Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001387800.1
Sequence Length
4611 nt
GC Content
0.3641
AGUCUUUUCACUGCAGCUGAAUGAGUUGUGGCGCCCACAAUGCUCCCAUGACAAGGAGCUGACAAGUUCCAUUUUCCGUCGCGGGCAUCUUGGAAUCAUGACUCCCACAAUGCCUUGGGCACUUGGUCGACAGUGGGGCCGCCUCUGAAAAAAAAAUGUGAGAGAUAGGACCAUCUAGUUGCAGGAAAACAAGCUCAGGGCUCCCACUGAUUCUACAUUAUGGGCCGUUGCUCCAGGGAGAACUGCAAAUAUCUUCAUCCACCCCCACAUUUAAAAACGCAGUUGGAGAUAAAUGGACGCAAUAACUUGAUUCAGCAGAAGAACAUGGCCAUGUUGGCCCAGCAAAUGCAACUAGCCAAUGCCAUGAUGCCUGGUGCCCCAUUACAACCCGUGCCAAUGUUUUCAGUUGCACCAAGCUUAGCCACCAAUGCAUCAGCAGCCGCCUUUAAUCCCUAUCUGGGACCUGUUUCUCCAAGCCUGGUCCCGGCAGAGAUCUUGCCGACUGCACCAAUGUUGGUUACAGGGAAUCCGGGUGUCCCUGUACCUGCAGCUGCUGCAGCUGCUGCACAGAAAUUAAUGCGAACAGACAGACUUGAGGUAUGUCGAGAGUACCAACGUGGCAAUUGCAACCGAGGAGAAAAUGAUUGUCGGUUUGCUCAUCCUGCUGACAGCACAAUGAUUGACACCAAUGACAACACAGUCACUGUGUGUAUGGAUUACAUCAAAGGGAGAUGCUCUCGGGAAAAGUGCAAAUACUUUCAUCCCCCUGCACAUUUGCAAGCCAAGAUCAAGGCUGCCCAAUACCAGGUCAACCAGGCUGCAGCUGCACAGGCUGCAGCCACCGCAGCUGCCAUGGGAAUUCCUCAAGCUGUACUUCCCCCAUUACCAAAGAGGCCUGCUCUUGAAAAAACCAACGGUGCCACCGCAGUCUUUAACACUGGUAUUUUCCAAUACCAACAGGCUCUAGCCAACAUGCAGUUACAACAGCAUACAGCAUUUCUCCCACCAGGCUCAAUAUUGUGCAUGACACCCGCUACAAGUGUUGUUCCCAUGGUGCACGGUGCUACGCCAGCCACUGUGUCCGCAGCAACAACAUCUGCCACAAGUGUUCCCUUCGCUGCAACAGCCACAGCCAACCAGAUACCCAUAAUAUCUGCCGAACAUCUGACUAGCCACAAGUAUGUUACCCAGAUGUAGAAUUUUCAUCACUAAACAAUCAUGCUAAAGAGGAAAGGACAGUGUGCUUGGUUAGAGUAAAGGACGAGGUCAUUAGCCAUAUUGUAUAUAUCGUCAAGCAACACACACAAAAGUUCCUCAGCCACAAGACAUCCACAUAUUGCAUGUUAACCAGAAGAAAAGACAACAUUUUCCGGAAAUCCACUGCACACUGUUGCCUAUACACUUUGUACAUUUAAUUGAUAUUUGUGCUGAGGUGAUAUUCCUGUCUAAAAGAACAACAUUGUCUUUCUUUUCUAGCACAGAGUUAUGCAUUCAAAGAUGCAUACCUAGUUAGUUUCCUAUAUAUUCAUGCCAUCUUGAAAAGACAGACUAUGGUGUAACCAUGAUUCUAUUAUGUAUUGGUACGUCUGUAGACCAAGAUAUAAUUUUUUAAAAAUAAGUUUAUUUCUUUCAAGGUUUACAAAUAACAAAGGUGCACCUUGUAUUUAAAAUUGCCAUUAUAGAUGAGAGCGUGCAUGCACAGUCAUUUUUGUUUAAGAGUAAUAUUUUUAAUGUAAUAGAUUGUAAGACGUGGUGAGGGAGGGAUCUGACAGAGAUGAAUGUGCCAAGCAAAACCACAACUGUGUAUAUUUUAAAGCACAUCAUGGCUUUAAGUACCAUGUUGUUAAGGAUUCUCAUGAAGUGCCAUAGACUGUACAUCAAAUUAGAGUAUUAUUUCUUCAGUGUUAUUGUUUUCAGAGCCACAUUUUGUUGCAUAUUUGCUAGUACUAAUCAGUCAAAGGGCACCAUUCUUUUUUUUUUUUUUUGAAACCAAAGCUGUCUCAGAAAUGGCCAAUUUAACUUUACAGUAACAAUAGACAGCACAACACAAACUCUCUCAAUACAGAUAAACUCACACAUACUGGAGAUAUAUAUAUAAUAGAUAUAUAUAAAAUUAUUUUAAUGCAUUGUAGUGUAAUAUUUAUGCAUACUAUACUGUAUAACAUGUUAUUCAAAAGGGAUUGCCAUUUCUGAGACACAGUAACAAAAAAAUGAGGAAAUUAUUUUGCUUCUAUUUAUAGCCUCUGUCAAAAGUCAAAAGACUAUAAAUGCUUUGCAAAAAUGGUUUCACGUUUGCUUAAAUGCUUCAUCACAGUCACAUUCAAAAUAGUGACUCUAAACAAAGAAGAAAGCAGCACUGUCAUCAGAUGCAUGAUAAACCAAAAUAUGAAAAUGGGAAAUGUUUAAUUAACCUAGUAAUUGGGUGGGUUAAGUACAUGGGUGAAUUUUAUAUGUGAUUUUUGUUUUGUUUUGUUUUGUUCAGAUUAACUGCUUAUAGCCUUAGAAAGCCUUUUACAAAAUUAAAAAAAAAAUAGAUGUGCAUUCAGUUUUUAAGAAUGGAAUCAUCCAAAGGAAUUCCUUUUUUUGAGGUUUGGAUGUUGCAGCUAGUAAAGGAUAUUUUUGCUCUGUUCAGCAGUUCUAAAAAUUGCUGAAGUAGGGGCCAGGUCACUGGUAGUUAUAGUAUGGAAUGGGAGAAGUGAAAGUUCAGUUAUAGAACUUUCCAUACUUCCAAGUUUACUGCAAGUUUUUAUGCUUGAGAGAGAUGCUUUCUAAUAUAAGACUGAUGUGUUGAUUUUACUGAUUGUACUGUACAUCUAUUAAAGCCUUAGAUUAUUACAUUACGGGUUGGAACCCAUACCAAUGUAAUUUCAAUCGUGUUAAGAAAGUAAUGGUGACUUCACAUGUUAUUGUAGUUAGUUACAUUAUAGAAUAUUACUUAUUUUUCUUGUUAAAAUGUAGUUUUUCAUUUCCUACAUUUAUUAGAUUUUCAUUUUCUAUUAACAAUUGAAUACCAUUUCAGUUUAUAGACUUGUUUUAUUAGAUUUUACCAAUGAAUUUUUCAAAAUACAAAAAAAAGUAGUUUUUCCUUCAUAACAUACUCAGUUUUGAAUUACAUGUAGUGUCACAUGAAUAUUCGUAUUGUUAACUAAAUGAUUUAUAUUUUACUGAUUUAAUAUUACAGUGUAAGAAUGUCAGUCAUUGUUAGUUCUUGUCUAGUUUUCAUUAAAAGAACAAAGAUCUUUUAUAUGGAUAUCUUAUAAAUAUAUAAUCAUUGCUAAGUAAGAAGUUAAGUUGUUGCUAUCGCAACAAUCCUGGCAGACAAUUGAGUAAUAUUUUGAUGAUUUAUUUUGUUUGUAAUUAGUUAUUAUAAGAAGAUCUAGAUCCUAGAUAUUAGAAUAAAAUUUAUUUUCUACUGUAUCCAUUUCAAAUGUUAAAAUAUUGUUUAAUAUUUUUGAAAUCCCUGAGUAUCAGGCCUUGUUAUAAAUAAGCUGCAUAAUCAAUAAAUAGAACAAGGGACUUUUUGUUGAUAAUCCAAAUACUCAAAGUUUACGUAAUGAAAAUUAUAGCGUGUGUGCAAACUCUUGAGGGUUGAUUAUGCUGCAAUUUAGCAUGUUGGAACGUCUAGGGAGAAGGUUGACUUUUUGCACUUCUGUAUAUAGUCAAAAGAGAGAAACCUGUAUAAUAGUAAGAUCUUAUUUUGAAUAAAAACGUCUAUAAUUACAAGGAGUUUUGUUAAGGCUAAUACAAUGACAGACUGAGCAAAAUUGCUUGCAAAAGUGGCACAGAGUUAGCACUCCAUACCCCUUCAAACAUGUUGCUUUGCUUUCUUGUGGACAGCUUGUAGUUUGCCAGGAUUUUUUCAGCUGGAAAGAUACGCCAUCCUUUCAAACCCUCAUGACUGACAAAAACUCCAUGGGGCCAAAUCUGCCUGAAGAUCAUUACCAAAAAUAGCAGGUACUUCUACCAUUAAGGUGAAAUCAUGGAUCAGAUAUUCCUUACAUUUUUCAAAACUACUGCAUGUUUAAAACUUCAACAAAAAAAGAGAGAAAGAACUAUACUAAGAACAUAUAUUAUUCAGAUCAGUUUCUGCCAAUUUCAGUGGUUUAUUGUUCACAAAAAAAUCUUCAAAACAAGUAUUGACUUUCACAAAAUUUAAAUCAUAAACAGGCAAACCAAACAGCACACUGUAGCUAUAGUUGUUAUGUGAUUGUUUUUUAAUUGCUGUAGGAUCCUGUUCUUUCAGCAGGUGAAAAAUAAAACGCAGUUCAAAUUUCAUGGUUUUAAUUUUCAACUCAGAAGCACUCAAAAAUGCAAAAUGUGAUAAUGGGCACUUGUUUAAAAGAAUUAGUGUAUCCAGCCUUCACUCCAGCUGGUUAAAAAUGUUGCACUUAUCAGCAACCCUACCACUUUCAUCUGCUGAAAGGACAAAUGUGCUUGGUUUUACUAUUAUGUAAUCACAACUUACUUUCUGCUUGUAGUUGCUUAAAAUUAUGUAUUUUGUCUUGGGCUGCAAUUUGUUUUAUGCUUAUUUUAUUAUUACUGCAGUAGUUGACUUUGCUGUAUGGAAAAAUAAAGUGAAAUUGCCCUAAUAAAACUUCUCUUUCUUAAGUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1161.44 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1250.83
Frequency: 0.0000
Diversity: 1223.94
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.(((((.(((((((((.(((.((((((((.(((((...(((((........)))))((((((((((((...........((((((..(((...........)))..)))))))))).)))).))))...))))))))))((((..............))))....)))))).))))))))))))))...))).(((((.......(((((((((((.(((((((((.(((((......(((((................................))))))))))...))))).((((.(((.(((...((((((......(((((...((((((...((....)).....)))))))))))(((((.(((((..............((((...((....))...))))...((...)))))))..))))).((((.((.(....(((.((..((((((((.((((....))))..)))))))).)).)))...).)).))))((((....))))((((((((..(...)..)))))))).((((((...))))))))))))..)))...))).))))....((((.(((((.(((..(((.(((((......(((((..(((((..(((((.((.......(((((((...........)))))))((((((((.(((((((((.((((......)))).)).))))(((.....)))....((((((((((...((((((((((....))))))