Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001387818.1
Sequence Length
4851 nt
GC Content
0.3826
ACAGUUUCCCCGCGCCGCUUCAUUGUUCGGACUCCGGCGGGUCUGCCCGUGGCUGAAGGAGGAAGUGCGAGGAGGUGCUCGCCGGCCGCGGUUCUCCCGGGCAGGGGCGGGCCGCUCGCGGUAGUUGGUUUCGCGUCCCUCAGCACCUCCUGCCCGGGGGAAGGCGGGAGGGUGAGCCGCAGCCGCUCCUGCGCCCUUCCCUGCCGCGGGCUCUGCGGACGCUGUCACGGCACAGCCCGCGCACGGCUUGGCAGCCCAGCGGGACCCAGGGAGAAACAGGGGGGCGAGAAGAGAAACAGUGUCACACCAAUUCGGGACACAAAAUGGCUAACACUGGAAGUAUGUAGAGAGUUCCAGAGGGGGACUUGCUCACGGCCAGACACGGAAUGUAAAUUUGCACAUCCUUCGAAAAGCUGCCAAGUUGAAAAUGGACGAGUAAUCGCCUGCUUUGAUUCAUUGAAAGGCCGUUGCUCCAGGGAGAACUGCAAAUAUCUUCAUCCACCCCCACAUUUAAAAACGCAGUUGGAGAUAAAUGGACGCAAUAACUUGAUUCAGCAGAAGAACAUGGCCAUGUUGGCCCAGCAAAUGCAACUAGCCAAUGCCAUGAUGCCUGGUGCCCCAUUACAACCCGUGCCAAUGUUUUCAGUUGCACCAAGCUUAGCCACCAAUGCAUCAGCAGCCGCCUUUAAUCCCUAUCUGGGACCUGUUUCUCCAAGCCUGGUCCCGGCAGAGAUCUUGCCGACUGCACCAAUGUUGGUUACAGGGAAUCCGGGUGUCCCUGUACCUGCAGCUGCUGCAGCUGCUGCACAGAAAUUAAUGCGAACAGACAGACUUGAGGUAUGUCGAGAGUACCAACGUGGCAAUUGCAACCGAGGAGAAAAUGAUUGUCGGUUUGCUCAUCCUGCUGACAGCACAAUGAUUGACACCAAUGACAACACAGUCACUGUGUGUAUGGAUUACAUCAAAGGGAGAUGCUCUCGGGAAAAGUGCAAAUACUUUCAUCCCCCUGCACAUUUGCAAGCCAAGAUCAAGGCUGCCCAAUACCAGGUCAACCAGGCUGCAGCUGCACAGGCUGCAGCCACCGCAGCUGCCAUGGGAAUUCCUCAAGCUGUACUUCCCCCAUUACCAAAGAGGCCUGCUCUUGAAAAAACCAACGGUGCCACCGCAGUCUUUAACACUGGUAUUUUCCAAUACCAACAGGCUCUAGCCAACAUGCAGUUACAACAGCAUACAGCAUUUCUCCCACCAGGCUCAAUAUUGUGCAUGACACCCGCUACAAGUGUUGUUCCCAUGGUGCACGGUGCUACGCCAGCCACUGUGUCCGCAGCAACAACAUCUGCCACAAGUGUUCCCUUCGCUGCAACAGCCACAGCCAACCAGAUACCCAUAAUAUCUGCCGAACAUCUGACUAGCCACAAGUAUGUUACCCAGAUGUAGAAUUUUCAUCACUAAACAAUCAUGCUAAAGAGGAAAGGACAGUGUGCUUGGUUAGAGUAAAGGACGAGGUCAUUAGCCAUAUUGUAUAUAUCGUCAAGCAACACACACAAAAGUUCCUCAGCCACAAGACAUCCACAUAUUGCAUGUUAACCAGAAGAAAAGACAACAUUUUCCGGAAAUCCACUGCACACUGUUGCCUAUACACUUUGUACAUUUAAUUGAUAUUUGUGCUGAGGUGAUAUUCCUGUCUAAAAGAACAACAUUGUCUUUCUUUUCUAGCACAGAGUUAUGCAUUCAAAGAUGCAUACCUAGUUAGUUUCCUAUAUAUUCAUGCCAUCUUGAAAAGACAGACUAUGGUGUAACCAUGAUUCUAUUAUGUAUUGGUACGUCUGUAGACCAAGAUAUAAUUUUUUAAAAAUAAGUUUAUUUCUUUCAAGGUUUACAAAUAACAAAGGUGCACCUUGUAUUUAAAAUUGCCAUUAUAGAUGAGAGCGUGCAUGCACAGUCAUUUUUGUUUAAGAGUAAUAUUUUUAAUGUAAUAGAUUGUAAGACGUGGUGAGGGAGGGAUCUGACAGAGAUGAAUGUGCCAAGCAAAACCACAACUGUGUAUAUUUUAAAGCACAUCAUGGCUUUAAGUACCAUGUUGUUAAGGAUUCUCAUGAAGUGCCAUAGACUGUACAUCAAAUUAGAGUAUUAUUUCUUCAGUGUUAUUGUUUUCAGAGCCACAUUUUGUUGCAUAUUUGCUAGUACUAAUCAGUCAAAGGGCACCAUUCUUUUUUUUUUUUUUUGAAACCAAAGCUGUCUCAGAAAUGGCCAAUUUAACUUUACAGUAACAAUAGACAGCACAACACAAACUCUCUCAAUACAGAUAAACUCACACAUACUGGAGAUAUAUAUAUAAUAGAUAUAUAUAAAAUUAUUUUAAUGCAUUGUAGUGUAAUAUUUAUGCAUACUAUACUGUAUAACAUGUUAUUCAAAAGGGAUUGCCAUUUCUGAGACACAGUAACAAAAAAAUGAGGAAAUUAUUUUGCUUCUAUUUAUAGCCUCUGUCAAAAGUCAAAAGACUAUAAAUGCUUUGCAAAAAUGGUUUCACGUUUGCUUAAAUGCUUCAUCACAGUCACAUUCAAAAUAGUGACUCUAAACAAAGAAGAAAGCAGCACUGUCAUCAGAUGCAUGAUAAACCAAAAUAUGAAAAUGGGAAAUGUUUAAUUAACCUAGUAAUUGGGUGGGUUAAGUACAUGGGUGAAUUUUAUAUGUGAUUUUUGUUUUGUUUUGUUUUGUUCAGAUUAACUGCUUAUAGCCUUAGAAAGCCUUUUACAAAAUUAAAAAAAAAAUAGAUGUGCAUUCAGUUUUUAAGAAUGGAAUCAUCCAAAGGAAUUCCUUUUUUUGAGGUUUGGAUGUUGCAGCUAGUAAAGGAUAUUUUUGCUCUGUUCAGCAGUUCUAAAAAUUGCUGAAGUAGGGGCCAGGUCACUGGUAGUUAUAGUAUGGAAUGGGAGAAGUGAAAGUUCAGUUAUAGAACUUUCCAUACUUCCAAGUUUACUGCAAGUUUUUAUGCUUGAGAGAGAUGCUUUCUAAUAUAAGACUGAUGUGUUGAUUUUACUGAUUGUACUGUACAUCUAUUAAAGCCUUAGAUUAUUACAUUACGGGUUGGAACCCAUACCAAUGUAAUUUCAAUCGUGUUAAGAAAGUAAUGGUGACUUCACAUGUUAUUGUAGUUAGUUACAUUAUAGAAUAUUACUUAUUUUUCUUGUUAAAAUGUAGUUUUUCAUUUCCUACAUUUAUUAGAUUUUCAUUUUCUAUUAACAAUUGAAUACCAUUUCAGUUUAUAGACUUGUUUUAUUAGAUUUUACCAAUGAAUUUUUCAAAAUACAAAAAAAAGUAGUUUUUCCUUCAUAACAUACUCAGUUUUGAAUUACAUGUAGUGUCACAUGAAUAUUCGUAUUGUUAACUAAAUGAUUUAUAUUUUACUGAUUUAAUAUUACAGUGUAAGAAUGUCAGUCAUUGUUAGUUCUUGUCUAGUUUUCAUUAAAAGAACAAAGAUCUUUUAUAUGGAUAUCUUAUAAAUAUAUAAUCAUUGCUAAGUAAGAAGUUAAGUUGUUGCUAUCGCAACAAUCCUGGCAGACAAUUGAGUAAUAUUUUGAUGAUUUAUUUUGUUUGUAAUUAGUUAUUAUAAGAAGAUCUAGAUCCUAGAUAUUAGAAUAAAAUUUAUUUUCUACUGUAUCCAUUUCAAAUGUUAAAAUAUUGUUUAAUAUUUUUGAAAUCCCUGAGUAUCAGGCCUUGUUAUAAAUAAGCUGCAUAAUCAAUAAAUAGAACAAGGGACUUUUUGUUGAUAAUCCAAAUACUCAAAGUUUACGUAAUGAAAAUUAUAGCGUGUGUGCAAACUCUUGAGGGUUGAUUAUGCUGCAAUUUAGCAUGUUGGAACGUCUAGGGAGAAGGUUGACUUUUUGCACUUCUGUAUAUAGUCAAAAGAGAGAAACCUGUAUAAUAGUAAGAUCUUAUUUUGAAUAAAAACGUCUAUAAUUACAAGGAGUUUUGUUAAGGCUAAUACAAUGACAGACUGAGCAAAAUUGCUUGCAAAAGUGGCACAGAGUUAGCACUCCAUACCCCUUCAAACAUGUUGCUUUGCUUUCUUGUGGACAGCUUGUAGUUUGCCAGGAUUUUUUCAGCUGGAAAGAUACGCCAUCCUUUCAAACCCUCAUGACUGACAAAAACUCCAUGGGGCCAAAUCUGCCUGAAGAUCAUUACCAAAAAUAGCAGGUACUUCUACCAUUAAGGUGAAAUCAUGGAUCAGAUAUUCCUUACAUUUUUCAAAACUACUGCAUGUUUAAAACUUCAACAAAAAAAGAGAGAAAGAACUAUACUAAGAACAUAUAUUAUUCAGAUCAGUUUCUGCCAAUUUCAGUGGUUUAUUGUUCACAAAAAAAUCUUCAAAACAAGUAUUGACUUUCACAAAAUUUAAAUCAUAAACAGGCAAACCAAACAGCACACUGUAGCUAUAGUUGUUAUGUGAUUGUUUUUUAAUUGCUGUAGGAUCCUGUUCUUUCAGCAGGUGAAAAAUAAAACGCAGUUCAAAUUUCAUGGUUUUAAUUUUCAACUCAGAAGCACUCAAAAAUGCAAAAUGUGAUAAUGGGCACUUGUUUAAAAGAAUUAGUGUAUCCAGCCUUCACUCCAGCUGGUUAAAAAUGUUGCACUUAUCAGCAACCCUACCACUUUCAUCUGCUGAAAGGACAAAUGUGCUUGGUUUUACUAUUAUGUAAUCACAACUUACUUUCUGCUUGUAGUUGCUUAAAAUUAUGUAUUUUGUCUUGGGCUGCAAUUUGUUUUAUGCUUAUUUUAUUAUUACUGCAGUAGUUGACUUUGCUGUAUGGAAAAAUAAAGUGAAAUUGCCCUAAUAAAACUUCUCUUUCUUAAGUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1295.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1393.05
