUGGGAAUUCCCUGCAGGGUUUCUCCAUUCUCUGGGUUUACCUUCCAGAGGCUGGCAAUGCUGUUUCACUGGAGGACACGGCUAAGAAGGAAGUCCACCAGCCUGCCAAGAUGAAUUGCCUUGAAGGGCCAGGUAAGACCUGUGGCCCCUUGGCUUCUGAGGAGGAGCUGGUGUCUGCCUGCCAGUUGGAAAAAGAAGAAGAGAAUGAAGGGGAGGAGGAGGAAGAGGAGGAGGACGAGGAGGAUCUGGACCCAGAUCUGGACCCAGACCUAGAGGAGGAAGAGAAUGAUCUUGGGGAUCCAGCUGUACUUGGUGCUGUCCACAACACCCAGAGAGCUCUGCUUAGCUCCCCUGGAGUCAAGGCCCCUGGUAUGCUGGGAAUGUCACUUGCCUCCUUGCAUUUUCUGUGGCAGACCUUGGACUACCUGUCGCCCAUCCCUUUCUGGCCUACAUUUCCCAGCACCAGCUCUCCAGCACAGCACUUUGGACCUCGGCUGCCCUCACCAGACCCAACUCUCUUCUGCAGCCUGCUGACCUCGUGGCCCCCUAGGUUCAGUCAUCUGACCCAGCUCCACCCUCGGCACCAACGAAUCUUGCAGCAGCAGCAGCAUAGUCAAACACCAAGUCCCCCAGCCAAGAAGCCUUGGUCUCAGCAGCCAGACCCCUAUGCUAACCUCAUGACCAGAAAAGAGAAGGACUGGGUGAUAAAAGUGCAGAUGGUGCAGCUGCAGAGUGCAAAACCCCGCCUGGAUGACUACUAUUACCAGGAAUAUUACCAGAAGCUAGAGAAGAAGCAGGCAGACGAAGAGCUACUUGGACGAAGAAACCGGGUUGAGUCCCUCAAGCUGGUAACGCCUUACAUUCCGAAGGCAGAGGCUUAUGAGUCCGUGGUCCGAAUCGAGGGUUCCCUGGGCCAGGUAGCUGUGUCGACAUGCUUCAGCCCUCGCCGAGCUAUUGAUGCGGUACCCCAUGGAACUCAAGAGCAGGAUAUAGAAGCUGCAAGCAGUCAGAGGCUUCGGGUAUUAUACCGGAUUGAGAAGAUGUUCCUUCAGUUACUAGAAAUAGAGGAAGGCUGGAAGUAUAGGCCUCCACCGCCCUGCUUUUCUGAGCAGCAAAGCAACCAGGUUGAGAAGCUCUUCCAGACCUUAAAGACCCAGGAGCAGAACAACCUGGAAGAGGCAGCAGAUGGCUUCCUGCAGGUGCUCUCUGUGAGGAAGGGGAAGGCCCUGGUGGCCCGGCUGCUCCCCUUCCUGCCCCAGGAUCAGGCUGUUACCAUUCUUUUGGCUAUCACCCACCAUCUGCCCCUCCUGGUCCGGAGGGAUGUGGCUGAUCAGGCCCUACAAAUGUUAUUCAAACCUCUGGGCAAAUGUAUUAGUCACUUGACCCUCCACGAACUCCUCCAAGGACUUCAGGGAUUAACGCUGUUGCCACCUGGCUCCUCAGAGCGGCCAGUCACCGUGGUGCUUCAGAAUCAGUUUGGAAUAUCUUUGCUCUAUGCCCUGCUGAGCCAUGGGGAGCAACUGGUAUCGCUGCAUUCUUCCCUAGAGGAACCCAACAGUGACCAUACAGCUUGGACAGACAUGGUGGUUCUGAUUGCCUGGGAGAUAGCCCAAAUGCCUACAGCCUCUCUGGCAGAACCCCUAGCUUUCCCCAGCAACCUACUUCCCCUGUUCUGUCACCACGUGGACAAACAAUUGGUUCAGCAGCUGGAGGCCAGGAUGGAGUUUGCCUGGAUUUACUGAUCUGUUUGUUCUGGAAUACGUGUAUGUGGGAAGUUGAAUCAUCAGACACUAGCUACAUAGACUAUGUUUACAGGGAUCCAGAGAGUCUGAAGACAUUUCUUAUGCCUUUAUAUAUUGGAGAACCCUUCCCCAUUUUCAUAUCCUUUCUUCAAAAAUCUAAAUGAUGUGCCUAAAAAUAAGACAUGGCAUAAUAAGGUAUAAUUAAAGAGAUAAUAGAAUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-778.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -813.78
Frequency: 0.0000
Diversity: 523.38
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..............((((((((((((.(((((((....))))))).))))).....)))))))((((((((((((((.((((((.(((((.....(((.......((((((.(((..(((....)))...))).))))))...)))....))))))))))).......(((........)))((((((....))))))..((((((((.((((((....))))))...........((((((((.....))))))))..........((..(((....))).)).))))))))(((.((((((((.......)))))))).)))....((((((((......))).))))).......)))))))((((((((.((.....(((..(((..(..(((((((((...)))..)))))))..))))))...)).)).))))))...(((((..((.(((((....(((((((.((((((((((((((.((.......((((((((((.((((((.(((((..(((....)))..)))))...((((((((((.((..(((((((((((..............((((.((....)).))))((((((((((((((.......(((((.(((.......((((((.((((((((((((....(((((((((((.((((((((((.(((...((....)).)))))).........((((..........))))..((.(((((...((...))..((((((((.(((((..((((.......((((..((((((..(.(((((((...(((.((((......((((..((..((((...(((((.((((.((.((((....((....(((.((....)).)))...))...((((.(((((....((((((....))))))...((((............))))...(((............)))..))))).))))......)))).)).)))).)))))))))..))..))))...(((((.(((......)))))))).............)))))))....))))))).)..))))))....))))........(((((.(((((...))))).)))))...(((((........))))).))))......)).))).))))))))....