..))))..((((....))))..........((((((((....((((.(((......((((((((((.....))))))))))...((((((.....(((....)))..))))))................(((((.....)))))......)))...)))).....))))))))......(((((((....)))))))...(((....)))...((((.((....)).))))..))))..))))))........)))))))))))...((((......((.((((((((.(..(((.((((((((((.....)).)))))))))))..).)))))))).))......)))))).))))).)))))..))))).......((((((.......))))))....)).))))))..))).))))).)))).))))))))))))))).....((..((((((...(((....((((((......(((((.(((.((.((.......(((((((.....)))...))))........)))).)))))))).......))))))((((.(((((((.......(((((((.(((((.(((((((.....((((((((((((((((..((((((......))).(((.(((((((((((..((.....))..))))).)))))))))...(((((((((((((..((...))..))))))..))).))))((.((((((((....)))))))).)))))..)))))).......((((((.((((.((...((((...((((((...)))))).((((....((((.(((((....((((((((((((.((((.(((........))).)))).))))....))))))))....((((.((....)))))).........))))).))))....)))).((((.(((....((.((((((((((.((((..((((((.(((((............((((((((((((.(......(((((((((((((((.(..(((((((((((((((((.((((...(((((((........))))))))))))).)))))...)).(((....)))(((((...(((((.............(((((((........(((...(((....)))...)))........(((....))))))))))...)))))....))))).....(((((((.((((((((..((....(.(((((((((((((((.(((((..((((..(((((((......................(((......)))....(((.((.....))))).(((((((((.....)))))))))...........(((((.((((((((...........)))))))).)))))....)))))))..))))))))))))))))))))))))).))..)))))))).)))))))...))))))))))))))))...))))))))..((((....))))...........(((((..((....))..))))).....).))))))))).)))))))).))))))...)))))))))))))).))..))))))))))).))))))))))))...................))))))))))...((((((((.(.....).)))))))).((((((...........))))))......((..((((((((..(((...((((((((((..(((((....(((.(((..((((..............(((((((((((((((((.(((((((((.(((((..(((...))))))))..))))))))).))))))..(((((.((((((((..........(((((((((((((((.....)))))))))).)))))(((((....))))).....(((((.....((((((....((((((((.......))))))))....))))))....)))))(((((......)))))((((((...))))))....(((.((....)).))).)))))))).)))))..))))))))))).....((((((((((((((((..((..(((...)))..))))))))))...))))....))))...)))).)))...)))....))))).)))))))))))))..))))))))..))...))))))).))))).)))))))................(((.((((.........)))).))).(((((((......))))))).....(((((((((...(((((((.....((((...))))..............(((((((((((((............((((((((...((((((((((.....((((.....(((.((((((.....(((........))).....)))))).)))((((((((..((((((((((((...((((((.(((((((((((((((((((.......))))))).)))))..((((((....................))))))........((((((....))))))((((((((((((.((((((......))))))((((((..((.((((((((.....))))))))..))..))))))...((((((((((...........)))))..))))).(((((((((((((((......))))))))..))))))).(((((...)))))...........((((((((((((((((((......(((((((....))))))).............((((((((((((((.((((...)))).)))))......)))).))))).))))))))))).