Frequency: 0.0000
Diversity: 1045.64
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((.((.(((((.(((.......)))...)))))))...(((((((((....((.(((((.(((((((((((((((((..((((..((((((((((((((((((((...)))))(((.(((((...........))))))))))))))))))))))).))))...)))))))....)))..)))).))).))))))))))))))))...((((..(((((......)))))))))(((.(((...(((((((((.((((((.(((((((((((((((((((............(((((...((.....)))))))....(((((((..((((((.(........).)))))).(((((.((.(((...))).))....(((.((...(((((((..(((((.((..(((.(((...((...((((((.(((((......)))))...))))))..))))).)))..)).)))))....))))))).....))))).)))))............(((((((((((((..((((((........((...((.(((.....((((((...((((((...((....)).....))))))))))))....))).))...))........))).))).))))))))))))).......)))))))....(((....)))..))))))...((((.....))))))))))))))....)))))))))(((((.(((((((((((((((..((.(((((((((((((((..(...)..)))))))...((((((.((....)).)))))).......(((((.(...((((((.(((((((.........(((.((..(((((((.((((((((((.((........)).))))))...((((..((((...))))..))))...((((((.((((......)))).)).))))(((.....)))....(((((...)))))((((((((((....))))))..))))((((.......(((.(((........)))))).......)))).......((((((((((.....))))))))))...)))).))))))))).)))))))))))))).))...).)))))...(((((.....))))).....)))))))).)).....))))))........(((((((....)))))))....((((((((((((((((.(((............(((((......(((((((..(((((((((((.........)).)).)))))))..))..)))))(((((((((.....)).)))))))...(((((((.((((.((......))))))...)).)))))....((....))....((((((.......))))))....(((((((..((((.........))))..))))))).......................)))))...........))).))))).)))))))))))...)).))))))).)).)))(((..(((((((.....((((((((((..(((((((((((((((...((((((..((((((((((.(((((((.(((((((.....((((((((((((((((..((((((......))).(((.(((((((((((..((.....))..))))).)))))))))...(((((((((((((..((...))..))))))..))).))))((.((((((((....)))))))).)))))..)))))).......((((((.((((.((...((((...((((((...)))))).((((....((((.(((((....((((((((((((.((((.(((........))).)))).))))....))))))))....((((.((....)))))).........))))).))))....)))).((((.(((....((.((((((((((.((((..((((((.(((((............((((((((((((.(......(((((((((((((((.(..(((((((((((((((((.((((...(((((((........))))))))))))).)))))...)).(((....)))(((((...(((((.............(((((((........(((...(((....)))...)))........(((....))))))))))...)))))....))))).....(((((((.((((((((..((....(.(((((((((((((((.(((((..((((..(((((((......................