(((((((.((((....(((.(((((((((...((((..((....)).))))..)))))))))))))))).))))))).))))).))..))))))).))))))......)))))(((((........))))).......))))))))..)))))))))).........(((((((((((....((((((.(((....((((((.((....)).))))))....))).)))..)))))))))).))))...))))))))))))))...(((((.(.(((((........))))).).)))))))))))))..((((((((((.((((..((....))))))..)))))))))).)))))))))))..)).)).)).)))))).(((...............))))))))).))))((((((..(((((((((((.((((......................))))...)).)))))))))....))))))......))))))..((.(..(((.(.....).)))..)))..((((((.((...)).)))))).....(.(((((((((((.((..((((((...(((((((((((.((..((((((((((.((((((....(((..((((((..((((((....)))))).....)))))))))....(((.(((.((....((.((((((....(((.(((((...((.............))))))).)))))))))))...)).)))..))).......))))))((((.((((........))))))))..))))))))))))))))).((((((((((.......((((((....)))))))))))))))).....((.(((((((..((((((....)))...)))..))))))).))........)))))))))))))).))))))).)))).)......(((((.....)))))..)))))))))...))))).)).))))))).....))))).)).((((((..............))))))...)))))...............))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,......,...((((((((((((.(((((((....))))))).))))).....)))))))(((((((..{{({{.((((((.((((({{{,.{((.,.....((((({.(((..(((....)))...))).})))))...)))})}.))))))))))),,,....{((........))},(((((....)))))}..((((((((((({((,..,,,|||||...{({{....||||{{{{,,,,.)))||||,.......,,,|,..(((,,..|||.}}.))),)))}}}}.}}})))))))}.)}{((((,.,((((((,..(((((,((......})).))))).....{((.{(..(((((((((.((.,,..{{,..(((..{..(((((((((...)))}.,)))))}..)))}))}..)).)).))))))).)).)))))))))))))}...(((((((.((((((((((((((.((.{{,..,((((({((((.((((((.(((((..(((....)))..))))),{.((((((((((.((..(((((((((((...,{{,.......{{{|,||....,,.}}}}((((((((((((((..,,,..{((((,({{..,,,..(((({..(((((((((((,...,(((.,,..{|{...,,{({(((|({{...{(....}).)))}}|,,........,)),..}}},,,))))))}}}}|||||||||,..,}}..,{{(({(({(((((((((((.......((((..((((((..(.(((((((...(((.((((......((((..({..((((...(((((.((((.((.((((....{{....(((.((....)).)))...}}...((((.(((((....((((((....))))))...((((...,,....,,.))))...(((.,........,.)))..))))).))))......)))).)).)))).)))))))))..))..}))}...(((((.(({......)))))))).............)))))))....))))))).)..))))))....))))........(((((.(((((...))))).)))))...(((((........))))).))))|,..,{||{|||{||}|||,|{{{{,((((({.,((({..{({{((((({{,,|,,.|||||.||}}..)}.))))}.))))),))),}}})))})))))))},))||,|,...,,,,,,}))),})},,,,.)}))}|{({(.,......))}}|..,,{,,|,,,}}}}}})}}}},|||,...,,}.,,(((((((((((....((((((.(((....((((({.{{....)).}))))}....))).)))..)))))))))).))))...)})))))))))))}...(((((.{.(((((........))))).).))))))))))))).,((((((((((.((((..((...,)}))))..)))))))))).)))))))))))..)).)).)).)))))).||,...............})})))))).))))((((((..(((((((((((.((((.......{..............))))...)).)))))))))....)))))).....|)))))}..((.(..(((.{.....).}})..|||,,((((((.({...}).)))))).....|||{(((((((((.,(..{(((((...(((((((((((.{{.,((((((((({.((((({....{(({.{(((((..{(((((....)))))).....))))))))}....(((.(((.((.,..((.((((({...,(((.(((((...{{......},.....,,))))).)))))))))))..,)).)))..))).......}))))){(((.((((,|...},,))))}))}..))))))))))))))))).{{{{{{{|||.....,,{(((((....))})}}}}}))))})).{{{.((.(((((((..((((((....)))...)))..))))))).)),,},,...)))))))))))}}},))))))).}}}},},..,..({{{{.....}))))..)))))))))...))))).)).)))))))....{{(,....|}{(((((..............)))))}...}}}},...,,...})).}..))))))).
Back