((((..(((((((((.(((.(..((.((((...(((((((((.(((((((.((..(((((((((((((((.....((((...)))).....)))).))))))..........)))))....((((.(((((((((.((.................)).))))))))).)))))).)))).))).))))))))).)))).))..).))).)))))))))..)))).(((....))).))))))).))))))))))))......))))))))))).))..))...............)))))))))).....((((((((((.......))))((((.....((((..........))))))))((((.....))))....))))))..........)))))))).))))....))))))))))))))))))............))).).))))))))).....(((((((.((((((.((((..((....))..)))).)))))).)).))))).....)))))))..)))))))))..........(((.(((((.((.((...((((((((((((...((((((......(((((((.((((.............)))).))))))).....((((((((((((((((((((..((((((.((............))))))))(((((.(((.(((..(((........))).....((((...((((((((.((((....)))).)))))..)))....)))).....)))))).)))))(((((........)))))........))))))))))))))))))))..)))))))))))((((......))))...............)))))))...)).)).))))).)))....))))))))))))))..))))))..)).((((((((((.(..(((((((((......)))))))).)..).))))))))))....)))))........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,...,,{{,((((((((({((({(((((((({((((,...{((((........|||||(,,,,||||||......,{,,..((((((,.(((,..,,.,,.,|)}}..}}}||}||))|},,}||||,.{{||||||,,||(,(({(........{,{{|,||,,..,,,,))}),,))))),,,,,,.....}}|||||,}}}}}}|{{{{,,{{{{.{{||||{{|||{||||||..,{{(((.......,,,......................}}})}))))),},.,})).|||,,|||,||,.,,|||{{(,,,..{(((((...((((((...((....)).....)))))))))))|{{((.(((((,.............(({{.,,{|....}},},))))...|,...},}}))}..)))}},(((({{{|,....,,,.,,..,,((((((.((({....})))..))))))||{||.,,,.,})})|{||||{,{,..{{||||((((((((..,...}..)))))))}.,{(((({.{|,,}}))})))),,......,||{||,|...,(((({,(((({((,..,{{..,{{{.,,..{((((({.((((({((((,({........}|,|||||,...{{{{..{|||,,,)|||,,||}},{{({{(((.((((..,,,,}}}}.)),)))){{{.....}}}....(((((,,,||}}}((((((((((....))))))..)))){{((,......|||{(((........))))||.......}})).......((((((((((.....))))))))))...||||,|}}}}}|||....))))))))))).,,.....}}}},.,.(((((.....))))),.....}})}}}|||,...,,))))))||{{{{{{(((((((....)))))))..,(((,...}}}...,((({({.,,,||,|}}}..||||{{||||,|{{{{|{..|||||||||||..,,,,,..}}.,||,||||||{,,|..|||,|(((((((((.....)),}))))))}}}|,,|.}}}}}}}},)),...,,||||||,||},|{|||||{,,|||,{{{{...((((((.......))))))....{|{||||,,..|||.||,}|.}))),||))}))))}}}},...,,,|...,,,,.....(((((.{(((((({{{(((((((({((({{{.((,,....((((({((.....}}}.,.}}},.....))})),}}},.,,,........,}|||||(({{{((((((({.{(,,...||.|}}||..{,.{{{((,,{...,,,,}}}}},({....,,.,,|||...}}}}},.,,{,({{{{||||((..,,.....},.,))))),))))}),},...,{{||||,.,||,,,}},,}))))))))))).))))),,}|{.{(((((({....)))))))).}},,,..{{(((((((,{{{(((((,,((({,((...((((,..((((((...)))))}.{(((..,.((((.(((((....((((((((((((.((((.(((........))).)))).))))....)))))))).,,.,{,{{((....))))))}}},.....))))).)))).}..)))}.{(((.(((....((.(((((((((,{((((..((((((.(((((............((((((((((((.(....,.(((((((((((((((.