(((......)))....(((.((.....))))).(((((((((.....)))))))))...........(((((.((((((((...........)))))))).)))))....)))))))..))))))))))))))))))))))))).))..)))))))).)))))))...))))))))))))))))...))))))))..((((....))))...........(((((..((....))..))))).....).))))))))).)))))))).))))))...)))))))))))))).))..))))))))))).))))))))))))...................))))))))))...((((((((.(.....).)))))))).((((((...........))))))......((..((((((((..(((...((((((((((..(((((....(((.(((..((((..............(((((((((((((((((.(((((((((.(((((..(((...))))))))..))))))))).))))))..(((((.((((((((..........(((((((((((((((.....)))))))))).)))))(((((....))))).....(((((.....((((((....((((((((.......))))))))....))))))....)))))(((((......)))))((((((...))))))....(((.((....)).))).)))))))).)))))..))))))))))).....((((((((((((((((..((..(((...)))..))))))))))...))))....))))...)))).)))...)))....))))).)))))))))))))..))))))))..))...))))))).))))((((((((...........))))))))....(((((..(((((((((.(((...((((......))))))).))))(((((((((...(((((((.....((((...))))..............(((((((((((((............((((((((...((((((((((.....((((.....(((.((((((.....(((........))).....)))))).)))((((((((..((((((((((((...((((((.(((((((((((((((((((.......))))))).)))))..((((((....................))))))........((((((....))))))((((((((((((.((((((......))))))((((((..((.((((((((.....))))))))..))..))))))...((((((((((...........)))))..))))).(((((((((((((((......))))))))..))))))).(((((...)))))...........((((((((((((((((((......(((((((....))))))).............((((((((((((((.((((...)))).)))))......)))).))))).))))))))))).((((..(((((((((.(((.(..((.((((...(((((((((.(((((((.((..(((((((((((((((.....((((...)))).....)))).))))))..........)))))....((((.(((((((((.((.................)).))))))))).)))))).)))).))).))))))))).)))).))..).))).)))))))))..)))).(((....))).))))))).))))))))))))......))))))))))).))..))...............)))))))))).....((((((((((.......))))((((.....((((..........))))))))((((.....))))....))))))..........)))))))).))))....))))))))))))))))))............))).).))))))))).....(((((((.((((((.((((..((....))..)))).)))))).)).))))).....)))))))..)))))))))............)))))..)))))....))).))))........(((.(((((....))))))))))))))..))))))......)))).))))...((((((((((((((((((((..((((((.((............))))))))(((((.(((.(((..(((........))).....((((...((((((((.((((....)))).)))))..)))....)))).....)))))).)))))(((((........)))))........)))))))))))))))))))).......(((...((((......))))...)))...))))).))..))).))))))).....)))))))..))).))))))))).....)))...)))..((((((((.(..