{..((((((({{{(((((((.((((...(((((((.{....,}))))))))))))).)))))...)}.{{(....|},(((((...(((((,,,........,,(({{{{{.,,,,...((({,.{((....}}},},})).....,..(((....)))}}}}}}}...)))))....)))))..,,|{({{(((,(({{((((..,,,,,.{.(((((((((((((({,(((({..((((..(((((((....,.,,............{,({{,.....,|,....,{{.,,.....))))),(((((((((.....)))))))))...........(((((.{(((((({..,....,},,))}))))}.)))))....)))))))..))))}))))))))))))))))))),.)}..}))))))).)))))),...})))))))})))))))...))))))))..((((....)))).......,...(({{{.{((....,,}}))))).....,.))))))))).)))))))).))))))...)))))))))))))).))..))))))))))).)))))))))))).........,,}},...}))))))))||,,,,(({(((((.{...,,),)))))))).,}}}}}))}}}....,,},||||{{{{{{{({{((({((((,,{{{...{,{{{{{{((,.,,|||.,,,{{|,||,,.{,||}}}},.}},,..,,|||||||||{(({(({{.{{{{(((({.(((({..{((...})}})))).,)))))))))})))),))}}||||},||,,{,|}}}}}}}.}}(((((((((((((((.....)))))))))).)))))(((((....))))).....{((((.....((((((..,.((((((((.......))))))))..}.))))))....)))))(((((......))))),|||||},}))}}}|,,,,{{|,|{...,))}))}..,,}}))).)))))}}))),}}}}}}},.,}}},..(({{((((((((..((..(((...)))..))))))))))...}}}}}}})))}|,.,||||{||{{{{{,|{{{.},,,,})),},,))))))},,}}|||{||.....}}}}}},||.|,,.((((((((...........)))))))}..{{({.........||||,.|,.{((((((......))))))).}}}}(((((((((...(((((((.....{({,...,}}}..............(((((((((((((............((((((((...((((((((((,....{(({.....(((.((((({...,.{{{.....,,,)}}.,.,.}))))).))){(((((((,,((((((((((,{,,,((((((,,{((((,{(((((((((((.......))))))).))))}..,,((((,....,}},,.....||,..)))))),.,...,{((((((....))))))||((((((((((.,,{(({{,,,,,||||||(((({(,{{{.{(((((((.....)))))))},|}},,|||}}},,,|||{{(((((.,.........)))))..}}}}}.(((((((((((((((......)))))))},.,)))))}.(((((...))))).,,|.|,...,{{(((({(((((((((((......{(((({{....,)))))),............((((((((((((((.((({...)))).))))}.....,)))).))))).))))))))))).((((..(((((((({.(((.{..,,.((((...(((((((((.(((((((.(({.,,{{,(((((({(((.....((((...)))).....)))).))))))..........}},,.....{(((.(((((((((.{(.,,...........}}.)).})))))))).))))}).)))),})).))))))))).)))).,,..,.))).}))))))))..)))).,{{....)}},))))))).))))))))))}},......,,}}|||}||,.....,...,,,,........)))))))))).....((((((((((.......))))((((.....((((..........)))))))){(((.....))))....)))))).......,,.)))))))}.,}}}....})))))))))))))))))............))).))))))))))).....((((({{.((((((,((({..{{.,,,)}..}}}}.)))))).}},})))).....)))))))..)))))))))...{{,...,||},}}|,,}}},||,,.,,{{||{(((((...((((((..,...(((((((.((((...{,....,...)))).))))))).....((((((((((((((((((((..((((((.((............)))))))).,,{({......}},(((........))).....((((...((((((((.((((....)))).)))))..)))....))))....,,||||.......(((((........)))))...}}},.))))))))))))))))))))..}))))))))))|{{{......))}}.,,||||}}},.,,,,)}}}))}}}|||||{|,|,,,,}}.,,,|}}},}|||}}|||..,,||||..|||((((((((((.(..(((((((((......)))))))).)..}.))))))))))....))}},.}}}}}},.........,,,}},.
Back