(((((((((......)))))))).)..).)))))))))))))))............................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((((.((((((((((((.{(.(((((...,{,{((((....)))))})))))).)}.))))}(((((,.,..,))}|||}}||}}}}((((((((((((((((,({(,.{,.{((((......,,.,})))..,,.,.)).}))))))))))))))))((((((((((||||,,((,{..,}..))})))))))))).)))(((((((.(((((({...))).}.})).)))))))(((.(({...(((((((({{(((((({(((((((((((((((((((............(((((.,.{{.....)})))))....(((((((..((((((.(........).)))))).(((((.{(.(((...})).))....(({,((.,.(((((((..(((((.((..(((.(((...{{...{{{(({{(((((.,.,,,}}}}}}}.))))}}..,}))).)))..)).)))))....))))))).....)}))).)))))............(((((((((((((..((((((........{(...((.(((.....((((((...((((((...((....)).....)))))))))))).,..))).))...}}........))).))).))))))))))))).....,.)))))))....(((....)))..)))))}...((((.....))))))))))))))}...,))))))))|((((.,,,{||||}((((((,,(..,((((((((((((((..,...}..))))))),..{(((((,({...,)),))})}}.......(((((.(,..{{((((.(((((((.,,.......||.{{..(((((((.((((((((((.((........)).))))))...((((..((((...))))..))))...((((((.((((......)))).)).)))),{{,....}}}....(((((...)))))((((((((((....))))))..))))((((.......((|{(((........)))))).......)))).......((((((((((.....))))))))))...)))).)))))))}}.,,,))))))))))).}),,...))))).,.(((((.....))))),....,)))))))|)}.....)))))){((((((((((((((....)))))))..(((((.{{{......((((({,(((((((.,...((((((((((.(((((((..(((((((((((.........)).))}}})))))..})..))))|(((((((((.....)),})))))),..((((.,......,)))){{.(((((({({{{..(((((((((.(((.((((...((((((.......))))))....(((((((..,,{,,,,,.{,{.}|||,,||||||}.,.....,}|||............{((((.(((((((((((((((((({(({{{{,((,,....((((({({.....}}}.,.,}},.....))})),,}}.............||,{{{{{{||{({{(((((.((.....}).))))}..,{.{,,((,,{.......})))).||....,,..,|||,,.}}}}}..,.,,{{,,,||||{{..,,...,.,,.})))))})))),}}}.....|||||,,..},.},}}}})))))))))))).)))))..,{(.((((((((....)))))))).)).,,..{{(((((((,{{{(((((,,((({,((...((((,..((((((...)))))}.{(((..,.((((.(((((....((((((((((((.((((.(((........))).)))).))))....)))))))).,,.,{,{{((....))))))}}},.....))))).)))).}..)))}.{(((.(((....((.(((((((((,{((((..((((((.(((((............((((((((((((.(....,.(((((((((((((((.{..((((((({{{(((((((.((((...(((((((.{....,}))))))))))))).)))))...)}.{{(....|},(((((...(((((,,,........,,(({{{{{.,,,,...((({,.{((....}}},},})).....,..(((....)))}}}}}}}...)))))....)))))..,,|{({{(((,(({{((((..,,,,,.{.(((((((((((((({,(((({..((((..(((((((....,.,,............{,({{,.....,|,....,{{.,,.....))))),(((((((((.....)))))))))...........(((((.{(((((({..,....,},,))}))))}.)))))....)))))))..))))}))))))))))))))))))),.)}..}))))))).)))))),...})))))))})))))))...))))))))..((((....)))).......,...(({{{.{((....,,}}))))).....,.))))))))).)))))))).))))))...)))))))))))))).))..))))))))))).)))))))))))).........,}}),...)))))))}|{{,|,,(({(((((.{...,,),))))))))..}},)})))}},...}}|,|}|},{{(((,(((({(((((({{{{{..,,.,,,...(({...}}}.,,},.,}},.....))))))}.)))}.,)))}))})})},|||{{.....,,,{|||,|{{{{,,||{,,,||},}})),})}}}))}))))))).))))))))).,}....)))))))).))(((((((((((((((.....)))))))))).)))))(((((....))))).....{((((.....((((((.,,.((((((((.......))))))))..,.))))))....)))))(((((......))))).)))))))))).,,{,,,,{{|,|,...}))))))......))).))))))))))......,}}.)))))..(({{((((((((..((..(((...)))..))))))))))...}}}})))))))}..,(((((,{(((((.{(((......))).|..))))))}}}}}{(((((.....))))}},,,,,,..((((((((...........))))))))..,{({.........||||{.,,.{((((((......))))))).}}}}(((((((((...(((((((.....{({,...,}}}..............(((((((((((((............((((((((...((((((((((,....{(({.....(((.((((({...,.{{{.....,,,)}}.,.,.}))))).))){(((((((,,((((((((((,{,,,((((((,,{((((,{(((((((((((.......))))))).))))}..,,((((,....,}},,.....||,..)))))),.,...,{((((((....))))))||((((((((((.,,{(({{,,,,,||||||(((({(,{{{.{(((((((.....)))))))},|}},,|||}}},,,|||{{(((((.,.........)))))..}}}}}.(((((((((((((((......)))))))},.,)))))}.(((((...))))).,,|.|,...,{{(((({(((((((((((......{(((({{....,)))))),............((((((((((((((.((({...)))).))))}.....,)))).))))).))))))))))).((((..(((((((({.(((.{..,,.((((...(((((((((.(((((((.(({.,,{{,(((((({(((.....((((...)))).....)))).))))))..........}},,.....{(((.(((((((((.{(.,,...........}}.)).})))))))).))))}).)))),})).))))))))).)))).,,..,.))).}))))))))..)))).,{{....)}},))))))).))))))))))}},......,,}}|||}||,.....,...,,,,........)))))))))).....((((((((((.......))))((((.....((((..........)))))))){(((.....))))....)))))).......,,.)))))))}.,}}}....})))))))))))))))))............))).))))))))))).....((((({{.((((((,((({..{{.,,,)}..}}}}.)))))).}},})))).....)))))))..)))))))))...{{{....{,{.|||{{,|,.{,...{{{(({({{{{(,,,((((({..,,,,({{{{|{.|{||,},|,..,,}...}})),))))))),,,},|||{((((((((((((((((..((((((.((............)))))))).,,{({......}},(((........))).....((((...((((((((.((((....)))).)))))..)))....))))....,,||||.......(((((........)))))...}}},.))))))))))))))))||||,,,||||}|||||{(({......||||,.,{{,.........,),)))).}})),,},))))),,))},,}})))})))))))).....)}}...})),,((((((((.(..(((((((((......)))))))).)..}.)))))))))))))))..........,,............,,..
Back